RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group61 > 4Y4O_1T_1A vs 7K00_o_a

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4Y4O_1T
4Y4O_1A
7K00_o
7K00_a
Conserved?
1T:4 [GLY] 1A:2885 [C] o:2 [SER] a:2875 [C] ✔
1T:4 [GLY] 1A:2886 [G] o:2 [SER] a:2876 [G] ✔
1T:56 [GLY] 1A:2855 [G] o:54 [GLY] a:2845 [U] ✔
1T:96 [ARG] 1A:1785 [C] o:94 [LYS] a:1754 [A] ✔
1T:96 [ARG] 1A:2730 [G] o:94 [LYS] a:2717 [C] ✔
1T:96 [ARG] 1A:2858 [G] o:94 [LYS] a:2848 [G] ✔
1T:54 [ARG] 1A:2855 [G] o:52 [ASN] a:2845 [U] ✔
1T:54 [ARG] 1A:2856 [G] o:52 [ASN] a:2846 [G] ✔
1T:101 [PHE] 1A:1785 [C] o:99 [TYR] a:1754 [A] ✔
1T:101 [PHE] 1A:2731 [G] o:99 [TYR] a:2718 [G] ✔
1T:58 [ASN] 1A:2694 [U] o:56 [HIS] a:2682 [A] ✔
1T:58 [ASN] 1A:2695 [C] o:56 [HIS] a:2683 [C] ✔
1T:53 [ARG] 1A:2695 [C] o:51 [ARG] a:2683 [C] ✔
1T:53 [ARG] 1A:2696 [U] o:51 [ARG] a:2684 [U] ✔
1T:53 [ARG] 1A:2856 [G] o:51 [ARG] a:2846 [G] ✔
1T:23 [ARG] 1A:2859 [U] o:21 [ARG] a:2849 [U] ✔
1T:23 [ARG] 1A:2877 [G] o:21 [ARG] a:2867 [G] ✔
1T:60 [THR] 1A:2696 [U] o:58 [ALA] a:2684 [U] ✔
1T:75 [ILE] 1A:2696 [U] o:73 [VAL] a:2684 [U] ✔
1T:75 [ILE] 1A:2697 [G] o:73 [VAL] a:2685 [G] ✔
1T:97 [ALA] 1A:2857 [U] o:95 [ALA] a:2847 [U] ✔
1T:97 [ALA] 1A:2858 [G] o:95 [ALA] a:2848 [G] ✔
1T:52 [ILE] 1A:2856 [G] o:50 [ILE] a:2846 [G] ✔
1T:119 [LYS] 1A:2874 [G] o:115 [ASN] a:2864 [G] ✔
1T:98 [LYS] 1A:2731 [G] o:96 [LYS] a:2718 [G] ✔
1T:98 [LYS] 1A:2732 [G] o:96 [LYS] a:2719 [G] ✔
1T:98 [LYS] 1A:2856 [G] o:96 [LYS] a:2846 [G] ✔
1T:98 [LYS] 1A:2857 [U] o:96 [LYS] a:2847 [U] ✔
1T:98 [LYS] 1A:2858 [G] o:96 [LYS] a:2848 [G] ✔
1T:100 [TYR] 1A:2731 [G] o:98 [TYR] a:2718 [G] ✔
1T:100 [TYR] 1A:2732 [G] o:98 [TYR] a:2719 [G] ✔
1T:95 [ARG] 1A:1783 [C] o:93 [ARG] a:1752 [C] ✔
1T:95 [ARG] 1A:1784 [G] o:93 [ARG] a:1753 [G] ✔
1T:95 [ARG] 1A:1785 [C] o:93 [ARG] a:1754 [A] ✔
1T:95 [ARG] 1A:2858 [G] o:93 [ARG] a:2848 [G] ✔
1T:95 [ARG] 1A:2859 [U] o:93 [ARG] a:2849 [U] ✔
1T:55 [ASN] 1A:2695 [C] o:53 [ARG] a:2683 [C] ✔
1T:55 [ASN] 1A:2855 [G] o:53 [ARG] a:2845 [U] ✔
1T:96 [ARG] 1A:1784 [G] o:94 [LYS] a:1753 [G] ❌ 7K00_o_a
1T:54 [ARG] 1A:2858 [G] o:52 [ASN] a:2848 [G] ❌ 7K00_o_a
1T:53 [ARG] 1A:2697 [G] o:51 [ARG] a:2685 [G] ❌ 7K00_o_a
1T:60 [THR] 1A:2695 [C] o:58 [ALA] a:2683 [C] ❌ 7K00_o_a
1T:5 [ALA] 1A:2885 [C] o:3 [ASN] a:2875 [C] ❌ 7K00_o_a
1T:119 [LYS] 1A:2859 [U] o:115 [ASN] a:2849 [U] ❌ 7K00_o_a
1T:119 [LYS] 1A:2877 [G] o:115 [ASN] a:2867 [G] ❌ 7K00_o_a
1T:98 [LYS] 1A:2730 [G] o:96 [LYS] a:2717 [C] ❌ 7K00_o_a
1T:55 [ASN] 1A:2694 [U] o:53 [ARG] a:2682 [A] ❌ 7K00_o_a
1T:5 [ALA] 1A:2886 [G] o:3 [ASN] a:2876 [G] ❌ 4Y4O_1T_1A
1T:55 [ASN] 1A:2732 [G] o:53 [ARG] a:2719 [G] ❌ 4Y4O_1T_1A
1T:55 [ASN] 1A:2856 [G] o:53 [ARG] a:2846 [G] ❌ 4Y4O_1T_1A
1T:58 [ASN] 1A:2696 [U] o:56 [HIS] a:2684 [U] ❌ 4Y4O_1T_1A
1T:97 [ALA] 1A:2731 [G] o:95 [ALA] a:2718 [G] ❌ 4Y4O_1T_1A
1T:56 [GLY] 1A:2854 [G] o:54 [GLY] a:2844 [G] ❌ 7K00_a:2844 no longer at interface
1T:93 [ARG] 1A:2873 [C] o:91 [ALA] a:2863 [C] ❌ 7K00_o:91, 7K00_a:2863 no longer at interface
1T:119 [LYS] 1A:2875 [U] o:115 [ASN] a:2865 [U] ❌ 7K00_a:2865 no longer at interface
1T:119 [LYS] 1A:2876 [U] o:115 [ASN] a:2866 [U] ❌ 7K00_a:2866 no longer at interface
1T:55 [ASN] 1A:2854 [G] o:53 [ARG] a:2844 [G] ❌ 7K00_a:2844 no longer at interface
1T:5 [ALA] 1A:2887 [G] o:3 [ASN] a:2877 [G] ❌ 4Y4O_1A:2887 no longer at interface
1T:55 [ASN] 1A:2734 [A] o:53 [ARG] a:2721 [A] ❌ 4Y4O_1A:2734 no longer at interface
1T:55 [ASN] 1A:2733 [U] o:53 [ARG] a:2720 [U] ❌ 4Y4O_1A:2733 no longer at interface
1T:95 [ARG] 1A:2872 [G] o:93 [ARG] a:2862 [G] ❌ 4Y4O_1A:2872 no longer at interface
1T:59 [THR] 1A:2855 [G] o:57 [SER] a:2845 [U] ❌ 7K00_o:57 no longer at interface
1T:51 [ARG] 1A:2697 [G] o:49 [ALA] a:2685 [G] ❌ 7K00_o:49 no longer at interface
1T:51 [ARG] 1A:2732 [G] o:49 [ALA] a:2719 [G] ❌ 7K00_o:49 no longer at interface
1T:115 [ARG] 1A:1783 [C] o:111 [LYS] a:1752 [C] ❌ 7K00_o:111 no longer at interface
1T:93 [ARG] 1A:1784 [G] o:91 [ALA] a:1753 [G] ❌ 7K00_o:91 no longer at interface
1T:93 [ARG] 1A:2859 [U] o:91 [ALA] a:2849 [U] ❌ 7K00_o:91 no longer at interface
1T:94 [ALA] 1A:2858 [G] o:92 [VAL] a:2848 [G] ❌ 7K00_o:92 no longer at interface
1T:94 [ALA] 1A:2859 [U] o:92 [VAL] a:2849 [U] ❌ 7K00_o:92 no longer at interface
1T:24 [PRO] 1A:2877 [G] o:22 [PRO] a:2867 [G] ❌ 7K00_o:22 no longer at interface
1T:105 [LEU] 1A:1786 [A] o:103 [ARG] a:1755 [A] ❌ 4Y4O_1T:105 no longer at interface
1T:105 [LEU] 1A:1785 [C] o:103 [ARG] a:1754 [A] ❌ 4Y4O_1T:105 no longer at interface
1T:8 [LYS] 1A:2885 [C] o:6 [LYS] a:2875 [C] ❌ 4Y4O_1T:8 no longer at interface
1T:62 [THR] 1A:2697 [G] o:60 [THR] a:2685 [G] ❌ 4Y4O_1T:62 no longer at interface
1T:77 [PRO] 1A:2696 [U] o:75 [GLN] a:2684 [U] ❌ 4Y4O_1T:77 no longer at interface
1T:77 [PRO] 1A:2695 [C] o:75 [GLN] a:2683 [C] ❌ 4Y4O_1T:77 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA 0.97 1.19 0.36 0.95 0.96 0.82 0.83 0.74 0.82 0.31 0.63


Other pairs involving 4Y4O_1T_1A or 7K00_o_a

Total number of entries: 4

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6S0Z_N_A 7K00_o_a 0.75 0.97 1.93 0.36 SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1T_1A 6S0Z_N_A 0.84 0.96 2.36 0.45 SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1T_1A 7RYG_O_A 0.68 0.96 3.22 0.33 SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1T_1A 7K00_o_a 0.74 0.97 1.19 0.36 SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare