Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 6S0X_d
|
6S0X_a
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| d:3 [ARG] | a:412 [G] | 3.89 | a:555 [A] | 61.37 | ||
| d:3 [ARG] | a:413 [U] | 4.98 | 61.37 | |||
| d:5 [ARG] | a:412 [G] | 4.3 | a:555 [A] | 53.76 | ||
| d:5 [ARG] | a:413 [U] | 3.52 | 53.76 | |||
| d:5 [ARG] | a:414 [G] | 3.71 | 53.76 | |||
| d:5 [ARG] | a:415 [A] | 3.89 | 53.76 | |||
| d:5 [ARG] | a:507 [A] | 3.77 | 53.76 | |||
| d:5 [ARG] | a:554 [A] | 4.95 | 53.76 | |||
| d:6 [GLY] | a:414 [G] | 4.72 | 42.84 | |||
| d:6 [GLY] | a:415 [A] | 3.05 | 42.84 | |||
| d:7 [SER] | a:415 [A] | 3.98 | 65.34 | |||
| d:7 [SER] | a:416 [G] | 3.79 | a:442 [C] | 65.34 | ||
| d:7 [SER] | a:438 [A] | 4.33 | a:424 [G] | 65.34 | ||
| d:9 [TRP] | a:416 [G] | 4.6 | a:442 [C] | 13.49 | ||
| d:9 [TRP] | a:417 [U] | 2.53 | a:441 [A] | 13.49 | ||
| d:9 [TRP] | a:418 [G] | 3.62 | a:439 [A] | 13.49 | ||
| d:9 [TRP] | a:437 [U] | 3.09 | 13.49 | |||
| d:9 [TRP] | a:438 [A] | 4.61 | a:424 [G] | 13.49 | ||
| d:10 [LYS] | a:436 [G] | 4.97 | 78.68 | |||
| d:10 [LYS] | a:437 [U] | 3.67 | 78.68 | |||
| d:10 [LYS] | a:438 [A] | 3.36 | a:424 [G] | 78.68 | ||
| d:13 [ARG] | a:437 [U] | 4.09 | 93.36 | |||
| d:14 [ARG] | a:550 [U] | 4.19 | 75.7 | |||
| d:14 [ARG] | a:551 [G] | 2.37 | a:511 [A] | 75.7 | ||
| d:14 [ARG] | a:552 [G] | 3.54 | a:510 [C] | 75.7 | ||
| d:27 [GLU] | a:420 [U] | 3.14 | 38.63 | |||
| d:27 [GLU] | a:437 [U] | 4.54 | 38.63 | |||
| d:28 [LYS] | a:420 [U] | 3.78 | 73.81 | |||
| d:28 [LYS] | a:433 [A] | 4.83 | 73.81 | |||
| d:28 [LYS] | a:434 [U] | 3.34 | a:425 [G] | 73.81 | ||
| d:28 [LYS] | a:437 [U] | 4.49 | 73.81 | |||
| d:33 [PRO] | a:434 [U] | 3.81 | a:425 [G] | 77.39 | ||
| d:33 [PRO] | a:435 [C] | 3.46 | 77.39 | |||
| d:34 [GLY] | a:434 [U] | 4.87 | a:425 [G] | 85.27 | ||
| d:34 [GLY] | a:435 [C] | 3.29 | 85.27 | |||
| d:34 [GLY] | a:549 [G] | 4.62 | a:512 [C] | 85.27 | ||
| d:35 [GLN] | a:426 [U] | 3.44 | base:SC | 59.11 | ||
| d:35 [GLN] | a:435 [C] | 3.87 | 59.11 | |||
| d:35 [GLN] | a:519 [C] | 3.78 | a:548 [G] | 59.11 | ||
| d:35 [GLN] | a:548 [G] | 2.55 | a:519 [C] | base:SC | 59.11 | |
| d:35 [GLN] | a:549 [G] | 2.51 | a:512 [C] | sugar:SC | 59.11 | |
| d:36 [HIS] | a:518 [A] | 4.9 | 80.47 | |||
| d:36 [HIS] | a:519 [C] | 3.05 | a:548 [G] | sugar:SC | 80.47 | |
| d:36 [HIS] | a:520 [U] | 4.3 | a:547 [A] | 80.47 | ||
| d:36 [HIS] | a:548 [G] | 4.73 | a:519 [C] | 80.47 | ||
| d:42 [LYS] | a:515 [C] | 4.97 | a:532 [G] | 55.45 | ||
| d:42 [LYS] | a:517 [A] | 4.92 | 55.45 | |||
| d:44 [LEU] | a:517 [A] | 3.87 | 0.74 | |||
| d:45 [SER] | a:517 [A] | 4.51 | 88.57 | |||
| d:51 [LEU] | a:552 [G] | 4.75 | a:510 [C] | 85.17 | ||
| d:54 [LYS] | a:553 [C] | 3.04 | 93.78 | |||
| d:55 [GLN] | a:552 [G] | 4.01 | a:510 [C] | 97.63 | ||
| d:55 [GLN] | a:553 [C] | 3.75 | 97.63 | |||
| d:58 [ARG] | a:553 [C] | 3.9 | 78.03 | |||
| d:58 [ARG] | a:554 [A] | 2.86 | 78.03 | |||
| d:59 [TYR] | a:551 [G] | 4.73 | a:511 [A] | 2.27 | ||
| d:59 [TYR] | a:552 [G] | 2.51 | a:510 [C] | 2.27 | ||
| d:59 [TYR] | a:553 [C] | 3.23 | 2.27 | |||
| d:64 [THR] | a:554 [A] | 3.56 | 37.87 | |||
| d:65 [GLU] | a:553 [C] | 4.08 | 84.51 | |||
| d:65 [GLU] | a:554 [A] | 2.67 | 84.51 | |||
| d:66 [ARG] | a:408 [C] | 4.75 | a:43 [G] | 65.6 | ||
| d:66 [ARG] | a:409 [C] | 3.26 | a:42 [G] | 65.6 | ||
| d:66 [ARG] | a:410 [G] | 3.73 | a:41 [C] | 65.6 | ||
| d:66 [ARG] | a:554 [A] | 4.89 | 65.6 | |||
| d:67 [GLN] | a:410 [G] | 3.29 | a:41 [C] | 87.88 | ||
| d:67 [GLN] | a:411 [C] | 4.59 | a:40 [G] | 87.88 | ||
| d:77 [LYS] | a:622 [A] | 4.83 | a:634 [U] | 60.8 | ||
| d:105 [ARG] | a:416 [G] | 3.64 | a:442 [C] | 31.04 | ||
| d:106 [THR] | a:415 [A] | 3.7 | 90.25 | |||
| d:106 [THR] | a:416 [G] | 3.31 | a:442 [C] | 90.25 | ||
| d:108 [ARG] | a:414 [G] | 4.79 | 50.45 | |||
| d:108 [ARG] | a:415 [A] | 3.93 | 50.45 | |||
| d:108 [ARG] | a:416 [G] | 3.18 | a:442 [C] | 50.45 | ||
| d:109 [GLN] | a:415 [A] | 3.18 | 62.11 | |||
| d:109 [GLN] | a:416 [G] | 3.38 | a:442 [C] | 62.11 | ||
| d:109 [GLN] | a:444 [C] | 4.56 | 62.11 | |||
| d:109 [GLN] | a:445 [U] | 4.73 | 62.11 | |||
| d:111 [ARG] | a:411 [C] | 3.0 | a:40 [G] | 98.53 | ||
| d:111 [ARG] | a:412 [G] | 2.87 | a:555 [A] | 98.53 | ||
| d:112 [GLN] | a:414 [G] | 3.08 | base/AA stacks | 98.82 | ||
| d:112 [GLN] | a:445 [U] | 3.01 | 98.82 | |||
| d:112 [GLN] | a:446 [G] | 4.05 | 98.82 | |||
| d:112 [GLN] | a:503 [A] | 2.6 | base:SC, base:SC | 98.82 | ||
| d:113 [LEU] | a:445 [U] | 4.77 | 73.84 | |||
| d:113 [LEU] | a:446 [G] | 4.92 | 73.84 | |||
| d:115 [ASN] | a:411 [C] | 3.93 | a:40 [G] | 73.79 | ||
| d:115 [ASN] | a:412 [G] | 2.89 | a:555 [A] | 73.79 | ||
| d:115 [ASN] | a:447 [U] | 2.34 | sugar:SC | 73.79 | ||
| d:115 [ASN] | a:448 [U] | 4.87 | 73.79 | |||
| d:116 [HIS] | a:445 [U] | 3.07 | 99.0 | |||
| d:116 [HIS] | a:446 [G] | 3.47 | 99.0 | |||
| d:116 [HIS] | a:447 [U] | 3.4 | 99.0 | |||
| d:118 [HIS] | a:446 [G] | 3.04 | 80.46 | |||
| d:124 [LYS] | a:497 [C] | 4.75 | a:453 [G] | 66.6 | ||
| d:124 [LYS] | a:498 [U] | 4.75 | a:452 [A] | 66.6 | ||
| d:125 [ARG] | a:497 [C] | 3.04 | a:453 [G] | 58.92 | ||
| d:125 [ARG] | a:498 [U] | 4.33 | a:452 [A] | 58.92 | ||
| d:126 [VAL] | a:627 [U] | 4.42 | 79.88 | |||
| d:127 [ASP] | a:627 [U] | 2.99 | base:SC | 77.26 | ||
| d:128 [ILE] | a:410 [G] | 3.25 | a:41 [C] | 77.11 | ||
| d:128 [ILE] | a:411 [C] | 3.61 | a:40 [G] | 77.11 | ||
| d:128 [ILE] | a:627 [U] | 3.33 | 77.11 | |||
| d:128 [ILE] | a:628 [C] | 3.68 | 77.11 | |||
| d:129 [PRO] | a:411 [C] | 3.77 | a:40 [G] | 81.72 | ||
| d:130 [SER] | a:410 [G] | 4.29 | a:41 [C] | 95.23 | ||
| d:130 [SER] | a:628 [C] | 2.29 | base:SC | 95.23 | ||
| d:131 [TYR] | a:627 [U] | 4.3 | 48.01 | |||
| d:131 [TYR] | a:628 [C] | 3.29 | 48.01 | |||
| d:132 [SER] | a:628 [C] | 4.32 | 31.7 | |||
| d:142 [ARG] | a:499 [A] | 4.82 | a:451 [U] | 49.46 | ||
| d:144 [LYS] | a:499 [A] | 3.09 | a:451 [U] | 53.22 | ||
| d:144 [LYS] | a:500 [A] | 4.57 | a:450 [U] | 53.22 | ||
| d:148 [LEU] | a:444 [C] | 4.7 | 39.45 | |||
| d:148 [LEU] | a:445 [U] | 3.48 | 39.45 | |||
| d:149 [ASN] | a:443 [U] | 3.6 | sugar:SC | 7.35 | ||
| d:149 [ASN] | a:444 [C] | 2.73 | 7.35 | |||
| d:150 [ILE] | a:444 [C] | 4.97 | 27.14 | |||
| d:150 [ILE] | a:445 [U] | 4.99 | 27.14 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group63 | 6S0X_d_a | d: 30s ribosomal protein s4, Staphylococcus aureus (natural) a: 16s ribosomal RNA, Staphylococcus aureus (natural) | W8TVK2 | Alpha-L RNA-binding motif | Bacterial small subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 3
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6S0X_d_a | 7K00_D_A | 0.35 | 0.95 | 4.88 | 0.37 | Alpha-L RNA-binding motif | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1d_1a | 6S0X_d_a | 0.36 | 0.95 | 4.96 | 0.39 | Alpha-L RNA-binding motif | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_d_a | 7RYG_d_a | 0.58 | 0.96 | 2.24 | 0.49 | Alpha-L RNA-binding motif | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |