Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 4F3T_A
|
4F3T_R
|
5I4A_A
|
5I4A_B
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| A:566 [LYS] | R:1 [U] | A:418 [LYS] | B:1 [U] | ✔ |
| A:566 [LYS] | R:2 [A] | A:418 [LYS] | B:2 [A] | ✔ |
| A:566 [LYS] | R:3 [A] | A:418 [LYS] | B:3 [U] | ✔ |
| A:797 [VAL] | R:4 [A] | A:614 [TYR] | B:4 [A] | ✔ |
| A:562 [ASN] | R:2 [A] | A:414 [SER] | B:2 [A] | ✔ |
| A:793 [CYS] | R:3 [A] | A:609 [THR] | B:3 [U] | ✔ |
| A:526 [THR] | R:1 [U] | A:380 [ILE] | B:1 [U] | ✔ |
| A:522 [LEU] | R:1 [U] | A:376 [LEU] | B:1 [U] | ✔ |
| A:563 [LEU] | R:2 [A] | A:415 [TYR] | B:2 [A] | ✔ |
| A:798 [SER] | R:4 [A] | A:615 [LYS] | B:4 [A] | ✔ |
| A:558 [GLN] | R:2 [A] | A:410 [PHE] | B:2 [A] | ✔ |
| A:559 [THR] | R:2 [A] | A:411 [ILE] | B:2 [A] | ✔ |
| A:804 [TYR] | R:4 [A] | A:621 [HIS] | B:4 [A] | ✔ |
| A:815 [TYR] | R:1 [U] | A:632 [GLU] | B:1 [U] | ✔ |
| A:756 [ILE] | R:4 [A] | A:573 [PHE] | B:4 [A] | ✔ |
| A:547 [VAL] | R:1 [U] | A:399 [ILE] | B:1 [U] | ✔ |
| A:547 [VAL] | R:2 [A] | A:399 [ILE] | B:2 [A] | ✔ |
| A:529 [TYR] | R:1 [U] | A:383 [ILE] | B:1 [U] | ✔ |
| A:792 [ARG] | R:3 [A] | A:608 [SER] | B:3 [U] | ✔ |
| A:792 [ARG] | R:4 [A] | A:608 [SER] | B:4 [A] | ✔ |
| A:795 [ARG] | R:3 [A] | A:612 [THR] | B:3 [U] | ✔ |
| A:795 [ARG] | R:4 [A] | A:612 [THR] | B:4 [A] | ✔ |
| A:551 [ASN] | R:2 [A] | A:403 [LYS] | B:2 [A] | ✔ |
| A:546 [CYS] | R:1 [U] | A:398 [PRO] | B:1 [U] | ✔ |
| A:546 [CYS] | R:2 [A] | A:398 [PRO] | B:2 [A] | ✔ |
| A:548 [GLN] | R:1 [U] | A:400 [LEU] | B:1 [U] | ✔ |
| A:548 [GLN] | R:2 [A] | A:400 [LEU] | B:2 [A] | ✔ |
| A:525 [LYS] | R:1 [U] | A:379 [TYR] | B:1 [U] | ✔ |
| A:524 [GLY] | R:1 [U] | A:378 [LYS] | B:1 [U] | ✔ |
| A:710 [ARG] | R:9 [U] | A:545 [ASN] | B:9 [C] | ❌ 5I4A_A_B |
| A:562 [ASN] | R:3 [A] | A:414 [SER] | B:3 [U] | ❌ 5I4A_A_B |
| A:793 [CYS] | R:4 [A] | A:609 [THR] | B:4 [A] | ❌ 5I4A_A_B |
| A:220 [SER] | R:8 [C] | A:148 [LYS] | B:8 [C] | ❌ 5I4A_A_B |
| A:220 [SER] | R:9 [U] | A:148 [LYS] | B:9 [C] | ❌ 4F3T_A_R |
| A:525 [LYS] | R:4 [A] | A:379 [TYR] | B:4 [A] | ❌ 4F3T_A_R |
| A:551 [ASN] | R:3 [A] | A:403 [LYS] | B:3 [U] | ❌ 4F3T_A_R |
| A:757 [GLN] | R:4 [A] | A:574 [LEU] | B:4 [A] | ❌ 4F3T_A_R |
| A:793 [CYS] | R:2 [A] | A:609 [THR] | B:2 [A] | ❌ 4F3T_A_R |
| A:635 [ARG] | R:9 [U] | A:480 [LEU] | B:9 [C] | ❌ 5I4A_A:480 no longer at interface |
| A:812 [ARG] | R:1 [U] | A:629 [THR] | B:1 [U] | ❌ 5I4A_A:629 no longer at interface |
| A:790 [TYR] | R:3 [A] | A:606 [ALA] | B:3 [U] | ❌ 5I4A_A:606 no longer at interface |
| A:790 [TYR] | R:4 [A] | A:606 [ALA] | B:4 [A] | ❌ 5I4A_A:606 no longer at interface |
| A:223 [ALA] | R:8 [C] | A:151 [PHE] | B:8 [C] | ❌ 5I4A_A:151 no longer at interface |
| A:221 [ALA] | R:8 [C] | A:149 [PHE] | B:8 [C] | ❌ 5I4A_A:149 no longer at interface |
| A:351 [ARG] | R:8 [C] | A:206 [PHE] | B:8 [C] | ❌ 5I4A_A:206 no longer at interface |
| A:351 [ARG] | R:9 [U] | A:206 [PHE] | B:9 [C] | ❌ 5I4A_A:206 no longer at interface |
| A:545 [GLN] | R:1 [U] | A:397 [GLN] | B:1 [U] | ❌ 5I4A_A:397 no longer at interface |
| A:545 [GLN] | R:2 [A] | A:397 [GLN] | B:2 [A] | ❌ 5I4A_A:397 no longer at interface |
| A:714 [ARG] | R:8 [C] | A:549 [ASN] | B:8 [C] | ❌ 5I4A_A:549 no longer at interface |
| A:364 [MET] | R:8 [C] | A:218 [PHE] | B:8 [C] | ❌ 5I4A_A:218 no longer at interface |
| A:353 [ILE] | R:9 [U] | A:208 [PHE] | B:9 [C] | ❌ 5I4A_A:208 no longer at interface |
| A:219 [VAL] | R:8 [C] | A:147 [PRO] | B:8 [C] | ❌ 5I4A_A:147 no longer at interface |
| A:570 [LYS] | R:1 [U] | A:422 [PHE] | B:1 [U] | ❌ 5I4A_A:422 no longer at interface |
| A:761 [ARG] | R:8 [C] | A:577 [LYS] | B:8 [C] | ❌ 5I4A_A:577 no longer at interface |
| A:222 [THR] | R:8 [C] | A:150 [THR] | B:8 [C] | ❌ 5I4A_A:150 no longer at interface |
| A:222 [THR] | R:9 [U] | A:150 [THR] | B:9 [C] | ❌ 5I4A_A:150 no longer at interface |
| A:544 [THR] | R:1 [U] | A:396 [LEU] | B:1 [U] | ❌ 5I4A_A:396 no longer at interface |
| A:712 [HIS] | R:8 [C] | A:547 [ASN] | B:8 [C] | ❌ 5I4A_A:547 no longer at interface |
| A:533 [LYS] | R:1 [U] | A:387 [VAL] | B:1 [U] | ❌ 5I4A_A:387 no longer at interface |
| A:177 [VAL] | R:8 [C] | A:104 [LYS] | B:8 [C] | ❌ 4F3T_A:177 no longer at interface |
| A:178 [GLY] | R:9 [U] | A:105 [LYS] | B:9 [C] | ❌ 4F3T_A:178 no longer at interface |
| A:178 [GLY] | R:8 [C] | A:105 [LYS] | B:8 [C] | ❌ 4F3T_A:178 no longer at interface |
| A:180 [SER] | R:9 [U] | A:108 [ASN] | B:9 [C] | ❌ 4F3T_A:180 no longer at interface |
| A:180 [SER] | R:8 [C] | A:108 [ASN] | B:8 [C] | ❌ 4F3T_A:180 no longer at interface |
| A:203 [HIS] | R:9 [U] | A:131 [LYS] | B:9 [C] | ❌ 4F3T_A:203 no longer at interface |
| A:203 [HIS] | R:8 [C] | A:131 [LYS] | B:8 [C] | ❌ 4F3T_A:203 no longer at interface |
| A:205 [SER] | R:9 [U] | A:133 [LYS] | B:9 [C] | ❌ 4F3T_A:205 no longer at interface |
| A:527 [PRO] | R:1 [U] | A:381 [GLY] | B:1 [U] | ❌ 4F3T_A:527 no longer at interface |
| A:808 [LEU] | R:4 [A] | A:625 [LYS] | B:4 [A] | ❌ 4F3T_A:808 no longer at interface |
| A:852 [THR] | R:3 [A] | A:635 [LEU] | B:3 [U] | ❌ 4F3T_A:852 no longer at interface |
| A:852 [THR] | R:1 [U] | A:635 [LEU] | B:1 [U] | ❌ 4F3T_A:852 no longer at interface |
| A:855 [THR] | R:3 [A] | A:636 [TYR] | B:3 [U] | ❌ 4F3T_A:855 no longer at interface |
| A:855 [THR] | R:1 [U] | A:636 [TYR] | B:1 [U] | ❌ 4F3T_A:855 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ribonuclease H-like & Argonaute, N-terminal domain & SH3 & Middle domain in Argonaute homologs | 0.77 | 3.27 | 0.03 | 0.77 | 0.15 | 0.42 | 0.43 | 0.56 | 0.62 | 0.15 | 0.80 |
Other pairs involving 4F3T_A_R or 5I4A_A_B
Total number of entries: 28