Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7RYG_T
|
7RYG_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| T:2 [ALA] | A:338 [C] | 4.74 | A:328 [G] | 52.87 | ||
| T:2 [ALA] | A:339 [C] | 3.35 | A:327 [G] | 52.87 | ||
| T:3 [LYS] | A:91 [A] | 4.11 | 68.32 | |||
| T:5 [LYS] | A:90 [G] | 4.64 | A:110 [A] | 69.86 | ||
| T:5 [LYS] | A:91 [A] | 2.61 | 69.86 | |||
| T:5 [LYS] | A:107 [U] | 4.69 | 69.86 | |||
| T:6 [LYS] | A:91 [A] | 4.12 | 74.98 | |||
| T:6 [LYS] | A:92 [G] | 3.62 | A:105 [C] | 74.98 | ||
| T:13 [ILE] | A:312 [A] | 4.93 | A:308 [U] | 78.86 | ||
| T:13 [ILE] | A:337 [C] | 3.96 | A:329 [G] | 78.86 | ||
| T:14 [ALA] | A:312 [A] | 4.36 | A:308 [U] | 75.22 | ||
| T:15 [GLY] | A:311 [G] | 3.82 | 98.98 | |||
| T:15 [GLY] | A:312 [A] | 3.74 | A:308 [U] | 98.98 | ||
| T:15 [GLY] | A:331 [G] | 3.87 | A:310 [G] | 98.98 | ||
| T:16 [LYS] | A:311 [G] | 4.42 | 73.48 | |||
| T:16 [LYS] | A:331 [G] | 2.71 | A:310 [G] | base:BB, base:SC | 73.48 | |
| T:16 [LYS] | A:476 [A] | 3.79 | A:500 [A] | base:SC | 73.48 | |
| T:18 [LYS] | A:312 [A] | 3.41 | A:308 [U] | 75.11 | ||
| T:27 [VAL] | A:92 [G] | 3.56 | A:105 [C] | 78.44 | ||
| T:27 [VAL] | A:93 [G] | 4.52 | A:104 [C] | 78.44 | ||
| T:28 [SER] | A:93 [G] | 3.76 | A:104 [C] | 0.21 | ||
| T:29 [GLU] | A:93 [G] | 4.63 | A:104 [C] | 56.88 | ||
| T:31 [ARG] | A:477 [A] | 4.3 | 65.1 | |||
| T:40 [VAL] | A:479 [A] | 3.58 | A:475 [G] | 47.36 | ||
| T:41 [LYS] | A:479 [A] | 3.05 | A:475 [G] | sugar:BB | 66.73 | |
| T:41 [LYS] | A:480 [G] | 4.2 | A:508 [C] | 66.73 | ||
| T:41 [LYS] | A:498 [U] | 4.5 | A:502 [A] | 66.73 | ||
| T:42 [LYS] | A:478 [A] | 4.03 | A:474 [C] | 83.26 | ||
| T:42 [LYS] | A:479 [A] | 2.83 | A:475 [G] | 83.26 | ||
| T:42 [LYS] | A:480 [G] | 2.93 | A:508 [C] | 83.26 | ||
| T:42 [LYS] | A:481 [A] | 4.92 | A:496 [A] | 83.26 | ||
| T:43 [HIS] | A:479 [A] | 4.57 | A:475 [G] | 83.52 | ||
| T:43 [HIS] | A:480 [G] | 2.98 | A:508 [C] | 83.52 | ||
| T:43 [HIS] | A:481 [A] | 3.99 | A:496 [A] | 83.52 | ||
| T:43 [HIS] | A:482 [A] | 3.24 | 83.52 | |||
| T:43 [HIS] | A:497 [G] | 3.1 | A:505 [G] | sugar:SC | 83.52 | |
| T:43 [HIS] | A:498 [U] | 4.1 | A:502 [A] | 83.52 | ||
| T:44 [GLN] | A:482 [A] | 3.41 | sugar:BB | 42.19 | ||
| T:45 [LYS] | A:482 [A] | 3.1 | 84.0 | |||
| T:45 [LYS] | A:483 [C] | 3.7 | A:495 [G] | 84.0 | ||
| T:46 [PRO] | A:482 [A] | 3.99 | 52.7 | |||
| T:46 [PRO] | A:483 [C] | 3.39 | A:495 [G] | 52.7 | ||
| T:53 [GLU] | A:482 [A] | 4.86 | 46.62 | |||
| T:53 [GLU] | A:483 [C] | 3.59 | A:495 [G] | 46.62 | ||
| T:54 [GLY] | A:482 [A] | 3.39 | 87.47 | |||
| T:55 [GLY] | A:482 [A] | 3.21 | 71.67 | |||
| T:56 [ILE] | A:482 [A] | 3.91 | 66.78 | |||
| T:56 [ILE] | A:497 [G] | 4.85 | A:505 [G] | 66.78 | ||
| T:59 [GLN] | A:479 [A] | 4.06 | A:475 [G] | 40.4 | ||
| T:61 [ALA] | A:477 [A] | 4.77 | 44.27 | |||
| T:62 [SER] | A:477 [A] | 4.57 | 73.8 | |||
| T:64 [HIS] | A:329 [G] | 4.12 | A:337 [C] | 71.63 | ||
| T:64 [HIS] | A:330 [U] | 3.76 | A:334 [A] | 71.63 | ||
| T:64 [HIS] | A:331 [G] | 4.82 | A:310 [G] | 71.63 | ||
| T:65 [ILE] | A:338 [C] | 4.75 | A:328 [G] | 48.23 | ||
| T:66 [SER] | A:329 [G] | 3.55 | A:337 [C] | base:SC | 98.55 | |
| T:66 [SER] | A:330 [U] | 3.54 | A:334 [A] | sugar:SC | 98.55 | |
| T:66 [SER] | A:337 [C] | 2.97 | A:329 [G] | sugar:BB | 98.55 | |
| T:66 [SER] | A:338 [C] | 3.67 | A:328 [G] | 98.55 | ||
| T:67 [ASN] | A:330 [U] | 2.97 | A:334 [A] | sugar:SC | 89.73 | |
| T:67 [ASN] | A:331 [G] | 3.22 | A:310 [G] | 89.73 | ||
| T:68 [VAL] | A:337 [C] | 4.72 | A:329 [G] | 89.7 | ||
| T:78 [ALA] | A:304 [G] | 5.0 | A:317 [C] | 44.76 | ||
| T:80 [ARG] | A:301 [A] | 4.65 | 83.88 | |||
| T:80 [ARG] | A:302 [A] | 2.47 | 83.88 | |||
| T:80 [ARG] | A:303 [C] | 3.34 | A:318 [G] | 83.88 | ||
| T:80 [ARG] | A:336 [U] | 3.81 | A:319 [A] | 83.88 | ||
| T:80 [ARG] | A:337 [C] | 3.65 | A:329 [G] | 83.88 | ||
| T:80 [ARG] | A:338 [C] | 3.89 | A:328 [G] | 83.88 | ||
| T:82 [GLY] | A:300 [G] | 3.73 | A:342 [A] | 39.43 | ||
| T:83 [TYR] | A:299 [G] | 3.71 | A:343 [C] | 0.97 | ||
| T:83 [TYR] | A:300 [G] | 3.09 | A:342 [A] | 0.97 | ||
| T:90 [LYS] | A:89 [G] | 4.88 | A:111 [U] | 65.29 | ||
| T:90 [LYS] | A:90 [G] | 3.06 | A:110 [A] | 65.29 | ||
| T:90 [LYS] | A:298 [U] | 2.89 | A:344 [A] | 65.29 | ||
| T:90 [LYS] | A:299 [G] | 2.9 | A:343 [C] | 65.29 | ||
| T:95 [LYS] | A:300 [G] | 3.68 | A:342 [A] | 66.16 | ||
| T:95 [LYS] | A:301 [A] | 2.86 | 66.16 | |||
| T:95 [LYS] | A:302 [A] | 4.13 | 66.16 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group62 | 7RYG_T_A | T: 50s ribosomal protein l24, Acinetobacter baumannii (strain ab0057) (natural) A: 23s ribosomal RNA, Acinetobacter baumannii ab0057 (natural) | B7IA28 | SH3 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 2
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6S0Z_S_A | 7RYG_T_A | 0.83 | 0.98 | 1.65 | 0.66 | SH3 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1Y_1A | 7RYG_T_A | 0.64 | 0.96 | 2.96 | 0.39 | SH3 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |