RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group61 > 7K00_o_a

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

7K00_o
7K00_a
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
o:2 [SER] a:2875 [C] 3.68 a:2842 [G] 36.7
o:2 [SER] a:2876 [G] 3.14 a:2841 [C] 36.7
o:3 [ASN] a:2876 [G] 3.63 a:2841 [C] 38.2
o:3 [ASN] a:2877 [G] 4.22 a:2840 [C] 38.2
o:6 [LYS] a:2875 [C] 4.33 a:2842 [G] 14.7
o:21 [ARG] a:2849 [U] 2.78 base:SC, base:SC 49.6
o:21 [ARG] a:2867 [G] 3.51 base/AA stacks 49.6
o:50 [ILE] a:2846 [G] 4.24 a:2870 [C] 58.8
o:51 [ARG] a:2683 [C] 2.85 56.5
o:51 [ARG] a:2684 [U] 3.45 a:2725 [A] 56.5
o:51 [ARG] a:2846 [G] 3.96 a:2870 [C] 56.5
o:52 [ASN] a:2845 [U] 2.99 a:2871 [U] 77.2
o:52 [ASN] a:2846 [G] 3.08 a:2870 [C] 77.2
o:53 [ARG] a:2683 [C] 4.35 56.4
o:53 [ARG] a:2719 [G] 4.47 a:2872 [A] 56.4
o:53 [ARG] a:2720 [U] 3.15 a:2873 [A] 56.4
o:53 [ARG] a:2721 [A] 3.94 a:2688 [G] 56.4
o:53 [ARG] a:2845 [U] 3.19 a:2871 [U] 56.4
o:53 [ARG] a:2846 [G] 2.98 a:2870 [C] 56.4
o:54 [GLY] a:2845 [U] 4.42 a:2871 [U] 54.5
o:56 [HIS] a:2682 [A] 3.24 55.0
o:56 [HIS] a:2683 [C] 3.33 55.0
o:56 [HIS] a:2684 [U] 4.83 a:2725 [A] 55.0
o:58 [ALA] a:2684 [U] 3.38 a:2725 [A] 82.5
o:60 [THR] a:2685 [G] 4.51 a:2724 [U] 85.1
o:73 [VAL] a:2684 [U] 4.2 a:2725 [A] 67.4
o:73 [VAL] a:2685 [G] 3.32 a:2724 [U] 67.4
o:75 [GLN] a:2683 [C] 2.96 sugar:SC 62.8
o:75 [GLN] a:2684 [U] 2.99 a:2725 [A] 62.8
o:93 [ARG] a:1752 [C] 3.99 a:1756 [G] 82.0
o:93 [ARG] a:1753 [G] 3.12 82.0
o:93 [ARG] a:1754 [A] 4.44 82.0
o:93 [ARG] a:2848 [G] 3.27 a:2868 [A] 82.0
o:93 [ARG] a:2849 [U] 3.06 82.0
o:93 [ARG] a:2862 [G] 4.32 a:2855 [C] 82.0
o:94 [LYS] a:1754 [A] 2.99 80.5
o:94 [LYS] a:2717 [C] 3.48 a:2692 [G] sugar:SC 80.5
o:94 [LYS] a:2848 [G] 3.64 a:2868 [A] 80.5
o:95 [ALA] a:2718 [G] 4.45 a:2691 [C] 81.8
o:95 [ALA] a:2847 [U] 3.52 a:2869 [G] 81.8
o:95 [ALA] a:2848 [G] 2.79 a:2868 [A] 81.8
o:96 [LYS] a:2718 [G] 3.34 a:2691 [C] 86.6
o:96 [LYS] a:2719 [G] 3.62 a:2872 [A] 86.6
o:96 [LYS] a:2846 [G] 4.41 a:2870 [C] 86.6
o:96 [LYS] a:2847 [U] 3.0 a:2869 [G] 86.6
o:96 [LYS] a:2848 [G] 4.53 a:2868 [A] 86.6
o:98 [TYR] a:2718 [G] 3.31 a:2691 [C] 71.6
o:98 [TYR] a:2719 [G] 2.86 a:2872 [A] 71.6
o:99 [TYR] a:1754 [A] 3.64 70.0
o:99 [TYR] a:2718 [G] 4.85 a:2691 [C] 70.0
o:103 [ARG] a:1754 [A] 2.66 sugar:SC 42.8
o:103 [ARG] a:1755 [A] 4.14 42.8
o:115 [ASN] a:2864 [G] 3.67 a:2853 [C] 53.7

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
UniProt ID
ECOD label(s)
RFAM label(s)
Is ribosome? RCSB PDB link
group61 7K00_o_a o: 50s ribosomal protein l19, Escherichia coli (natural) a: 23s rRNA, Escherichia coli (natural) P0A7K6 SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA

Interologs

Total number of interologs for this interface: 2