RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group43 > 4Y4O_11_1A vs 7K00_w_a

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4Y4O_11
4Y4O_1A
7K00_w
7K00_a
Conserved?
11:13 [ILE] 1A:177 [G] w:13 [VAL] a:188 [G] ✔
11:13 [ILE] 1A:423 [G] w:13 [VAL] a:396 [G] ✔
11:10 [LYS] 1A:423 [G] w:10 [LYS] a:396 [G] ✔
11:10 [LYS] 1A:424 [G] w:10 [LYS] a:397 [U] ✔
11:50 [ARG] 1A:2221 [A] w:37 [ARG] a:2199 [A] ✔
11:50 [ARG] 1A:2222 [C] w:37 [ARG] a:2200 [C] ✔
11:67 [ILE] 1A:2113 [U] w:56 [MET] a:2091 [C] ✔
11:68 [PRO] 1A:399 [G] w:58 [VAL] a:372 [G] ✔
11:41 [ARG] 1A:1410 [G] w:28 [ARG] a:1364 [G] ✔
11:41 [ARG] 1A:1411 [A] w:28 [ARG] a:1365 [A] ✔
11:41 [ARG] 1A:2243 [C] w:28 [ARG] a:2231 [U] ✔
11:40 [ARG] 1A:406 [G] w:27 [ARG] a:379 [G] ✔
11:40 [ARG] 1A:2243 [C] w:27 [ARG] a:2231 [U] ✔
11:40 [ARG] 1A:2244 [U] w:27 [ARG] a:2232 [C] ✔
11:3 [LYS] 1A:1410 [G] w:3 [ARG] a:1364 [G] ✔
11:3 [LYS] 1A:1411 [A] w:3 [ARG] a:1365 [A] ✔
11:63 [ALA] 1A:424 [G] w:52 [SER] a:397 [U] ✔
11:18 [ILE] 1A:407 [U] w:18 [ARG] a:380 [G] ✔
11:18 [ILE] 1A:408 [G] w:18 [ARG] a:381 [G] ✔
11:17 [SER] 1A:2103 [C] w:17 [ASN] a:2081 [U] ✔
11:2 [SER] 1A:1410 [G] w:2 [SER] a:1364 [G] ✔
11:2 [SER] 1A:1411 [A] w:2 [SER] a:1365 [A] ✔
11:65 [SER] 1A:399 [G] w:54 [LYS] a:372 [G] ✔
11:65 [SER] 1A:425 [G] w:54 [LYS] a:398 [C] ✔
11:15 [ALA] 1A:407 [U] w:15 [GLY] a:380 [G] ✔
11:47 [GLN] 1A:2112 [G] w:34 [HIS] a:2090 [A] ✔
11:47 [GLN] 1A:2113 [U] w:34 [HIS] a:2091 [C] ✔
11:47 [GLN] 1A:2240 [G] w:34 [HIS] a:2228 [G] ✔
11:47 [GLN] 1A:2241 [C] w:34 [HIS] a:2229 [U] ✔
11:34 [THR] 1A:189 [U] w:22 [LEU] a:200 [U] ✔
11:34 [THR] 1A:414 [U] w:22 [LEU] a:387 [U] ✔
11:37 [ILE] 1A:189 [U] w:24 [ALA] a:200 [U] ✔
11:37 [ILE] 1A:190 [C] w:24 [ALA] a:201 [C] ✔
11:64 [ALA] 1A:425 [G] w:53 [ALA] a:398 [C] ✔
11:64 [ALA] 1A:2112 [G] w:53 [ALA] a:2090 [A] ✔
11:64 [ALA] 1A:2113 [U] w:53 [ALA] a:2091 [C] ✔
11:11 [ARG] 1A:423 [G] w:11 [ARG] a:396 [G] ✔
11:11 [ARG] 1A:1411 [A] w:11 [ARG] a:1365 [A] ✔
11:46 [LEU] 1A:2241 [C] w:33 [LEU] a:2229 [U] ✔
11:46 [LEU] 1A:2242 [G] w:33 [LEU] a:2230 [G] ✔
11:19 [GLN] 1A:2102 [G] w:19 [SER] a:2080 [A] ✔
11:19 [GLN] 1A:2103 [C] w:19 [SER] a:2081 [U] ✔
11:36 [GLY] 1A:189 [U] w:23 [ASN] a:200 [U] ✔
11:36 [GLY] 1A:2101 [U] w:23 [ASN] a:2079 [U] ✔
11:36 [GLY] 1A:2102 [G] w:23 [ASN] a:2080 [A] ✔
11:48 [LYS] 1A:2222 [C] w:35 [SER] a:2200 [C] ✔
11:39 [LYS] 1A:178 [G] w:26 [LYS] a:189 [G] ✔
11:39 [LYS] 1A:179 [A] w:26 [LYS] a:190 [A] ✔
11:39 [LYS] 1A:194 [G] w:26 [LYS] a:205 [G] ✔
11:45 [ASN] 1A:423 [G] w:32 [ASN] a:396 [G] ✔
11:45 [ASN] 1A:424 [G] w:32 [ASN] a:397 [U] ✔
11:45 [ASN] 1A:425 [G] w:32 [ASN] a:398 [C] ✔
11:45 [ASN] 1A:2112 [G] w:32 [ASN] a:2090 [A] ✔
11:45 [ASN] 1A:2241 [C] w:32 [ASN] a:2229 [U] ✔
11:45 [ASN] 1A:2242 [G] w:32 [ASN] a:2230 [G] ✔
11:16 [ASN] 1A:407 [U] w:16 [ASN] a:380 [G] ✔
11:16 [ASN] 1A:408 [G] w:16 [ASN] a:381 [G] ✔
11:12 [PRO] 1A:177 [G] w:12 [PRO] a:188 [G] ✔
11:12 [PRO] 1A:1411 [A] w:12 [PRO] a:1365 [A] ✔
11:43 [TYR] 1A:423 [G] w:30 [LEU] a:396 [G] ✔
11:43 [TYR] 1A:424 [G] w:30 [LEU] a:397 [U] ✔
11:43 [TYR] 1A:1411 [A] w:30 [LEU] a:1365 [A] ✔
11:43 [TYR] 1A:2242 [G] w:30 [LEU] a:2230 [G] ✔
11:43 [TYR] 1A:2243 [C] w:30 [LEU] a:2231 [U] ✔
11:42 [GLN] 1A:406 [G] w:29 [PHE] a:379 [G] ✔
11:42 [GLN] 1A:423 [G] w:29 [PHE] a:396 [G] ✔
11:42 [GLN] 1A:2242 [G] w:29 [PHE] a:2230 [G] ✔
11:42 [GLN] 1A:2243 [C] w:29 [PHE] a:2231 [U] ✔
11:42 [GLN] 1A:2244 [U] w:29 [PHE] a:2232 [C] ✔
11:38 [SER] 1A:2102 [G] w:25 [THR] a:2080 [A] ✔
11:38 [SER] 1A:2103 [C] w:25 [THR] a:2081 [U] ✔
11:33 [LYS] 1A:2444 [A] w:21 [ALA] a:2432 [A] ✔
11:44 [PRO] 1A:423 [G] w:31 [PRO] a:396 [G] ✔
11:44 [PRO] 1A:424 [G] w:31 [PRO] a:397 [U] ✔
11:44 [PRO] 1A:2242 [G] w:31 [PRO] a:2230 [G] ✔
11:61 [ARG] 1A:1409 [C] w:50 [ARG] a:1363 [C] ✔
11:61 [ARG] 1A:1410 [G] w:50 [ARG] a:1364 [G] ✔
11:14 [VAL] 1A:177 [G] w:14 [THR] a:188 [G] ✔
11:14 [VAL] 1A:178 [G] w:14 [THR] a:189 [G] ✔
11:14 [VAL] 1A:407 [U] w:14 [THR] a:380 [G] ✔
11:13 [ILE] 1A:406 [G] w:13 [VAL] a:379 [G] ❌ 7K00_w_a
11:13 [ILE] 1A:422 [U] w:13 [VAL] a:395 [U] ❌ 7K00_w_a
11:10 [LYS] 1A:400 [U] w:10 [LYS] a:373 [U] ❌ 7K00_w_a
11:3 [LYS] 1A:1412 [A] w:3 [ARG] a:1366 [A] ❌ 7K00_w_a
11:17 [SER] 1A:407 [U] w:17 [ASN] a:380 [G] ❌ 7K00_w_a
11:2 [SER] 1A:1409 [C] w:2 [SER] a:1363 [C] ❌ 7K00_w_a
11:15 [ALA] 1A:406 [G] w:15 [GLY] a:379 [G] ❌ 7K00_w_a
11:34 [THR] 1A:2444 [A] w:22 [LEU] a:2432 [A] ❌ 7K00_w_a
11:34 [THR] 1A:2445 [A] w:22 [LEU] a:2433 [A] ❌ 7K00_w_a
11:37 [ILE] 1A:408 [G] w:24 [ALA] a:381 [G] ❌ 7K00_w_a
11:11 [ARG] 1A:1412 [A] w:11 [ARG] a:1366 [A] ❌ 7K00_w_a
11:48 [LYS] 1A:2221 [A] w:35 [SER] a:2199 [A] ❌ 7K00_w_a
11:45 [ASN] 1A:2113 [U] w:32 [ASN] a:2091 [C] ❌ 7K00_w_a
11:16 [ASN] 1A:406 [G] w:16 [ASN] a:379 [G] ❌ 7K00_w_a
11:43 [TYR] 1A:1839 [U] w:30 [LEU] a:1808 [A] ❌ 7K00_w_a
11:20 [ARG] 1A:407 [U] w:20 [HIS] a:380 [G] ❌ 7K00_w_a
11:20 [ARG] 1A:413 [G] w:20 [HIS] a:386 [G] ❌ 7K00_w_a
11:20 [ARG] 1A:414 [U] w:20 [HIS] a:387 [U] ❌ 7K00_w_a
11:10 [LYS] 1A:422 [U] w:10 [LYS] a:395 [U] ❌ 4Y4O_11_1A
11:15 [ALA] 1A:408 [G] w:15 [GLY] a:381 [G] ❌ 4Y4O_11_1A
11:18 [ILE] 1A:189 [U] w:18 [ARG] a:200 [U] ❌ 4Y4O_11_1A
11:18 [ILE] 1A:2103 [C] w:18 [ARG] a:2081 [U] ❌ 4Y4O_11_1A
11:18 [ILE] 1A:190 [C] w:18 [ARG] a:201 [C] ❌ 4Y4O_11_1A
11:19 [GLN] 1A:2101 [U] w:19 [SER] a:2079 [U] ❌ 4Y4O_11_1A
11:2 [SER] 1A:1412 [A] w:2 [SER] a:1366 [A] ❌ 4Y4O_11_1A
11:20 [ARG] 1A:2444 [A] w:20 [HIS] a:2432 [A] ❌ 4Y4O_11_1A
11:20 [ARG] 1A:2102 [G] w:20 [HIS] a:2080 [A] ❌ 4Y4O_11_1A
11:33 [LYS] 1A:189 [U] w:21 [ALA] a:200 [U] ❌ 4Y4O_11_1A
11:33 [LYS] 1A:2445 [A] w:21 [ALA] a:2433 [A] ❌ 4Y4O_11_1A
11:33 [LYS] 1A:2101 [U] w:21 [ALA] a:2079 [U] ❌ 4Y4O_11_1A
11:33 [LYS] 1A:2102 [G] w:21 [ALA] a:2080 [A] ❌ 4Y4O_11_1A
11:34 [THR] 1A:413 [G] w:22 [LEU] a:386 [G] ❌ 4Y4O_11_1A
11:34 [THR] 1A:190 [C] w:22 [LEU] a:201 [C] ❌ 4Y4O_11_1A
11:41 [ARG] 1A:1839 [U] w:28 [ARG] a:1808 [A] ❌ 4Y4O_11_1A
11:42 [GLN] 1A:407 [U] w:29 [PHE] a:380 [G] ❌ 4Y4O_11_1A
11:3 [LYS] 1A:1839 [U] w:3 [ARG] a:1808 [A] ❌ 4Y4O_11_1A
11:65 [SER] 1A:400 [U] w:54 [LYS] a:373 [U] ❌ 4Y4O_11_1A
11:48 [LYS] 1A:2223 [C] w:35 [SER] a:2201 [G] ❌ 7K00_a:2201 no longer at interface
11:33 [LYS] 1A:237 [G] w:21 [ALA] a:248 [G] ❌ 7K00_a:248 no longer at interface
11:52 [ARG] 1A:2230 [U] w:39 [TRP] a:2218 [G] ❌ 7K00_w:39, 7K00_a:2218 no longer at interface
11:55 [GLY] 1A:2230 [U] w:44 [LYS] a:2218 [G] ❌ 7K00_w:44, 7K00_a:2218 no longer at interface
11:17 [SER] 1A:2104 [A] w:17 [ASN] a:2082 [A] ❌ 4Y4O_1A:2104 no longer at interface
11:36 [GLY] 1A:188 [A] w:23 [ASN] a:199 [A] ❌ 4Y4O_1A:188 no longer at interface
11:3 [LYS] 1A:1840 [A] w:3 [ARG] a:1809 [A] ❌ 4Y4O_1A:1840 no longer at interface
11:49 [VAL] 1A:2114 [U] w:36 [HIS] a:2092 [U] ❌ 4Y4O_11:49, 4Y4O_1A:2114 no longer at interface
11:59 [THR] 1A:2229 [A] w:48 [THR] a:2217 [G] ❌ 4Y4O_11:59, 4Y4O_1A:2229 no longer at interface
11:67 [ILE] 1A:2114 [U] w:56 [MET] a:2092 [U] ❌ 4Y4O_1A:2114 no longer at interface
11:66 [HIS] 1A:399 [G] w:55 [GLY] a:372 [G] ❌ 7K00_w:55 no longer at interface
11:66 [HIS] 1A:400 [U] w:55 [GLY] a:373 [U] ❌ 7K00_w:55 no longer at interface
11:69 [LYS] 1A:399 [G] w:59 [ILE] a:372 [G] ❌ 7K00_w:59 no longer at interface
11:49 [VAL] 1A:2113 [U] w:36 [HIS] a:2091 [C] ❌ 4Y4O_11:49 no longer at interface
11:49 [VAL] 1A:2221 [A] w:36 [HIS] a:2199 [A] ❌ 4Y4O_11:49 no longer at interface
11:49 [VAL] 1A:2222 [C] w:36 [HIS] a:2200 [C] ❌ 4Y4O_11:49 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Ribosomal protein L28 Bacterial large subunit ribosomal RNA 0.96 1.92 0.33 0.68 0.96 0.83 0.8 0.72 0.70 0.37 0.30


Other pairs involving 4Y4O_11_1A or 7K00_w_a

Total number of entries: 2

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_11_1A 7RYG_W_A 0.74 0.96 2.57 0.35 Ribosomal protein L28 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_11_1A 7K00_w_a 0.72 0.96 1.92 0.33 Ribosomal protein L28 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare