Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 6S0X_v
|
6S0X_a
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| v:3 [ARG] | a:1240 [C] | 4.8 | a:961 [U] | 55.55 | ||
| v:5 [GLU] | a:975 [G] | 4.83 | 44.6 | |||
| v:5 [GLU] | a:978 [A] | 4.02 | 44.6 | |||
| v:6 [ILE] | a:974 [A] | 4.96 | 69.24 | |||
| v:7 [HIS] | a:974 [A] | 3.48 | 55.26 | |||
| v:7 [HIS] | a:975 [G] | 4.14 | 55.26 | |||
| v:9 [ASP] | a:972 [G] | 4.55 | a:981 [C] | 75.49 | ||
| v:9 [ASP] | a:973 [A] | 3.3 | 75.49 | |||
| v:9 [ASP] | a:1064 [G] | 3.09 | 75.49 | |||
| v:10 [ASN] | a:1063 [U] | 3.78 | 78.1 | |||
| v:10 [ASN] | a:1064 [G] | 2.5 | 78.1 | |||
| v:20 [TYR] | a:1506 [U] | 4.28 | 59.44 | |||
| v:20 [TYR] | a:1507 [C] | 2.31 | a:1415 [G] | 59.44 | ||
| v:24 [LYS] | a:1507 [C] | 3.59 | a:1415 [G] | 89.11 | ||
| v:31 [TYR] | a:798 [A] | 3.52 | 57.39 | |||
| v:34 [ASP] | a:797 [U] | 4.91 | a:800 [A] | 41.25 | ||
| v:34 [ASP] | a:798 [A] | 3.06 | 41.25 | |||
| v:37 [ASN] | a:1351 [U] | 4.91 | a:951 [G] | 54.61 | ||
| v:41 [HIS] | a:974 [A] | 4.31 | 35.71 | |||
| v:41 [HIS] | a:975 [G] | 3.1 | 35.71 | |||
| v:43 [LYS] | a:975 [G] | 4.49 | 49.55 | |||
| v:45 [LYS] | a:1065 [C] | 3.38 | 69.32 | |||
| v:45 [LYS] | a:1208 [A] | 4.64 | a:1070 [U] | 69.32 | ||
| v:47 [TYR] | a:1065 [C] | 2.6 | base:SC, base:SC | 59.35 | ||
| v:47 [TYR] | a:1206 [A] | 4.55 | 59.35 | |||
| v:49 [ASN] | a:525 [G] | 4.89 | 37.62 | |||
| v:49 [ASN] | a:538 [G] | 3.73 | 37.62 | |||
| v:49 [ASN] | a:539 [U] | 2.89 | 37.62 | |||
| v:50 [SER] | a:538 [G] | 3.29 | 25.38 | |||
| v:53 [LYS] | a:1206 [A] | 4.8 | 48.08 | |||
| v:57 [THR] | a:975 [G] | 2.79 | base:SC | 88.76 | ||
| v:58 [ILE] | a:975 [G] | 4.65 | 63.68 | |||
| v:59 [PRO] | a:975 [G] | 3.41 | 26.9 | |||
| v:60 [LEU] | a:975 [G] | 4.19 | 39.55 | |||
| v:61 [LYS] | a:1350 [A] | 4.81 | a:952 [U] | 46.59 | ||
| v:61 [LYS] | a:1351 [U] | 3.3 | a:951 [G] | 46.59 | ||
| v:62 [ASN] | a:1393 [C] | 4.32 | 70.21 | |||
| v:62 [ASN] | a:1394 [C] | 3.31 | a:942 [G] | 70.21 | ||
| v:62 [ASN] | a:1395 [G] | 4.58 | a:941 [C] | 70.21 | ||
| v:64 [THR] | a:975 [G] | 3.42 | 45.51 | |||
| v:65 [LEU] | a:975 [G] | 3.58 | 64.45 | |||
| v:66 [ARG] | a:975 [G] | 3.27 | base:SC | 92.17 | ||
| v:66 [ARG] | a:1410 [C] | 3.16 | 92.17 | |||
| v:67 [ALA] | a:1410 [C] | 3.66 | 86.37 | |||
| v:68 [GLU] | a:1410 [C] | 2.86 | base:BB, base:BB, base:SC, base:SC | 77.26 | ||
| v:69 [GLU] | a:1410 [C] | 4.83 | 54.13 | |||
| v:75 [TYR] | a:1506 [U] | 4.1 | 59.12 | |||
| v:76 [ALA] | a:1505 [G] | 4.59 | a:1417 [C] | 68.29 | ||
| v:76 [ALA] | a:1506 [U] | 3.5 | 68.29 | |||
| v:79 [ASP] | a:1506 [U] | 4.03 | 98.29 | |||
| v:79 [ASP] | a:1507 [C] | 2.9 | a:1415 [G] | 98.29 | ||
| v:79 [ASP] | a:1509 [U] | 4.54 | 98.29 | |||
| v:80 [LEU] | a:1411 [G] | 4.0 | a:1512 [C] | 16.52 | ||
| v:80 [LEU] | a:1412 [C] | 4.03 | a:1511 [A] | 16.52 | ||
| v:80 [LEU] | a:1413 [C] | 3.41 | a:1510 [A] | 16.52 | ||
| v:81 [ILE] | a:1410 [C] | 4.03 | 81.54 | |||
| v:83 [ASN] | a:1412 [C] | 4.59 | a:1511 [A] | 74.37 | ||
| v:83 [ASN] | a:1413 [C] | 4.59 | a:1510 [A] | 74.37 | ||
| v:83 [ASN] | a:1509 [U] | 3.52 | 74.37 | |||
| v:84 [LYS] | a:1409 [C] | 3.51 | a:1515 [G] | 75.13 | ||
| v:84 [LYS] | a:1410 [C] | 3.31 | 75.13 | |||
| v:84 [LYS] | a:1411 [G] | 2.37 | a:1512 [C] | 75.13 | ||
| v:84 [LYS] | a:1412 [C] | 4.52 | a:1511 [A] | 75.13 | ||
| v:86 [GLU] | a:1508 [G] | 4.62 | a:1414 [C] | 73.07 | ||
| v:86 [GLU] | a:1509 [U] | 2.94 | 73.07 | |||
| v:87 [ARG] | a:935 [G] | 3.81 | base:SC | 75.97 | ||
| v:87 [ARG] | a:1411 [G] | 4.39 | a:1512 [C] | 75.97 | ||
| v:87 [ARG] | a:1509 [U] | 4.16 | 75.97 | |||
| v:87 [ARG] | a:1510 [A] | 4.59 | a:1413 [C] | 75.97 | ||
| v:87 [ARG] | a:1512 [C] | 4.06 | a:1411 [G] | 75.97 | ||
| v:87 [ARG] | a:1515 [G] | 2.5 | a:1409 [C] | base:SC | 75.97 | |
| v:87 [ARG] | a:1516 [G] | 2.42 | base:SC, base:SC | 75.97 | ||
| v:88 [GLN] | a:1410 [C] | 2.91 | 93.73 | |||
| v:90 [ARG] | a:798 [A] | 2.8 | base:SC | 56.55 | ||
| v:90 [ARG] | a:799 [G] | 3.25 | base:SC | 56.55 | ||
| v:91 [LYS] | a:935 [G] | 3.41 | 83.3 | |||
| v:93 [LYS] | a:798 [A] | 3.26 | 91.11 | |||
| v:94 [THR] | a:798 [A] | 3.83 | 68.35 | |||
| v:94 [THR] | a:799 [G] | 4.42 | 68.35 | |||
| v:94 [THR] | a:935 [G] | 4.62 | 68.35 | |||
| v:94 [THR] | a:1516 [G] | 3.66 | 68.35 | |||
| v:94 [THR] | a:1517 [U] | 4.62 | 68.35 | |||
| v:95 [ARG] | a:935 [G] | 3.59 | 82.94 | |||
| v:97 [ASN] | a:797 [U] | 2.38 | a:800 [A] | sugar:SC, sugar:SC | 35.06 | |
| v:97 [ASN] | a:798 [A] | 4.08 | 35.06 | |||
| v:97 [ASN] | a:799 [G] | 3.66 | base:SC | 35.06 | ||
| v:98 [ARG] | a:935 [G] | 2.49 | 67.78 | |||
| v:98 [ARG] | a:1516 [G] | 4.42 | 67.78 | |||
| v:98 [ARG] | a:1517 [U] | 3.27 | 67.78 | |||
| v:99 [LYS] | a:701 [G] | 3.67 | a:803 [C] | sugar:BB | 64.59 | |
| v:99 [LYS] | a:796 [U] | 3.98 | a:802 [A] | 64.59 | ||
| v:99 [LYS] | a:797 [U] | 3.44 | a:800 [A] | 64.59 | ||
| v:100 [SER] | a:701 [G] | 3.78 | a:803 [C] | 31.7 | ||
| v:100 [SER] | a:803 [C] | 4.18 | a:701 [G] | 31.7 | ||
| v:101 [ARG] | a:701 [G] | 3.91 | a:803 [C] | 61.96 | ||
| v:102 [ASP] | a:701 [G] | 4.25 | a:803 [C] | 0.0 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group15 | 6S0X_v_a | v: Ribosome hibeRNAtion promoting factor, Staphylococcus aureus (natural) a: 16s ribosomal RNA, Staphylococcus aureus (natural) | D2Z097 | Ribosome binding protein Y (YfiA homologue) | Bacterial small subunit ribosomal RNA | ✘ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 1