Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7RYG_W
|
7RYG_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| W:2 [SER] | A:1359 [G] | 3.26 | A:1362 [A] | 77.35 | ||
| W:2 [SER] | A:1360 [A] | 4.03 | 77.35 | |||
| W:2 [SER] | A:1361 [A] | 2.94 | 77.35 | |||
| W:3 [LYS] | A:1358 [C] | 4.62 | A:1363 [G] | 66.86 | ||
| W:3 [LYS] | A:1359 [G] | 2.37 | A:1362 [A] | 66.86 | ||
| W:3 [LYS] | A:1360 [A] | 3.18 | 66.86 | |||
| W:10 [LYS] | A:394 [U] | 4.33 | A:378 [G] | 82.01 | ||
| W:10 [LYS] | A:395 [G] | 2.47 | A:377 [C] | 82.01 | ||
| W:10 [LYS] | A:396 [U] | 2.84 | A:376 [G] | 82.01 | ||
| W:11 [ARG] | A:395 [G] | 4.11 | A:377 [C] | 50.23 | ||
| W:11 [ARG] | A:1360 [A] | 3.36 | sugar:SC | 50.23 | ||
| W:11 [ARG] | A:1361 [A] | 4.84 | 50.23 | |||
| W:12 [PRO] | A:1360 [A] | 3.9 | 42.53 | |||
| W:13 [VAL] | A:395 [G] | 3.64 | A:377 [C] | 36.46 | ||
| W:14 [VAL] | A:195 [G] | 3.74 | A:215 [C] | 1.89 | ||
| W:14 [VAL] | A:196 [G] | 3.27 | A:214 [A] | 1.89 | ||
| W:14 [VAL] | A:379 [A] | 4.94 | A:393 [U] | 1.89 | ||
| W:15 [GLY] | A:379 [A] | 3.45 | A:393 [U] | 93.55 | ||
| W:16 [ASN] | A:379 [A] | 3.33 | A:393 [U] | sugar:BB | 80.76 | |
| W:16 [ASN] | A:380 [G] | 3.04 | A:392 [C] | 80.76 | ||
| W:17 [ASN] | A:2077 [C] | 4.19 | A:2235 [G] | 62.95 | ||
| W:17 [ASN] | A:2078 [A] | 4.32 | A:2233 [G] | 62.95 | ||
| W:18 [VAL] | A:379 [A] | 3.92 | A:393 [U] | 92.62 | ||
| W:18 [VAL] | A:380 [G] | 4.01 | A:392 [C] | 92.62 | ||
| W:18 [VAL] | A:2077 [C] | 4.99 | A:2235 [G] | 92.62 | ||
| W:19 [SER] | A:2076 [G] | 3.2 | A:2236 [U] | 98.68 | ||
| W:19 [SER] | A:2077 [C] | 4.22 | A:2235 [G] | 98.68 | ||
| W:20 [HIS] | A:2076 [G] | 4.05 | A:2236 [U] | 92.84 | ||
| W:20 [HIS] | A:2428 [A] | 4.83 | 92.84 | |||
| W:21 [ALA] | A:207 [U] | 3.87 | A:257 [G] | 88.29 | ||
| W:21 [ALA] | A:2075 [U] | 4.13 | A:2237 [A] | 88.29 | ||
| W:21 [ALA] | A:2076 [G] | 4.11 | A:2236 [U] | 88.29 | ||
| W:21 [ALA] | A:2428 [A] | 3.42 | base:BB | 88.29 | ||
| W:21 [ALA] | A:2429 [A] | 3.94 | 88.29 | |||
| W:22 [ASN] | A:207 [U] | 3.34 | A:257 [G] | 77.63 | ||
| W:22 [ASN] | A:208 [C] | 4.31 | A:201 [G] | 77.63 | ||
| W:22 [ASN] | A:386 [U] | 4.12 | 77.63 | |||
| W:23 [ASN] | A:206 [A] | 3.23 | 67.68 | |||
| W:23 [ASN] | A:207 [U] | 3.18 | A:257 [G] | 67.68 | ||
| W:23 [ASN] | A:2075 [U] | 2.86 | A:2237 [A] | sugar:SC | 67.68 | |
| W:23 [ASN] | A:2076 [G] | 3.45 | A:2236 [U] | 67.68 | ||
| W:24 [LYS] | A:207 [U] | 4.16 | A:257 [G] | 67.27 | ||
| W:24 [LYS] | A:208 [C] | 3.18 | A:201 [G] | 67.27 | ||
| W:24 [LYS] | A:380 [G] | 3.9 | A:392 [C] | 67.27 | ||
| W:25 [THR] | A:2076 [G] | 4.02 | A:2236 [U] | 90.15 | ||
| W:25 [THR] | A:2077 [C] | 3.66 | A:2235 [G] | 90.15 | ||
| W:26 [LYS] | A:196 [G] | 3.45 | A:214 [A] | 67.0 | ||
| W:26 [LYS] | A:197 [A] | 3.42 | A:213 [U] | 67.0 | ||
| W:26 [LYS] | A:212 [G] | 3.28 | base:SC | 67.0 | ||
| W:27 [ARG] | A:378 [G] | 4.39 | A:394 [U] | 89.33 | ||
| W:27 [ARG] | A:2227 [U] | 3.69 | A:2084 [A] | 89.33 | ||
| W:27 [ARG] | A:2228 [C] | 3.08 | A:2083 [G] | 89.33 | ||
| W:28 [ARG] | A:1359 [G] | 4.52 | A:1362 [A] | 62.8 | ||
| W:28 [ARG] | A:1360 [A] | 2.98 | 62.8 | |||
| W:28 [ARG] | A:2227 [U] | 3.81 | A:2084 [A] | 62.8 | ||
| W:29 [PHE] | A:378 [G] | 4.05 | A:394 [U] | 68.1 | ||
| W:29 [PHE] | A:379 [A] | 3.73 | A:393 [U] | 68.1 | ||
| W:29 [PHE] | A:395 [G] | 3.79 | A:377 [C] | 68.1 | ||
| W:29 [PHE] | A:2227 [U] | 3.83 | A:2084 [A] | 68.1 | ||
| W:29 [PHE] | A:2228 [C] | 3.25 | A:2083 [G] | 68.1 | ||
| W:30 [GLU] | A:395 [G] | 3.08 | A:377 [C] | 0.0 | ||
| W:30 [GLU] | A:396 [U] | 4.49 | A:376 [G] | 0.0 | ||
| W:30 [GLU] | A:2226 [G] | 2.89 | A:2085 [C] | sugar:BB | 0.0 | |
| W:30 [GLU] | A:2227 [U] | 3.15 | A:2084 [A] | 0.0 | ||
| W:31 [PRO] | A:395 [G] | 3.42 | A:377 [C] | 71.07 | ||
| W:31 [PRO] | A:396 [U] | 3.12 | A:376 [G] | 71.07 | ||
| W:31 [PRO] | A:2226 [G] | 3.58 | A:2085 [C] | 71.07 | ||
| W:32 [ASN] | A:395 [G] | 4.55 | A:377 [C] | 99.0 | ||
| W:32 [ASN] | A:396 [U] | 2.99 | A:376 [G] | 99.0 | ||
| W:32 [ASN] | A:397 [C] | 3.64 | A:375 [G] | 99.0 | ||
| W:32 [ASN] | A:2086 [A] | 3.23 | A:2225 [U] | base:SC | 99.0 | |
| W:32 [ASN] | A:2225 [U] | 4.02 | A:2086 [A] | 99.0 | ||
| W:32 [ASN] | A:2226 [G] | 3.24 | A:2085 [C] | base/AA stacks | 99.0 | |
| W:33 [LEU] | A:2225 [U] | 4.71 | A:2086 [A] | 79.79 | ||
| W:34 [HIS] | A:2087 [C] | 3.4 | A:2224 [G] | 66.83 | ||
| W:35 [HIS] | A:1358 [C] | 4.14 | A:1363 [G] | 11.29 | ||
| W:35 [HIS] | A:2196 [C] | 3.86 | A:2219 [G] | 11.29 | ||
| W:36 [HIS] | A:2087 [C] | 4.92 | A:2224 [G] | 66.48 | ||
| W:36 [HIS] | A:2088 [U] | 3.95 | A:2223 [C] | 66.48 | ||
| W:36 [HIS] | A:2195 [A] | 3.56 | A:2220 [G] | 66.48 | ||
| W:36 [HIS] | A:2196 [C] | 3.59 | A:2219 [G] | 66.48 | ||
| W:37 [ARG] | A:2195 [A] | 2.74 | A:2220 [G] | 65.18 | ||
| W:37 [ARG] | A:2196 [C] | 2.96 | A:2219 [G] | 65.18 | ||
| W:45 [ARG] | A:173 [U] | 4.37 | A:167 [A] | 64.65 | ||
| W:46 [PHE] | A:2214 [G] | 4.53 | A:2202 [C] | 0.58 | ||
| W:48 [ARG] | A:2212 [G] | 4.46 | A:2204 [C] | 64.24 | ||
| W:48 [ARG] | A:2213 [G] | 4.08 | A:2203 [C] | 64.24 | ||
| W:50 [ARG] | A:1358 [C] | 4.68 | A:1363 [G] | 57.32 | ||
| W:50 [ARG] | A:1359 [G] | 2.98 | A:1362 [A] | 57.32 | ||
| W:52 [THR] | A:396 [U] | 4.27 | A:376 [G] | 85.26 | ||
| W:53 [THR] | A:396 [U] | 4.33 | A:376 [G] | 75.31 | ||
| W:53 [THR] | A:397 [C] | 2.71 | A:375 [G] | 75.31 | ||
| W:53 [THR] | A:2086 [A] | 3.31 | A:2225 [U] | 75.31 | ||
| W:53 [THR] | A:2087 [C] | 3.87 | A:2224 [G] | 75.31 | ||
| W:54 [LYS] | A:371 [G] | 3.26 | sugar:SC | 65.8 | ||
| W:54 [LYS] | A:372 [U] | 3.5 | A:400 [A] | 65.8 | ||
| W:54 [LYS] | A:397 [C] | 4.61 | A:375 [G] | 65.8 | ||
| W:56 [MET] | A:2087 [C] | 3.42 | A:2224 [G] | 58.03 | ||
| W:56 [MET] | A:2088 [U] | 3.96 | A:2223 [C] | 58.03 | ||
| W:57 [ARG] | A:371 [G] | 3.36 | base/AA stacks | 84.73 | ||
| W:57 [ARG] | A:398 [U] | 4.07 | A:374 [G] | 84.73 | ||
| W:57 [ARG] | A:399 [G] | 3.12 | A:373 [A] | base:SC, base:SC | 84.73 | |
| W:58 [ILE] | A:371 [G] | 3.88 | 82.52 | |||
| W:61 [LYS] | A:370 [A] | 2.97 | A:401 [A] | sugar:SC | 75.5 | |
| W:61 [LYS] | A:371 [G] | 3.59 | sugar:SC | 75.5 | ||
| W:61 [LYS] | A:372 [U] | 4.85 | A:400 [A] | 75.5 | ||
| W:62 [LEU] | A:371 [G] | 3.78 | 16.9 | |||
| W:77 [LYS] | A:160 [C] | 3.89 | A:180 [G] | 19.61 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group43 | 7RYG_W_A | W: 50s ribosomal protein l28, Acinetobacter baumannii ab0057 (natural) A: 23s ribosomal RNA, Acinetobacter baumannii ab0057 (natural) | N9N7A0 | Ribosomal protein L28 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 1
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4Y4O_11_1A | 7RYG_W_A | 0.74 | 0.96 | 2.57 | 0.35 | Ribosomal protein L28 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |