RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group21 > 6AZ3_I_1

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

6AZ3_I
6AZ3_1
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
I:2 [PRO] 1:846 [G] 4.67 1:699 [C] 56.25
I:2 [PRO] 1:847 [OMU] 3.86 1:698 [A] 56.25
I:2 [PRO] 1:1016 [A] 3.27 1:1007 [U] 56.25
I:2 [PRO] 1:1017 [U] 4.22 1:1006 [U] 56.25
I:2 [PRO] 1:1168 [A] 4.6 1:1021 [U] 56.25
I:2 [PRO] 1:1169 [A] 2.89 56.25
I:2 [PRO] 1:1170 [G] 3.62 1:1020 [C] 56.25
I:2 [PRO] 1:1171 [U] 4.32 1:1019 [G] 56.25
I:3 [LYS] 1:847 [OMU] 3.73 1:698 [A] 48.53
I:3 [LYS] 1:848 [U] 4.69 1:697 [A2M] 48.53
I:3 [LYS] 1:1016 [A] 3.56 1:1007 [U] 48.53
I:3 [LYS] 1:1017 [U] 2.85 1:1006 [U] 48.53
I:3 [LYS] 1:1169 [A] 4.99 48.53
I:4 [GLY] 1:1017 [U] 3.96 1:1006 [U] 68.62
I:4 [GLY] 1:1168 [A] 4.96 1:1021 [U] 68.62
I:5 [ASN] 1:700 [A] 4.98 1:845 [OMU] 94.35
I:5 [ASN] 1:1167 [C] 4.9 1:1022 [G] 94.35
I:5 [ASN] 1:1168 [A] 4.63 1:1021 [U] 94.35
I:6 [ASN] 1:846 [G] 3.31 1:699 [C] base:SC 77.31
I:6 [ASN] 1:847 [OMU] 3.03 1:698 [A] sugar:SC 77.31
I:6 [ASN] 1:1168 [A] 3.9 1:1021 [U] 77.31
I:7 [ALA] 1:699 [C] 3.3 1:846 [G] 53.58
I:7 [ALA] 1:847 [OMU] 4.4 1:698 [A] 53.58
I:9 [PRO] 1:698 [A] 4.3 1:847 [OMU] 71.11
I:9 [PRO] 1:847 [OMU] 4.34 1:698 [A] 71.11
I:9 [PRO] 1:848 [U] 3.35 1:697 [A2M] 71.11
I:10 [HIS] 1:84 [G] 4.0 sugar:BB 75.53
I:10 [HIS] 1:95 [G] 4.79 1:89 [C] 75.53
I:11 [VAL] 1:84 [G] 4.56 51.71
I:11 [VAL] 1:697 [A2M] 3.67 1:848 [U] 51.71
I:11 [VAL] 1:698 [A] 4.05 1:847 [OMU] 51.71
I:11 [VAL] 1:848 [U] 3.75 1:697 [A2M] 51.71
I:11 [VAL] 1:849 [U] 3.67 1:696 [A] 51.71
I:12 [HIS] 1:84 [G] 3.35 base/AA stacks 88.33
I:12 [HIS] 1:96 [C] 3.33 1:88 [G] 88.33
I:12 [HIS] 1:97 [G] 3.06 1:87 [A] base:SC 88.33
I:13 [GLN] 1:96 [C] 4.15 1:88 [G] 50.81
I:13 [GLN] 1:696 [A] 4.12 1:849 [U] 50.81
I:13 [GLN] 1:697 [A2M] 3.49 1:848 [U] 50.81
I:13 [GLN] 1:849 [U] 3.4 1:696 [A] 50.81
I:13 [GLN] 1:850 [G] 3.93 1:695 [OMC] 50.81
I:14 [LYS] 1:45 [U] 3.32 1:34 [C] 65.47
I:14 [LYS] 1:46 [A] 4.79 1:33 [A] 65.47
I:14 [LYS] 1:95 [G] 3.85 1:89 [C] 65.47
I:14 [LYS] 1:96 [C] 3.56 1:88 [G] 65.47
I:14 [LYS] 1:849 [U] 4.08 1:696 [A] 65.47
I:14 [LYS] 1:850 [G] 4.45 1:695 [OMC] 65.47
I:15 [LYS] 1:45 [U] 3.4 1:34 [C] 89.05
I:15 [LYS] 1:46 [A] 2.86 1:33 [A] 89.05
I:15 [LYS] 1:47 [C] 2.95 89.05
I:15 [LYS] 1:96 [C] 4.37 1:88 [G] 89.05
I:15 [LYS] 1:97 [G] 2.62 1:87 [A] 89.05
I:16 [HIS] 1:34 [C] 4.98 1:45 [U] 51.94
I:16 [HIS] 1:45 [U] 3.36 1:34 [C] sugar:SC 51.94
I:16 [HIS] 1:46 [A] 3.04 1:33 [A] 51.94
I:16 [HIS] 1:48 [OMU] 4.88 1:32 [A] 51.94
I:16 [HIS] 1:851 [G] 4.63 51.94
I:16 [HIS] 1:983 [U] 3.58 1:859 [A] 51.94
I:17 [TRP] 1:696 [A] 4.87 1:849 [U] 44.88
I:17 [TRP] 1:850 [G] 3.42 1:695 [OMC] 44.88
I:18 [ASN] 1:850 [G] 3.8 1:695 [OMC] 83.13
I:18 [ASN] 1:851 [G] 4.02 83.13
I:18 [ASN] 1:852 [A] 3.22 1:694 [U] base:SC 83.13
I:20 [CYS] 1:851 [G] 3.81 79.46
I:21 [SER] 1:982 [C] 4.08 1:860 [G] 56.14
I:21 [SER] 1:983 [U] 4.32 1:859 [A] 56.14
I:21 [SER] 1:984 [A] 3.61 56.14
I:22 [SER] 1:982 [C] 3.52 1:860 [G] 53.15
I:22 [SER] 1:983 [U] 3.09 1:859 [A] 53.15
I:23 [GLN] 1:48 [OMU] 3.75 1:32 [A] 61.53
I:23 [GLN] 1:982 [C] 3.48 1:860 [G] 61.53
I:23 [GLN] 1:983 [U] 2.73 1:859 [A] 61.53
I:24 [LYS] 1:25 [C] 3.86 1:56 [G] 68.36
I:24 [LYS] 1:49 [C] 3.61 1:31 [G] 68.36
I:24 [LYS] 1:50 [A] 4.44 1:30 [C] 68.36
I:24 [LYS] 1:367 [A] 3.32 68.36
I:24 [LYS] 1:368 [G] 3.22 68.36
I:25 [GLY] 1:367 [A] 3.63 34.49
I:26 [ASN] 1:367 [A] 3.57 base:SC 43.65
I:27 [VAL] 1:366 [C] 4.92 79.18
I:27 [VAL] 1:367 [A] 3.22 base:BB 79.18
I:28 [LYS] 1:78 [C] 4.94 1:104 [G] 75.22
I:28 [LYS] 1:79 [U] 4.39 1:103 [G] 75.22
I:28 [LYS] 1:364 [U] 4.21 75.22
I:28 [LYS] 1:365 [A] 3.88 75.22
I:28 [LYS] 1:367 [A] 4.93 75.22
I:30 [PHE] 1:79 [U] 3.91 1:103 [G] 31.4
I:30 [PHE] 1:80 [C] 4.54 1:102 [G] 31.4
I:30 [PHE] 1:715 [G] 4.06 1:735 [U] 31.4
I:31 [LEU] 1:729 [A] 3.67 70.09
I:33 [GLN] 1:714 [G] 4.94 86.16
I:33 [GLN] 1:715 [G] 2.86 1:735 [U] 86.16
I:33 [GLN] 1:716 [A] 2.69 1:734 [U] 86.16
I:34 [PRO] 1:729 [A] 3.33 74.86
I:34 [PRO] 1:730 [G] 3.72 1:721 [U] 74.86
I:36 [GLN] 1:364 [U] 4.13 62.62
I:37 [LYS] 1:716 [A] 3.59 1:734 [U] 85.52
I:37 [LYS] 1:717 [G] 3.26 1:733 [C] 85.52
I:37 [LYS] 1:718 [A] 4.97 85.52
I:38 [HIS] 1:724 [U] 4.96 1:727 [C] 14.68
I:39 [ARG] 1:363 [A] 4.08 1:76 [U] 73.2
I:40 [ARG] 1:105 [A] 3.33 1:77 [U] 96.46
I:40 [ARG] 1:106 [A] 4.16 96.46
I:40 [ARG] 1:364 [U] 4.3 96.46
I:40 [ARG] 1:716 [A] 3.59 1:734 [U] 96.46
I:40 [ARG] 1:717 [G] 2.84 1:733 [C] 96.46
I:41 [ARG] 1:717 [G] 4.78 1:733 [C] 58.74
I:41 [ARG] 1:718 [A] 2.86 58.74
I:41 [ARG] 1:719 [U] 2.18 1:732 [A] 58.74
I:41 [ARG] 1:722 [G] 2.94 58.74
I:44 [ARG] 1:105 [A] 3.89 1:77 [U] 92.29
I:44 [ARG] 1:106 [A] 2.76 92.29
I:44 [ARG] 1:717 [G] 3.24 1:733 [C] 92.29
I:44 [ARG] 1:718 [A] 2.69 92.29
I:45 [LEU] 1:722 [G] 2.9 base:BB 21.82
I:46 [LEU] 1:722 [G] 4.91 52.07
I:47 [LYS] 1:107 [C] 3.91 82.45
I:47 [LYS] 1:108 [G] 3.24 82.45
I:48 [ALA] 1:722 [G] 4.96 86.78
I:49 [LYS] 1:722 [G] 3.43 65.08
I:50 [LYS] 1:278 [U] 4.88 1:177 [A] 37.72
I:54 [ARG] 1:108 [G] 3.07 sugar:SC base/AA stacks 84.54
I:57 [LYS] 1:105 [A] 3.63 1:77 [U] 35.01
I:57 [LYS] 1:106 [A] 4.35 35.01
I:57 [LYS] 1:107 [C] 3.65 35.01
I:58 [ALA] 1:109 [A] 4.83 22.2
I:60 [ARG] 1:107 [C] 4.97 89.13
I:63 [VAL] 1:73 [U] 3.45 1:66 [A] 91.27
I:63 [VAL] 1:74 [G] 3.74 1:64 [A] 91.27
I:64 [ASN] 1:71 [C] 2.73 sugar:SC 70.55
I:64 [ASN] 1:72 [G] 4.07 1:67 [C] 70.55
I:64 [ASN] 1:73 [U] 3.3 1:66 [A] 70.55
I:65 [CYS] 1:70 [C] 3.98 1:68 [A] sugar:BB 58.78
I:65 [CYS] 1:71 [C] 4.91 58.78
I:65 [CYS] 1:72 [G] 3.34 1:67 [C] 58.78
I:65 [CYS] 1:102 [G] 3.91 1:80 [C] 58.78
I:65 [CYS] 1:103 [G] 4.94 1:79 [U] 58.78
I:66 [PRO] 1:68 [A] 4.64 1:70 [C] 73.73
I:66 [PRO] 1:70 [C] 3.3 1:68 [A] 73.73
I:66 [PRO] 1:72 [G] 3.45 1:67 [C] 73.73
I:66 [PRO] 1:73 [U] 4.31 1:66 [A] 73.73
I:66 [PRO] 1:101 [A] 3.66 1:81 [U] 73.73
I:66 [PRO] 1:102 [G] 3.48 1:80 [C] 73.73
I:67 [THR] 1:68 [A] 3.8 1:70 [C] 86.65
I:67 [THR] 1:69 [A2M] 3.82 86.65
I:67 [THR] 1:70 [C] 3.1 1:68 [A] base:BB 86.65
I:67 [THR] 1:101 [A] 2.4 1:81 [U] sugar:SC 86.65
I:68 [VAL] 1:70 [C] 4.01 1:68 [A] 17.7
I:69 [ARG] 1:101 [A] 4.2 1:81 [U] 78.33
I:69 [ARG] 1:738 [C] 3.43 1:712 [G] 78.33
I:69 [ARG] 1:739 [U] 2.62 1:711 [G] 78.33
I:70 [HIS] 1:101 [A] 3.12 1:81 [U] 82.88
I:70 [HIS] 1:102 [G] 3.33 1:80 [C] 82.88
I:70 [HIS] 1:737 [U] 4.36 1:713 [A] 82.88
I:70 [HIS] 1:738 [C] 2.99 1:712 [G] 82.88
I:71 [ASN] 1:70 [C] 2.37 1:68 [A] sugar:SC 92.21
I:71 [ASN] 1:71 [C] 3.32 base/AA stacks 92.21
I:72 [MET] 1:71 [C] 3.47 54.14
I:73 [LYS] 1:737 [U] 2.66 1:713 [A] 76.09
I:74 [ARG] 1:71 [C] 3.44 40.2
I:74 [ARG] 1:103 [G] 4.6 1:79 [U] 40.2
I:75 [ARG] 1:73 [U] 2.89 1:66 [A] 91.86
I:75 [ARG] 1:74 [G] 3.76 1:64 [A] 91.86
I:75 [ARG] 1:101 [A] 4.9 1:81 [U] 91.86
I:75 [ARG] 1:102 [G] 2.62 1:80 [C] 91.86
I:75 [ARG] 1:103 [G] 3.28 1:79 [U] 91.86
I:76 [LEU] 1:74 [G] 4.29 1:64 [A] 60.89
I:77 [GLY] 1:74 [G] 3.51 1:64 [A] 96.27
I:78 [ARG] 1:63 [A] 4.01 1:360 [U] 89.35
I:78 [ARG] 1:74 [G] 3.53 1:64 [A] 89.35
I:78 [ARG] 1:75 [A] 2.65 1:362 [A] base:SC 89.35
I:78 [ARG] 1:109 [A] 3.83 89.35
I:78 [ARG] 1:110 [A] 2.85 1:359 [U] 89.35
I:82 [PRO] 1:155 [A] 3.68 54.54
I:91 [ASN] 1:155 [A] 4.72 59.85
I:91 [ASN] 1:156 [A] 2.92 59.85
I:92 [PRO] 1:155 [A] 3.23 31.61
I:92 [PRO] 1:156 [A] 4.49 31.61
I:93 [GLN] 1:155 [A] 2.89 41.73
I:93 [GLN] 1:156 [A] 3.74 41.73
I:96 [ALA] 1:108 [G] 4.66 52.85
I:96 [ALA] 1:155 [A] 4.18 52.85
I:97 [THR] 1:108 [G] 2.76 base:BB 84.73
I:98 [ILE] 1:108 [G] 4.85 82.8
I:100 [ILE] 1:109 [A] 4.5 98.6
I:101 [ARG] 1:107 [C] 3.34 73.93
I:101 [ARG] 1:108 [G] 4.83 73.93
I:101 [ARG] 1:109 [A] 2.52 73.93
I:102 [VAL] 1:110 [A] 3.91 1:359 [U] 92.39
I:102 [VAL] 1:155 [A] 3.68 92.39
I:103 [ASP] 1:74 [G] 2.99 1:64 [A] sugar:SC, sugar:SC 99.0
I:104 [SER] 1:154 [A] 4.89 54.08
I:104 [SER] 1:155 [A] 2.43 base:SC 54.08
I:105 [ARG] 1:64 [A] 3.54 1:74 [G] base/AA stacks 97.45
I:105 [ARG] 1:74 [G] 2.72 1:64 [A] sugar:SC, sugar:SC 97.45
I:105 [ARG] 1:75 [A] 3.22 1:362 [A] 97.45
I:105 [ARG] 1:110 [A] 5.0 1:359 [U] 97.45
I:105 [ARG] 1:353 [C] 4.28 1:338 [G] 97.45
I:106 [ARG] 1:73 [U] 4.28 1:66 [A] 98.92
I:106 [ARG] 1:74 [G] 3.54 1:64 [A] 98.92
I:107 [LYS] 1:66 [A] 4.47 1:73 [U] 60.05
I:107 [LYS] 1:72 [G] 4.25 1:67 [C] 60.05
I:107 [LYS] 1:73 [U] 2.4 1:66 [A] base:SC 60.05
I:107 [LYS] 1:74 [G] 2.48 1:64 [A] base:SC 60.05
I:107 [LYS] 1:352 [G] 3.56 1:339 [C] 60.05
I:107 [LYS] 1:353 [C] 3.68 1:338 [G] 60.05
I:109 [LYS] 1:72 [G] 3.22 1:67 [C] base:SC 59.4
I:109 [LYS] 1:351 [U] 3.8 1:340 [A] 59.4
I:109 [LYS] 1:352 [G] 3.36 1:339 [C] 59.4
I:110 [SER] 1:71 [C] 4.33 89.69
I:110 [SER] 1:72 [G] 2.71 1:67 [C] 89.69
I:133 [MET] 1:167 [U] 4.83 1:288 [A] 63.45
I:133 [MET] 1:280 [A] 4.71 63.45
I:134 [ASN] 1:166 [G] 4.79 1:289 [U] 57.89
I:134 [ASN] 1:167 [U] 2.96 1:288 [A] 57.89
I:135 [HIS] 1:279 [G] 3.61 base/AA stacks 12.11
I:145 [GLU] 1:279 [G] 3.13 base:SC 38.23
I:148 [VAL] 1:279 [G] 4.28 22.36
I:155 [ARG] 1:718 [A] 4.24 16.45
I:157 [ARG] 1:104 [G] 3.04 1:78 [C] 39.3
I:157 [ARG] 1:105 [A] 3.1 1:77 [U] 39.3
I:157 [ARG] 1:716 [A] 3.35 1:734 [U] sugar:SC 39.3
I:157 [ARG] 1:717 [G] 2.59 1:733 [C] 39.3
I:157 [ARG] 1:718 [A] 4.56 39.3
I:158 [PHE] 1:104 [G] 3.44 1:78 [C] 18.08
I:168 [TYR] 1:737 [U] 4.16 1:713 [A] 29.79
I:185 [CYS] 1:763 [U] 3.61 14.41
I:187 [TYR] 1:751 [G] 3.7 1:744 [C] 50.04
I:187 [TYR] 1:752 [G] 3.64 50.04
I:187 [TYR] 1:763 [U] 3.59 50.04
I:188 [ALA] 1:763 [U] 3.72 0.37
I:191 [LYS] 1:750 [G] 3.23 1:745 [U] 82.14
I:191 [LYS] 1:751 [G] 2.72 1:744 [C] 82.14
I:194 [HIS] 1:750 [G] 3.14 1:745 [U] 81.37
I:194 [HIS] 1:751 [G] 4.42 1:744 [C] 81.37
I:198 [ARG] 1:749 [A] 2.93 1:746 [G] sugar:SC 68.26
I:198 [ARG] 1:750 [G] 3.47 1:745 [U] 68.26

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group21 6AZ3_I_1 I: Ribosomal protein el13, Leishmania donovani (natural) 1: rRNA alpha, Leishmania donovani (natural) RPL13 Eukaryotic large subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 1

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6AZ3_I_1 7O7Y_BL_B5 0.69 0.92 1.42 0.3 RPL13 Eukaryotic large subunit ribosomal RNA compare