Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 4KRE_A
|
4KRE_R
|
4OLA_A
|
4OLA_B
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| A:810 [ARG] | R:1 [A] | A:812 [ARG] | B:1 [A] | ✔ |
| A:710 [HIS] | R:8 [A] | A:712 [HIS] | B:8 [A] | ✔ |
| A:543 [GLN] | R:1 [A] | A:545 [GLN] | B:1 [A] | ✔ |
| A:543 [GLN] | R:2 [A] | A:545 [GLN] | B:2 [A] | ✔ |
| A:292 [PHE] | R:20 [A] | A:294 [PHE] | B:21 [U] | ✔ |
| A:527 [TYR] | R:1 [A] | A:529 [TYR] | B:1 [A] | ✔ |
| A:220 [THR] | R:8 [A] | A:222 [THR] | B:8 [A] | ✔ |
| A:366 [THR] | R:7 [A] | A:368 [THR] | B:7 [A] | ✔ |
| A:362 [MET] | R:7 [A] | A:364 [MET] | B:7 [A] | ✔ |
| A:362 [MET] | R:8 [A] | A:364 [MET] | B:8 [A] | ✔ |
| A:790 [ARG] | R:3 [U] | A:792 [ARG] | B:3 [A] | ✔ |
| A:790 [ARG] | R:4 [A] | A:792 [ARG] | B:4 [A] | ✔ |
| A:309 [TYR] | R:20 [A] | A:311 [TYR] | B:21 [U] | ✔ |
| A:337 [LEU] | R:20 [A] | A:339 [LEU] | B:21 [U] | ✔ |
| A:788 [TYR] | R:3 [U] | A:790 [TYR] | B:3 [A] | ✔ |
| A:788 [TYR] | R:4 [A] | A:790 [TYR] | B:4 [A] | ✔ |
| A:277 [TYR] | R:20 [A] | A:279 [TYR] | B:21 [U] | ✔ |
| A:219 [ALA] | R:7 [A] | A:221 [ALA] | B:7 [A] | ✔ |
| A:219 [ALA] | R:8 [A] | A:221 [ALA] | B:8 [A] | ✔ |
| A:542 [THR] | R:1 [A] | A:544 [THR] | B:1 [A] | ✔ |
| A:797 [ILE] | R:5 [U] | A:799 [ILE] | B:5 [A] | ✔ |
| A:791 [CYS] | R:3 [U] | A:793 [CYS] | B:3 [A] | ✔ |
| A:791 [CYS] | R:4 [A] | A:793 [CYS] | B:4 [A] | ✔ |
| A:363 [ILE] | R:6 [U] | A:365 [ILE] | B:6 [A] | ✔ |
| A:363 [ILE] | R:7 [A] | A:365 [ILE] | B:7 [A] | ✔ |
| A:367 [ALA] | R:6 [U] | A:369 [ALA] | B:6 [A] | ✔ |
| A:544 [CYS] | R:1 [A] | A:546 [CYS] | B:1 [A] | ✔ |
| A:544 [CYS] | R:2 [A] | A:546 [CYS] | B:2 [A] | ✔ |
| A:755 [GLN] | R:5 [U] | A:757 [GLN] | B:5 [A] | ✔ |
| A:755 [GLN] | R:6 [U] | A:757 [GLN] | B:6 [A] | ✔ |
| A:560 [ASN] | R:2 [A] | A:562 [ASN] | B:2 [A] | ✔ |
| A:560 [ASN] | R:3 [U] | A:562 [ASN] | B:3 [A] | ✔ |
| A:349 [ARG] | R:8 [A] | A:351 [ARG] | B:8 [A] | ✔ |
| A:813 [TYR] | R:1 [A] | A:815 [TYR] | B:1 [A] | ✔ |
| A:802 [TYR] | R:4 [A] | A:804 [TYR] | B:4 [A] | ✔ |
| A:802 [TYR] | R:5 [U] | A:804 [TYR] | B:5 [A] | ✔ |
| A:306 [VAL] | R:20 [A] | A:308 [VAL] | B:21 [U] | ✔ |
| A:568 [LYS] | R:1 [A] | A:570 [LYS] | B:1 [A] | ✔ |
| A:545 [VAL] | R:1 [A] | A:547 [VAL] | B:1 [A] | ✔ |
| A:545 [VAL] | R:2 [A] | A:547 [VAL] | B:2 [A] | ✔ |
| A:796 [SER] | R:4 [A] | A:798 [SER] | B:4 [A] | ✔ |
| A:796 [SER] | R:5 [U] | A:798 [SER] | B:5 [A] | ✔ |
| A:796 [SER] | R:6 [U] | A:798 [SER] | B:6 [A] | ✔ |
| A:217 [VAL] | R:8 [A] | A:219 [VAL] | B:8 [A] | ✔ |
| A:751 [HIS] | R:5 [U] | A:753 [HIS] | B:5 [A] | ✔ |
| A:751 [HIS] | R:6 [U] | A:753 [HIS] | B:6 [A] | ✔ |
| A:294 [LEU] | R:20 [A] | A:296 [LEU] | B:21 [U] | ✔ |
| A:793 [ARG] | R:4 [A] | A:795 [ARG] | B:4 [A] | ✔ |
| A:520 [LEU] | R:1 [A] | A:522 [LEU] | B:1 [A] | ✔ |
| A:522 [GLY] | R:1 [A] | A:524 [GLY] | B:1 [A] | ✔ |
| A:557 [THR] | R:2 [A] | A:559 [THR] | B:2 [A] | ✔ |
| A:373 [ARG] | R:7 [A] | A:375 [ARG] | B:7 [A] | ✔ |
| A:564 [LYS] | R:1 [A] | A:566 [LYS] | B:1 [A] | ✔ |
| A:564 [LYS] | R:2 [A] | A:566 [LYS] | B:2 [A] | ✔ |
| A:564 [LYS] | R:3 [U] | A:566 [LYS] | B:3 [A] | ✔ |
| A:795 [VAL] | R:4 [A] | A:797 [VAL] | B:4 [A] | ✔ |
| A:795 [VAL] | R:5 [U] | A:797 [VAL] | B:5 [A] | ✔ |
| A:707 [LYS] | R:6 [U] | A:709 [LYS] | B:6 [A] | ✔ |
| A:293 [PRO] | R:20 [A] | A:295 [PRO] | B:21 [U] | ✔ |
| A:758 [SER] | R:5 [U] | A:760 [SER] | B:5 [A] | ✔ |
| A:758 [SER] | R:6 [U] | A:760 [SER] | B:6 [A] | ✔ |
| A:531 [LYS] | R:1 [A] | A:533 [LYS] | B:1 [A] | ✔ |
| A:336 [TYR] | R:20 [A] | A:338 [TYR] | B:21 [U] | ✔ |
| A:524 [THR] | R:1 [A] | A:526 [THR] | B:1 [A] | ✔ |
| A:561 [LEU] | R:2 [A] | A:563 [LEU] | B:2 [A] | ✔ |
| A:556 [GLN] | R:2 [A] | A:558 [GLN] | B:2 [A] | ✔ |
| A:354 [LEU] | R:7 [A] | A:356 [LEU] | B:7 [A] | ✔ |
| A:754 [ILE] | R:4 [A] | A:756 [ILE] | B:4 [A] | ✔ |
| A:754 [ILE] | R:5 [U] | A:756 [ILE] | B:5 [A] | ✔ |
| A:757 [THR] | R:6 [U] | A:759 [THR] | B:6 [A] | ✔ |
| A:757 [THR] | R:7 [A] | A:759 [THR] | B:7 [A] | ✔ |
| A:313 [LYS] | R:20 [A] | A:315 [ARG] | B:21 [U] | ✔ |
| A:310 [PHE] | R:20 [A] | A:312 [PHE] | B:21 [U] | ✔ |
| A:756 [GLY] | R:6 [U] | A:758 [GLY] | B:6 [A] | ✔ |
| A:712 [ARG] | R:6 [U] | A:714 [ARG] | B:6 [A] | ✔ |
| A:712 [ARG] | R:7 [A] | A:714 [ARG] | B:7 [A] | ✔ |
| A:712 [ARG] | R:8 [A] | A:714 [ARG] | B:8 [A] | ✔ |
| A:546 [GLN] | R:1 [A] | A:548 [GLN] | B:1 [A] | ✔ |
| A:546 [GLN] | R:2 [A] | A:548 [GLN] | B:2 [A] | ✔ |
| A:359 [THR] | R:7 [A] | A:361 [THR] | B:7 [A] | ✔ |
| A:218 [SER] | R:7 [A] | A:220 [SER] | B:7 [A] | ✔ |
| A:218 [SER] | R:8 [A] | A:220 [SER] | B:8 [A] | ✔ |
| A:759 [ARG] | R:6 [U] | A:761 [ARG] | B:6 [A] | ✔ |
| A:759 [ARG] | R:7 [A] | A:761 [ARG] | B:7 [A] | ✔ |
| A:759 [ARG] | R:8 [A] | A:761 [ARG] | B:8 [A] | ✔ |
| A:314 [TYR] | R:20 [A] | A:316 [HIS] | B:21 [U] | ✔ |
| A:752 [ALA] | R:5 [U] | A:754 [ALA] | B:5 [A] | ✔ |
| A:523 [LYS] | R:1 [A] | A:525 [LYS] | B:1 [A] | ✔ |
| A:549 [ASN] | R:2 [A] | A:551 [ASN] | B:2 [A] | ✔ |
| A:334 [HIS] | R:20 [A] | A:336 [HIS] | B:21 [U] | ✔ |
| A:753 [GLY] | R:5 [U] | A:755 [GLY] | B:5 [A] | ✔ |
| A:857 [ALA] | R:1 [A] | A:859 [ALA] | B:1 [A] | ✔ |
| A:857 [ALA] | R:3 [U] | A:859 [ALA] | B:3 [A] | ✔ |
| A:335 [THR] | R:20 [A] | A:337 [THR] | B:21 [U] | ✔ |
| A:793 [ARG] | R:3 [U] | A:795 [ARG] | B:3 [A] | ❌ 4OLA_A_B |
| A:707 [LYS] | R:5 [U] | A:709 [LYS] | B:5 [A] | ❌ 4OLA_A_B |
| A:549 [ASN] | R:1 [A] | A:551 [ASN] | B:1 [A] | ❌ 4KRE_A_R |
| A:708 [ARG] | R:8 [A] | A:710 [ARG] | B:8 [A] | ❌ 4KRE_A_R |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ribonuclease H-like & Argonaute, N-terminal domain & SH3 & Middle domain in Argonaute homologs | 0.97 | 1.39 | 0.50 | 0.97 | 0.58 | 1.0 | 0.9 | 1.00 | 0.96 | 0.74 | 0.00 |
Other pairs involving 4KRE_A_R or 4OLA_A_B
Total number of entries: 35