Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 2ZKO_A
|
2ZKO_C,D
|
6ZLC_A
|
6ZLC_C,D
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| A:38 [ARG] | C:7 [C] | A:38 [ARG] | C:7 [C] | ✔ |
| A:38 [ARG] | C:8 [A] | A:38 [ARG] | C:8 [A] | ✔ |
| A:38 [ARG] | D:27 [G] | A:38 [ARG] | D:25 [G] | ✔ |
| A:38 [ARG] | D:28 [C] | A:38 [ARG] | D:26 [C] | ✔ |
| A:31 [PRO] | C:5 [A] | A:31 [PRO] | C:5 [A] | ✔ |
| A:31 [PRO] | C:6 [G] | A:31 [PRO] | C:6 [G] | ✔ |
| A:31 [PRO] | D:36 [U] | A:31 [PRO] | D:34 [U] | ✔ |
| A:31 [PRO] | D:37 [G] | A:31 [PRO] | D:35 [G] | ✔ |
| A:46 [ARG] | D:25 [C] | A:46 [ARG] | D:23 [C] | ✔ |
| A:46 [ARG] | D:26 [A] | A:46 [ARG] | D:24 [A] | ✔ |
| A:5 [THR] | C:16 [G] | A:5 [THR] | C:16 [G] | ✔ |
| A:5 [THR] | C:17 [U] | A:5 [THR] | C:17 [U] | ✔ |
| A:42 [SER] | D:26 [A] | A:42 [ALA] | D:24 [A] | ✔ |
| A:42 [SER] | D:27 [G] | A:42 [ALA] | D:25 [G] | ✔ |
| A:34 [ASP] | C:6 [G] | A:34 [ASP] | C:6 [G] | ✔ |
| A:34 [ASP] | C:7 [C] | A:34 [ASP] | C:7 [C] | ✔ |
| A:34 [ASP] | D:36 [U] | A:34 [ASP] | D:34 [U] | ✔ |
| A:30 [ALA] | D:36 [U] | A:30 [ALA] | D:34 [U] | ✔ |
| A:30 [ALA] | D:37 [G] | A:30 [ALA] | D:35 [G] | ✔ |
| A:50 [LEU] | C:17 [U] | A:50 [LEU] | C:17 [U] | ✔ |
| A:45 [GLY] | D:25 [C] | A:45 [GLY] | D:23 [C] | ✔ |
| A:45 [GLY] | D:26 [A] | A:45 [GLY] | D:24 [A] | ✔ |
| A:49 [THR] | C:17 [U] | A:49 [THR] | C:17 [U] | ✔ |
| A:49 [THR] | D:24 [A] | A:49 [THR] | D:22 [A] | ✔ |
| A:49 [THR] | D:25 [C] | A:49 [THR] | D:23 [C] | ✔ |
| A:29 [ASP] | D:37 [G] | A:29 [ASP] | D:35 [G] | ✔ |
| A:1 [MET] | C:18 [C] | A:0 [MET] | C:18 [C] | ✔ |
| A:2 [ASP] | C:17 [U] | A:2 [ASP] | C:17 [U] | ✔ |
| A:2 [ASP] | C:18 [C] | A:2 [ASP] | C:18 [C] | ✔ |
| A:35 [ARG] | C:5 [A] | A:35 [ARG] | C:5 [A] | ✔ |
| A:35 [ARG] | C:6 [G] | A:35 [ARG] | C:6 [G] | ✔ |
| A:35 [ARG] | C:7 [C] | A:35 [ARG] | C:7 [C] | ✔ |
| A:38 [ARG] | C:6 [G] | A:38 [ARG] | C:6 [G] | ❌ 2ZKO_A_C,D |
| A:49 [THR] | C:18 [C] | A:49 [THR] | C:18 [C] | ❌ 2ZKO_A_C,D |
| A:41 [LYS] | C:8 [A] | A:41 [LYS] | C:8 [A] | ❌ 6ZLC_A:41 no longer at interface |
| A:41 [LYS] | D:26 [A] | A:41 [LYS] | D:24 [A] | ❌ 6ZLC_A:41 no longer at interface |
| A:39 [ASP] | D:27 [G] | A:39 [ASP] | D:25 [G] | ❌ 2ZKO_A:39 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| S15/NS1 RNA-binding domain | 0.94 | 0.72 | 0.87 | 0.97 | 0.8 | 0.93 | 1.0 | 0.98 | 0.98 | 0.57 | 0.60 |
Other pairs involving 2ZKO_A_C,D or 6ZLC_A_C,D
Total number of entries: 5
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2ZKO_A_C,D | 6SX0_A_C,D | 0.94 | 0.95 | 0.28 | 0.29 | S15/NS1 RNA-binding domain | compare | |
| 2ZKO_A_C,D | 6ZLC_A_C,D | 0.98 | 0.94 | 0.72 | 0.87 | S15/NS1 RNA-binding domain | compare | |
| 2ZKO_A_C,D | 6SX2_A_C,D | 0.89 | 0.97 | 0.47 | 0.29 | S15/NS1 RNA-binding domain | compare | |
| 6SX0_A_C,D | 6ZLC_A_C,D | 0.96 | 0.96 | 0.44 | 0.29 | S15/NS1 RNA-binding domain | compare | |
| 6SX2_A_C,D | 6ZLC_A_C,D | 0.90 | 0.99 | 0.57 | 0.29 | S15/NS1 RNA-binding domain | compare |