Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7PJS_M
|
7PJS_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| M:3 [GLN] | A:871 [U] | 4.26 | A:906 [U] | 13.3 | ||
| M:4 [PRO] | A:870 [U] | 3.75 | A:907 [G] | 84.6 | ||
| M:4 [PRO] | A:871 [U] | 3.6 | A:906 [U] | 84.6 | ||
| M:5 [LYS] | A:870 [U] | 3.72 | A:907 [G] | 68.5 | ||
| M:5 [LYS] | A:871 [U] | 3.0 | A:906 [U] | 68.5 | ||
| M:5 [LYS] | A:872 [U] | 4.73 | A:905 [A] | 68.5 | ||
| M:6 [ARG] | A:869 [G] | 3.04 | A:908 [C] | sugar:SC | 62.8 | |
| M:6 [ARG] | A:870 [U] | 2.91 | A:907 [G] | 62.8 | ||
| M:7 [THR] | A:869 [G] | 4.81 | A:908 [C] | 54.4 | ||
| M:7 [THR] | A:870 [U] | 4.65 | A:907 [G] | 54.4 | ||
| M:8 [LYS] | A:868 [U] | 3.3 | A:909 [A] | base:SC | 77.6 | |
| M:8 [LYS] | A:869 [G] | 3.76 | A:908 [C] | 77.6 | ||
| M:8 [LYS] | A:909 [A] | 4.36 | A:868 [U] | 77.6 | ||
| M:8 [LYS] | A:912 [C] | 3.44 | A:864 [G] | 77.6 | ||
| M:9 [PHE] | A:911 [A] | 3.2 | base/AA stacks | 51.8 | ||
| M:9 [PHE] | A:912 [C] | 3.71 | A:864 [G] | 51.8 | ||
| M:9 [PHE] | A:2278 [A] | 4.01 | A:2262 [U] | 51.8 | ||
| M:10 [ARG] | A:2277 [G] | 4.67 | A:2263 [C] | 63.1 | ||
| M:10 [ARG] | A:2278 [A] | 2.62 | A:2262 [U] | 63.1 | ||
| M:11 [LYS] | A:910 [A] | 3.41 | 88.5 | |||
| M:11 [LYS] | A:911 [A] | 2.5 | base:BB | 88.5 | ||
| M:11 [LYS] | A:2277 [G] | 3.19 | A:2263 [C] | 88.5 | ||
| M:11 [LYS] | A:2278 [A] | 3.33 | A:2262 [U] | 88.5 | ||
| M:12 [MET] | A:910 [A] | 3.57 | 0.3 | |||
| M:12 [MET] | A:911 [A] | 4.05 | 0.3 | |||
| M:12 [MET] | A:955 [PSU] | 3.69 | A:962 [G] | 0.3 | ||
| M:13 [HIS] | A:910 [A] | 2.74 | base:BB | base/AA stacks | 60.6 | |
| M:13 [HIS] | A:954 [G] | 3.1 | A:963 [U] | 60.6 | ||
| M:13 [HIS] | A:955 [PSU] | 3.39 | A:962 [G] | 60.6 | ||
| M:13 [HIS] | A:2264 [C] | 4.68 | A:2276 [G] | 60.6 | ||
| M:13 [HIS] | A:2265 [U] | 3.51 | A:2274 [A] | sugar:SC | 60.6 | |
| M:13 [HIS] | A:2276 [G] | 3.75 | A:2264 [C] | 60.6 | ||
| M:13 [HIS] | A:2277 [G] | 4.98 | A:2263 [C] | 60.6 | ||
| M:14 [LYS] | A:954 [G] | 3.43 | A:963 [U] | 80.9 | ||
| M:14 [LYS] | A:955 [PSU] | 2.98 | A:962 [G] | 80.9 | ||
| M:14 [LYS] | A:956 [G] | 2.93 | A:960 [A] | base:SC | 80.9 | |
| M:14 [LYS] | A:957 [C] | 4.95 | 80.9 | |||
| M:14 [LYS] | A:958 [U] | 2.95 | 80.9 | |||
| M:15 [GLY] | A:953 [G] | 4.69 | A:964 [C] | 36.0 | ||
| M:15 [GLY] | A:954 [G] | 2.56 | A:963 [U] | 36.0 | ||
| M:15 [GLY] | A:958 [U] | 3.88 | 36.0 | |||
| M:16 [ARG] | A:953 [G] | 3.44 | A:964 [C] | 67.3 | ||
| M:16 [ARG] | A:954 [G] | 2.61 | A:963 [U] | 67.3 | ||
| M:16 [ARG] | A:958 [U] | 3.42 | base/AA stacks | 67.3 | ||
| M:17 [ASN] | A:958 [U] | 3.63 | 3.3 | |||
| M:18 [ARG] | A:952 [G] | 3.91 | A:965 [C] | 49.5 | ||
| M:20 [LEU] | A:863 [A] | 4.35 | A:913 [U] | 16.5 | ||
| M:22 [GLN] | A:863 [A] | 3.52 | A:913 [U] | 32.9 | ||
| M:22 [GLN] | A:864 [G] | 2.78 | A:912 [C] | 32.9 | ||
| M:22 [GLN] | A:907 [G] | 3.51 | A:870 [U] | 32.9 | ||
| M:22 [GLN] | A:908 [C] | 3.25 | A:869 [G] | 32.9 | ||
| M:23 [GLY] | A:906 [U] | 4.23 | A:871 [U] | 46.1 | ||
| M:23 [GLY] | A:907 [G] | 3.48 | A:870 [U] | 46.1 | ||
| M:24 [THR] | A:907 [G] | 4.96 | A:870 [U] | 51.1 | ||
| M:27 [SER] | A:905 [A] | 4.78 | A:872 [U] | 19.8 | ||
| M:27 [SER] | A:906 [U] | 3.82 | A:871 [U] | 19.8 | ||
| M:28 [PHE] | A:872 [U] | 4.0 | A:905 [A] | 36.1 | ||
| M:28 [PHE] | A:873 [C] | 3.84 | A:904 [G] | 36.1 | ||
| M:28 [PHE] | A:904 [G] | 4.99 | A:873 [C] | 36.1 | ||
| M:28 [PHE] | A:905 [A] | 3.59 | A:872 [U] | 36.1 | ||
| M:28 [PHE] | A:906 [U] | 3.38 | A:871 [U] | 36.1 | ||
| M:40 [ARG] | A:958 [U] | 3.13 | 22.3 | |||
| M:42 [THR] | A:2485 [G] | 4.33 | A:2465 [C] | 85.0 | ||
| M:44 [ARG] | A:2483 [C] | 4.45 | A:2467 [C] | 47.1 | ||
| M:44 [ARG] | A:2484 [G] | 3.13 | A:2466 [C] | 47.1 | ||
| M:45 [GLN] | A:2484 [G] | 3.23 | A:2466 [C] | 85.5 | ||
| M:45 [GLN] | A:2485 [G] | 2.6 | A:2465 [C] | 85.5 | ||
| M:48 [ALA] | A:2483 [C] | 3.59 | A:2467 [C] | 76.3 | ||
| M:48 [ALA] | A:2484 [G] | 3.53 | A:2466 [C] | 76.3 | ||
| M:51 [ARG] | A:2483 [C] | 4.6 | A:2467 [C] | 62.1 | ||
| M:55 [ARG] | A:2469 [A] | 3.23 | A:2481 [G] | 80.1 | ||
| M:55 [ARG] | A:2482 [A] | 4.69 | A:2468 [A] | 80.1 | ||
| M:62 [LYS] | A:873 [C] | 2.85 | A:904 [G] | 54.9 | ||
| M:62 [LYS] | A:874 [G] | 3.21 | A:903 [C] | 54.9 | ||
| M:64 [TRP] | A:872 [U] | 4.28 | A:905 [A] | 35.7 | ||
| M:64 [TRP] | A:873 [C] | 3.06 | A:904 [G] | sugar:SC | 35.7 | |
| M:65 [ILE] | A:872 [U] | 4.22 | A:905 [A] | 66.8 | ||
| M:66 [ARG] | A:906 [U] | 2.55 | A:871 [U] | sugar:SC, sugar:SC | 73.9 | |
| M:66 [ARG] | A:907 [G] | 4.33 | A:870 [U] | 73.9 | ||
| M:68 [PHE] | A:870 [U] | 4.53 | A:907 [G] | 53.5 | ||
| M:68 [PHE] | A:871 [U] | 3.45 | A:906 [U] | 53.5 | ||
| M:68 [PHE] | A:872 [U] | 4.3 | A:905 [A] | 53.5 | ||
| M:68 [PHE] | A:907 [G] | 4.84 | A:870 [U] | 53.5 | ||
| M:70 [ASP] | A:870 [U] | 4.21 | A:907 [G] | 63.5 | ||
| M:70 [ASP] | A:907 [G] | 3.97 | A:870 [U] | 63.5 | ||
| M:70 [ASP] | A:908 [C] | 2.87 | A:869 [G] | sugar:SC | 63.5 | |
| M:74 [THR] | A:956 [G] | 3.87 | A:960 [A] | 95.6 | ||
| M:74 [THR] | A:957 [C] | 3.57 | 95.6 | |||
| M:75 [GLU] | A:957 [C] | 3.46 | 72.7 | |||
| M:76 [LYS] | A:956 [G] | 3.63 | A:960 [A] | 93.4 | ||
| M:76 [LYS] | A:957 [C] | 2.96 | 93.4 | |||
| M:78 [LEU] | A:2459 [A] | 3.77 | A:2493 [U] | 53.3 | ||
| M:78 [LEU] | A:2460 [U] | 3.46 | A:2492 [U] | 53.3 | ||
| M:78 [LEU] | A:2493 [U] | 3.62 | A:2459 [A] | 53.3 | ||
| M:78 [LEU] | A:2494 [G] | 4.39 | A:2457 [PSU] | 53.3 | ||
| M:79 [ALA] | A:2494 [G] | 3.14 | A:2457 [PSU] | sugar:BB | 71.0 | |
| M:79 [ALA] | A:2495 [G] | 4.38 | A:2456 [C] | 71.0 | ||
| M:80 [VAL] | A:2494 [G] | 4.55 | A:2457 [PSU] | 69.8 | ||
| M:80 [VAL] | A:2495 [G] | 3.32 | A:2456 [C] | 69.8 | ||
| M:81 [ARG] | A:2250 [G] | 4.02 | 98.7 | |||
| M:81 [ARG] | A:2251 [OMG] | 2.76 | v:75 [C] | base:SC | 98.7 | |
| M:81 [ARG] | A:2495 [G] | 3.15 | A:2456 [C] | 98.7 | ||
| M:81 [ARG] | A:2496 [C] | 3.11 | A:2455 [G] | 98.7 | ||
| M:82 [MET] | A:956 [G] | 3.4 | A:960 [A] | 99.0 | ||
| M:82 [MET] | A:959 [A] | 3.43 | 99.0 | |||
| M:82 [MET] | A:960 [A] | 3.58 | A:956 [G] | 99.0 | ||
| M:82 [MET] | A:962 [G] | 4.0 | A:955 [PSU] | 99.0 | ||
| M:82 [MET] | A:2250 [G] | 3.39 | 99.0 | |||
| M:82 [MET] | A:2495 [G] | 3.61 | A:2456 [C] | 99.0 | ||
| M:82 [MET] | A:2496 [C] | 3.01 | A:2455 [G] | 99.0 | ||
| M:83 [GLY] | A:955 [PSU] | 4.88 | A:962 [G] | 98.8 | ||
| M:83 [GLY] | A:2250 [G] | 3.25 | 98.8 | |||
| M:83 [GLY] | A:2275 [C] | 3.97 | A:2255 [G] | 98.8 | ||
| M:83 [GLY] | A:2276 [G] | 3.37 | A:2264 [C] | 98.8 | ||
| M:84 [LYS] | A:2249 [U] | 3.98 | 78.7 | |||
| M:84 [LYS] | A:2250 [G] | 3.22 | 78.7 | |||
| M:84 [LYS] | A:2254 [C] | 4.79 | 78.7 | |||
| M:84 [LYS] | A:2255 [G] | 4.5 | A:2275 [C] | 78.7 | ||
| M:84 [LYS] | A:2275 [C] | 3.09 | A:2255 [G] | sugar:BB | 78.7 | |
| M:84 [LYS] | A:2276 [G] | 3.46 | A:2264 [C] | 78.7 | ||
| M:85 [GLY] | A:955 [PSU] | 4.92 | A:962 [G] | 98.6 | ||
| M:85 [GLY] | A:956 [G] | 4.5 | A:960 [A] | 98.6 | ||
| M:85 [GLY] | A:2275 [C] | 3.36 | A:2255 [G] | 98.6 | ||
| M:85 [GLY] | A:2276 [G] | 2.8 | A:2264 [C] | 98.6 | ||
| M:85 [GLY] | A:2277 [G] | 3.42 | A:2263 [C] | 98.6 | ||
| M:86 [LYS] | A:955 [PSU] | 2.78 | A:962 [G] | 98.9 | ||
| M:86 [LYS] | A:956 [G] | 2.72 | A:960 [A] | 98.9 | ||
| M:86 [LYS] | A:2276 [G] | 3.33 | A:2264 [C] | 98.9 | ||
| M:86 [LYS] | A:2277 [G] | 2.83 | A:2263 [C] | 98.9 | ||
| M:87 [GLY] | A:955 [PSU] | 4.94 | A:962 [G] | 98.1 | ||
| M:87 [GLY] | A:956 [G] | 2.9 | A:960 [A] | 98.1 | ||
| M:95 [LEU] | A:958 [U] | 4.72 | 54.3 | |||
| M:100 [LYS] | A:907 [G] | 3.5 | A:870 [U] | sugar:SC | 66.7 | |
| M:100 [LYS] | A:908 [C] | 4.41 | A:869 [G] | 66.7 | ||
| M:118 [LYS] | A:1031 [G] | 4.53 | A:1123 [C] | 65.6 | ||
| M:119 [LEU] | A:2467 [C] | 4.27 | A:2483 [C] | 3.0 | ||
| M:119 [LEU] | A:2468 [A] | 4.07 | A:2482 [A] | 3.0 | ||
| M:119 [LEU] | A:2469 [A] | 4.24 | A:2481 [G] | 3.0 | ||
| M:122 [ALA] | A:2466 [C] | 4.55 | A:2484 [G] | 19.2 | ||
| M:122 [ALA] | A:2467 [C] | 3.45 | A:2483 [C] | 19.2 | ||
| M:122 [ALA] | A:2484 [G] | 3.1 | A:2466 [C] | base:BB | 19.2 | |
| M:122 [ALA] | A:2485 [G] | 4.33 | A:2465 [C] | 19.2 | ||
| M:123 [LYS] | A:2467 [C] | 2.75 | A:2483 [C] | base:SC | 88.7 | |
| M:123 [LYS] | A:2468 [A] | 4.44 | A:2482 [A] | 88.7 | ||
| M:123 [LYS] | A:2482 [A] | 3.81 | A:2468 [A] | 88.7 | ||
| M:123 [LYS] | A:2483 [C] | 3.2 | A:2467 [C] | 88.7 | ||
| M:123 [LYS] | A:2484 [G] | 2.46 | A:2466 [C] | sugar:BB | 88.7 | |
| M:123 [LYS] | A:2485 [G] | 3.61 | A:2465 [C] | 88.7 | ||
| M:124 [LEU] | A:2484 [G] | 4.64 | A:2466 [C] | 86.6 | ||
| M:124 [LEU] | A:2485 [G] | 3.63 | A:2465 [C] | 86.6 | ||
| M:125 [PRO] | A:2485 [G] | 3.18 | A:2465 [C] | 80.0 | ||
| M:125 [PRO] | A:2486 [C] | 3.33 | A:2464 [G] | 80.0 | ||
| M:127 [LYS] | A:1029 [A] | 4.86 | A:1125 [G] | 71.2 | ||
| M:127 [LYS] | A:1030 [C] | 2.63 | A:1124 [G] | 71.2 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group138 | 7PJS_M_A | M: 50s ribosomal protein l16, Escherichia coli (natural) A: 23s ribosomal RNA, Escherichia coli (natural) | P0ADY7 | Ribosomal protein L10e | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 9
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6AZ3_N_2 | 7PJS_M_A | 0.75 | 0.8 | 2.19 | 0.16 | Ribosomal protein L10e | compare | |
| 4Y4O_1Q_1A | 7PJS_M_A | 0.84 | 0.97 | 0.9 | 0.58 | Ribosomal protein L10e | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_K_A | 7PJS_M_A | 0.83 | 0.96 | 1.72 | 0.52 | Ribosomal protein L10e | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4YBB_DN_DA | 7PJS_M_A | 0.98 | 0.99 | 0.89 | 0.93 | Ribosomal protein L10e | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 1VQ8_H_0 | 7PJS_M_A | 0.64 | 0.91 | 2.21 | 0.16 | Ribosomal protein L10e | compare | |
| 6AZ3_N_1 | 7PJS_M_A | 0.56 | 0.69 | 3.41 | 0.07 | Ribosomal protein L10e | compare | |
| 7OF0_N_A | 7PJS_M_A | 0.63 | 0.92 | 3.28 | 0.15 | Ribosomal protein L10e | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 1YHQ_H_0 | 7PJS_M_A | 0.64 | 0.91 | 2.27 | 0.16 | Ribosomal protein L10e | compare | |
| 1JJ2_H_0 | 7PJS_M_A | 0.63 | 0.91 | 2.3 | 0.18 | Ribosomal protein L10e | compare |