RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group62 > 4Y4O_1Y_1A vs 7K00_t_a

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4Y4O_1Y
4Y4O_1A
7K00_t
7K00_a
Conserved?
1Y:18 [GLY] 1A:333 [G] t:16 [GLY] a:309 [A] ✔
1Y:18 [GLY] 1A:334 [A] t:16 [GLY] a:310 [A] ✔
1Y:18 [GLY] 1A:353 [G] t:16 [GLY] a:329 [G] ✔
1Y:85 [VAL] 1A:360 [C] t:83 [VAL] a:336 [C] ✔
1Y:20 [TYR] 1A:353 [G] t:18 [ASP] a:329 [G] ✔
1Y:89 [PHE] 1A:320 [C] t:87 [PHE] a:296 [U] ✔
1Y:89 [PHE] 1A:321 [C] t:87 [PHE] a:297 [G] ✔
1Y:43 [ASN] 1A:353 [G] t:40 [ASN] a:329 [G] ✔
1Y:66 [PRO] 1A:504 [A] t:64 [ALA] a:478 [A] ✔
1Y:51 [VAL] 1A:509 [A] t:48 [PRO] a:483 [A] ✔
1Y:51 [VAL] 1A:510 [C] t:48 [PRO] a:484 [C] ✔
1Y:59 [GLY] 1A:509 [A] t:57 [GLY] a:483 [A] ✔
1Y:21 [LYS] 1A:334 [A] t:19 [LYS] a:310 [A] ✔
1Y:95 [LYS] 1A:81 [G] t:92 [LYS] a:82 [U] ✔
1Y:95 [LYS] 1A:82 [G] t:92 [LYS] a:83 [A] ✔
1Y:95 [LYS] 1A:320 [C] t:92 [LYS] a:296 [U] ✔
1Y:95 [LYS] 1A:321 [C] t:92 [LYS] a:297 [G] ✔
1Y:63 [LYS] 1A:506 [A] t:61 [LYS] a:480 [A] ✔
1Y:17 [SER] 1A:333 [G] t:15 [THR] a:309 [A] ✔
1Y:17 [SER] 1A:334 [A] t:15 [THR] a:310 [A] ✔
1Y:17 [SER] 1A:353 [G] t:15 [THR] a:329 [G] ✔
1Y:50 [ARG] 1A:509 [A] t:47 [LYS] a:483 [A] ✔
1Y:50 [ARG] 1A:510 [C] t:47 [LYS] a:484 [C] ✔
1Y:8 [LYS] 1A:83 [A] t:6 [ARG] a:84 [A] ✔
1Y:8 [LYS] 1A:84 [G] t:6 [ARG] a:85 [G] ✔
1Y:87 [LYS] 1A:321 [C] t:85 [PHE] a:297 [G] ✔
1Y:87 [LYS] 1A:322 [G] t:85 [PHE] a:298 [G] ✔
1Y:19 [LYS] 1A:333 [G] t:17 [LYS] a:309 [A] ✔
1Y:19 [LYS] 1A:353 [G] t:17 [LYS] a:329 [G] ✔
1Y:9 [LYS] 1A:83 [A] t:7 [ARG] a:84 [A] ✔
1Y:9 [LYS] 1A:84 [G] t:7 [ARG] a:85 [G] ✔
1Y:48 [ALA] 1A:506 [A] t:45 [HIS] a:480 [A] ✔
1Y:48 [ALA] 1A:507 [G] t:45 [HIS] a:481 [G] ✔
1Y:48 [ALA] 1A:508 [A] t:45 [HIS] a:482 [A] ✔
1Y:48 [ALA] 1A:509 [A] t:45 [HIS] a:483 [A] ✔
1Y:7 [VAL] 1A:84 [G] t:5 [ILE] a:85 [G] ✔
1Y:32 [PRO] 1A:85 [C] t:30 [SER] a:86 [G] ✔
1Y:4 [LYS] 1A:320 [C] t:2 [ALA] a:296 [U] ✔
1Y:4 [LYS] 1A:321 [C] t:2 [ALA] a:297 [G] ✔
1Y:71 [LYS] 1A:352 [U] t:69 [ASN] a:328 [U] ✔
1Y:71 [LYS] 1A:353 [G] t:69 [ASN] a:329 [G] ✔
1Y:71 [LYS] 1A:359 [C] t:69 [ASN] a:335 [C] ✔
1Y:70 [SER] 1A:351 [G] t:68 [SER] a:327 [G] ✔
1Y:70 [SER] 1A:352 [U] t:68 [SER] a:328 [U] ✔
1Y:70 [SER] 1A:359 [C] t:68 [SER] a:335 [C] ✔
1Y:70 [SER] 1A:360 [C] t:68 [SER] a:336 [C] ✔
1Y:65 [ALA] 1A:504 [A] t:63 [ALA] a:478 [A] ✔
1Y:49 [VAL] 1A:509 [A] t:46 [GLN] a:483 [A] ✔
1Y:60 [PHE] 1A:509 [A] t:58 [ILE] a:483 [A] ✔
1Y:60 [PHE] 1A:523 [G] t:58 [ILE] a:498 [G] ✔
1Y:47 [LYS] 1A:506 [A] t:44 [LYS] a:480 [A] ✔
1Y:47 [LYS] 1A:507 [G] t:44 [LYS] a:481 [G] ✔
1Y:58 [GLY] 1A:509 [A] t:56 [GLY] a:483 [A] ✔
1Y:30 [VAL] 1A:84 [G] t:28 [VAL] a:85 [G] ✔
1Y:30 [VAL] 1A:85 [C] t:28 [VAL] a:86 [G] ✔
1Y:6 [HIS] 1A:360 [C] t:4 [LYS] a:336 [C] ✔
1Y:6 [HIS] 1A:361 [C] t:4 [LYS] a:337 [C] ✔
1Y:46 [LYS] 1A:506 [A] t:43 [LYS] a:480 [A] ✔
1Y:46 [LYS] 1A:507 [G] t:43 [LYS] a:481 [G] ✔
1Y:46 [LYS] 1A:523 [G] t:43 [LYS] a:498 [G] ✔
1Y:46 [LYS] 1A:524 [U] t:43 [LYS] a:499 [U] ✔
1Y:72 [VAL] 1A:359 [C] t:70 [VAL] a:335 [C] ✔
1Y:84 [ARG] 1A:323 [A] t:82 [ARG] a:299 [A] ✔
1Y:84 [ARG] 1A:324 [A] t:82 [ARG] a:300 [A] ✔
1Y:84 [ARG] 1A:325 [G] t:82 [ARG] a:301 [G] ✔
1Y:84 [ARG] 1A:358 [C] t:82 [ARG] a:334 [C] ✔
1Y:84 [ARG] 1A:359 [C] t:82 [ARG] a:335 [C] ✔
1Y:84 [ARG] 1A:360 [C] t:82 [ARG] a:336 [C] ✔
1Y:5 [MET] 1A:83 [A] t:3 [ALA] a:84 [A] ✔
1Y:68 [HIS] 1A:352 [U] t:66 [GLN] a:328 [U] ✔
1Y:68 [HIS] 1A:353 [G] t:66 [GLN] a:329 [G] ✔
1Y:86 [ARG] 1A:322 [G] t:84 [GLY] a:298 [G] ✔
1Y:45 [VAL] 1A:506 [A] t:42 [VAL] a:480 [A] ✔
1Y:16 [ALA] 1A:334 [A] t:14 [LEU] a:310 [A] ✔
1Y:85 [VAL] 1A:322 [G] t:83 [VAL] a:298 [G] ❌ 7K00_t_a
1Y:63 [LYS] 1A:505 [A] t:61 [LYS] a:479 [A] ❌ 7K00_t_a
1Y:50 [ARG] 1A:508 [A] t:47 [LYS] a:482 [A] ❌ 7K00_t_a
1Y:87 [LYS] 1A:82 [G] t:85 [PHE] a:83 [A] ❌ 7K00_t_a
1Y:32 [PRO] 1A:84 [G] t:30 [SER] a:85 [G] ❌ 7K00_t_a
1Y:4 [LYS] 1A:361 [C] t:2 [ALA] a:337 [C] ❌ 7K00_t_a
1Y:68 [HIS] 1A:351 [G] t:66 [GLN] a:327 [G] ❌ 7K00_t_a
1Y:86 [ARG] 1A:323 [A] t:84 [GLY] a:299 [A] ❌ 7K00_t_a
1Y:86 [ARG] 1A:324 [A] t:84 [GLY] a:300 [A] ❌ 7K00_t_a
1Y:16 [ALA] 1A:359 [C] t:14 [LEU] a:335 [C] ❌ 4Y4O_1Y_1A
1Y:4 [LYS] 1A:83 [A] t:2 [ALA] a:84 [A] ❌ 4Y4O_1Y_1A
1Y:4 [LYS] 1A:82 [G] t:2 [ALA] a:83 [A] ❌ 4Y4O_1Y_1A
1Y:47 [LYS] 1A:508 [A] t:44 [LYS] a:482 [A] ❌ 4Y4O_1Y_1A
1Y:48 [ALA] 1A:524 [U] t:45 [HIS] a:499 [U] ❌ 4Y4O_1Y_1A
1Y:48 [ALA] 1A:523 [G] t:45 [HIS] a:498 [G] ❌ 4Y4O_1Y_1A
1Y:84 [ARG] 1A:326 [C] t:82 [ARG] a:302 [C] ❌ 4Y4O_1Y_1A
1Y:21 [LYS] 1A:331 [G] t:19 [LYS] a:307 [G] ❌ 7K00_a:307 no longer at interface
1Y:8 [LYS] 1A:98 [U] t:6 [ARG] a:99 [U] ❌ 7K00_a:99 no longer at interface
1Y:19 [LYS] 1A:332 [G] t:17 [LYS] a:308 [G] ❌ 7K00_a:308 no longer at interface
1Y:4 [LYS] 1A:362 [G] t:2 [ALA] a:338 [G] ❌ 7K00_a:338 no longer at interface
1Y:94 [LYS] 1A:100 [G] t:91 [LYS] a:102 [U] ❌ 7K00_a:102 no longer at interface
1Y:33 [LYS] 1A:86 [C] t:31 [SER] a:87 [U] ❌ 7K00_t:31, 7K00_a:87 no longer at interface
1Y:33 [LYS] 1A:88 [G] t:31 [SER] a:89 [A] ❌ 7K00_t:31, 7K00_a:89 no longer at interface
1Y:48 [ALA] 1A:522 [A] t:45 [HIS] a:497 [A] ❌ 4Y4O_1A:522 no longer at interface
1Y:101 [LYS] 1A:326 [C] t:98 [SER] a:302 [C] ❌ 7K00_t:98 no longer at interface
1Y:97 [ARG] 1A:83 [A] t:94 [ARG] a:84 [A] ❌ 7K00_t:94 no longer at interface
1Y:35 [TYR] 1A:360 [C] t:32 [GLY] a:336 [C] ❌ 7K00_t:32 no longer at interface
1Y:35 [TYR] 1A:361 [C] t:32 [GLY] a:337 [C] ❌ 7K00_t:32 no longer at interface
1Y:33 [LYS] 1A:85 [C] t:31 [SER] a:86 [G] ❌ 7K00_t:31 no longer at interface
1Y:73 [ARG] 1A:325 [G] t:71 [ALA] a:301 [G] ❌ 7K00_t:71 no longer at interface
1Y:73 [ARG] 1A:326 [C] t:71 [ALA] a:302 [C] ❌ 7K00_t:71 no longer at interface
1Y:73 [ARG] 1A:359 [C] t:71 [ALA] a:335 [C] ❌ 7K00_t:71 no longer at interface
1Y:31 [LEU] 1A:85 [C] t:29 [LEU] a:86 [G] ❌ 4Y4O_1Y:31 no longer at interface
1Y:36 [ALA] 1A:505 [A] t:33 [LYS] a:479 [A] ❌ 4Y4O_1Y:36 no longer at interface
1Y:36 [ALA] 1A:504 [A] t:33 [LYS] a:478 [A] ❌ 4Y4O_1Y:36 no longer at interface
1Y:69 [ALA] 1A:359 [C] t:67 [VAL] a:335 [C] ❌ 4Y4O_1Y:69 no longer at interface
1Y:98 [VAL] 1A:322 [G] t:95 [PHE] a:298 [G] ❌ 4Y4O_1Y:98 no longer at interface
1Y:100 [ALA] 1A:323 [A] t:97 [LYS] a:299 [A] ❌ 4Y4O_1Y:100 no longer at interface
1Y:100 [ALA] 1A:322 [G] t:97 [LYS] a:298 [G] ❌ 4Y4O_1Y:100 no longer at interface
1Y:100 [ALA] 1A:324 [A] t:97 [LYS] a:300 [A] ❌ 4Y4O_1Y:100 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA 0.96 2.35 0.43 0.88 0.96 0.89 0.94 0.75 0.73 0.44 0.60


Other pairs involving 4Y4O_1Y_1A or 7K00_t_a

Total number of entries: 4

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_1Y_1A 6S0Z_S_A 0.75 0.97 2.5 0.51 SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_S_A 7K00_t_a 0.85 0.97 2.14 0.54 SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1Y_1A 7K00_t_a 0.75 0.96 2.35 0.43 SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1Y_1A 7RYG_T_A 0.64 0.96 2.96 0.39 SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare