RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group62 > 7K00_t_a

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

7K00_t
7K00_a
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
t:2 [ALA] a:83 [A] 3.35 a:103 [A] 56.57
t:2 [ALA] a:84 [A] 3.42 a:101 [A] 56.57
t:2 [ALA] a:296 [U] 4.84 a:342 [A] 56.57
t:2 [ALA] a:297 [G] 4.23 a:341 [C] 56.57
t:3 [ALA] a:84 [A] 4.09 a:101 [A] 32.85
t:4 [LYS] a:336 [C] 4.12 a:326 [G] 68.47
t:4 [LYS] a:337 [C] 2.5 a:325 [G] 68.47
t:5 [ILE] a:85 [G] 4.68 a:97 [C] 80.41
t:6 [ARG] a:84 [A] 3.32 a:101 [A] 64.87
t:6 [ARG] a:85 [G] 3.45 a:97 [C] 64.87
t:7 [ARG] a:84 [A] 4.48 a:101 [A] 73.03
t:7 [ARG] a:85 [G] 2.66 a:97 [C] 73.03
t:14 [LEU] a:310 [A] 4.39 a:306 [U] 82.68
t:14 [LEU] a:335 [C] 3.9 a:327 [G] 82.68
t:15 [THR] a:309 [A] 4.14 74.71
t:15 [THR] a:310 [A] 3.5 a:306 [U] 74.71
t:15 [THR] a:329 [G] 4.48 a:308 [G] 74.71
t:16 [GLY] a:309 [A] 3.37 98.78
t:16 [GLY] a:310 [A] 3.17 a:306 [U] 98.78
t:16 [GLY] a:329 [G] 3.37 a:308 [G] 98.78
t:17 [LYS] a:309 [A] 4.27 68.68
t:17 [LYS] a:329 [G] 2.51 a:308 [G] base:BB 68.68
t:18 [ASP] a:329 [G] 4.91 a:308 [G] 76.5
t:19 [LYS] a:310 [A] 3.61 a:306 [U] 76.37
t:28 [VAL] a:85 [G] 3.24 a:97 [C] 77.77
t:28 [VAL] a:86 [G] 4.27 a:96 [C] 77.77
t:29 [LEU] a:86 [G] 4.88 a:96 [C] 0.2
t:30 [SER] a:86 [G] 3.9 a:96 [C] 44.08
t:33 [LYS] a:478 [A] 3.86 a:502 [A] 55.87
t:33 [LYS] a:479 [A] 4.3 a:475 [C] 55.87
t:40 [ASN] a:329 [G] 4.45 a:308 [G] 88.15
t:42 [VAL] a:480 [A] 3.52 a:505 [A] 9.92
t:43 [LYS] a:480 [A] 2.76 a:505 [A] 65.27
t:43 [LYS] a:481 [G] 4.07 a:509 [C] 65.27
t:43 [LYS] a:498 [G] 4.82 a:506 [G] 65.27
t:43 [LYS] a:499 [U] 3.52 a:503 [A] 65.27
t:44 [LYS] a:480 [A] 3.28 a:505 [A] 79.17
t:44 [LYS] a:481 [G] 3.48 a:509 [C] 79.17
t:44 [LYS] a:482 [A] 4.52 a:497 [A] 79.17
t:45 [HIS] a:480 [A] 4.32 a:505 [A] 80.84
t:45 [HIS] a:481 [G] 2.61 a:509 [C] 80.84
t:45 [HIS] a:482 [A] 3.57 a:497 [A] 80.84
t:45 [HIS] a:483 [A] 3.16 80.84
t:45 [HIS] a:497 [A] 4.87 a:482 [A] 80.84
t:45 [HIS] a:498 [G] 2.58 a:506 [G] sugar:SC 80.84
t:45 [HIS] a:499 [U] 3.63 a:503 [A] 80.84
t:46 [GLN] a:483 [A] 3.25 sugar:BB 8.38
t:47 [LYS] a:483 [A] 3.48 80.72
t:47 [LYS] a:484 [C] 3.49 a:496 [G] 80.72
t:48 [PRO] a:483 [A] 3.51 48.39
t:48 [PRO] a:484 [C] 3.22 a:496 [G] 48.39
t:56 [GLY] a:483 [A] 3.78 86.15
t:57 [GLY] a:483 [A] 2.66 sugar:BB 63.24
t:58 [ILE] a:483 [A] 3.54 62.03
t:58 [ILE] a:498 [G] 4.23 a:506 [G] 62.03
t:61 [LYS] a:480 [A] 4.11 a:505 [A] 32.07
t:63 [ALA] a:478 [A] 4.4 a:502 [A] 39.5
t:64 [ALA] a:478 [A] 4.88 a:502 [A] 75.74
t:66 [GLN] a:328 [U] 3.46 a:332 [A] 73.66
t:66 [GLN] a:329 [G] 3.47 a:308 [G] 73.66
t:67 [VAL] a:335 [C] 4.99 a:327 [G] 55.16
t:68 [SER] a:327 [G] 3.33 a:335 [C] base:SC 98.78
t:68 [SER] a:328 [U] 3.36 a:332 [A] sugar:SC 98.78
t:68 [SER] a:335 [C] 2.79 a:327 [G] sugar:BB 98.78
t:68 [SER] a:336 [C] 3.24 a:326 [G] 98.78
t:69 [ASN] a:328 [U] 2.62 a:332 [A] sugar:SC 90.79
t:69 [ASN] a:329 [G] 2.87 a:308 [G] 90.79
t:69 [ASN] a:335 [C] 4.87 a:327 [G] 90.79
t:70 [VAL] a:335 [C] 4.46 a:327 [G] 85.76
t:82 [ARG] a:299 [A] 4.64 82.44
t:82 [ARG] a:300 [A] 2.73 82.44
t:82 [ARG] a:301 [G] 2.81 a:316 [C] 82.44
t:82 [ARG] a:302 [C] 4.85 a:315 [G] 82.44
t:82 [ARG] a:334 [C] 3.76 a:317 [G] 82.44
t:82 [ARG] a:335 [C] 3.21 a:327 [G] 82.44
t:82 [ARG] a:336 [C] 3.79 a:326 [G] 82.44
t:83 [VAL] a:336 [C] 4.5 a:326 [G] 65.89
t:84 [GLY] a:298 [G] 3.56 a:340 [A] 40.82
t:85 [PHE] a:297 [G] 3.3 a:341 [C] 0.0
t:85 [PHE] a:298 [G] 2.83 a:340 [A] 0.0
t:87 [PHE] a:296 [U] 3.7 a:342 [A] 1.29
t:87 [PHE] a:297 [G] 4.38 a:341 [C] 1.29
t:91 [LYS] a:100 [U] 3.08 55.41
t:92 [LYS] a:82 [U] 4.18 a:104 [A] 68.19
t:92 [LYS] a:83 [A] 2.85 a:103 [A] 68.19
t:92 [LYS] a:296 [U] 2.94 a:342 [A] 68.19
t:92 [LYS] a:297 [G] 2.74 a:341 [C] 68.19
t:95 [PHE] a:298 [G] 4.85 a:340 [A] 33.64
t:97 [LYS] a:298 [G] 4.92 a:340 [A] 63.46
t:97 [LYS] a:299 [A] 2.84 63.46
t:97 [LYS] a:300 [A] 3.38 63.46

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group62 7K00_t_a t: 50s ribosomal protein l24, Escherichia coli (natural) a: 23s rRNA, Escherichia coli (natural) P60624 SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 2

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6S0Z_S_A 7K00_t_a 0.85 0.97 2.14 0.54 SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1Y_1A 7K00_t_a 0.75 0.96 2.35 0.43 SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare