Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 4KRE_A
|
4KRE_R
|
5AWH_A
|
5AWH_C
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| A:543 [GLN] | R:1 [A] | A:478 [GLN] | C:1 [U] | ✔ |
| A:543 [GLN] | R:2 [A] | A:478 [GLN] | C:2 [U] | ✔ |
| A:527 [TYR] | R:1 [A] | A:463 [TYR] | C:1 [U] | ✔ |
| A:366 [THR] | R:7 [A] | A:271 [GLU] | C:7 [C] | ✔ |
| A:790 [ARG] | R:3 [U] | A:731 [ARG] | C:3 [A] | ✔ |
| A:790 [ARG] | R:4 [A] | A:731 [ARG] | C:4 [C] | ✔ |
| A:542 [THR] | R:1 [A] | A:477 [THR] | C:1 [U] | ✔ |
| A:791 [CYS] | R:3 [U] | A:732 [SER] | C:3 [A] | ✔ |
| A:791 [CYS] | R:4 [A] | A:732 [SER] | C:4 [C] | ✔ |
| A:544 [CYS] | R:1 [A] | A:479 [GLN] | C:1 [U] | ✔ |
| A:544 [CYS] | R:2 [A] | A:479 [GLN] | C:2 [U] | ✔ |
| A:755 [GLN] | R:5 [U] | A:696 [THR] | C:5 [A] | ✔ |
| A:755 [GLN] | R:6 [U] | A:696 [THR] | C:6 [A] | ✔ |
| A:560 [ASN] | R:2 [A] | A:498 [ASN] | C:2 [U] | ✔ |
| A:560 [ASN] | R:3 [U] | A:498 [ASN] | C:3 [A] | ✔ |
| A:813 [TYR] | R:1 [A] | A:754 [ARG] | C:1 [U] | ✔ |
| A:802 [TYR] | R:4 [A] | A:743 [PHE] | C:4 [C] | ✔ |
| A:568 [LYS] | R:1 [A] | A:506 [LYS] | C:1 [U] | ✔ |
| A:545 [VAL] | R:1 [A] | A:480 [VAL] | C:1 [U] | ✔ |
| A:545 [VAL] | R:2 [A] | A:480 [VAL] | C:2 [U] | ✔ |
| A:796 [SER] | R:4 [A] | A:737 [ALA] | C:4 [C] | ✔ |
| A:796 [SER] | R:5 [U] | A:737 [ALA] | C:5 [A] | ✔ |
| A:751 [HIS] | R:5 [U] | A:686 [ASN] | C:5 [A] | ✔ |
| A:751 [HIS] | R:6 [U] | A:686 [ASN] | C:6 [A] | ✔ |
| A:793 [ARG] | R:4 [A] | A:734 [LEU] | C:4 [C] | ✔ |
| A:520 [LEU] | R:1 [A] | A:449 [LEU] | C:1 [U] | ✔ |
| A:557 [THR] | R:2 [A] | A:495 [THR] | C:2 [U] | ✔ |
| A:795 [VAL] | R:4 [A] | A:736 [ALA] | C:4 [C] | ✔ |
| A:795 [VAL] | R:5 [U] | A:736 [ALA] | C:5 [A] | ✔ |
| A:758 [SER] | R:6 [U] | A:699 [PRO] | C:6 [A] | ✔ |
| A:531 [LYS] | R:1 [A] | A:467 [LYS] | C:1 [U] | ✔ |
| A:561 [LEU] | R:2 [A] | A:499 [PHE] | C:2 [U] | ✔ |
| A:556 [GLN] | R:2 [A] | A:494 [TYR] | C:2 [U] | ✔ |
| A:756 [GLY] | R:6 [U] | A:697 [PRO] | C:6 [A] | ✔ |
| A:546 [GLN] | R:1 [A] | A:481 [ARG] | C:1 [U] | ✔ |
| A:546 [GLN] | R:2 [A] | A:481 [ARG] | C:2 [U] | ✔ |
| A:523 [LYS] | R:1 [A] | A:454 [ALA] | C:1 [U] | ✔ |
| A:549 [ASN] | R:2 [A] | A:484 [THR] | C:2 [U] | ✔ |
| A:857 [ALA] | R:1 [A] | A:777 [LEU] | C:1 [U] | ✔ |
| A:857 [ALA] | R:3 [U] | A:777 [LEU] | C:3 [A] | ✔ |
| A:219 [ALA] | R:7 [A] | A:175 [GLY] | C:7 [C] | ❌ 5AWH_A_C |
| A:802 [TYR] | R:5 [U] | A:743 [PHE] | C:5 [A] | ❌ 5AWH_A_C |
| A:796 [SER] | R:6 [U] | A:737 [ALA] | C:6 [A] | ❌ 5AWH_A_C |
| A:793 [ARG] | R:3 [U] | A:734 [LEU] | C:3 [A] | ❌ 5AWH_A_C |
| A:758 [SER] | R:5 [U] | A:699 [PRO] | C:5 [A] | ❌ 5AWH_A_C |
| A:220 [THR] | R:7 [A] | A:176 [MET] | C:7 [C] | ❌ 4KRE_A_R |
| A:543 [GLN] | R:3 [U] | A:478 [GLN] | C:3 [A] | ❌ 4KRE_A_R |
| A:549 [ASN] | R:1 [A] | A:484 [THR] | C:1 [U] | ❌ 4KRE_A_R |
| A:756 [GLY] | R:7 [A] | A:697 [PRO] | C:7 [C] | ❌ 4KRE_A_R |
| A:790 [ARG] | R:2 [A] | A:731 [ARG] | C:2 [U] | ❌ 4KRE_A_R |
| A:810 [ARG] | R:1 [A] | A:751 [LEU] | C:1 [U] | ❌ 5AWH_A:751 no longer at interface |
| A:362 [MET] | R:7 [A] | A:265 [ASN] | C:7 [C] | ❌ 5AWH_A:265 no longer at interface |
| A:788 [TYR] | R:3 [U] | A:729 [SER] | C:3 [A] | ❌ 5AWH_A:729 no longer at interface |
| A:788 [TYR] | R:4 [A] | A:729 [SER] | C:4 [C] | ❌ 5AWH_A:729 no longer at interface |
| A:797 [ILE] | R:5 [U] | A:738 [THR] | C:5 [A] | ❌ 5AWH_A:738 no longer at interface |
| A:363 [ILE] | R:6 [U] | A:267 [LEU] | C:6 [A] | ❌ 5AWH_A:267 no longer at interface |
| A:363 [ILE] | R:7 [A] | A:267 [LEU] | C:7 [C] | ❌ 5AWH_A:267 no longer at interface |
| A:367 [ALA] | R:6 [U] | A:272 [ALA] | C:6 [A] | ❌ 5AWH_A:272 no longer at interface |
| A:522 [GLY] | R:1 [A] | A:451 [GLU] | C:1 [U] | ❌ 5AWH_A:451 no longer at interface |
| A:373 [ARG] | R:7 [A] | A:280 [PHE] | C:7 [C] | ❌ 5AWH_A:280 no longer at interface |
| A:564 [LYS] | R:1 [A] | A:502 [ALA] | C:1 [U] | ❌ 5AWH_A:502 no longer at interface |
| A:564 [LYS] | R:2 [A] | A:502 [ALA] | C:2 [U] | ❌ 5AWH_A:502 no longer at interface |
| A:564 [LYS] | R:3 [U] | A:502 [ALA] | C:3 [A] | ❌ 5AWH_A:502 no longer at interface |
| A:707 [LYS] | R:5 [U] | A:639 [HIS] | C:5 [A] | ❌ 5AWH_A:639 no longer at interface |
| A:707 [LYS] | R:6 [U] | A:639 [HIS] | C:6 [A] | ❌ 5AWH_A:639 no longer at interface |
| A:524 [THR] | R:1 [A] | A:455 [ARG] | C:1 [U] | ❌ 5AWH_A:455 no longer at interface |
| A:354 [LEU] | R:7 [A] | A:246 [GLU] | C:7 [C] | ❌ 5AWH_A:246 no longer at interface |
| A:754 [ILE] | R:4 [A] | A:691 [ILE] | C:4 [C] | ❌ 5AWH_A:691 no longer at interface |
| A:754 [ILE] | R:5 [U] | A:691 [ILE] | C:5 [A] | ❌ 5AWH_A:691 no longer at interface |
| A:757 [THR] | R:6 [U] | A:698 [LEU] | C:6 [A] | ❌ 5AWH_A:698 no longer at interface |
| A:757 [THR] | R:7 [A] | A:698 [LEU] | C:7 [C] | ❌ 5AWH_A:698 no longer at interface |
| A:712 [ARG] | R:6 [U] | A:644 [VAL] | C:6 [A] | ❌ 5AWH_A:644 no longer at interface |
| A:712 [ARG] | R:7 [A] | A:644 [VAL] | C:7 [C] | ❌ 5AWH_A:644 no longer at interface |
| A:218 [SER] | R:7 [A] | A:174 [ILE] | C:7 [C] | ❌ 5AWH_A:174 no longer at interface |
| A:759 [ARG] | R:6 [U] | A:700 [THR] | C:6 [A] | ❌ 5AWH_A:700 no longer at interface |
| A:759 [ARG] | R:7 [A] | A:700 [THR] | C:7 [C] | ❌ 5AWH_A:700 no longer at interface |
| A:752 [ALA] | R:5 [U] | A:687 [SER] | C:5 [A] | ❌ 5AWH_A:687 no longer at interface |
| A:753 [GLY] | R:5 [U] | A:690 [LEU] | C:5 [A] | ❌ 5AWH_A:690 no longer at interface |
| A:222 [PHE] | R:7 [A] | A:178 [TYR] | C:7 [C] | ❌ 4KRE_A:222 no longer at interface |
| A:353 [LYS] | R:7 [A] | A:245 [LYS] | C:7 [C] | ❌ 4KRE_A:353 no longer at interface |
| A:368 [ARG] | R:7 [A] | A:275 [ARG] | C:7 [C] | ❌ 4KRE_A:368 no longer at interface |
| A:525 [PRO] | R:1 [A] | A:461 [ASN] | C:1 [U] | ❌ 4KRE_A:525 no longer at interface |
| A:794 [SER] | R:5 [U] | A:735 [PRO] | C:5 [A] | ❌ 4KRE_A:794 no longer at interface |
| A:794 [SER] | R:4 [A] | A:735 [PRO] | C:4 [C] | ❌ 4KRE_A:794 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ribonuclease H-like & Argonaute, N-terminal domain & SH3 & Middle domain in Argonaute homologs | 0.71 | 3.88 | 0.00 | 0.71 | 0.24 | 0.51 | 0.64 | 0.64 | 0.62 | 0.30 | 0.77 |
Other pairs involving 4KRE_A_R or 5AWH_A_C
Total number of entries: 30