RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group61 > 6S0Z_N_A vs 7K00_o_a

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

6S0Z_N
6S0Z_A
7K00_o
7K00_a
Conserved?
N:55 [GLY] A:2865 [G] o:53 [ARG] a:2845 [U] ✔
N:56 [GLY] A:2865 [G] o:54 [GLY] a:2845 [U] ✔
N:96 [ARG] A:1781 [C] o:94 [LYS] a:1754 [A] ✔
N:96 [ARG] A:2744 [G] o:94 [LYS] a:2717 [C] ✔
N:96 [ARG] A:2868 [G] o:94 [LYS] a:2848 [G] ✔
N:54 [GLY] A:2865 [G] o:52 [ASN] a:2845 [U] ✔
N:54 [GLY] A:2866 [G] o:52 [ASN] a:2846 [G] ✔
N:53 [ARG] A:2710 [C] o:51 [ARG] a:2683 [C] ✔
N:53 [ARG] A:2711 [U] o:51 [ARG] a:2684 [U] ✔
N:53 [ARG] A:2866 [G] o:51 [ARG] a:2846 [G] ✔
N:23 [ARG] A:2869 [G] o:21 [ARG] a:2849 [U] ✔
N:23 [ARG] A:2887 [G] o:21 [ARG] a:2867 [G] ✔
N:60 [THR] A:2711 [U] o:58 [ALA] a:2684 [U] ✔
N:97 [ALA] A:2867 [U] o:95 [ALA] a:2847 [U] ✔
N:97 [ALA] A:2868 [G] o:95 [ALA] a:2848 [G] ✔
N:101 [TYR] A:1781 [C] o:99 [TYR] a:1754 [A] ✔
N:58 [SER] A:2709 [U] o:56 [HIS] a:2682 [A] ✔
N:58 [SER] A:2710 [C] o:56 [HIS] a:2683 [C] ✔
N:4 [HIS] A:2895 [G] o:2 [SER] a:2875 [C] ✔
N:4 [HIS] A:2896 [A] o:2 [SER] a:2876 [G] ✔
N:98 [LYS] A:2745 [G] o:96 [LYS] a:2718 [G] ✔
N:98 [LYS] A:2746 [G] o:96 [LYS] a:2719 [G] ✔
N:98 [LYS] A:2867 [U] o:96 [LYS] a:2847 [U] ✔
N:98 [LYS] A:2868 [G] o:96 [LYS] a:2848 [G] ✔
N:52 [ARG] A:2866 [G] o:50 [ILE] a:2846 [G] ✔
N:100 [TYR] A:2745 [G] o:98 [TYR] a:2718 [G] ✔
N:100 [TYR] A:2746 [G] o:98 [TYR] a:2719 [G] ✔
N:75 [THR] A:2711 [U] o:73 [VAL] a:2684 [U] ✔
N:95 [ARG] A:1779 [C] o:93 [ARG] a:1752 [C] ✔
N:95 [ARG] A:1780 [G] o:93 [ARG] a:1753 [G] ✔
N:95 [ARG] A:1781 [C] o:93 [ARG] a:1754 [A] ✔
N:95 [ARG] A:2868 [G] o:93 [ARG] a:2848 [G] ✔
N:95 [ARG] A:2869 [G] o:93 [ARG] a:2849 [U] ✔
N:96 [ARG] A:1780 [G] o:94 [LYS] a:1753 [G] ❌ 7K00_o_a
N:54 [GLY] A:2710 [C] o:52 [ASN] a:2683 [C] ❌ 7K00_o_a
N:53 [ARG] A:2709 [U] o:51 [ARG] a:2682 [A] ❌ 7K00_o_a
N:53 [ARG] A:2747 [U] o:51 [ARG] a:2720 [U] ❌ 7K00_o_a
N:60 [THR] A:2710 [C] o:58 [ALA] a:2683 [C] ❌ 7K00_o_a
N:98 [LYS] A:2744 [G] o:96 [LYS] a:2717 [C] ❌ 7K00_o_a
N:55 [GLY] A:2746 [G] o:53 [ARG] a:2719 [G] ❌ 6S0Z_N_A
N:55 [GLY] A:2866 [G] o:53 [ARG] a:2846 [G] ❌ 6S0Z_N_A
N:55 [GLY] A:2710 [C] o:53 [ARG] a:2683 [C] ❌ 6S0Z_N_A
N:55 [GLY] A:2747 [U] o:53 [ARG] a:2720 [U] ❌ 6S0Z_N_A
N:58 [SER] A:2711 [U] o:56 [HIS] a:2684 [U] ❌ 6S0Z_N_A
N:75 [THR] A:2712 [G] o:73 [VAL] a:2685 [G] ❌ 6S0Z_N_A
N:95 [ARG] A:2882 [A] o:93 [ARG] a:2862 [G] ❌ 6S0Z_N_A
N:97 [ALA] A:2745 [G] o:95 [ALA] a:2718 [G] ❌ 6S0Z_N_A
N:98 [LYS] A:2866 [G] o:96 [LYS] a:2846 [G] ❌ 6S0Z_N_A
N:101 [TYR] A:2745 [G] o:99 [TYR] a:2718 [G] ❌ 6S0Z_N_A
N:96 [ARG] A:2720 [A] o:94 [LYS] a:2693 [G] ❌ 7K00_a:2693 no longer at interface
N:93 [LYS] A:2883 [U] o:91 [ALA] a:2863 [C] ❌ 7K00_o:91, 7K00_a:2863 no longer at interface
N:105 [LEU] A:1782 [A] o:103 [ARG] a:1755 [A] ❌ 6S0Z_N:105, 6S0Z_A:1782 no longer at interface
N:5 [LYS] A:2897 [A] o:3 [ASN] a:2877 [G] ❌ 6S0Z_N:5, 6S0Z_A:2897 no longer at interface
N:55 [GLY] A:2748 [A] o:53 [ARG] a:2721 [A] ❌ 6S0Z_A:2748 no longer at interface
N:22 [PHE] A:2887 [G] o:20 [PHE] a:2867 [G] ❌ 7K00_o:20 no longer at interface
N:94 [VAL] A:2869 [G] o:92 [VAL] a:2849 [U] ❌ 7K00_o:92 no longer at interface
N:93 [LYS] A:2882 [A] o:91 [ALA] a:2862 [G] ❌ 7K00_o:91 no longer at interface
N:103 [ARG] A:2712 [G] o:101 [ARG] a:2685 [G] ❌ 7K00_o:101 no longer at interface
N:51 [LYS] A:2712 [G] o:49 [ALA] a:2685 [G] ❌ 7K00_o:49 no longer at interface
N:51 [LYS] A:2746 [G] o:49 [ALA] a:2719 [G] ❌ 7K00_o:49 no longer at interface
N:24 [PRO] A:2887 [G] o:22 [PRO] a:2867 [G] ❌ 7K00_o:22 no longer at interface
N:105 [LEU] A:1781 [C] o:103 [ARG] a:1754 [A] ❌ 6S0Z_N:105 no longer at interface
N:5 [LYS] A:2896 [A] o:3 [ASN] a:2876 [G] ❌ 6S0Z_N:5 no longer at interface
N:8 [GLU] A:2895 [G] o:6 [LYS] a:2875 [C] ❌ 6S0Z_N:8 no longer at interface
N:62 [THR] A:2712 [G] o:60 [THR] a:2685 [G] ❌ 6S0Z_N:62 no longer at interface
N:77 [PRO] A:2711 [U] o:75 [GLN] a:2684 [U] ❌ 6S0Z_N:77 no longer at interface
N:77 [PRO] A:2710 [C] o:75 [GLN] a:2683 [C] ❌ 6S0Z_N:77 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA 0.97 1.93 0.36 0.94 0.97 0.73 0.91 0.75 0.84 0.23 0.53


Other pairs involving 6S0Z_N_A or 7K00_o_a

Total number of entries: 4

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6S0Z_N_A 7K00_o_a 0.75 0.97 1.93 0.36 SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_N_A 7RYG_O_A 0.64 0.98 2.05 0.39 SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1T_1A 6S0Z_N_A 0.84 0.96 2.36 0.45 SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1T_1A 7K00_o_a 0.74 0.97 1.19 0.36 SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare