RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group62 > 6S0Z_S_A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

6S0Z_S
6S0Z_A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
S:2 [HIS] A:84 [A] 4.87 A:101 [G] 64.04
S:2 [HIS] A:379 [C] 4.81 A:369 [G] 64.04
S:2 [HIS] A:380 [U] 4.28 A:368 [A] 64.04
S:4 [LYS] A:84 [A] 3.21 A:101 [G] 73.1
S:5 [LYS] A:85 [G] 4.17 A:97 [C] 63.98
S:10 [LYS] A:346 [A] 4.59 A:357 [U] 47.15
S:12 [ILE] A:353 [A] 4.83 A:349 [U] 78.6
S:12 [ILE] A:378 [C] 4.59 A:370 [G] 78.6
S:13 [ALA] A:352 [A] 4.65 A:1248 [U] 74.44
S:13 [ALA] A:353 [A] 4.43 A:349 [U] 74.44
S:14 [GLY] A:352 [A] 3.35 A:1248 [U] 98.98
S:14 [GLY] A:353 [A] 3.24 A:349 [U] 98.98
S:14 [GLY] A:372 [A] 3.75 98.98
S:15 [LYS] A:351 [G] 2.59 sugar:SC 70.73
S:15 [LYS] A:352 [A] 3.73 A:1248 [U] 70.73
S:15 [LYS] A:372 [A] 3.47 70.73
S:15 [LYS] A:546 [A] 2.87 70.73
S:17 [LYS] A:353 [A] 3.28 A:349 [U] 75.66
S:26 [THR] A:85 [G] 3.18 A:97 [C] 76.25
S:28 [PRO] A:85 [G] 4.09 A:97 [C] 54.29
S:28 [PRO] A:86 [C] 4.51 A:96 [G] 54.29
S:29 [LYS] A:86 [C] 3.4 A:96 [G] 28.63
S:29 [LYS] A:87 [U] 3.62 A:95 [A] 28.63
S:32 [ARG] A:372 [A] 4.77 52.34
S:32 [ARG] A:523 [A] 4.62 52.34
S:32 [ARG] A:524 [A] 4.33 52.34
S:39 [ASN] A:372 [A] 4.53 90.96
S:41 [MET] A:526 [A] 3.47 A:550 [A] 40.84
S:42 [LYS] A:526 [A] 2.75 A:550 [A] 60.85
S:42 [LYS] A:527 [G] 4.4 A:554 [C] 60.85
S:42 [LYS] A:544 [U] 4.08 A:548 [A] 60.85
S:42 [LYS] A:545 [G] 4.36 60.85
S:43 [LYS] A:526 [A] 3.09 A:550 [A] 80.9
S:43 [LYS] A:527 [G] 3.99 A:554 [C] 80.9
S:44 [HIS] A:526 [A] 4.25 A:550 [A] 84.37
S:44 [HIS] A:527 [G] 2.99 A:554 [C] 84.37
S:44 [HIS] A:528 [C] 3.36 A:542 [A] sugar:SC 84.37
S:44 [HIS] A:529 [A] 3.38 base/AA stacks 84.37
S:44 [HIS] A:542 [A] 4.84 A:528 [C] 84.37
S:44 [HIS] A:543 [G] 3.07 A:551 [G] sugar:SC 84.37
S:44 [HIS] A:544 [U] 4.45 A:548 [A] 84.37
S:45 [GLN] A:529 [A] 2.94 sugar:BB 10.65
S:46 [LYS] A:529 [A] 3.88 85.9
S:46 [LYS] A:530 [C] 4.83 A:541 [G] 85.9
S:47 [PRO] A:529 [A] 4.77 52.3
S:47 [PRO] A:530 [C] 4.33 A:541 [G] 52.3
S:53 [GLU] A:529 [A] 4.36 44.67
S:53 [GLU] A:530 [C] 4.6 A:541 [G] 44.67
S:54 [GLY] A:529 [A] 2.59 sugar:BB 83.81
S:55 [GLY] A:529 [A] 4.13 66.69
S:56 [ILE] A:543 [G] 4.81 A:551 [G] 67.37
S:61 [ALA] A:524 [A] 4.94 49.68
S:64 [HIS] A:370 [G] 4.33 A:378 [C] 69.36
S:64 [HIS] A:371 [U] 3.78 A:375 [A] 69.36
S:64 [HIS] A:372 [A] 4.77 69.36
S:65 [VAL] A:378 [C] 4.44 A:370 [G] 52.71
S:66 [SER] A:370 [G] 3.43 A:378 [C] 98.06
S:66 [SER] A:371 [U] 2.84 A:375 [A] sugar:SC 98.06
S:66 [SER] A:375 [A] 4.74 A:371 [U] 98.06
S:66 [SER] A:378 [C] 2.97 A:370 [G] base:SC, sugar:BB 98.06
S:66 [SER] A:379 [C] 4.0 A:369 [G] 98.06
S:67 [ASN] A:371 [U] 2.89 A:375 [A] sugar:SC 88.57
S:67 [ASN] A:372 [A] 2.68 88.57
S:67 [ASN] A:378 [C] 4.85 A:370 [G] 88.57
S:68 [VAL] A:378 [C] 4.31 A:370 [G] 85.63
S:69 [GLN] A:345 [C] 4.6 A:358 [G] 63.53
S:69 [GLN] A:378 [C] 3.87 A:370 [G] 63.53
S:78 [PRO] A:345 [C] 4.14 A:358 [G] 47.4
S:80 [ARG] A:342 [A] 4.5 76.02
S:80 [ARG] A:343 [A] 2.64 76.02
S:80 [ARG] A:344 [U] 3.23 A:359 [A] 76.02
S:80 [ARG] A:377 [U] 3.7 A:360 [A] 76.02
S:80 [ARG] A:378 [C] 3.58 A:370 [G] 76.02
S:80 [ARG] A:379 [C] 3.76 A:369 [G] 76.02
S:82 [GLY] A:341 [G] 3.35 A:383 [A] 31.59
S:83 [TYR] A:340 [C] 3.66 A:384 [G] 0.0
S:83 [TYR] A:341 [G] 3.24 A:383 [A] 0.0
S:85 [PHE] A:339 [A] 3.74 A:385 [U] 3.95
S:85 [PHE] A:340 [C] 4.84 A:384 [G] 3.95
S:90 [LYS] A:82 [G] 4.47 A:103 [U] 68.24
S:90 [LYS] A:83 [G] 2.48 A:102 [A] 68.24
S:90 [LYS] A:339 [A] 3.57 A:385 [U] 68.24
S:90 [LYS] A:340 [C] 2.85 A:384 [G] 68.24
S:93 [ILE] A:341 [G] 4.9 A:383 [A] 43.46
S:95 [LYS] A:341 [G] 4.06 A:383 [A] 54.82
S:95 [LYS] A:342 [A] 2.27 54.82
S:95 [LYS] A:343 [A] 3.41 54.82
S:96 [LYS] A:344 [U] 4.67 A:359 [A] 56.87
S:96 [LYS] A:345 [C] 3.81 A:358 [G] 56.87

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group62 6S0Z_S_A S: 50s ribosomal protein l24, Staphylococcus aureus (natural) A: 23s ribosomal RNA, Staphylococcus aureus (natural) W8TRD5 SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 3

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6S0Z_S_A 7K00_t_a 0.85 0.97 2.14 0.54 SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_S_A 7RYG_T_A 0.83 0.98 1.65 0.66 SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1Y_1A 6S0Z_S_A 0.75 0.97 2.5 0.51 SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare