Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 4KRE_A
|
4KRE_R
|
4KRF_A
|
4KRF_R
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| A:810 [ARG] | R:1 [A] | A:810 [ARG] | R:1 [U] | ✔ |
| A:710 [HIS] | R:8 [A] | A:710 [HIS] | R:8 [G] | ✔ |
| A:543 [GLN] | R:1 [A] | A:543 [GLN] | R:1 [U] | ✔ |
| A:543 [GLN] | R:2 [A] | A:543 [GLN] | R:2 [G] | ✔ |
| A:292 [PHE] | R:20 [A] | A:292 [PHE] | R:22 [U] | ✔ |
| A:527 [TYR] | R:1 [A] | A:527 [TYR] | R:1 [U] | ✔ |
| A:220 [THR] | R:8 [A] | A:220 [THR] | R:8 [G] | ✔ |
| A:220 [THR] | R:9 [A] | A:220 [THR] | R:9 [U] | ✔ |
| A:366 [THR] | R:7 [A] | A:366 [THR] | R:7 [A] | ✔ |
| A:362 [MET] | R:7 [A] | A:362 [MET] | R:7 [A] | ✔ |
| A:362 [MET] | R:8 [A] | A:362 [MET] | R:8 [G] | ✔ |
| A:790 [ARG] | R:3 [U] | A:790 [ARG] | R:3 [A] | ✔ |
| A:790 [ARG] | R:4 [A] | A:790 [ARG] | R:4 [G] | ✔ |
| A:309 [TYR] | R:19 [A] | A:309 [TYR] | R:21 [U] | ✔ |
| A:309 [TYR] | R:20 [A] | A:309 [TYR] | R:22 [U] | ✔ |
| A:337 [LEU] | R:20 [A] | A:337 [LEU] | R:22 [U] | ✔ |
| A:788 [TYR] | R:3 [U] | A:788 [TYR] | R:3 [A] | ✔ |
| A:788 [TYR] | R:4 [A] | A:788 [TYR] | R:4 [G] | ✔ |
| A:277 [TYR] | R:19 [A] | A:277 [TYR] | R:21 [U] | ✔ |
| A:277 [TYR] | R:20 [A] | A:277 [TYR] | R:22 [U] | ✔ |
| A:219 [ALA] | R:7 [A] | A:219 [ALA] | R:7 [A] | ✔ |
| A:219 [ALA] | R:8 [A] | A:219 [ALA] | R:8 [G] | ✔ |
| A:542 [THR] | R:1 [A] | A:542 [THR] | R:1 [U] | ✔ |
| A:797 [ILE] | R:5 [U] | A:797 [ILE] | R:5 [G] | ✔ |
| A:791 [CYS] | R:3 [U] | A:791 [CYS] | R:3 [A] | ✔ |
| A:791 [CYS] | R:4 [A] | A:791 [CYS] | R:4 [G] | ✔ |
| A:363 [ILE] | R:6 [U] | A:363 [ILE] | R:6 [U] | ✔ |
| A:363 [ILE] | R:7 [A] | A:363 [ILE] | R:7 [A] | ✔ |
| A:269 [HIS] | R:20 [A] | A:269 [HIS] | R:22 [U] | ✔ |
| A:544 [CYS] | R:1 [A] | A:544 [CYS] | R:1 [U] | ✔ |
| A:544 [CYS] | R:2 [A] | A:544 [CYS] | R:2 [G] | ✔ |
| A:755 [GLN] | R:5 [U] | A:755 [GLN] | R:5 [G] | ✔ |
| A:755 [GLN] | R:6 [U] | A:755 [GLN] | R:6 [U] | ✔ |
| A:560 [ASN] | R:2 [A] | A:560 [ASN] | R:2 [G] | ✔ |
| A:560 [ASN] | R:3 [U] | A:560 [ASN] | R:3 [A] | ✔ |
| A:349 [ARG] | R:9 [A] | A:349 [ARG] | R:9 [U] | ✔ |
| A:813 [TYR] | R:1 [A] | A:813 [TYR] | R:1 [U] | ✔ |
| A:802 [TYR] | R:4 [A] | A:802 [TYR] | R:4 [G] | ✔ |
| A:802 [TYR] | R:5 [U] | A:802 [TYR] | R:5 [G] | ✔ |
| A:306 [VAL] | R:20 [A] | A:306 [VAL] | R:22 [U] | ✔ |
| A:568 [LYS] | R:1 [A] | A:568 [LYS] | R:1 [U] | ✔ |
| A:545 [VAL] | R:1 [A] | A:545 [VAL] | R:1 [U] | ✔ |
| A:545 [VAL] | R:2 [A] | A:545 [VAL] | R:2 [G] | ✔ |
| A:796 [SER] | R:4 [A] | A:796 [SER] | R:4 [G] | ✔ |
| A:796 [SER] | R:5 [U] | A:796 [SER] | R:5 [G] | ✔ |
| A:796 [SER] | R:6 [U] | A:796 [SER] | R:6 [U] | ✔ |
| A:708 [ARG] | R:9 [A] | A:708 [ARG] | R:9 [U] | ✔ |
| A:217 [VAL] | R:8 [A] | A:217 [VAL] | R:8 [G] | ✔ |
| A:751 [HIS] | R:5 [U] | A:751 [HIS] | R:5 [G] | ✔ |
| A:751 [HIS] | R:6 [U] | A:751 [HIS] | R:6 [U] | ✔ |
| A:294 [LEU] | R:20 [A] | A:294 [LEU] | R:22 [U] | ✔ |
| A:793 [ARG] | R:3 [U] | A:793 [ARG] | R:3 [A] | ✔ |
| A:793 [ARG] | R:4 [A] | A:793 [ARG] | R:4 [G] | ✔ |
| A:520 [LEU] | R:1 [A] | A:520 [LEU] | R:1 [U] | ✔ |
| A:522 [GLY] | R:1 [A] | A:522 [GLY] | R:1 [U] | ✔ |
| A:557 [THR] | R:2 [A] | A:557 [THR] | R:2 [G] | ✔ |
| A:373 [ARG] | R:7 [A] | A:373 [ARG] | R:7 [A] | ✔ |
| A:564 [LYS] | R:1 [A] | A:564 [LYS] | R:1 [U] | ✔ |
| A:564 [LYS] | R:2 [A] | A:564 [LYS] | R:2 [G] | ✔ |
| A:564 [LYS] | R:3 [U] | A:564 [LYS] | R:3 [A] | ✔ |
| A:795 [VAL] | R:4 [A] | A:795 [VAL] | R:4 [G] | ✔ |
| A:795 [VAL] | R:5 [U] | A:795 [VAL] | R:5 [G] | ✔ |
| A:707 [LYS] | R:5 [U] | A:707 [LYS] | R:5 [G] | ✔ |
| A:707 [LYS] | R:6 [U] | A:707 [LYS] | R:6 [U] | ✔ |
| A:293 [PRO] | R:20 [A] | A:293 [PRO] | R:22 [U] | ✔ |
| A:758 [SER] | R:5 [U] | A:758 [SER] | R:5 [G] | ✔ |
| A:758 [SER] | R:6 [U] | A:758 [SER] | R:6 [U] | ✔ |
| A:531 [LYS] | R:1 [A] | A:531 [LYS] | R:1 [U] | ✔ |
| A:336 [TYR] | R:20 [A] | A:336 [TYR] | R:22 [U] | ✔ |
| A:524 [THR] | R:1 [A] | A:524 [THR] | R:1 [U] | ✔ |
| A:175 [VAL] | R:9 [A] | A:175 [VAL] | R:9 [U] | ✔ |
| A:561 [LEU] | R:2 [A] | A:561 [LEU] | R:2 [G] | ✔ |
| A:556 [GLN] | R:2 [A] | A:556 [GLN] | R:2 [G] | ✔ |
| A:354 [LEU] | R:7 [A] | A:354 [LEU] | R:7 [A] | ✔ |
| A:754 [ILE] | R:4 [A] | A:754 [ILE] | R:4 [G] | ✔ |
| A:754 [ILE] | R:5 [U] | A:754 [ILE] | R:5 [G] | ✔ |
| A:757 [THR] | R:6 [U] | A:757 [THR] | R:6 [U] | ✔ |
| A:757 [THR] | R:7 [A] | A:757 [THR] | R:7 [A] | ✔ |
| A:313 [LYS] | R:19 [A] | A:313 [LYS] | R:21 [U] | ✔ |
| A:313 [LYS] | R:20 [A] | A:313 [LYS] | R:22 [U] | ✔ |
| A:310 [PHE] | R:20 [A] | A:310 [PHE] | R:22 [U] | ✔ |
| A:756 [GLY] | R:6 [U] | A:756 [GLY] | R:6 [U] | ✔ |
| A:712 [ARG] | R:7 [A] | A:712 [ARG] | R:7 [A] | ✔ |
| A:712 [ARG] | R:8 [A] | A:712 [ARG] | R:8 [G] | ✔ |
| A:546 [GLN] | R:1 [A] | A:546 [GLN] | R:1 [U] | ✔ |
| A:546 [GLN] | R:2 [A] | A:546 [GLN] | R:2 [G] | ✔ |
| A:359 [THR] | R:7 [A] | A:359 [THR] | R:7 [A] | ✔ |
| A:218 [SER] | R:7 [A] | A:218 [SER] | R:7 [A] | ✔ |
| A:218 [SER] | R:8 [A] | A:218 [SER] | R:8 [G] | ✔ |
| A:759 [ARG] | R:6 [U] | A:759 [ARG] | R:6 [U] | ✔ |
| A:759 [ARG] | R:7 [A] | A:759 [ARG] | R:7 [A] | ✔ |
| A:759 [ARG] | R:8 [A] | A:759 [ARG] | R:8 [G] | ✔ |
| A:314 [TYR] | R:19 [A] | A:314 [TYR] | R:21 [U] | ✔ |
| A:314 [TYR] | R:20 [A] | A:314 [TYR] | R:22 [U] | ✔ |
| A:752 [ALA] | R:5 [U] | A:752 [ALA] | R:5 [G] | ✔ |
| A:523 [LYS] | R:1 [A] | A:523 [LYS] | R:1 [U] | ✔ |
| A:275 [ARG] | R:19 [A] | A:275 [ARG] | R:21 [U] | ✔ |
| A:549 [ASN] | R:2 [A] | A:549 [ASN] | R:2 [G] | ✔ |
| A:334 [HIS] | R:20 [A] | A:334 [HIS] | R:22 [U] | ✔ |
| A:753 [GLY] | R:5 [U] | A:753 [GLY] | R:5 [G] | ✔ |
| A:857 [ALA] | R:1 [A] | A:857 [ALA] | R:1 [U] | ✔ |
| A:857 [ALA] | R:3 [U] | A:857 [ALA] | R:3 [A] | ✔ |
| A:335 [THR] | R:19 [A] | A:335 [THR] | R:21 [U] | ✔ |
| A:335 [THR] | R:20 [A] | A:335 [THR] | R:22 [U] | ✔ |
| A:349 [ARG] | R:8 [A] | A:349 [ARG] | R:8 [G] | ❌ 4KRF_A_R |
| A:712 [ARG] | R:6 [U] | A:712 [ARG] | R:6 [U] | ❌ 4KRF_A_R |
| A:759 [ARG] | R:9 [A] | A:759 [ARG] | R:9 [U] | ❌ 4KRF_A_R |
| A:334 [HIS] | R:19 [A] | A:334 [HIS] | R:21 [U] | ❌ 4KRF_A_R |
| A:220 [THR] | R:7 [A] | A:220 [THR] | R:7 [A] | ❌ 4KRE_A_R |
| A:549 [ASN] | R:1 [A] | A:549 [ASN] | R:1 [U] | ❌ 4KRE_A_R |
| A:708 [ARG] | R:8 [A] | A:708 [ARG] | R:8 [G] | ❌ 4KRE_A_R |
| A:755 [GLN] | R:7 [A] | A:755 [GLN] | R:7 [A] | ❌ 4KRE_A_R |
| A:756 [GLY] | R:7 [A] | A:756 [GLY] | R:7 [A] | ❌ 4KRE_A_R |
| A:367 [ALA] | R:6 [U] | A:367 [ALA] | R:6 [U] | ❌ 4KRF_A:367 no longer at interface |
| A:221 [ALA] | R:8 [A] | A:221 [ALA] | R:8 [G] | ❌ 4KRE_A:221 no longer at interface |
| A:368 [ARG] | R:7 [A] | A:368 [ARG] | R:7 [A] | ❌ 4KRE_A:368 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ribonuclease H-like & Argonaute, N-terminal domain & SH3 & Middle domain in Argonaute homologs | 1.0 | 0.36 | 0.18 | 1.0 | 0.62 | 0.99 | 1.0 | 0.99 | 0.96 | 0.67 | 0.25 |
Other pairs involving 4KRE_A_R or 4KRF_A_R
Total number of entries: 35