Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 6MFN_A
|
6MFN_C,E
|
6OON_A
|
6OON_B
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| A:804 [TYR] | C:4 [A] | A:806 [TYR] | B:4 [A] | ✔ |
| A:804 [TYR] | C:5 [C] | A:806 [TYR] | B:5 [A] | ✔ |
| A:369 [ALA] | C:6 [A] | A:359 [ALA] | B:6 [A] | ✔ |
| A:757 [GLN] | C:5 [C] | A:759 [GLN] | B:5 [A] | ✔ |
| A:757 [GLN] | C:6 [A] | A:759 [GLN] | B:6 [A] | ✔ |
| A:756 [ILE] | C:4 [A] | A:758 [ILE] | B:4 [A] | ✔ |
| A:756 [ILE] | C:5 [C] | A:758 [ILE] | B:5 [A] | ✔ |
| A:547 [VAL] | C:1 [U] | A:539 [VAL] | B:1 [A] | ✔ |
| A:547 [VAL] | C:2 [U] | A:539 [VAL] | B:2 [A] | ✔ |
| A:709 [LYS] | C:6 [A] | A:711 [LYS] | B:6 [A] | ✔ |
| A:544 [THR] | C:1 [U] | A:536 [THR] | B:1 [A] | ✔ |
| A:859 [ALA] | C:1 [U] | A:861 [ALA] | B:1 [A] | ✔ |
| A:859 [ALA] | C:3 [C] | A:861 [ALA] | B:3 [A] | ✔ |
| A:815 [TYR] | C:1 [U] | A:817 [TYR] | B:1 [A] | ✔ |
| A:812 [ARG] | C:1 [U] | A:814 [ARG] | B:1 [A] | ✔ |
| A:799 [ILE] | C:5 [C] | A:801 [ILE] | B:5 [A] | ✔ |
| A:529 [TYR] | C:1 [U] | A:521 [TYR] | B:1 [A] | ✔ |
| A:526 [THR] | C:1 [U] | A:518 [THR] | B:1 [A] | ✔ |
| A:790 [TYR] | C:3 [C] | A:792 [TYR] | B:3 [A] | ✔ |
| A:790 [TYR] | C:4 [A] | A:792 [TYR] | B:4 [A] | ✔ |
| A:566 [LYS] | C:1 [U] | A:558 [LYS] | B:1 [A] | ✔ |
| A:566 [LYS] | C:2 [U] | A:558 [LYS] | B:2 [A] | ✔ |
| A:566 [LYS] | C:3 [C] | A:558 [LYS] | B:3 [A] | ✔ |
| A:570 [LYS] | C:1 [U] | A:562 [LYS] | B:1 [A] | ✔ |
| A:797 [VAL] | C:4 [A] | A:799 [VAL] | B:4 [A] | ✔ |
| A:797 [VAL] | C:5 [C] | A:799 [VAL] | B:5 [A] | ✔ |
| A:548 [GLN] | C:1 [U] | A:540 [GLN] | B:1 [A] | ✔ |
| A:548 [GLN] | C:2 [U] | A:540 [GLN] | B:2 [A] | ✔ |
| A:375 [ARG] | C:7 [G] | A:365 [ARG] | B:7 [A] | ✔ |
| A:753 [HIS] | C:5 [C] | A:755 [HIS] | B:5 [A] | ✔ |
| A:753 [HIS] | C:6 [A] | A:755 [HIS] | B:6 [A] | ✔ |
| A:525 [LYS] | C:1 [U] | A:517 [LYS] | B:1 [A] | ✔ |
| A:522 [LEU] | C:1 [U] | A:514 [LEU] | B:1 [A] | ✔ |
| A:368 [THR] | C:7 [G] | A:358 [THR] | B:7 [A] | ✔ |
| A:760 [SER] | C:6 [A] | A:762 [SER] | B:6 [A] | ✔ |
| A:792 [ARG] | C:3 [C] | A:794 [ARG] | B:3 [A] | ✔ |
| A:792 [ARG] | C:4 [A] | A:794 [ARG] | B:4 [A] | ✔ |
| A:220 [SER] | C:8 [U] | A:210 [SER] | B:8 [A] | ✔ |
| A:563 [LEU] | C:2 [U] | A:555 [LEU] | B:2 [A] | ✔ |
| A:798 [SER] | C:4 [A] | A:800 [SER] | B:4 [A] | ✔ |
| A:798 [SER] | C:5 [C] | A:800 [SER] | B:5 [A] | ✔ |
| A:798 [SER] | C:6 [A] | A:800 [SER] | B:6 [A] | ✔ |
| A:761 [ARG] | C:6 [A] | A:763 [ARG] | B:6 [A] | ✔ |
| A:761 [ARG] | C:7 [G] | A:763 [ARG] | B:7 [A] | ✔ |
| A:761 [ARG] | C:8 [U] | A:763 [ARG] | B:8 [A] | ✔ |
| A:755 [GLY] | C:5 [C] | A:757 [GLY] | B:5 [A] | ✔ |
| A:754 [ALA] | C:5 [C] | A:756 [ALA] | B:5 [A] | ✔ |
| A:221 [ALA] | C:8 [U] | A:211 [ALA] | B:8 [A] | ✔ |
| A:758 [GLY] | C:6 [A] | A:760 [GLY] | B:6 [A] | ✔ |
| A:533 [LYS] | C:1 [U] | A:525 [LYS] | B:1 [A] | ✔ |
| A:558 [GLN] | C:2 [U] | A:550 [GLN] | B:2 [A] | ✔ |
| A:759 [THR] | C:6 [A] | A:761 [THR] | B:6 [A] | ✔ |
| A:759 [THR] | C:7 [G] | A:761 [THR] | B:7 [A] | ✔ |
| A:795 [ARG] | C:4 [A] | A:797 [ARG] | B:4 [A] | ✔ |
| A:551 [ASN] | C:2 [U] | A:543 [ASN] | B:2 [A] | ✔ |
| A:546 [CYS] | C:1 [U] | A:538 [CYS] | B:1 [A] | ✔ |
| A:546 [CYS] | C:2 [U] | A:538 [CYS] | B:2 [A] | ✔ |
| A:710 [ARG] | C:8 [U] | A:712 [ARG] | B:8 [A] | ✔ |
| A:714 [ARG] | C:6 [A] | A:716 [ARG] | B:6 [A] | ✔ |
| A:714 [ARG] | C:7 [G] | A:716 [ARG] | B:7 [A] | ✔ |
| A:562 [ASN] | C:2 [U] | A:554 [ASN] | B:2 [A] | ✔ |
| A:562 [ASN] | C:3 [C] | A:554 [ASN] | B:3 [A] | ✔ |
| A:524 [GLY] | C:1 [U] | A:516 [GLY] | B:1 [A] | ✔ |
| A:559 [THR] | C:2 [U] | A:551 [THR] | B:2 [A] | ✔ |
| A:793 [CYS] | C:3 [C] | A:795 [CYS] | B:3 [A] | ✔ |
| A:793 [CYS] | C:4 [A] | A:795 [CYS] | B:4 [A] | ✔ |
| A:545 [GLN] | C:1 [U] | A:537 [GLN] | B:1 [A] | ✔ |
| A:545 [GLN] | C:2 [U] | A:537 [GLN] | B:2 [A] | ✔ |
| A:369 [ALA] | C:7 [G] | A:359 [ALA] | B:7 [A] | ❌ 6OON_A_B |
| A:757 [GLN] | C:4 [A] | A:759 [GLN] | B:4 [A] | ❌ 6OON_A_B |
| A:368 [THR] | C:8 [U] | A:358 [THR] | B:8 [A] | ❌ 6OON_A_B |
| A:758 [GLY] | C:7 [G] | A:760 [GLY] | B:7 [A] | ❌ 6OON_A_B |
| A:551 [ASN] | C:1 [U] | A:543 [ASN] | B:1 [A] | ❌ 6OON_A_B |
| A:220 [SER] | C:7 [G] | A:210 [SER] | B:7 [A] | ❌ 6MFN_A_C,E |
| A:221 [ALA] | C:7 [G] | A:211 [ALA] | B:7 [A] | ❌ 6MFN_A_C,E |
| A:361 [THR] | C:7 [G] | A:351 [THR] | B:7 [A] | ❌ 6MFN_A_C,E |
| A:365 [ILE] | C:7 [G] | A:355 [ILE] | B:7 [A] | ❌ 6MFN_A_C,E |
| A:365 [ILE] | C:6 [A] | A:355 [ILE] | B:6 [A] | ❌ 6MFN_A_C,E |
| A:714 [ARG] | C:8 [U] | A:716 [ARG] | B:8 [A] | ❌ 6MFN_A_C,E |
| A:760 [SER] | C:5 [C] | A:762 [SER] | B:5 [A] | ❌ 6MFN_A_C,E |
| A:795 [ARG] | C:3 [C] | A:797 [ARG] | B:3 [A] | ❌ 6MFN_A_C,E |
| A:219 [VAL] | C:8 [U] | A:209 [VAL] | B:8 [A] | ❌ 6MFN_A:219 no longer at interface |
| A:222 [THR] | C:8 [U] | A:212 [THR] | B:8 [A] | ❌ 6MFN_A:222 no longer at interface |
| A:356 [LEU] | C:7 [G] | A:346 [LEU] | B:7 [A] | ❌ 6MFN_A:356 no longer at interface |
| A:364 [MET] | C:7 [G] | A:354 [MET] | B:7 [A] | ❌ 6MFN_A:364 no longer at interface |
| A:364 [MET] | C:8 [U] | A:354 [MET] | B:8 [A] | ❌ 6MFN_A:364 no longer at interface |
| A:712 [HIS] | C:8 [U] | A:714 [HIS] | B:8 [A] | ❌ 6MFN_A:712 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ribonuclease H-like & Argonaute, N-terminal domain & Middle domain in Argonaute homologs | 0.89 | 1.67 | 0.17 | 0.9 | 0.39 | 0.91 | 0.67 | 0.88 | 0.75 | 0.62 | 0.32 |
Other pairs involving 6MFN_A_C,E or 6OON_A_B
Total number of entries: 34