Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
3HAX_D
|
3HAX_E
|
4BW0_B
|
4BW0_A
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
D:39 [GLU] | E:24 [G] | B:34 [GLU] | A:5 [G] | ✔ |
D:39 [GLU] | E:31 [A] | B:34 [GLU] | A:18 [A] | ✔ |
D:39 [GLU] | E:33 [G] | B:34 [GLU] | A:20 [G] | ✔ |
D:35 [LYS] | E:25 [A] | B:30 [LYS] | A:6 [A] | ✔ |
D:35 [LYS] | E:31 [A] | B:30 [LYS] | A:18 [A] | ✔ |
D:35 [LYS] | E:33 [G] | B:30 [LYS] | A:20 [G] | ✔ |
D:99 [SER] | E:32 [U] | B:94 [SER] | A:19 [A] | ✔ |
D:60 [PRO] | E:32 [U] | B:55 [PRO] | A:19 [A] | ✔ |
D:94 [GLU] | E:30 [C] | B:89 [GLU] | A:17 [G] | ✔ |
D:59 [ASP] | E:32 [U] | B:54 [ASP] | A:19 [A] | ✔ |
D:40 [THR] | E:33 [G] | B:35 [THR] | A:20 [G] | ✔ |
D:34 [ARG] | E:24 [G] | B:29 [LYS] | A:5 [G] | ✔ |
D:97 [ALA] | E:31 [A] | B:92 [CYS] | A:18 [A] | ✔ |
D:97 [ALA] | E:32 [U] | B:92 [CYS] | A:19 [A] | ✔ |
D:98 [ALA] | E:31 [A] | B:93 [ALA] | A:18 [A] | ✔ |
D:98 [ALA] | E:32 [U] | B:93 [ALA] | A:19 [A] | ✔ |
D:96 [ALA] | E:31 [A] | B:91 [PRO] | A:18 [A] | ✔ |
D:96 [ALA] | E:32 [U] | B:91 [PRO] | A:19 [A] | ✔ |
D:84 [LYS] | E:32 [U] | B:79 [LYS] | A:19 [A] | ✔ |
D:36 [GLY] | E:31 [A] | B:31 [GLY] | A:18 [A] | ✔ |
D:36 [GLY] | E:32 [U] | B:31 [GLY] | A:19 [A] | ✔ |
D:36 [GLY] | E:33 [G] | B:31 [GLY] | A:20 [G] | ✔ |
D:95 [VAL] | E:30 [C] | B:90 [VAL] | A:17 [G] | ✔ |
D:95 [VAL] | E:31 [A] | B:90 [VAL] | A:18 [A] | ✔ |
D:42 [LYS] | E:22 [G] | B:37 [LYS] | A:3 [G] | ✔ |
D:38 [ASN] | E:23 [U] | B:33 [ASN] | A:4 [G] | ✔ |
D:38 [ASN] | E:24 [G] | B:33 [ASN] | A:5 [G] | ✔ |
D:38 [ASN] | E:33 [G] | B:33 [ASN] | A:20 [G] | ✔ |
D:46 [ARG] | E:22 [G] | B:41 [ARG] | A:3 [G] | ✔ |
D:46 [ARG] | E:23 [U] | B:41 [ARG] | A:4 [G] | ✔ |
D:93 [ILE] | E:31 [A] | B:88 [ILE] | A:18 [A] | ✔ |
D:37 [THR] | E:31 [A] | B:32 [THR] | A:18 [A] | ✔ |
D:37 [THR] | E:32 [U] | B:32 [THR] | A:19 [A] | ✔ |
D:37 [THR] | E:33 [G] | B:32 [THR] | A:20 [G] | ✔ |
D:63 [ILE] | E:32 [U] | B:58 [ILE] | A:19 [A] | ✔ |
D:35 [LYS] | E:24 [G] | B:30 [LYS] | A:5 [G] | ❌ 4BW0_B_A |
D:38 [ASN] | E:22 [G] | B:33 [ASN] | A:3 [G] | ❌ 4BW0_B_A |
D:38 [ASN] | E:32 [U] | B:33 [ASN] | A:19 [A] | ❌ 3HAX_D_E |
D:39 [GLU] | E:25 [A] | B:34 [GLU] | A:6 [A] | ❌ 3HAX_D_E |
D:42 [LYS] | E:23 [U] | B:37 [LYS] | A:4 [G] | ❌ 3HAX_D_E |
D:42 [LYS] | E:21 [G] | B:37 [LYS] | A:2 [G] | ❌ 4BW0_A:2 no longer at interface |
D:38 [ASN] | E:21 [G] | B:33 [ASN] | A:2 [G] | ❌ 4BW0_A:2 no longer at interface |
D:46 [ARG] | E:21 [G] | B:41 [ARG] | A:2 [G] | ❌ 4BW0_A:2 no longer at interface |
D:94 [GLU] | E:26 [G] | B:89 [GLU] | A:7 [G] | ❌ 3HAX_E:26 no longer at interface |
D:58 [VAL] | E:32 [U] | B:53 [VAL] | A:19 [A] | ❌ 4BW0_B:53 no longer at interface |
D:57 [ASP] | E:32 [U] | B:52 [ASP] | A:19 [A] | ❌ 4BW0_B:52 no longer at interface |
D:45 [GLU] | E:22 [G] | B:40 [GLU] | A:3 [G] | ❌ 4BW0_B:40 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
L30e-like | 0.91 | 0.43 | 0.56 | 0.96 | 0.17 | 1.0 | 0.89 | 0.89 | 0.85 | 0.50 | 0.58 |
Other pairs involving 3HAX_D_E or 4BW0_B_A
Total number of entries: 26