Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7K00_w
|
7K00_a
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| w:2 [SER] | a:1364 [G] | 3.22 | a:1367 [A] | base:BB | 71.79 | |
| w:2 [SER] | a:1365 [A] | 3.12 | 71.79 | |||
| w:2 [SER] | a:1366 [A] | 2.96 | 71.79 | |||
| w:3 [ARG] | a:1364 [G] | 3.35 | a:1367 [A] | 70.43 | ||
| w:3 [ARG] | a:1365 [A] | 2.72 | 70.43 | |||
| w:3 [ARG] | a:1808 [A] | 3.12 | sugar:SC | 70.43 | ||
| w:3 [ARG] | a:1809 [A] | 3.84 | sugar:SC | 70.43 | ||
| w:10 [LYS] | a:395 [U] | 4.61 | a:379 [G] | 80.47 | ||
| w:10 [LYS] | a:396 [G] | 3.12 | a:378 [C] | 80.47 | ||
| w:10 [LYS] | a:397 [U] | 2.59 | a:377 [G] | 80.47 | ||
| w:11 [ARG] | a:396 [G] | 3.73 | a:378 [C] | 46.1 | ||
| w:11 [ARG] | a:1365 [A] | 3.4 | sugar:SC | 46.1 | ||
| w:12 [PRO] | a:188 [G] | 4.2 | a:208 [C] | 47.61 | ||
| w:12 [PRO] | a:1365 [A] | 3.64 | 47.61 | |||
| w:13 [VAL] | a:188 [G] | 4.2 | a:208 [C] | 34.89 | ||
| w:13 [VAL] | a:396 [G] | 3.32 | a:378 [C] | 34.89 | ||
| w:14 [THR] | a:188 [G] | 3.86 | a:208 [C] | 15.65 | ||
| w:14 [THR] | a:189 [G] | 3.1 | a:207 [A] | 15.65 | ||
| w:14 [THR] | a:380 [G] | 4.84 | a:394 [C] | 15.65 | ||
| w:15 [GLY] | a:380 [G] | 3.17 | a:394 [C] | 95.39 | ||
| w:15 [GLY] | a:381 [G] | 4.63 | a:393 [C] | 95.39 | ||
| w:16 [ASN] | a:380 [G] | 3.01 | a:394 [C] | sugar:BB | 84.87 | |
| w:16 [ASN] | a:381 [G] | 2.99 | a:393 [C] | 84.87 | ||
| w:17 [ASN] | a:2081 [U] | 4.29 | a:2239 [G] | 62.72 | ||
| w:17 [ASN] | a:2082 [A] | 4.28 | a:2237 [G] | 62.72 | ||
| w:18 [ARG] | a:200 [U] | 3.88 | a:250 [G] | 82.24 | ||
| w:18 [ARG] | a:201 [C] | 2.83 | a:194 [G] | 82.24 | ||
| w:18 [ARG] | a:380 [G] | 3.76 | a:394 [C] | 82.24 | ||
| w:18 [ARG] | a:381 [G] | 2.79 | a:393 [C] | 82.24 | ||
| w:18 [ARG] | a:2081 [U] | 4.85 | a:2239 [G] | 82.24 | ||
| w:19 [SER] | a:2079 [U] | 4.66 | a:2241 [A] | 95.09 | ||
| w:19 [SER] | a:2080 [A] | 3.01 | a:2240 [U] | 95.09 | ||
| w:19 [SER] | a:2081 [U] | 4.5 | a:2239 [G] | 95.09 | ||
| w:20 [HIS] | a:2080 [A] | 3.35 | a:2240 [U] | 86.58 | ||
| w:20 [HIS] | a:2432 [A] | 4.75 | 86.58 | |||
| w:21 [ALA] | a:200 [U] | 3.55 | a:250 [G] | 85.85 | ||
| w:21 [ALA] | a:2079 [U] | 3.37 | a:2241 [A] | 85.85 | ||
| w:21 [ALA] | a:2080 [A] | 2.82 | a:2240 [U] | 85.85 | ||
| w:21 [ALA] | a:2432 [A] | 3.14 | base:BB | 85.85 | ||
| w:21 [ALA] | a:2433 [A] | 3.72 | 85.85 | |||
| w:22 [LEU] | a:200 [U] | 3.53 | a:250 [G] | 73.56 | ||
| w:22 [LEU] | a:201 [C] | 4.24 | a:194 [G] | 73.56 | ||
| w:22 [LEU] | a:386 [G] | 4.74 | 73.56 | |||
| w:22 [LEU] | a:387 [U] | 3.44 | 73.56 | |||
| w:23 [ASN] | a:199 [A] | 3.23 | 70.51 | |||
| w:23 [ASN] | a:200 [U] | 3.14 | a:250 [G] | 70.51 | ||
| w:23 [ASN] | a:2079 [U] | 2.53 | a:2241 [A] | sugar:SC | 70.51 | |
| w:23 [ASN] | a:2080 [A] | 3.28 | a:2240 [U] | 70.51 | ||
| w:24 [ALA] | a:200 [U] | 4.42 | a:250 [G] | 65.89 | ||
| w:24 [ALA] | a:201 [C] | 4.86 | a:194 [G] | 65.89 | ||
| w:25 [THR] | a:2080 [A] | 3.89 | a:2240 [U] | 91.76 | ||
| w:25 [THR] | a:2081 [U] | 3.49 | a:2239 [G] | 91.76 | ||
| w:26 [LYS] | a:189 [G] | 2.68 | a:207 [A] | 64.48 | ||
| w:26 [LYS] | a:190 [A] | 3.45 | a:206 [U] | 64.48 | ||
| w:26 [LYS] | a:205 [G] | 3.15 | base:SC | 64.48 | ||
| w:27 [ARG] | a:379 [G] | 3.83 | a:395 [U] | 94.03 | ||
| w:27 [ARG] | a:2231 [U] | 3.5 | a:2088 [A] | 94.03 | ||
| w:27 [ARG] | a:2232 [C] | 2.94 | a:2087 [G] | 94.03 | ||
| w:28 [ARG] | a:1364 [G] | 4.16 | a:1367 [A] | 59.09 | ||
| w:28 [ARG] | a:1365 [A] | 2.54 | sugar:SC | 59.09 | ||
| w:28 [ARG] | a:1808 [A] | 3.39 | base/AA stacks | 59.09 | ||
| w:28 [ARG] | a:2231 [U] | 3.66 | a:2088 [A] | 59.09 | ||
| w:29 [PHE] | a:379 [G] | 3.63 | a:395 [U] | 56.52 | ||
| w:29 [PHE] | a:380 [G] | 3.55 | a:394 [C] | 56.52 | ||
| w:29 [PHE] | a:396 [G] | 3.44 | a:378 [C] | 56.52 | ||
| w:29 [PHE] | a:2230 [G] | 4.89 | a:2089 [C] | 56.52 | ||
| w:29 [PHE] | a:2231 [U] | 3.59 | a:2088 [A] | 56.52 | ||
| w:29 [PHE] | a:2232 [C] | 3.27 | a:2087 [G] | 56.52 | ||
| w:30 [LEU] | a:396 [G] | 2.83 | a:378 [C] | sugar:BB | 40.17 | |
| w:30 [LEU] | a:397 [U] | 4.12 | a:377 [G] | 40.17 | ||
| w:30 [LEU] | a:1365 [A] | 4.29 | 40.17 | |||
| w:30 [LEU] | a:2230 [G] | 2.79 | a:2089 [C] | sugar:BB | 40.17 | |
| w:30 [LEU] | a:2231 [U] | 2.93 | a:2088 [A] | 40.17 | ||
| w:31 [PRO] | a:396 [G] | 3.19 | a:378 [C] | 68.68 | ||
| w:31 [PRO] | a:397 [U] | 3.18 | a:377 [G] | 68.68 | ||
| w:31 [PRO] | a:2230 [G] | 3.47 | a:2089 [C] | 68.68 | ||
| w:32 [ASN] | a:396 [G] | 4.23 | a:378 [C] | 99.0 | ||
| w:32 [ASN] | a:397 [U] | 2.71 | a:377 [G] | 99.0 | ||
| w:32 [ASN] | a:398 [C] | 2.7 | a:376 [G] | 99.0 | ||
| w:32 [ASN] | a:2090 [A] | 2.98 | a:2229 [U] | base:SC | 99.0 | |
| w:32 [ASN] | a:2229 [U] | 3.86 | a:2090 [A] | 99.0 | ||
| w:32 [ASN] | a:2230 [G] | 3.35 | a:2089 [C] | base/AA stacks | 99.0 | |
| w:33 [LEU] | a:2229 [U] | 4.62 | a:2090 [A] | 79.93 | ||
| w:33 [LEU] | a:2230 [G] | 4.67 | a:2089 [C] | 79.93 | ||
| w:34 [HIS] | a:2090 [A] | 3.93 | a:2229 [U] | 73.74 | ||
| w:34 [HIS] | a:2091 [C] | 3.06 | a:2228 [G] | 73.74 | ||
| w:34 [HIS] | a:2228 [G] | 3.4 | a:2091 [C] | base:SC | 73.74 | |
| w:34 [HIS] | a:2229 [U] | 3.07 | a:2090 [A] | 73.74 | ||
| w:35 [SER] | a:2200 [C] | 3.79 | a:2223 [G] | 26.57 | ||
| w:36 [HIS] | a:2091 [C] | 4.8 | a:2228 [G] | 66.3 | ||
| w:36 [HIS] | a:2092 [U] | 3.85 | a:2227 [A] | 66.3 | ||
| w:36 [HIS] | a:2199 [A] | 3.33 | a:2224 [G] | sugar:SC | 66.3 | |
| w:36 [HIS] | a:2200 [C] | 3.65 | a:2223 [G] | 66.3 | ||
| w:37 [ARG] | a:2199 [A] | 3.21 | a:2224 [G] | 65.83 | ||
| w:37 [ARG] | a:2200 [C] | 2.8 | a:2223 [G] | 65.83 | ||
| w:45 [ARG] | a:166 [U] | 4.47 | a:160 [A] | 57.97 | ||
| w:48 [THR] | a:2217 [G] | 4.06 | a:2207 [C] | 60.39 | ||
| w:50 [ARG] | a:1363 [C] | 4.56 | a:1368 [G] | 44.28 | ||
| w:50 [ARG] | a:1364 [G] | 2.76 | a:1367 [A] | 44.28 | ||
| w:52 [SER] | a:397 [U] | 4.22 | a:377 [G] | 90.5 | ||
| w:53 [ALA] | a:398 [C] | 3.36 | a:376 [G] | 69.43 | ||
| w:53 [ALA] | a:2090 [A] | 3.18 | a:2229 [U] | 69.43 | ||
| w:53 [ALA] | a:2091 [C] | 4.28 | a:2228 [G] | 69.43 | ||
| w:54 [LYS] | a:372 [G] | 3.87 | 61.92 | |||
| w:54 [LYS] | a:373 [U] | 3.25 | a:401 [A] | 61.92 | ||
| w:54 [LYS] | a:398 [C] | 4.31 | a:376 [G] | 61.92 | ||
| w:56 [MET] | a:2091 [C] | 3.18 | a:2228 [G] | 57.74 | ||
| w:56 [MET] | a:2092 [U] | 3.82 | a:2227 [A] | 57.74 | ||
| w:57 [ARG] | a:372 [G] | 3.4 | base/AA stacks | 80.96 | ||
| w:57 [ARG] | a:399 [U] | 3.67 | a:375 [G] | 80.96 | ||
| w:57 [ARG] | a:400 [G] | 2.83 | a:374 [A] | base:SC, base:SC | 80.96 | |
| w:58 [VAL] | a:372 [G] | 3.91 | 79.03 | |||
| w:61 [LYS] | a:371 [A] | 2.88 | a:402 [A] | base:SC | 79.25 | |
| w:61 [LYS] | a:372 [G] | 3.06 | 79.25 | |||
| w:61 [LYS] | a:373 [U] | 4.33 | a:401 [A] | 79.25 | ||
| w:62 [LYS] | a:372 [G] | 3.24 | 5.5 | |||
| w:77 [LYS] | a:153 [U] | 4.18 | a:173 [A] | 10.57 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group43 | 7K00_w_a | w: 50s ribosomal protein l28, Escherichia coli (natural) a: 23s rRNA, Escherichia coli (natural) | P0A7M2 | Ribosomal protein L28 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 1
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4Y4O_11_1A | 7K00_w_a | 0.72 | 0.96 | 1.92 | 0.33 | Ribosomal protein L28 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |