Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
4KXT_A
|
4KXT_B
|
6OZP_A
|
6OZP_C,D
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
A:802 [TYR] | B:4 [A] | A:237 [ARG] | D:40 [A] | ✔ |
A:796 [SER] | B:4 [A] | A:231 [ARG] | D:40 [A] | ✔ |
A:796 [SER] | B:5 [A] | A:231 [ARG] | D:41 [U] | ✔ |
A:796 [SER] | B:6 [A] | A:231 [ARG] | D:42 [G] | ✔ |
A:751 [HIS] | B:5 [A] | A:200 [HIS] | D:41 [U] | ✔ |
A:795 [VAL] | B:4 [A] | A:230 [PHE] | D:40 [A] | ✔ |
A:795 [VAL] | B:5 [A] | A:230 [PHE] | D:41 [U] | ✔ |
A:758 [SER] | B:5 [A] | A:204 [THR] | D:41 [U] | ✔ |
A:758 [SER] | B:6 [A] | A:204 [THR] | D:42 [G] | ✔ |
A:754 [ILE] | B:5 [A] | A:203 [SER] | D:41 [U] | ✔ |
A:759 [ARG] | B:6 [A] | A:205 [LYS] | D:42 [G] | ✔ |
A:759 [ARG] | B:7 [A] | A:205 [LYS] | D:43 [C] | ✔ |
A:753 [GLY] | B:5 [A] | A:202 [HIS] | D:41 [U] | ✔ |
A:802 [TYR] | B:5 [A] | A:237 [ARG] | D:41 [U] | ❌ 6OZP_A_C,D |
A:751 [HIS] | B:6 [A] | A:200 [HIS] | D:42 [G] | ❌ 6OZP_A_C,D |
A:707 [LYS] | B:5 [A] | A:155 [LYS] | D:41 [U] | ❌ 6OZP_A_C,D |
A:707 [LYS] | B:6 [A] | A:155 [LYS] | D:42 [G] | ❌ 6OZP_A_C,D |
A:754 [ILE] | B:4 [A] | A:203 [SER] | D:40 [A] | ❌ 6OZP_A_C,D |
A:751 [HIS] | B:4 [A] | A:200 [HIS] | D:40 [A] | ❌ 4KXT_A_B |
A:754 [ILE] | B:6 [A] | A:203 [SER] | D:42 [G] | ❌ 4KXT_A_B |
A:802 [TYR] | B:3 [A] | A:237 [ARG] | D:39 [C] | ❌ 4KXT_A_B |
A:813 [TYR] | B:3 [A] | A:248 [ARG] | D:39 [C] | ❌ 4KXT_A_B |
A:710 [HIS] | B:8 [A] | A:165 [ASN] | D:44 [A] | ❌ 6OZP_A:165, 6OZP_D:21 no longer at interface |
A:712 [ARG] | B:8 [A] | A:170 [LYS] | D:44 [A] | ❌ 6OZP_A:170, 6OZP_D:21 no longer at interface |
A:759 [ARG] | B:8 [A] | A:205 [LYS] | D:44 [A] | ❌ 6OZP_D:21 no longer at interface |
A:797 [ILE] | B:5 [A] | A:232 [ILE] | D:41 [U] | ❌ 6OZP_A:232 no longer at interface |
A:712 [ARG] | B:6 [A] | A:170 [LYS] | D:42 [G] | ❌ 6OZP_A:170 no longer at interface |
A:712 [ARG] | B:7 [A] | A:170 [LYS] | D:43 [C] | ❌ 6OZP_A:170 no longer at interface |
A:752 [ALA] | B:5 [A] | A:201 [ASP] | D:41 [U] | ❌ 6OZP_A:201 no longer at interface |
A:806 [LEU] | B:3 [A] | A:241 [ILE] | D:39 [C] | ❌ 4KXT_A:806 no longer at interface |
A:806 [LEU] | B:4 [A] | A:241 [ILE] | D:40 [A] | ❌ 4KXT_A:806 no longer at interface |
A:809 [PHE] | B:3 [A] | A:244 [ARG] | D:39 [C] | ❌ 4KXT_A:809 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Ribonuclease H-like | 0.6 | 2.58 | 0.08 | 0.63 | 0.22 | 0.5 | 0.42 | 0.57 | 0.71 | 0.20 | 0.53 |
Other pairs involving 4KXT_A_B or 6OZP_A_C,D
Total number of entries: 31