RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group47 > 5XH6_A_B vs 5XUT_A_B

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

5XH6_A
5XH6_B
5XUT_A
5XUT_B
Conserved?
A:372 [GLU] B:19 [C] A:345 [SER] B:19 [C] ✔
A:307 [LYS] B:6 [U] A:278 [LYS] B:6 [U] ✔
A:307 [LYS] B:7 [A] A:278 [LYS] B:7 [A] ✔
A:18 [ARG] B:1 [G] A:18 [ARG] B:1 [G] ✔
A:187 [THR] B:4 [A] A:169 [THR] B:4 [A] ✔
A:187 [THR] B:5 [U] A:169 [THR] B:5 [U] ✔
A:518 [ARG] B:11 [G] A:508 [ARG] B:11 [G] ✔
A:518 [ARG] B:12 [C] A:508 [ARG] B:12 [C] ✔
A:518 [ARG] B:13 [G] A:508 [ARG] B:13 [G] ✔
A:872 [HIS] B:1 [G] A:797 [HIS] B:1 [G] ✔
A:872 [HIS] B:2 [A] A:797 [HIS] B:2 [A] ✔
A:308 [GLN] B:6 [U] A:279 [GLN] B:6 [U] ✔
A:51 [LYS] B:4 [A] A:51 [LYS] B:4 [A] ✔
A:279 [GLU] B:15 [U] A:257 [GLU] B:15 [U] ✔
A:786 [GLU] B:1 [G] A:743 [GLU] B:1 [G] ✔
A:786 [GLU] B:2 [A] A:743 [GLU] B:2 [A] ✔
A:176 [ARG] B:4 [A] A:158 [ARG] B:4 [A] ✔
A:176 [ARG] B:5 [U] A:158 [ARG] B:5 [U] ✔
A:761 [HIS] B:0 [G] A:720 [HIS] B:0 [G] ✔
A:273 [LYS] B:15 [U] A:251 [LYS] B:15 [U] ✔
A:306 [PHE] B:6 [U] A:277 [TYR] B:6 [U] ✔
A:306 [PHE] B:7 [A] A:277 [TYR] B:7 [A] ✔
A:306 [PHE] B:8 [G] A:277 [TYR] B:8 [G] ✔
A:382 [TRP] B:19 [C] A:355 [TRP] B:19 [C] ✔
A:15 [LYS] B:0 [G] A:15 [LYS] B:0 [G] ✔
A:171 [GLY] B:3 [A] A:153 [GLY] B:3 [A] ✔
A:16 [THR] B:0 [G] A:16 [THR] B:0 [G] ✔
A:16 [THR] B:1 [G] A:16 [THR] B:1 [G] ✔
A:275 [LYS] B:16 [U] A:253 [LYS] B:16 [U] ✔
A:952 [VAL] B:10 [U] A:884 [PHE] B:10 [U] ✔
A:952 [VAL] B:11 [G] A:884 [PHE] B:11 [G] ✔
A:478 [TYR] B:14 [C] A:467 [GLU] B:14 [C] ✔
A:310 [LEU] B:5 [U] A:281 [LEU] B:5 [U] ✔
A:310 [LEU] B:6 [U] A:281 [LEU] B:6 [U] ✔
A:192 [ARG] B:6 [U] A:174 [ARG] B:6 [U] ✔
A:192 [ARG] B:7 [A] A:174 [ARG] B:7 [A] ✔
A:14 [SER] B:0 [G] A:14 [SER] B:0 [G] ✔
A:530 [LYS] B:2 [A] A:520 [LYS] B:2 [A] ✔
A:475 [LEU] B:13 [G] A:464 [LYS] B:13 [G] ✔
A:475 [LEU] B:14 [C] A:464 [LYS] B:14 [C] ✔
A:286 [GLN] B:17 [G] A:264 [GLN] B:17 [G] ✔
A:286 [GLN] B:18 [G] A:264 [GLN] B:18 [G] ✔
A:311 [SER] B:6 [U] A:282 [SER] B:6 [U] ✔
A:956 [GLN] B:11 [G] A:888 [GLN] B:11 [G] ✔
A:956 [GLN] B:12 [C] A:888 [GLN] B:12 [C] ✔
A:514 [TYR] B:12 [C] A:504 [TYR] B:12 [C] ✔
A:514 [TYR] B:13 [G] A:504 [TYR] B:13 [G] ✔
A:788 [PHE] B:2 [A] A:745 [PHE] B:2 [A] ✔
A:874 [PRO] B:0 [G] A:799 [PRO] B:0 [G] ✔
A:515 [ASN] B:13 [G] A:505 [ASP] B:13 [G] ✔
A:309 [ILE] B:5 [U] A:280 [VAL] B:5 [U] ✔
A:309 [ILE] B:6 [U] A:280 [VAL] B:6 [U] ✔
A:511 [LEU] B:13 [G] A:501 [ASP] B:13 [G] ✔
A:511 [LEU] B:14 [C] A:501 [ASP] B:14 [C] ✔
A:313 [ARG] B:7 [A] A:284 [ARG] B:7 [A] ✔
A:172 [PHE] B:3 [A] A:154 [PHE] B:3 [A] ✔
A:172 [PHE] B:4 [A] A:154 [PHE] B:4 [A] ✔
A:55 [ASP] B:5 [U] A:55 [ASP] B:5 [U] ✔
A:175 [ASN] B:3 [A] A:157 [ASN] B:3 [A] ✔
A:175 [ASN] B:4 [A] A:157 [ASN] B:4 [A] ✔
A:955 [ARG] B:9 [G] A:887 [ARG] B:9 [G] ✔
A:955 [ARG] B:10 [U] A:887 [ARG] B:10 [U] ✔
A:955 [ARG] B:11 [G] A:887 [ARG] B:11 [G] ✔
A:283 [LEU] B:16 [U] A:261 [LEU] B:16 [U] ✔
A:283 [LEU] B:17 [G] A:261 [LEU] B:17 [G] ✔
A:51 [LYS] B:5 [U] A:51 [LYS] B:5 [U] ❌ 5XUT_A_B
A:761 [HIS] B:1 [G] A:720 [HIS] B:1 [G] ❌ 5XUT_A_B
A:530 [LYS] B:1 [G] A:520 [LYS] B:1 [G] ❌ 5XUT_A_B
A:386 [ARG] B:19 [C] A:359 [ARG] B:19 [C] ❌ 5XH6_A_B
A:515 [ASN] B:14 [C] A:505 [ASP] B:14 [C] ❌ 5XH6_A_B
A:51 [LYS] B:3 [A] A:51 [LYS] B:3 [A] ❌ 5XH6_A_B
A:870 [PHE] B:2 [A] A:795 [GLU] B:2 [A] ❌ 5XH6_A_B
A:268 [GLU] B:14 [C] A:247 [GLU] B:14 [C] ❌ 5XUT_A:247 no longer at interface
A:271 [THR] B:14 [C] A:249 [GLY] B:14 [C] ❌ 5XUT_A:249 no longer at interface
A:271 [THR] B:15 [U] A:249 [GLY] B:15 [U] ❌ 5XUT_A:249 no longer at interface
A:479 [HIS] B:13 [G] A:468 [ASN] B:13 [G] ❌ 5XUT_A:468 no longer at interface
A:479 [HIS] B:14 [C] A:468 [ASN] B:14 [C] ❌ 5XUT_A:468 no longer at interface
A:784 [GLN] B:1 [G] A:741 [GLY] B:1 [G] ❌ 5XUT_A:741 no longer at interface
A:369 [LYS] B:16 [U] A:342 [PRO] B:16 [U] ❌ 5XUT_A:342 no longer at interface
A:369 [LYS] B:17 [G] A:342 [PRO] B:17 [G] ❌ 5XUT_A:342 no longer at interface
A:764 [TYR] B:0 [G] A:723 [TYR] B:0 [G] ❌ 5XUT_A:723 no longer at interface
A:269 [ALA] B:13 [G] A:248 [SER] B:13 [G] ❌ 5XUT_A:248 no longer at interface
A:269 [ALA] B:14 [C] A:248 [SER] B:14 [C] ❌ 5XUT_A:248 no longer at interface
A:948 [GLU] B:10 [U] A:880 [GLU] B:10 [U] ❌ 5XUT_A:880 no longer at interface
A:47 [TYR] B:3 [A] A:47 [TYR] B:3 [A] ❌ 5XUT_A:47 no longer at interface
A:47 [TYR] B:4 [A] A:47 [TYR] B:4 [A] ❌ 5XUT_A:47 no longer at interface
A:272 [GLU] B:15 [U] A:250 [GLU] B:15 [U] ❌ 5XUT_A:250 no longer at interface
A:272 [GLU] B:16 [U] A:250 [GLU] B:16 [U] ❌ 5XUT_A:250 no longer at interface
A:414 [LYS] B:18 [G] A:390 [LYS] B:18 [G] ❌ 5XUT_A:390 no longer at interface
A:414 [LYS] B:19 [C] A:390 [LYS] B:19 [C] ❌ 5XUT_A:390 no longer at interface
A:200 [LYS] B:8 [G] A:182 [ARG] B:8 [G] ❌ 5XH6_A:200 no longer at interface
A:287 [LYS] B:18 [G] A:265 [LYS] B:18 [G] ❌ 5XH6_A:287 no longer at interface
A:292 [ALA] B:19 [C] A:267 [LYS] B:19 [C] ❌ 5XH6_A:292 no longer at interface
A:292 [ALA] B:18 [G] A:267 [LYS] B:18 [G] ❌ 5XH6_A:292 no longer at interface
A:367 [SER] B:17 [G] A:339 [LYS] B:17 [G] ❌ 5XH6_A:367 no longer at interface
A:482 [ASP] B:15 [U] A:471 [LYS] B:15 [U] ❌ 5XH6_A:482 no longer at interface
A:958 [TRP] B:12 [C] A:890 [TRP] B:12 [C] ❌ 5XH6_A:958 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
CRISPR-associated endonuclease Cpf1 first helical domain & CRISPR-associated endonuclease Cpf1 second helical domain & Small protein B (SmpB) & Ribonuclease H-like 0.9 1.42 0.50 0.9 0.76 0.82 0.5 0.82 0.83 0.49 0.78


Other pairs involving 5XH6_A_B or 5XUT_A_B

Total number of entries: 3

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
5XH6_A_B 5XUT_A_B 0.82 0.9 1.42 0.5 CRISPR-associated endonuclease Cpf1 first helical domain & CRISPR-associated endonuclease Cpf1 second helical domain & Small protein B (SmpB) & Ribonuclease H-like compare
5XH6_A_B 5XH7_A_B 1.00 1.0 0.13 0.53 CRISPR-associated endonuclease Cpf1 first helical domain & CRISPR-associated endonuclease Cpf1 second helical domain & Small protein B (SmpB) & Ribonuclease H-like compare
5XH7_A_B 5XUT_A_B 0.83 0.9 1.41 0.5 CRISPR-associated endonuclease Cpf1 first helical domain & CRISPR-associated endonuclease Cpf1 second helical domain & Small protein B (SmpB) & Ribonuclease H-like compare