Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
7K00_o
|
7K00_a
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
---|---|---|---|---|---|---|
o:2 [SER] | a:2875 [C] | 3.68 | a:2842 [G] | 36.7 | ||
o:2 [SER] | a:2876 [G] | 3.14 | a:2841 [C] | 36.7 | ||
o:3 [ASN] | a:2876 [G] | 3.63 | a:2841 [C] | 38.2 | ||
o:3 [ASN] | a:2877 [G] | 4.22 | a:2840 [C] | 38.2 | ||
o:6 [LYS] | a:2875 [C] | 4.33 | a:2842 [G] | 14.7 | ||
o:21 [ARG] | a:2849 [U] | 2.78 | base:SC, base:SC | 49.6 | ||
o:21 [ARG] | a:2867 [G] | 3.51 | base/AA stacks | 49.6 | ||
o:50 [ILE] | a:2846 [G] | 4.24 | a:2870 [C] | 58.8 | ||
o:51 [ARG] | a:2683 [C] | 2.85 | 56.5 | |||
o:51 [ARG] | a:2684 [U] | 3.45 | a:2725 [A] | 56.5 | ||
o:51 [ARG] | a:2846 [G] | 3.96 | a:2870 [C] | 56.5 | ||
o:52 [ASN] | a:2845 [U] | 2.99 | a:2871 [U] | 77.2 | ||
o:52 [ASN] | a:2846 [G] | 3.08 | a:2870 [C] | 77.2 | ||
o:53 [ARG] | a:2683 [C] | 4.35 | 56.4 | |||
o:53 [ARG] | a:2719 [G] | 4.47 | a:2872 [A] | 56.4 | ||
o:53 [ARG] | a:2720 [U] | 3.15 | a:2873 [A] | 56.4 | ||
o:53 [ARG] | a:2721 [A] | 3.94 | a:2688 [G] | 56.4 | ||
o:53 [ARG] | a:2845 [U] | 3.19 | a:2871 [U] | 56.4 | ||
o:53 [ARG] | a:2846 [G] | 2.98 | a:2870 [C] | 56.4 | ||
o:54 [GLY] | a:2845 [U] | 4.42 | a:2871 [U] | 54.5 | ||
o:56 [HIS] | a:2682 [A] | 3.24 | 55.0 | |||
o:56 [HIS] | a:2683 [C] | 3.33 | 55.0 | |||
o:56 [HIS] | a:2684 [U] | 4.83 | a:2725 [A] | 55.0 | ||
o:58 [ALA] | a:2684 [U] | 3.38 | a:2725 [A] | 82.5 | ||
o:60 [THR] | a:2685 [G] | 4.51 | a:2724 [U] | 85.1 | ||
o:73 [VAL] | a:2684 [U] | 4.2 | a:2725 [A] | 67.4 | ||
o:73 [VAL] | a:2685 [G] | 3.32 | a:2724 [U] | 67.4 | ||
o:75 [GLN] | a:2683 [C] | 2.96 | sugar:SC | 62.8 | ||
o:75 [GLN] | a:2684 [U] | 2.99 | a:2725 [A] | 62.8 | ||
o:93 [ARG] | a:1752 [C] | 3.99 | a:1756 [G] | 82.0 | ||
o:93 [ARG] | a:1753 [G] | 3.12 | 82.0 | |||
o:93 [ARG] | a:1754 [A] | 4.44 | 82.0 | |||
o:93 [ARG] | a:2848 [G] | 3.27 | a:2868 [A] | 82.0 | ||
o:93 [ARG] | a:2849 [U] | 3.06 | 82.0 | |||
o:93 [ARG] | a:2862 [G] | 4.32 | a:2855 [C] | 82.0 | ||
o:94 [LYS] | a:1754 [A] | 2.99 | 80.5 | |||
o:94 [LYS] | a:2717 [C] | 3.48 | a:2692 [G] | sugar:SC | 80.5 | |
o:94 [LYS] | a:2848 [G] | 3.64 | a:2868 [A] | 80.5 | ||
o:95 [ALA] | a:2718 [G] | 4.45 | a:2691 [C] | 81.8 | ||
o:95 [ALA] | a:2847 [U] | 3.52 | a:2869 [G] | 81.8 | ||
o:95 [ALA] | a:2848 [G] | 2.79 | a:2868 [A] | 81.8 | ||
o:96 [LYS] | a:2718 [G] | 3.34 | a:2691 [C] | 86.6 | ||
o:96 [LYS] | a:2719 [G] | 3.62 | a:2872 [A] | 86.6 | ||
o:96 [LYS] | a:2846 [G] | 4.41 | a:2870 [C] | 86.6 | ||
o:96 [LYS] | a:2847 [U] | 3.0 | a:2869 [G] | 86.6 | ||
o:96 [LYS] | a:2848 [G] | 4.53 | a:2868 [A] | 86.6 | ||
o:98 [TYR] | a:2718 [G] | 3.31 | a:2691 [C] | 71.6 | ||
o:98 [TYR] | a:2719 [G] | 2.86 | a:2872 [A] | 71.6 | ||
o:99 [TYR] | a:1754 [A] | 3.64 | 70.0 | |||
o:99 [TYR] | a:2718 [G] | 4.85 | a:2691 [C] | 70.0 | ||
o:103 [ARG] | a:1754 [A] | 2.66 | sugar:SC | 42.8 | ||
o:103 [ARG] | a:1755 [A] | 4.14 | 42.8 | |||
o:115 [ASN] | a:2864 [G] | 3.67 | a:2853 [C] | 53.7 |
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
---|---|---|---|---|---|---|---|
group61 | 7K00_o_a | o: 50s ribosomal protein l19, Escherichia coli (natural) a: 23s rRNA, Escherichia coli (natural) | P0A7K6 | SH3 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
Interologs
Total number of interologs for this interface: 2
Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
6S0Z_N_A | 7K00_o_a | 0.75 | 0.97 | 1.93 | 0.36 | SH3 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
4Y4O_1T_1A | 7K00_o_a | 0.74 | 0.97 | 1.19 | 0.36 | SH3 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |