Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
2HVY_D
|
2HVY_E
|
5XTM_A
|
5XTM_B
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
D:39 [GLU] | E:31 [A] | A:39 [GLU] | B:18 [G] | ✔ |
D:39 [GLU] | E:33 [G] | A:39 [GLU] | B:20 [G] | ✔ |
D:35 [LYS] | E:31 [A] | A:35 [LYS] | B:18 [G] | ✔ |
D:35 [LYS] | E:33 [G] | A:35 [LYS] | B:20 [G] | ✔ |
D:99 [SER] | E:32 [U] | A:99 [SER] | B:19 [U] | ✔ |
D:60 [PRO] | E:32 [U] | A:60 [PRO] | B:19 [U] | ✔ |
D:59 [ASP] | E:32 [U] | A:59 [ASP] | B:19 [U] | ✔ |
D:58 [VAL] | E:32 [U] | A:58 [VAL] | B:19 [U] | ✔ |
D:97 [ALA] | E:31 [A] | A:97 [ALA] | B:18 [G] | ✔ |
D:97 [ALA] | E:32 [U] | A:97 [ALA] | B:19 [U] | ✔ |
D:98 [ALA] | E:31 [A] | A:98 [ALA] | B:18 [G] | ✔ |
D:98 [ALA] | E:32 [U] | A:98 [ALA] | B:19 [U] | ✔ |
D:96 [ALA] | E:31 [A] | A:96 [ALA] | B:18 [G] | ✔ |
D:96 [ALA] | E:32 [U] | A:96 [ALA] | B:19 [U] | ✔ |
D:84 [LYS] | E:32 [U] | A:84 [LYS] | B:19 [U] | ✔ |
D:36 [GLY] | E:31 [A] | A:36 [GLY] | B:18 [G] | ✔ |
D:36 [GLY] | E:32 [U] | A:36 [GLY] | B:19 [U] | ✔ |
D:36 [GLY] | E:33 [G] | A:36 [GLY] | B:20 [G] | ✔ |
D:95 [VAL] | E:30 [C] | A:95 [VAL] | B:17 [G] | ✔ |
D:95 [VAL] | E:31 [A] | A:95 [VAL] | B:18 [G] | ✔ |
D:38 [ASN] | E:33 [G] | A:38 [ASN] | B:20 [G] | ✔ |
D:93 [ILE] | E:31 [A] | A:93 [ILE] | B:18 [G] | ✔ |
D:57 [ASP] | E:32 [U] | A:57 [ASP] | B:19 [U] | ✔ |
D:37 [THR] | E:31 [A] | A:37 [THR] | B:18 [G] | ✔ |
D:37 [THR] | E:32 [U] | A:37 [THR] | B:19 [U] | ✔ |
D:37 [THR] | E:33 [G] | A:37 [THR] | B:20 [G] | ✔ |
D:63 [ILE] | E:32 [U] | A:63 [ILE] | B:19 [U] | ✔ |
D:40 [THR] | E:33 [G] | A:40 [THR] | B:20 [G] | ❌ 2HVY_D:40 no longer at interface |
D:94 [GLU] | E:30 [C] | A:94 [GLU] | B:17 [G] | ❌ 2HVY_D:94 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
L30e-like | 0.78 | 0.22 | 0.22 | 0.99 | 0.22 | 1.0 | 0.44 | 0.92 | 0.94 | 0.70 | 1.00 |
Other pairs involving 2HVY_D_E or 5XTM_A_B
Total number of entries: 26