RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group16 > 4YBB_DJ_DA vs 7OF0_J_A

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4YBB_DJ
4YBB_DA
7OF0_J
7OF0_A
Conserved?
DJ:93 [PRO] DA:1077 [A] J:103 [GLN] A:2187 [C] ✔
DJ:56 [PRO] DA:1060 [U] J:67 [PRO] A:2171 [U] ✔
DJ:92 [LYS] DA:1063 [G] J:102 [ARG] A:2174 [G] ✔
DJ:92 [LYS] DA:1075 [C] J:102 [ARG] A:2185 [G] ✔
DJ:117 [MET] DA:1058 [U] J:130 [PHE] A:2169 [A] ✔
DJ:117 [MET] DA:1059 [G] J:130 [PHE] A:2170 [G] ✔
DJ:94 [ASN] DA:1077 [A] J:104 [THR] A:2187 [C] ✔
DJ:95 [LYS] DA:1077 [A] J:105 [GLY] A:2187 [C] ✔
DJ:76 [ALA] DA:1060 [U] J:87 [VAL] A:2171 [U] ✔
DJ:77 [ALA] DA:1062 [G] J:88 [SER] A:2173 [G] ✔
DJ:77 [ALA] DA:1063 [G] J:88 [SER] A:2174 [G] ✔
DJ:120 [ALA] DA:1082 [U] J:134 [ASP] A:2192 [A] ✔
DJ:124 [ALA] DA:1080 [A] J:142 [ARG] A:2190 [C] ✔
DJ:124 [ALA] DA:1081 [U] J:142 [ARG] A:2191 [A] ✔
DJ:129 [ILE] DA:1059 [G] J:147 [SER] A:2170 [G] ✔
DJ:90 [SER] DA:1063 [G] J:101 [ALA] A:2174 [G] ✔
DJ:90 [SER] DA:1064 [C] J:101 [ALA] A:2175 [C] ✔
DJ:128 [SER] DA:1080 [A] J:146 [GLY] A:2190 [C] ✔
DJ:118 [THR] DA:1058 [U] J:131 [ALA] A:2169 [A] ✔
DJ:89 [GLY] DA:1063 [G] J:100 [GLY] A:2174 [G] ✔
DJ:89 [GLY] DA:1064 [C] J:100 [GLY] A:2175 [C] ✔
DJ:93 [PRO] DA:1062 [G] J:103 [GLN] A:2173 [G] ❌ 7OF0_J_A
DJ:93 [PRO] DA:1063 [G] J:103 [GLN] A:2174 [G] ❌ 7OF0_J_A
DJ:131 [GLY] DA:1059 [G] J:149 [ARG] A:2170 [G] ❌ 7OF0_J_A
DJ:131 [GLY] DA:1080 [A] J:149 [ARG] A:2190 [C] ❌ 7OF0_J_A
DJ:131 [GLY] DA:1088 [A] J:149 [ARG] A:2198 [A] ❌ 7OF0_J_A
DJ:119 [GLY] DA:1081 [U] J:132 [LEU] A:2191 [A] ❌ 7OF0_J_A
DJ:119 [GLY] DA:1082 [U] J:132 [LEU] A:2192 [A] ❌ 7OF0_J_A
DJ:134 [ARG] DA:1077 [A] J:150 [SER] A:2187 [C] ❌ 7OF0_J_A
DJ:134 [ARG] DA:1080 [A] J:150 [SER] A:2190 [C] ❌ 7OF0_J_A
DJ:76 [ALA] DA:1059 [G] J:87 [VAL] A:2170 [G] ❌ 7OF0_J_A
DJ:77 [ALA] DA:1060 [U] J:88 [SER] A:2171 [U] ❌ 7OF0_J_A
DJ:120 [ALA] DA:1081 [U] J:134 [ASP] A:2191 [A] ❌ 7OF0_J_A
DJ:124 [ALA] DA:1082 [U] J:142 [ARG] A:2192 [A] ❌ 7OF0_J_A
DJ:128 [SER] DA:1059 [G] J:146 [GLY] A:2170 [G] ❌ 7OF0_J_A
DJ:128 [SER] DA:1081 [U] J:146 [GLY] A:2191 [A] ❌ 7OF0_J_A
DJ:118 [THR] DA:1081 [U] J:131 [ALA] A:2191 [A] ❌ 7OF0_J_A
DJ:118 [THR] DA:1082 [U] J:131 [ALA] A:2192 [A] ❌ 7OF0_J_A
DJ:92 [LYS] DA:1064 [C] J:102 [ARG] A:2175 [C] ❌ 4YBB_DJ_DA
DJ:94 [ASN] DA:1062 [G] J:104 [THR] A:2173 [G] ❌ 4YBB_DJ_DA
DJ:117 [MET] DA:1060 [U] J:130 [PHE] A:2171 [U] ❌ 4YBB_DJ_DA
DJ:119 [GLY] DA:1059 [G] J:132 [LEU] A:2170 [G] ❌ 4YBB_DJ_DA
DJ:129 [ILE] DA:1060 [U] J:147 [SER] A:2171 [U] ❌ 4YBB_DJ_DA
DJ:134 [ARG] DA:1062 [G] J:150 [SER] A:2173 [G] ❌ 4YBB_DJ_DA
DJ:134 [ARG] DA:1088 [A] J:150 [SER] A:2198 [A] ❌ 4YBB_DJ_DA
DJ:93 [PRO] DA:1076 [C] J:103 [GLN] A:2186 [C] ❌ 7OF0_A:2186 no longer at interface
DJ:92 [LYS] DA:1076 [C] J:102 [ARG] A:2186 [C] ❌ 7OF0_A:2186 no longer at interface
DJ:131 [GLY] DA:1079 [C] J:149 [ARG] A:2189 [C] ❌ 7OF0_A:2189 no longer at interface
DJ:95 [LYS] DA:1076 [C] J:105 [GLY] A:2186 [C] ❌ 7OF0_A:2186 no longer at interface
DJ:134 [ARG] DA:1079 [C] J:150 [SER] A:2189 [C] ❌ 7OF0_A:2189 no longer at interface
DJ:30 [GLN] DA:1095 [A] J:42 [ARG] A:2205 [U] ❌ 7OF0_A:2205 no longer at interface
DJ:30 [GLN] DA:1096 [A] J:42 [ARG] A:2206 [C] ❌ 7OF0_A:2206 no longer at interface
DJ:128 [SER] DA:1079 [C] J:146 [GLY] A:2189 [C] ❌ 7OF0_A:2189 no longer at interface
DJ:92 [LYS] DA:1065 [U] J:102 [ARG] A:2176 [C] ❌ 4YBB_DA:1065 no longer at interface
DJ:94 [ASN] DA:1078 [U] J:104 [THR] A:2188 [A] ❌ 4YBB_DA:1078 no longer at interface
DJ:131 [GLY] DA:1078 [U] J:149 [ARG] A:2188 [A] ❌ 4YBB_DA:1078 no longer at interface
DJ:134 [ARG] DA:1078 [U] J:150 [SER] A:2188 [A] ❌ 4YBB_DA:1078 no longer at interface
DJ:29 [GLY] DA:1097 [U] J:41 [GLN] A:2207 [A] ❌ 4YBB_DJ:29, 4YBB_DA:1097 no longer at interface
DJ:30 [GLN] DA:1098 [A] J:42 [ARG] A:2208 [A] ❌ 4YBB_DA:1098 no longer at interface
DJ:86 [ILE] DA:1065 [U] J:99 [LYS] A:2176 [C] ❌ 4YBB_DJ:86, 4YBB_DA:1065 no longer at interface
DJ:73 [THR] DA:1060 [U] J:84 [GLN] A:2171 [U] ❌ 7OF0_J:84 no longer at interface
DJ:12 [GLN] DA:1060 [U] J:24 [VAL] A:2171 [U] ❌ 7OF0_J:24 no longer at interface
DJ:12 [GLN] DA:1061 [U] J:24 [VAL] A:2172 [A] ❌ 7OF0_J:24 no longer at interface
DJ:113 [LYS] DA:1059 [G] J:124 [LYS] A:2170 [G] ❌ 7OF0_J:124 no longer at interface
DJ:113 [LYS] DA:1060 [U] J:124 [LYS] A:2171 [U] ❌ 7OF0_J:124 no longer at interface
DJ:81 [LYS] DA:1063 [G] J:92 [LYS] A:2174 [G] ❌ 7OF0_J:92 no longer at interface
DJ:81 [LYS] DA:1064 [C] J:92 [LYS] A:2175 [C] ❌ 7OF0_J:92 no longer at interface
DJ:10 [LYS] DA:1060 [U] J:20 [ILE] A:2171 [U] ❌ 7OF0_J:20 no longer at interface
DJ:10 [LYS] DA:1061 [U] J:20 [ILE] A:2172 [A] ❌ 7OF0_J:20 no longer at interface
DJ:116 [ASP] DA:1058 [U] J:127 [ASP] A:2169 [A] ❌ 7OF0_J:127 no longer at interface
DJ:116 [ASP] DA:1059 [G] J:127 [ASP] A:2170 [G] ❌ 7OF0_J:127 no longer at interface
DJ:72 [LYS] DA:1058 [U] J:83 [GLY] A:2169 [A] ❌ 7OF0_J:83 no longer at interface
DJ:72 [LYS] DA:1059 [G] J:83 [GLY] A:2170 [G] ❌ 7OF0_J:83 no longer at interface
DJ:11 [LEU] DA:1061 [U] J:22 [ALA] A:2172 [A] ❌ 7OF0_J:22 no longer at interface
DJ:75 [PRO] DA:1059 [G] J:86 [THR] A:2170 [G] ❌ 7OF0_J:86 no longer at interface
DJ:75 [PRO] DA:1060 [U] J:86 [THR] A:2171 [U] ❌ 7OF0_J:86 no longer at interface
DJ:127 [ARG] DA:1080 [A] J:145 [ILE] A:2190 [C] ❌ 7OF0_J:145 no longer at interface
DJ:127 [ARG] DA:1081 [U] J:145 [ILE] A:2191 [A] ❌ 7OF0_J:145 no longer at interface
DJ:74 [PRO] DA:1060 [U] J:85 [PRO] A:2171 [U] ❌ 7OF0_J:85 no longer at interface
DJ:121 [ASP] DA:1082 [U] J:137 [LEU] A:2192 [A] ❌ 7OF0_J:137 no longer at interface
DJ:125 [MET] DA:1059 [G] J:143 [SER] A:2170 [G] ❌ 4YBB_DJ:125 no longer at interface
DJ:125 [MET] DA:1081 [U] J:143 [SER] A:2191 [A] ❌ 4YBB_DJ:125 no longer at interface
DJ:138 [LEU] DA:1063 [G] J:151 [LEU] A:2174 [G] ❌ 4YBB_DJ:138 no longer at interface
DJ:9 [VAL] DA:1058 [U] J:19 [VAL] A:2169 [A] ❌ 4YBB_DJ:9 no longer at interface
DJ:23 [PRO] DA:1061 [U] J:34 [PRO] A:2172 [A] ❌ 4YBB_DJ:23 no longer at interface
DJ:86 [ILE] DA:1064 [C] J:99 [LYS] A:2175 [C] ❌ 4YBB_DJ:86 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Ribosomal protein L11, C-terminal domain & Ribosomal protein L11/L12e N-terminal domain Bacterial large subunit ribosomal RNA 0.95 5.35 0.07 0.88 0.96 0.63 0.72 0.26 0.13 0.04 0.63


Other pairs involving 4YBB_DJ_DA or 7OF0_J_A

Total number of entries: 1

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4YBB_DJ_DA 7OF0_J_A 0.26 0.95 5.35 0.07 Ribosomal protein L11, C-terminal domain & Ribosomal protein L11/L12e N-terminal domain Bacterial large subunit ribosomal RNA compare