RNAprotDB

Contacts -

4YBB_DJ	4YBB_DA	Distance	Base Pair	Hbond nuc:res	Base Stacking	Residue conservation
DJ:10 [LYS]	DA:1060 [U]	4.69	DA:1088 [A]			72.95
DJ:10 [LYS]	DA:1061 [U]	2.31				72.95
DJ:10 [LYS]	DA:1070 [A]	4.57				72.95
DJ:11 [LEU]	DA:1061 [U]	3.58				64.27
DJ:12 [GLN]	DA:1060 [U]	4.27	DA:1088 [A]			2.82
DJ:12 [GLN]	DA:1061 [U]	3.66			base/AA stacks	2.82
DJ:30 [GLN]	DA:1095 [A]	2.97		base:SC, base:SC		64.06
DJ:30 [GLN]	DA:1096 [A]	4.7				64.06
DJ:56 [PRO]	DA:1060 [U]	4.58	DA:1088 [A]			66.14
DJ:72 [LYS]	DA:1058 [U]	4.92	DA:1080 [A]			51.64
DJ:72 [LYS]	DA:1059 [G]	3.39	DA:1079 [C]			51.64
DJ:73 [THR]	DA:1060 [U]	4.14	DA:1088 [A]			59.11
DJ:74 [PRO]	DA:1060 [U]	4.01	DA:1088 [A]			76.79
DJ:75 [PRO]	DA:1059 [G]	4.94	DA:1079 [C]			50.38
DJ:75 [PRO]	DA:1060 [U]	3.26	DA:1088 [A]			50.38
DJ:76 [ALA]	DA:1059 [G]	3.72	DA:1079 [C]			71.26
DJ:76 [ALA]	DA:1060 [U]	2.94	DA:1088 [A]			71.26
DJ:77 [ALA]	DA:1060 [U]	4.63	DA:1088 [A]			75.96
DJ:77 [ALA]	DA:1062 [G]	4.01	DA:1076 [C]			75.96
DJ:77 [ALA]	DA:1063 [G]	3.35	DA:1075 [C]			75.96
DJ:81 [LYS]	DA:1063 [G]	4.06	DA:1075 [C]			66.94
DJ:81 [LYS]	DA:1064 [C]	2.91	DA:1074 [G]			66.94
DJ:87 [LYS]	DA:1064 [C]	4.67	DA:1074 [G]			36.94
DJ:88 [SER]	DA:1063 [G]	4.76	DA:1075 [C]			61.28
DJ:88 [SER]	DA:1064 [C]	3.76	DA:1074 [G]			61.28
DJ:89 [GLY]	DA:1063 [G]	3.14	DA:1075 [C]			60.47
DJ:89 [GLY]	DA:1064 [C]	3.14	DA:1074 [G]			60.47
DJ:90 [SER]	DA:1063 [G]	2.66	DA:1075 [C]	sugar:BB		80.17
DJ:90 [SER]	DA:1064 [C]	3.13	DA:1074 [G]	sugar:BB		80.17
DJ:91 [GLY]	DA:1063 [G]	2.79	DA:1075 [C]	base:BB		28.07
DJ:91 [GLY]	DA:1064 [C]	3.2	DA:1074 [G]			28.07
DJ:91 [GLY]	DA:1075 [C]	4.1	DA:1063 [G]			28.07
DJ:91 [GLY]	DA:1076 [C]	4.35	DA:1062 [G]			28.07
DJ:92 [LYS]	DA:1063 [G]	4.6	DA:1075 [C]			7.77
DJ:92 [LYS]	DA:1075 [C]	3.81	DA:1063 [G]			7.77
DJ:92 [LYS]	DA:1076 [C]	3.55	DA:1062 [G]			7.77
DJ:93 [PRO]	DA:1062 [G]	3.94	DA:1076 [C]			41.93
DJ:93 [PRO]	DA:1063 [G]	3.71	DA:1075 [C]			41.93
DJ:93 [PRO]	DA:1076 [C]	2.89	DA:1062 [G]	sugar:BB		41.93
DJ:93 [PRO]	DA:1077 [A]	3.34				41.93
DJ:94 [ASN]	DA:1077 [A]	2.51		sugar:SC		32.52
DJ:95 [LYS]	DA:1076 [C]	3.2	DA:1062 [G]			19.14
DJ:95 [LYS]	DA:1077 [A]	3.42				19.14
DJ:113 [LYS]	DA:1059 [G]	3.18	DA:1079 [C]			93.15
DJ:113 [LYS]	DA:1060 [U]	3.18	DA:1088 [A]			93.15
DJ:116 [ASP]	DA:1058 [U]	4.23	DA:1080 [A]			69.05
DJ:116 [ASP]	DA:1059 [G]	3.93	DA:1079 [C]			69.05
DJ:117 [MET]	DA:1058 [U]	4.11	DA:1080 [A]			46.42
DJ:117 [MET]	DA:1059 [G]	3.28	DA:1079 [C]			46.42
DJ:118 [THR]	DA:1058 [U]	3.26	DA:1080 [A]			64.52
DJ:118 [THR]	DA:1081 [U]	3.24	DA:1057 [A]	base:SC		64.52
DJ:118 [THR]	DA:1082 [U]	2.96	DA:1086 [A]			64.52
DJ:119 [GLY]	DA:1081 [U]	3.29	DA:1057 [A]			44.79
DJ:119 [GLY]	DA:1082 [U]	4.09	DA:1086 [A]			44.79
DJ:120 [ALA]	DA:1081 [U]	4.31	DA:1057 [A]			6.03
DJ:120 [ALA]	DA:1082 [U]	3.58	DA:1086 [A]			6.03
DJ:121 [ASP]	DA:1082 [U]	4.89	DA:1086 [A]			40.19
DJ:124 [ALA]	DA:1080 [A]	3.59	DA:1058 [U]	sugar:BB		52.37
DJ:124 [ALA]	DA:1081 [U]	3.48	DA:1057 [A]			52.37
DJ:124 [ALA]	DA:1082 [U]	4.1	DA:1086 [A]			52.37
DJ:127 [ARG]	DA:1080 [A]	3.56	DA:1058 [U]			71.6
DJ:127 [ARG]	DA:1081 [U]	3.58	DA:1057 [A]			71.6
DJ:128 [SER]	DA:1059 [G]	2.9	DA:1079 [C]	base:BB		66.92
DJ:128 [SER]	DA:1079 [C]	4.77	DA:1059 [G]			66.92
DJ:128 [SER]	DA:1080 [A]	2.84	DA:1058 [U]	base:SC, sugar:SC		66.92
DJ:128 [SER]	DA:1081 [U]	3.25	DA:1057 [A]	sugar:SC		66.92
DJ:129 [ILE]	DA:1059 [G]	4.23	DA:1079 [C]			74.45
DJ:131 [GLY]	DA:1059 [G]	3.88	DA:1079 [C]			85.09
DJ:131 [GLY]	DA:1079 [C]	3.21	DA:1059 [G]			85.09
DJ:131 [GLY]	DA:1080 [A]	4.84	DA:1058 [U]			85.09
DJ:131 [GLY]	DA:1088 [A]	3.49	DA:1060 [U]			85.09
DJ:132 [THR]	DA:1059 [G]	3.71	DA:1079 [C]			84.21
DJ:132 [THR]	DA:1060 [U]	2.73	DA:1088 [A]	base:SC		84.21
DJ:132 [THR]	DA:1062 [G]	3.85	DA:1076 [C]			84.21
DJ:132 [THR]	DA:1079 [C]	4.32	DA:1059 [G]			84.21
DJ:132 [THR]	DA:1088 [A]	3.94	DA:1060 [U]			84.21
DJ:134 [ARG]	DA:1077 [A]	4.18				65.05
DJ:134 [ARG]	DA:1079 [C]	3.22	DA:1059 [G]	sugar:SC		65.05
DJ:134 [ARG]	DA:1080 [A]	4.96	DA:1058 [U]			65.05
DJ:135 [SER]	DA:1060 [U]	4.59	DA:1088 [A]			95.27
DJ:135 [SER]	DA:1062 [G]	2.85	DA:1076 [C]	base:BB, sugar:SC		95.27
DJ:135 [SER]	DA:1063 [G]	3.89	DA:1075 [C]			95.27
DJ:135 [SER]	DA:1077 [A]	4.31				95.27
DJ:135 [SER]	DA:1088 [A]	3.31	DA:1060 [U]			95.27
DJ:136 [MET]	DA:1063 [G]	3.56	DA:1075 [C]			85.17

Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

RNAprotDB

Interface analysis

Style

Color

View

Interface

Contacts -

Properties of this interface

Interologs