Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
4W5O_A
|
4W5O_B,D
|
4W5T_A
|
4W5T_B,D
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
A:757 [GLN] | B:5 [C] | A:757 [GLN] | B:5 [C] | ✔ |
A:757 [GLN] | B:6 [A] | A:757 [GLN] | B:6 [A] | ✔ |
A:757 [GLN] | D:26 [G] | A:757 [GLN] | D:26 [G] | ✔ |
A:757 [GLN] | D:27 [U] | A:757 [GLN] | D:27 [U] | ✔ |
A:709 [LYS] | B:5 [C] | A:709 [LYS] | B:5 [C] | ✔ |
A:709 [LYS] | B:6 [A] | A:709 [LYS] | B:6 [A] | ✔ |
A:279 [TYR] | B:20 [U] | A:279 [TYR] | B:20 [U] | ✔ |
A:279 [TYR] | B:21 [U] | A:279 [TYR] | B:21 [U] | ✔ |
A:635 [ARG] | B:10 [C] | A:635 [ARG] | B:10 [C] | ✔ |
A:635 [ARG] | B:11 [C] | A:635 [ARG] | B:11 [C] | ✔ |
A:812 [ARG] | B:1 [U] | A:812 [ARG] | B:1 [U] | ✔ |
A:790 [TYR] | B:3 [C] | A:790 [TYR] | B:3 [C] | ✔ |
A:790 [TYR] | B:4 [A] | A:790 [TYR] | B:4 [A] | ✔ |
A:566 [LYS] | B:1 [U] | A:566 [LYS] | B:1 [U] | ✔ |
A:566 [LYS] | B:2 [U] | A:566 [LYS] | B:2 [U] | ✔ |
A:566 [LYS] | B:3 [C] | A:566 [LYS] | B:3 [C] | ✔ |
A:179 [ARG] | B:13 [A] | A:179 [ARG] | B:13 [A] | ✔ |
A:797 [VAL] | B:4 [A] | A:797 [VAL] | B:4 [A] | ✔ |
A:797 [VAL] | B:5 [C] | A:797 [VAL] | B:5 [C] | ✔ |
A:435 [TRP] | D:30 [A] | A:435 [TRP] | D:30 [A] | ✔ |
A:755 [GLY] | B:5 [C] | A:755 [GLY] | B:5 [C] | ✔ |
A:754 [ALA] | B:5 [C] | A:754 [ALA] | B:5 [C] | ✔ |
A:438 [ARG] | D:30 [A] | A:438 [ARG] | D:30 [A] | ✔ |
A:557 [PRO] | D:30 [A] | A:557 [PRO] | D:30 [A] | ✔ |
A:221 [ALA] | B:8 [U] | A:221 [ALA] | B:8 [U] | ✔ |
A:339 [LEU] | B:21 [U] | A:339 [LEU] | B:21 [U] | ✔ |
A:670 [GLY] | B:11 [C] | A:670 [GLY] | B:11 [C] | ✔ |
A:672 [SER] | B:11 [C] | A:672 [SER] | B:11 [C] | ✔ |
A:672 [SER] | B:12 [C] | A:672 [SER] | B:12 [C] | ✔ |
A:674 [GLY] | B:12 [C] | A:674 [GLY] | B:12 [C] | ✔ |
A:351 [ARG] | B:9 [G] | A:351 [ARG] | B:9 [G] | ✔ |
A:710 [ARG] | B:8 [U] | A:710 [ARG] | B:8 [U] | ✔ |
A:710 [ARG] | B:9 [G] | A:710 [ARG] | B:9 [G] | ✔ |
A:710 [ARG] | B:10 [C] | A:710 [ARG] | B:10 [C] | ✔ |
A:562 [ASN] | B:2 [U] | A:562 [ASN] | B:2 [U] | ✔ |
A:562 [ASN] | B:3 [C] | A:562 [ASN] | B:3 [C] | ✔ |
A:562 [ASN] | D:29 [A] | A:562 [ASN] | D:29 [A] | ✔ |
A:637 [GLU] | B:11 [C] | A:637 [GLU] | B:11 [C] | ✔ |
A:545 [GLN] | B:1 [U] | A:545 [GLN] | B:1 [U] | ✔ |
A:545 [GLN] | B:2 [U] | A:545 [GLN] | B:2 [U] | ✔ |
A:311 [TYR] | B:20 [U] | A:311 [TYR] | B:20 [U] | ✔ |
A:311 [TYR] | B:21 [U] | A:311 [TYR] | B:21 [U] | ✔ |
A:793 [CYS] | B:3 [C] | A:793 [CYS] | B:3 [C] | ✔ |
A:793 [CYS] | B:4 [A] | A:793 [CYS] | B:4 [A] | ✔ |
A:726 [LYS] | D:28 [G] | A:726 [LYS] | D:28 [G] | ✔ |
A:294 [PHE] | B:21 [U] | A:294 [PHE] | B:21 [U] | ✔ |
A:526 [THR] | B:1 [U] | A:526 [THR] | B:1 [U] | ✔ |
A:357 [THR] | D:24 [A] | A:357 [THR] | D:24 [A] | ✔ |
A:601 [PRO] | B:10 [C] | A:601 [PRO] | B:10 [C] | ✔ |
A:375 [ARG] | B:7 [U] | A:375 [ARG] | B:7 [U] | ✔ |
A:753 [HIS] | B:5 [C] | A:753 [HIS] | B:5 [C] | ✔ |
A:753 [HIS] | B:6 [A] | A:753 [HIS] | B:6 [A] | ✔ |
A:522 [LEU] | B:1 [U] | A:522 [LEU] | B:1 [U] | ✔ |
A:563 [LEU] | B:2 [U] | A:563 [LEU] | B:2 [U] | ✔ |
A:798 [SER] | B:4 [A] | A:798 [SER] | B:4 [A] | ✔ |
A:798 [SER] | B:5 [C] | A:798 [SER] | B:5 [C] | ✔ |
A:798 [SER] | B:6 [A] | A:798 [SER] | B:6 [A] | ✔ |
A:178 [GLY] | B:13 [A] | A:178 [GLY] | B:13 [A] | ✔ |
A:178 [GLY] | B:14 [A] | A:178 [GLY] | B:14 [A] | ✔ |
A:336 [HIS] | B:21 [U] | A:336 [HIS] | B:21 [U] | ✔ |
A:558 [GLN] | B:2 [U] | A:558 [GLN] | B:2 [U] | ✔ |
A:558 [GLN] | D:29 [A] | A:558 [GLN] | D:29 [A] | ✔ |
A:558 [GLN] | D:30 [A] | A:558 [GLN] | D:30 [A] | ✔ |
A:561 [SER] | D:30 [A] | A:561 [SER] | D:30 [A] | ✔ |
A:295 [PRO] | B:21 [U] | A:295 [PRO] | B:21 [U] | ✔ |
A:600 [HIS] | B:10 [C] | A:600 [HIS] | B:10 [C] | ✔ |
A:600 [HIS] | B:11 [C] | A:600 [HIS] | B:11 [C] | ✔ |
A:436 [ASP] | D:30 [A] | A:436 [ASP] | D:30 [A] | ✔ |
A:68 [ARG] | B:13 [A] | A:68 [ARG] | B:13 [A] | ✔ |
A:68 [ARG] | B:14 [A] | A:68 [ARG] | B:14 [A] | ✔ |
A:714 [ARG] | B:7 [U] | A:714 [ARG] | B:7 [U] | ✔ |
A:559 [THR] | B:2 [U] | A:559 [THR] | B:2 [U] | ✔ |
A:559 [THR] | D:29 [A] | A:559 [THR] | D:29 [A] | ✔ |
A:804 [TYR] | B:4 [A] | A:804 [TYR] | B:4 [A] | ✔ |
A:804 [TYR] | B:5 [C] | A:804 [TYR] | B:5 [C] | ✔ |
A:815 [TYR] | B:1 [U] | A:815 [TYR] | B:1 [U] | ✔ |
A:815 [TYR] | D:23 [A] | A:815 [TYR] | D:23 [C] | ✔ |
A:756 [ILE] | B:4 [A] | A:756 [ILE] | B:4 [A] | ✔ |
A:756 [ILE] | B:5 [C] | A:756 [ILE] | B:5 [C] | ✔ |
A:756 [ILE] | D:27 [U] | A:756 [ILE] | D:27 [U] | ✔ |
A:756 [ILE] | D:28 [G] | A:756 [ILE] | D:28 [G] | ✔ |
A:547 [VAL] | B:1 [U] | A:547 [VAL] | B:1 [U] | ✔ |
A:547 [VAL] | B:2 [U] | A:547 [VAL] | B:2 [U] | ✔ |
A:434 [VAL] | D:30 [A] | A:434 [VAL] | D:30 [A] | ✔ |
A:176 [PRO] | B:14 [A] | A:176 [PRO] | B:14 [A] | ✔ |
A:859 [ALA] | B:1 [U] | A:859 [ALA] | B:1 [U] | ✔ |
A:859 [ALA] | B:3 [C] | A:859 [ALA] | B:3 [C] | ✔ |
A:799 [ILE] | B:5 [C] | A:799 [ILE] | B:5 [C] | ✔ |
A:529 [TYR] | B:1 [U] | A:529 [TYR] | B:1 [U] | ✔ |
A:477 [ILE] | D:30 [A] | A:477 [ILE] | D:30 [A] | ✔ |
A:570 [LYS] | B:1 [U] | A:570 [LYS] | B:1 [U] | ✔ |
A:603 [ALA] | B:9 [G] | A:603 [ALA] | B:9 [G] | ✔ |
A:603 [ALA] | B:10 [C] | A:603 [ALA] | B:10 [C] | ✔ |
A:337 [THR] | B:20 [U] | A:337 [THR] | B:20 [U] | ✔ |
A:337 [THR] | B:21 [U] | A:337 [THR] | B:21 [U] | ✔ |
A:368 [THR] | B:7 [U] | A:368 [THR] | B:7 [U] | ✔ |
A:308 [VAL] | B:21 [U] | A:308 [VAL] | B:21 [U] | ✔ |
A:760 [SER] | B:6 [A] | A:760 [SER] | B:6 [A] | ✔ |
A:792 [ARG] | B:3 [C] | A:792 [ARG] | B:3 [C] | ✔ |
A:792 [ARG] | B:4 [A] | A:792 [ARG] | B:4 [A] | ✔ |
A:761 [ARG] | B:6 [A] | A:761 [ARG] | B:6 [A] | ✔ |
A:761 [ARG] | B:7 [U] | A:761 [ARG] | B:7 [U] | ✔ |
A:761 [ARG] | B:8 [U] | A:761 [ARG] | B:8 [U] | ✔ |
A:671 [VAL] | B:11 [C] | A:671 [VAL] | B:11 [C] | ✔ |
A:365 [ILE] | B:7 [U] | A:365 [ILE] | B:7 [U] | ✔ |
A:365 [ILE] | D:25 [U] | A:365 [ILE] | D:25 [U] | ✔ |
A:365 [ILE] | D:26 [G] | A:365 [ILE] | D:26 [G] | ✔ |
A:758 [GLY] | B:6 [A] | A:758 [GLY] | B:6 [A] | ✔ |
A:759 [THR] | B:6 [A] | A:759 [THR] | B:6 [A] | ✔ |
A:759 [THR] | B:7 [U] | A:759 [THR] | B:7 [U] | ✔ |
A:795 [ARG] | B:4 [A] | A:795 [ARG] | B:4 [A] | ✔ |
A:296 [LEU] | B:21 [U] | A:296 [LEU] | B:21 [U] | ✔ |
A:551 [ASN] | B:2 [U] | A:551 [ASN] | B:2 [U] | ✔ |
A:546 [CYS] | B:1 [U] | A:546 [CYS] | B:1 [U] | ✔ |
A:546 [CYS] | B:2 [U] | A:546 [CYS] | B:2 [U] | ✔ |
A:316 [HIS] | B:21 [U] | A:316 [HIS] | B:21 [U] | ✔ |
A:312 [PHE] | B:21 [U] | A:312 [PHE] | B:21 [U] | ✔ |
A:544 [THR] | B:1 [U] | A:544 [THR] | B:1 [U] | ✔ |
A:602 [PRO] | B:9 [G] | A:602 [PRO] | B:9 [G] | ✔ |
A:602 [PRO] | B:10 [C] | A:602 [PRO] | B:10 [C] | ✔ |
A:177 [VAL] | B:14 [A] | A:177 [VAL] | B:14 [A] | ✔ |
A:358 [ASP] | D:24 [A] | A:358 [ASP] | D:24 [A] | ✔ |
A:358 [ASP] | D:25 [U] | A:358 [ASP] | D:25 [U] | ✔ |
A:548 [GLN] | B:1 [U] | A:548 [GLN] | B:1 [U] | ✔ |
A:548 [GLN] | B:2 [U] | A:548 [GLN] | B:2 [U] | ✔ |
A:525 [LYS] | B:1 [U] | A:525 [LYS] | B:1 [U] | ✔ |
A:525 [LYS] | D:23 [A] | A:525 [LYS] | D:23 [C] | ✔ |
A:525 [LYS] | D:24 [A] | A:525 [LYS] | D:24 [A] | ✔ |
A:675 [GLN] | B:11 [C] | A:675 [GLN] | B:11 [C] | ✔ |
A:675 [GLN] | B:12 [C] | A:675 [GLN] | B:12 [C] | ✔ |
A:361 [THR] | D:24 [A] | A:361 [THR] | D:24 [A] | ✔ |
A:361 [THR] | D:25 [U] | A:361 [THR] | D:25 [U] | ✔ |
A:338 [TYR] | B:21 [U] | A:338 [TYR] | B:21 [U] | ✔ |
A:811 [PHE] | D:22 [C] | A:811 [PHE] | D:22 [A] | ✔ |
A:533 [LYS] | B:1 [U] | A:533 [LYS] | B:1 [U] | ✔ |
A:437 [MET] | D:30 [A] | A:437 [MET] | D:30 [A] | ✔ |
A:524 [GLY] | B:1 [U] | A:524 [GLY] | B:1 [U] | ✔ |
A:362 [SER] | D:25 [U] | A:362 [SER] | D:25 [U] | ✔ |
A:362 [SER] | D:26 [G] | A:362 [SER] | D:26 [G] | ✔ |
A:179 [ARG] | B:12 [C] | A:179 [ARG] | B:12 [C] | ❌ 4W5T_A_B,D |
A:179 [ARG] | B:14 [A] | A:179 [ARG] | B:14 [A] | ❌ 4W5T_A_B,D |
A:710 [ARG] | D:22 [C] | A:710 [ARG] | D:22 [A] | ❌ 4W5T_A_B,D |
A:726 [LYS] | D:27 [U] | A:726 [LYS] | D:27 [U] | ❌ 4W5T_A_B,D |
A:601 [PRO] | B:11 [C] | A:601 [PRO] | B:11 [C] | ❌ 4W5T_A_B,D |
A:815 [TYR] | D:22 [C] | A:815 [TYR] | D:22 [A] | ❌ 4W5T_A_B,D |
A:760 [SER] | B:5 [C] | A:760 [SER] | B:5 [C] | ❌ 4W5T_A_B,D |
A:365 [ILE] | B:6 [A] | A:365 [ILE] | B:6 [A] | ❌ 4W5T_A_B,D |
A:811 [PHE] | B:10 [C] | A:811 [PHE] | B:10 [C] | ❌ 4W5T_A_B,D |
A:351 [ARG] | B:10 [C] | A:351 [ARG] | B:10 [C] | ❌ 4W5O_A_B,D |
A:551 [ASN] | B:1 [U] | A:551 [ASN] | B:1 [U] | ❌ 4W5O_A_B,D |
A:600 [HIS] | B:9 [G] | A:600 [HIS] | B:9 [G] | ❌ 4W5O_A_B,D |
A:602 [PRO] | D:22 [C] | A:602 [PRO] | D:22 [A] | ❌ 4W5O_A_B,D |
A:635 [ARG] | B:12 [C] | A:635 [ARG] | B:12 [C] | ❌ 4W5O_A_B,D |
A:710 [ARG] | B:7 [U] | A:710 [ARG] | B:7 [U] | ❌ 4W5O_A_B,D |
A:714 [ARG] | B:6 [A] | A:714 [ARG] | B:6 [A] | ❌ 4W5O_A_B,D |
A:811 [PHE] | D:23 [A] | A:811 [PHE] | D:23 [C] | ❌ 4W5O_A_B,D |
A:598 [VAL] | B:10 [C] | A:598 [VAL] | B:10 [C] | ❌ 4W5T_A:598 no longer at interface |
A:97 [ARG] | B:13 [A] | A:97 [ARG] | B:13 [A] | ❌ 4W5T_A:97 no longer at interface |
A:97 [ARG] | B:14 [A] | A:97 [ARG] | B:14 [A] | ❌ 4W5T_A:97 no longer at interface |
A:269 [ILE] | B:21 [U] | A:269 [ILE] | B:21 [U] | ❌ 4W5T_A:269 no longer at interface |
A:335 [LYS] | B:20 [U] | A:335 [LYS] | B:20 [U] | ❌ 4W5T_A:335 no longer at interface |
A:599 [THR] | B:10 [C] | A:599 [THR] | B:10 [C] | ❌ 4W5T_A:599 no longer at interface |
A:220 [SER] | B:8 [U] | A:220 [SER] | B:8 [U] | ❌ 4W5O_A:220 no longer at interface |
A:277 [ARG] | B:20 [U] | A:277 [ARG] | B:20 [U] | ❌ 4W5O_A:277 no longer at interface |
A:277 [ARG] | B:21 [U] | A:277 [ARG] | B:21 [U] | ❌ 4W5O_A:277 no longer at interface |
A:356 [LEU] | D:24 [A] | A:356 [LEU] | D:24 [A] | ❌ 4W5O_A:356 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Ribonuclease H-like & Argonaute, N-terminal domain & SH3 & Middle domain in Argonaute homologs | 0.99 | 0.26 | 0.92 | 1.0 | 0.66 | 0.96 | 1.0 | 0.94 | 0.93 | 0.62 | 0.37 |
Other pairs involving 4W5O_A_B,D or 4W5T_A_B,D
Total number of entries: 35