Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 5WWE_A
|
5WWE_B
|
5WWF_A
|
5WWF_B
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| A:18 [GLU] | B:4 [G] | A:18 [GLU] | B:4 [G] | ✔ |
| A:18 [GLU] | B:5 [A] | A:18 [GLU] | B:5 [A] | ✔ |
| A:49 [ASP] | B:3 [G] | A:49 [ASP] | B:3 [G] | ✔ |
| A:49 [ASP] | B:4 [G] | A:49 [ASP] | B:4 [G] | ✔ |
| A:102 [SER] | B:1 [A] | A:102 [SER] | B:1 [A] | ✔ |
| A:102 [SER] | B:2 [G] | A:102 [SER] | B:2 [A] | ✔ |
| A:51 [VAL] | B:3 [G] | A:51 [VAL] | B:3 [G] | ✔ |
| A:50 [CYS] | B:3 [G] | A:50 [CYS] | B:3 [G] | ✔ |
| A:99 [ARG] | B:2 [G] | A:99 [ARG] | B:2 [A] | ✔ |
| A:99 [ARG] | B:3 [G] | A:99 [ARG] | B:3 [G] | ✔ |
| A:99 [ARG] | B:4 [G] | A:99 [ARG] | B:4 [G] | ✔ |
| A:99 [ARG] | B:5 [A] | A:99 [ARG] | B:5 [A] | ✔ |
| A:22 [LYS] | B:2 [G] | A:22 [LYS] | B:2 [A] | ✔ |
| A:22 [LYS] | B:3 [G] | A:22 [LYS] | B:3 [G] | ✔ |
| A:22 [LYS] | B:4 [G] | A:22 [LYS] | B:4 [G] | ✔ |
| A:98 [ALA] | B:2 [G] | A:98 [ALA] | B:2 [A] | ✔ |
| A:96 [ALA] | B:1 [A] | A:96 [ALA] | B:1 [A] | ✔ |
| A:96 [ALA] | B:2 [G] | A:96 [ALA] | B:2 [A] | ✔ |
| A:53 [MET] | B:2 [G] | A:53 [MET] | B:2 [A] | ✔ |
| A:53 [MET] | B:3 [G] | A:53 [MET] | B:3 [G] | ✔ |
| A:24 [PHE] | B:1 [A] | A:24 [PHE] | B:1 [A] | ✔ |
| A:66 [PHE] | B:1 [A] | A:66 [PHE] | B:1 [A] | ✔ |
| A:66 [PHE] | B:2 [G] | A:66 [PHE] | B:2 [A] | ✔ |
| A:66 [PHE] | B:3 [G] | A:66 [PHE] | B:3 [G] | ✔ |
| A:64 [PHE] | B:1 [A] | A:64 [PHE] | B:1 [A] | ✔ |
| A:64 [PHE] | B:2 [G] | A:64 [PHE] | B:2 [A] | ✔ |
| A:97 [VAL] | B:1 [A] | A:97 [VAL] | B:1 [A] | ✔ |
| A:97 [VAL] | B:2 [G] | A:97 [VAL] | B:2 [A] | ✔ |
| A:94 [LYS] | B:1 [A] | A:94 [LYS] | B:1 [A] | ✔ |
| A:108 [HIS] | B:1 [A] | A:108 [HIS] | B:1 [A] | ✔ |
| A:62 [ARG] | B:1 [A] | A:62 [ARG] | B:1 [A] | ✔ |
| A:62 [ARG] | B:2 [G] | A:62 [ARG] | B:2 [A] | ✔ |
| A:62 [ARG] | B:3 [G] | A:62 [ARG] | B:3 [G] | ✔ |
| A:95 [ARG] | B:1 [A] | A:95 [ARG] | B:1 [A] | ✔ |
| A:18 [GLU] | B:2 [G] | A:18 [GLU] | B:2 [A] | ❌ 5WWF_A_B |
| A:108 [HIS] | B:2 [G] | A:108 [HIS] | B:2 [A] | ❌ 5WWE_A_B |
| A:19 [GLN] | B:2 [G] | A:19 [GLN] | B:2 [A] | ❌ 5WWF_A:19 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RNA-binding domain, RBD | 0.88 | 1.37 | 0.80 | 0.9 | 0.3 | 1.0 | 1.0 | 0.98 | 0.95 | 0.62 | 0.33 |
Other pairs involving 5WWE_A_B or 5WWF_A_B
Total number of entries: 4
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5HO4_A_B | 5WWE_A_B | 0.93 | 0.93 | 0.72 | 0.6 | RNA-binding domain, RBD | compare | |
| 1A9N_B_Q | 5WWE_A_B | 0.72 | 0.6 | 2.34 | 0.2 | RNA-binding domain, RBD | compare | |
| 5WWE_A_B | 5WWF_A_B | 0.98 | 0.88 | 1.37 | 0.8 | RNA-binding domain, RBD | compare | |
| 5HO4_A_B | 5WWF_A_B | 0.87 | 0.94 | 0.85 | 0.4 | RNA-binding domain, RBD | compare |