Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7RYG_L
|
7RYG_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| L:3 [GLN] | A:869 [U] | 4.8 | 5.9 | |||
| L:4 [PRO] | A:868 [U] | 4.19 | A:905 [G] | 87.6 | ||
| L:4 [PRO] | A:869 [U] | 3.91 | 87.6 | |||
| L:5 [LYS] | A:868 [U] | 4.14 | A:905 [G] | 67.1 | ||
| L:5 [LYS] | A:869 [U] | 3.09 | 67.1 | |||
| L:6 [ARG] | A:867 [G] | 4.77 | A:906 [C] | 55.8 | ||
| L:6 [ARG] | A:868 [U] | 3.43 | A:905 [G] | 55.8 | ||
| L:6 [ARG] | A:869 [U] | 4.83 | 55.8 | |||
| L:7 [THR] | A:867 [G] | 4.99 | A:906 [C] | 49.1 | ||
| L:8 [LYS] | A:866 [U] | 3.94 | A:907 [A] | base:SC | 79.2 | |
| L:8 [LYS] | A:867 [G] | 4.55 | A:906 [C] | 79.2 | ||
| L:8 [LYS] | A:907 [A] | 4.78 | A:866 [U] | 79.2 | ||
| L:8 [LYS] | A:910 [C] | 2.98 | A:862 [G] | 79.2 | ||
| L:9 [PHE] | A:909 [A] | 3.24 | base/AA stacks | 47.7 | ||
| L:9 [PHE] | A:910 [C] | 3.92 | A:862 [G] | 47.7 | ||
| L:9 [PHE] | A:2274 [A] | 4.36 | A:2258 [U] | 47.7 | ||
| L:10 [ARG] | A:2274 [A] | 2.84 | A:2258 [U] | 53.2 | ||
| L:11 [LYS] | A:908 [A] | 3.47 | 89.2 | |||
| L:11 [LYS] | A:909 [A] | 2.86 | base:BB | 89.2 | ||
| L:11 [LYS] | A:2273 [G] | 4.02 | A:2259 [C] | 89.2 | ||
| L:11 [LYS] | A:2274 [A] | 4.09 | A:2258 [U] | 89.2 | ||
| L:12 [VAL] | A:908 [A] | 3.9 | 0.0 | |||
| L:12 [VAL] | A:909 [A] | 4.37 | 0.0 | |||
| L:12 [VAL] | A:952 [PSU] | 4.12 | A:959 [G] | 0.0 | ||
| L:13 [HIS] | A:908 [A] | 3.05 | base:BB | base/AA stacks | 57.3 | |
| L:13 [HIS] | A:951 [G] | 3.21 | A:960 [U] | 57.3 | ||
| L:13 [HIS] | A:952 [PSU] | 3.46 | A:959 [G] | 57.3 | ||
| L:13 [HIS] | A:2260 [C] | 4.94 | A:2272 [G] | 57.3 | ||
| L:13 [HIS] | A:2261 [U] | 3.94 | A:2270 [A] | 57.3 | ||
| L:13 [HIS] | A:2272 [G] | 4.21 | A:2260 [C] | 57.3 | ||
| L:14 [LYS] | A:951 [G] | 3.46 | A:960 [U] | 78.6 | ||
| L:14 [LYS] | A:952 [PSU] | 3.54 | A:959 [G] | 78.6 | ||
| L:14 [LYS] | A:953 [G] | 3.05 | A:957 [A] | base:SC, base:SC | 78.6 | |
| L:14 [LYS] | A:955 [U] | 3.67 | 78.6 | |||
| L:15 [GLY] | A:950 [G] | 4.78 | A:961 [C] | 45.5 | ||
| L:15 [GLY] | A:951 [G] | 2.85 | A:960 [U] | 45.5 | ||
| L:15 [GLY] | A:955 [U] | 3.97 | 45.5 | |||
| L:16 [ARG] | A:950 [G] | 3.55 | A:961 [C] | 66.8 | ||
| L:16 [ARG] | A:951 [G] | 2.58 | A:960 [U] | 66.8 | ||
| L:16 [ARG] | A:955 [U] | 3.68 | 66.8 | |||
| L:17 [ASN] | A:955 [U] | 3.28 | base:BB | 14.3 | ||
| L:18 [THR] | A:860 [G] | 4.34 | A:913 [C] | 36.5 | ||
| L:20 [LEU] | A:861 [A] | 4.75 | A:911 [U] | 19.5 | ||
| L:22 [HIS] | A:861 [A] | 4.76 | A:911 [U] | 26.2 | ||
| L:23 [ARG] | A:862 [G] | 2.85 | A:910 [C] | 46.3 | ||
| L:23 [ARG] | A:863 [C] | 3.0 | A:865 [C] | 46.3 | ||
| L:23 [ARG] | A:904 [U] | 4.97 | 46.3 | |||
| L:23 [ARG] | A:905 [G] | 2.55 | A:868 [U] | 46.3 | ||
| L:23 [ARG] | A:906 [C] | 4.45 | A:867 [G] | 46.3 | ||
| L:24 [GLY] | A:904 [U] | 4.92 | 53.0 | |||
| L:24 [GLY] | A:905 [G] | 3.18 | A:868 [U] | 53.0 | ||
| L:28 [SER] | A:904 [U] | 4.6 | 23.0 | |||
| L:29 [PHE] | A:903 [A] | 3.74 | A:870 [U] | 36.4 | ||
| L:29 [PHE] | A:904 [U] | 3.12 | 36.4 | |||
| L:41 [ARG] | A:955 [U] | 3.95 | 21.7 | |||
| L:43 [THR] | A:2481 [G] | 4.85 | A:2461 [C] | 81.7 | ||
| L:45 [ARG] | A:2479 [C] | 4.74 | A:2463 [C] | 66.4 | ||
| L:45 [ARG] | A:2480 [G] | 3.1 | A:2462 [C] | 66.4 | ||
| L:46 [GLN] | A:2480 [G] | 3.49 | A:2462 [C] | 84.4 | ||
| L:46 [GLN] | A:2481 [G] | 2.48 | A:2461 [C] | 84.4 | ||
| L:49 [ALA] | A:2479 [C] | 3.98 | A:2463 [C] | 79.4 | ||
| L:49 [ALA] | A:2480 [G] | 4.2 | A:2462 [C] | 79.4 | ||
| L:56 [ARG] | A:2465 [A] | 3.35 | A:2477 [G] | 78.4 | ||
| L:57 [ARG] | A:2465 [A] | 4.4 | A:2477 [G] | 16.6 | ||
| L:63 [LYS] | A:871 [C] | 2.74 | A:902 [G] | 66.9 | ||
| L:63 [LYS] | A:872 [G] | 2.49 | A:901 [C] | 66.9 | ||
| L:65 [PHE] | A:871 [C] | 3.84 | A:902 [G] | 40.9 | ||
| L:66 [ILE] | A:870 [U] | 4.18 | A:903 [A] | 73.7 | ||
| L:67 [ARG] | A:904 [U] | 2.94 | sugar:SC | 71.8 | ||
| L:67 [ARG] | A:905 [G] | 3.94 | A:868 [U] | 71.8 | ||
| L:69 [PHE] | A:869 [U] | 3.28 | 56.3 | |||
| L:69 [PHE] | A:870 [U] | 4.33 | A:903 [A] | 56.3 | ||
| L:71 [ASP] | A:868 [U] | 4.95 | A:905 [G] | 62.0 | ||
| L:71 [ASP] | A:906 [C] | 3.07 | A:867 [G] | sugar:SC | 62.0 | |
| L:75 [THR] | A:953 [G] | 4.18 | A:957 [A] | 96.7 | ||
| L:75 [THR] | A:954 [C] | 3.73 | 96.7 | |||
| L:76 [GLU] | A:954 [C] | 3.73 | 57.4 | |||
| L:77 [LYS] | A:953 [G] | 3.56 | A:957 [A] | 90.9 | ||
| L:77 [LYS] | A:954 [C] | 3.29 | 90.9 | |||
| L:79 [LEU] | A:2455 [A] | 4.68 | A:2489 [U] | 38.0 | ||
| L:79 [LEU] | A:2490 [G] | 4.47 | A:2453 [PSU] | 38.0 | ||
| L:80 [GLU] | A:2489 [U] | 3.65 | A:2455 [A] | 75.8 | ||
| L:80 [GLU] | A:2490 [G] | 2.61 | A:2453 [PSU] | sugar:BB | 75.8 | |
| L:80 [GLU] | A:2491 [G] | 4.19 | A:2452 [C] | 75.8 | ||
| L:81 [VAL] | A:2490 [G] | 4.85 | A:2453 [PSU] | 61.6 | ||
| L:81 [VAL] | A:2491 [G] | 3.56 | A:2452 [C] | 61.6 | ||
| L:82 [ARG] | A:2246 [G] | 4.56 | 99.0 | |||
| L:82 [ARG] | A:2247 [OMG] | 3.03 | base:SC | 99.0 | ||
| L:82 [ARG] | A:2491 [G] | 3.83 | A:2452 [C] | 99.0 | ||
| L:82 [ARG] | A:2492 [C] | 3.63 | A:2451 [G] | 99.0 | ||
| L:83 [MET] | A:953 [G] | 3.42 | A:957 [A] | 99.0 | ||
| L:83 [MET] | A:956 [A] | 3.82 | 99.0 | |||
| L:83 [MET] | A:957 [A] | 3.46 | A:953 [G] | 99.0 | ||
| L:83 [MET] | A:959 [G] | 3.93 | A:952 [PSU] | 99.0 | ||
| L:83 [MET] | A:2246 [G] | 3.49 | 99.0 | |||
| L:83 [MET] | A:2491 [G] | 3.91 | A:2452 [C] | 99.0 | ||
| L:83 [MET] | A:2492 [C] | 3.22 | A:2451 [G] | 99.0 | ||
| L:84 [GLY] | A:2246 [G] | 3.3 | 98.6 | |||
| L:84 [GLY] | A:2271 [C] | 4.0 | A:2251 [G] | 98.6 | ||
| L:84 [GLY] | A:2272 [G] | 3.58 | A:2260 [C] | 98.6 | ||
| L:85 [ASN] | A:2246 [G] | 4.08 | 81.5 | |||
| L:85 [ASN] | A:2251 [G] | 4.78 | A:2271 [C] | 81.5 | ||
| L:85 [ASN] | A:2271 [C] | 3.08 | A:2251 [G] | sugar:BB | 81.5 | |
| L:85 [ASN] | A:2272 [G] | 3.27 | A:2260 [C] | 81.5 | ||
| L:86 [GLY] | A:953 [G] | 4.77 | A:957 [A] | 98.3 | ||
| L:86 [GLY] | A:2271 [C] | 3.53 | A:2251 [G] | 98.3 | ||
| L:86 [GLY] | A:2272 [G] | 2.47 | A:2260 [C] | 98.3 | ||
| L:86 [GLY] | A:2273 [G] | 3.54 | A:2259 [C] | 98.3 | ||
| L:87 [LYS] | A:952 [PSU] | 2.8 | A:959 [G] | 98.9 | ||
| L:87 [LYS] | A:953 [G] | 2.65 | A:957 [A] | 98.9 | ||
| L:87 [LYS] | A:2272 [G] | 3.67 | A:2260 [C] | 98.9 | ||
| L:87 [LYS] | A:2273 [G] | 3.06 | A:2259 [C] | 98.9 | ||
| L:88 [GLY] | A:953 [G] | 3.35 | A:957 [A] | 96.7 | ||
| L:101 [LYS] | A:905 [G] | 4.14 | A:868 [U] | 55.5 | ||
| L:120 [LEU] | A:2463 [C] | 4.32 | A:2479 [C] | 0.5 | ||
| L:120 [LEU] | A:2464 [A] | 3.73 | A:2478 [A] | 0.5 | ||
| L:123 [ALA] | A:2462 [C] | 4.75 | A:2480 [G] | 35.3 | ||
| L:123 [ALA] | A:2463 [C] | 3.99 | A:2479 [C] | 35.3 | ||
| L:123 [ALA] | A:2480 [G] | 3.35 | A:2462 [C] | base:BB | 35.3 | |
| L:123 [ALA] | A:2481 [G] | 4.68 | A:2461 [C] | 35.3 | ||
| L:124 [LYS] | A:2463 [C] | 2.88 | A:2479 [C] | base:SC | 88.2 | |
| L:124 [LYS] | A:2478 [A] | 3.94 | A:2464 [A] | 88.2 | ||
| L:124 [LYS] | A:2479 [C] | 2.9 | A:2463 [C] | base:SC | 88.2 | |
| L:124 [LYS] | A:2480 [G] | 2.68 | A:2462 [C] | sugar:BB | 88.2 | |
| L:124 [LYS] | A:2481 [G] | 3.58 | A:2461 [C] | 88.2 | ||
| L:125 [LEU] | A:2480 [G] | 4.79 | A:2462 [C] | 82.5 | ||
| L:125 [LEU] | A:2481 [G] | 3.98 | A:2461 [C] | 82.5 | ||
| L:126 [PRO] | A:2481 [G] | 3.54 | A:2461 [C] | 76.4 | ||
| L:126 [PRO] | A:2482 [C] | 3.66 | A:2460 [G] | 76.4 | ||
| L:128 [LYS] | A:1026 [A] | 3.07 | A:1122 [G] | 61.9 | ||
| L:128 [LYS] | A:1027 [C] | 3.7 | A:1121 [G] | 61.9 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group138 | 7RYG_L_A | L: 50s ribosomal protein l16, Acinetobacter baumannii (strain ab0057) (natural) A: 23s ribosomal RNA, Acinetobacter baumannii ab0057 (natural) | B7IA32 | Ribosomal protein L10e | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 8
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6AZ3_N_2 | 7RYG_L_A | 0.76 | 0.78 | 2.39 | 0.16 | Ribosomal protein L10e | compare | |
| 4Y4O_1Q_1A | 7RYG_L_A | 0.80 | 0.96 | 2.45 | 0.58 | Ribosomal protein L10e | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_K_A | 7RYG_L_A | 0.80 | 0.98 | 1.68 | 0.53 | Ribosomal protein L10e | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4YBB_DN_DA | 7RYG_L_A | 0.92 | 0.99 | 2.02 | 0.84 | Ribosomal protein L10e | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 1VQ8_H_0 | 7RYG_L_A | 0.62 | 0.91 | 3.04 | 0.16 | Ribosomal protein L10e | compare | |
| 6AZ3_N_1 | 7RYG_L_A | 0.50 | 0.68 | 2.8 | 0.07 | Ribosomal protein L10e | compare | |
| 1YHQ_H_0 | 7RYG_L_A | 0.61 | 0.91 | 3.14 | 0.16 | Ribosomal protein L10e | compare | |
| 1JJ2_H_0 | 7RYG_L_A | 0.60 | 0.91 | 3.14 | 0.18 | Ribosomal protein L10e | compare |