Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 1VQ8_I
|
1VQ8_0
|
1YHQ_I
|
1YHQ_0
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| I:112 [LYS] | 0:1163 [G] | I:107 [LYS] | 0:1163 [G] | ✔ |
| I:112 [LYS] | 0:1164 [U] | I:107 [LYS] | 0:1164 [U] | ✔ |
| I:131 [THR] | 0:1164 [U] | I:126 [THR] | 0:1164 [U] | ✔ |
| I:131 [THR] | 0:1166 [A] | I:126 [THR] | 0:1166 [A] | ✔ |
| I:131 [THR] | 0:1192 [A] | I:126 [THR] | 0:1192 [A] | ✔ |
| I:91 [GLU] | 0:1180 [U] | I:86 [GLU] | 0:1180 [U] | ✔ |
| I:130 [GLY] | 0:1163 [G] | I:125 [GLY] | 0:1163 [G] | ✔ |
| I:130 [GLY] | 0:1183 [C] | I:125 [GLY] | 0:1183 [C] | ✔ |
| I:130 [GLY] | 0:1192 [A] | I:125 [GLY] | 0:1192 [A] | ✔ |
| I:127 [GLU] | 0:1162 [G] | I:122 [GLU] | 0:1162 [G] | ✔ |
| I:127 [GLU] | 0:1163 [G] | I:122 [GLU] | 0:1163 [G] | ✔ |
| I:127 [GLU] | 0:1184 [C] | I:122 [GLU] | 0:1184 [C] | ✔ |
| I:127 [GLU] | 0:1185 [U] | I:122 [GLU] | 0:1185 [U] | ✔ |
| I:117 [LEU] | 0:1161 [A] | I:112 [LEU] | 0:1161 [A] | ✔ |
| I:117 [LEU] | 0:1162 [G] | I:112 [LEU] | 0:1162 [G] | ✔ |
| I:117 [LEU] | 0:1185 [U] | I:112 [LEU] | 0:1185 [U] | ✔ |
| I:117 [LEU] | 0:1186 [C] | I:112 [LEU] | 0:1186 [C] | ✔ |
| I:88 [GLY] | 0:1167 [G] | I:83 [GLY] | 0:1167 [G] | ✔ |
| I:88 [GLY] | 0:1168 [C] | I:83 [GLY] | 0:1168 [C] | ✔ |
| I:126 [LYS] | 0:1184 [C] | I:121 [LYS] | 0:1184 [C] | ✔ |
| I:126 [LYS] | 0:1185 [U] | I:121 [LYS] | 0:1185 [U] | ✔ |
| I:118 [SER] | 0:1185 [U] | I:113 [SER] | 0:1185 [U] | ✔ |
| I:118 [SER] | 0:1186 [C] | I:113 [SER] | 0:1186 [C] | ✔ |
| I:134 [SER] | 0:1181 [A] | I:129 [SER] | 0:1181 [A] | ✔ |
| I:134 [SER] | 0:1192 [A] | I:129 [SER] | 0:1192 [A] | ✔ |
| I:94 [GLU] | 0:1180 [U] | I:89 [GLU] | 0:1180 [U] | ✔ |
| I:94 [GLU] | 0:1181 [A] | I:89 [GLU] | 0:1181 [A] | ✔ |
| I:73 [PRO] | 0:1164 [U] | I:68 [PRO] | 0:1164 [U] | ✔ |
| I:90 [GLY] | 0:1167 [G] | I:85 [GLY] | 0:1167 [G] | ✔ |
| I:90 [GLY] | 0:1168 [C] | I:85 [GLY] | 0:1168 [C] | ✔ |
| I:90 [GLY] | 0:1180 [U] | I:85 [GLY] | 0:1180 [U] | ✔ |
| I:119 [TYR] | 0:1186 [C] | I:114 [TYR] | 0:1186 [C] | ✔ |
| I:119 [TYR] | 0:1187 [U] | I:114 [TYR] | 0:1187 [U] | ✔ |
| I:76 [ALA] | 0:1166 [A] | I:71 [ALA] | 0:1166 [A] | ✔ |
| I:76 [ALA] | 0:1167 [G] | I:71 [ALA] | 0:1167 [G] | ✔ |
| I:116 [LEU] | 0:1162 [G] | I:111 [LEU] | 0:1162 [G] | ✔ |
| I:116 [LEU] | 0:1163 [G] | I:111 [LEU] | 0:1163 [G] | ✔ |
| I:89 [SER] | 0:1167 [G] | I:84 [SER] | 0:1167 [G] | ✔ |
| I:89 [SER] | 0:1168 [C] | I:84 [SER] | 0:1168 [C] | ✔ |
| I:80 [LYS] | 0:1167 [G] | I:75 [LYS] | 0:1167 [G] | ✔ |
| I:80 [LYS] | 0:1168 [C] | I:75 [LYS] | 0:1168 [C] | ✔ |
| I:87 [THR] | 0:1168 [C] | I:82 [THR] | 0:1168 [C] | ✔ |
| I:87 [THR] | 0:1169 [U] | I:82 [THR] | 0:1169 [U] | ✔ |
| I:135 [LEU] | 0:1167 [G] | I:130 [LEU] | 0:1167 [G] | ✔ |
| I:74 [PRO] | 0:1164 [U] | I:69 [PRO] | 0:1164 [U] | ✔ |
| I:115 [ASP] | 0:1162 [G] | I:110 [ASP] | 0:1162 [G] | ✔ |
| I:115 [ASP] | 0:1163 [G] | I:110 [ASP] | 0:1163 [G] | ✔ |
| I:115 [ASP] | 0:1164 [U] | I:110 [ASP] | 0:1164 [U] | ✔ |
| I:93 [GLN] | 0:1182 [C] | I:88 [GLN] | 0:1182 [C] | ✔ |
| I:75 [THR] | 0:1163 [G] | I:70 [THR] | 0:1163 [G] | ✔ |
| I:75 [THR] | 0:1164 [U] | I:70 [THR] | 0:1164 [U] | ✔ |
| I:123 [ASN] | 0:1185 [U] | I:118 [ASN] | 0:1185 [U] | ✔ |
| I:123 [ASN] | 0:1186 [C] | I:118 [ASN] | 0:1186 [C] | ✔ |
| I:129 [VAL] | 0:1183 [C] | I:124 [VAL] | 0:1183 [C] | ✔ |
| I:92 [PRO] | 0:1180 [U] | I:87 [PRO] | 0:1180 [U] | ✔ |
| I:92 [PRO] | 0:1181 [A] | I:87 [PRO] | 0:1181 [A] | ✔ |
| I:86 [GLU] | 0:1168 [C] | I:81 [GLU] | 0:1168 [C] | ✔ |
| I:131 [THR] | 0:1183 [C] | I:126 [THR] | 0:1183 [C] | ❌ 1YHQ_I_0 |
| I:134 [SER] | 0:1167 [G] | I:129 [SER] | 0:1167 [G] | ❌ 1YHQ_I_0 |
| I:76 [ALA] | 0:1164 [U] | I:71 [ALA] | 0:1164 [U] | ❌ 1YHQ_I_0 |
| I:74 [PRO] | 0:1163 [G] | I:69 [PRO] | 0:1163 [G] | ❌ 1YHQ_I_0 |
| I:93 [GLN] | 0:1181 [A] | I:88 [GLN] | 0:1181 [A] | ❌ 1YHQ_I_0 |
| I:129 [VAL] | 0:1184 [C] | I:124 [VAL] | 0:1184 [C] | ❌ 1YHQ_I_0 |
| I:130 [GLY] | 0:1164 [U] | I:125 [GLY] | 0:1164 [U] | ❌ 1VQ8_I_0 |
| I:131 [THR] | 0:1163 [G] | I:126 [THR] | 0:1163 [G] | ❌ 1VQ8_I_0 |
| I:77 [GLU] | 0:1167 [G] | I:72 [GLU] | 0:1167 [G] | ❌ 1YHQ_I:72 no longer at interface |
| I:72 [VAL] | 0:1164 [U] | I:67 [VAL] | 0:1164 [U] | ❌ 1YHQ_I:67 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ribosomal protein L11, C-terminal domain | Archaeal large subunit ribosomal RNA | 1.0 | 0.46 | 1.00 | 0.99 | 1.0 | 1.0 | 1.0 | 0.98 | 0.98 | 0.86 | 0.20 |
Other pairs involving 1VQ8_I_0 or 1YHQ_I_0
Total number of entries: 3
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1VQ8_I_0 | 1YHQ_I_0 | 0.98 | 1.0 | 0.46 | 1.0 | Ribosomal protein L11, C-terminal domain | Archaeal large subunit ribosomal RNA | compare |
| 1VQ8_I_0 | 7O7Y_Bt_B5 | 0.48 | 0.93 | 4.18 | 0.2 | Ribosomal protein L11, C-terminal domain | compare | |
| 1YHQ_I_0 | 7O7Y_Bt_B5 | 0.47 | 0.93 | 4.06 | 0.21 | Ribosomal protein L11, C-terminal domain | compare |