Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 6S0X_d
|
6S0X_a
|
7RYG_d
|
7RYG_a
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| d:36 [HIS] | a:519 [C] | d:42 [HIS] | a:508 [C] | ✔ |
| d:36 [HIS] | a:520 [U] | d:42 [HIS] | a:509 [U] | ✔ |
| d:36 [HIS] | a:548 [G] | d:42 [HIS] | a:537 [G] | ✔ |
| d:10 [LYS] | a:436 [G] | d:10 [LYS] | a:424 [G] | ✔ |
| d:10 [LYS] | a:437 [U] | d:10 [LYS] | a:425 [U] | ✔ |
| d:108 [ARG] | a:415 [A] | d:114 [ALA] | a:403 [U] | ✔ |
| d:108 [ARG] | a:416 [G] | d:114 [ALA] | a:404 [G] | ✔ |
| d:128 [ILE] | a:410 [G] | d:134 [ILE] | a:398 [G] | ✔ |
| d:128 [ILE] | a:411 [C] | d:134 [ILE] | a:399 [C] | ✔ |
| d:128 [ILE] | a:627 [U] | d:134 [ILE] | a:616 [U] | ✔ |
| d:128 [ILE] | a:628 [C] | d:134 [ILE] | a:617 [U] | ✔ |
| d:112 [GLN] | a:414 [G] | d:118 [GLN] | a:402 [G] | ✔ |
| d:112 [GLN] | a:445 [U] | d:118 [GLN] | a:433 [U] | ✔ |
| d:112 [GLN] | a:503 [A] | d:118 [GLN] | a:492 [A] | ✔ |
| d:7 [SER] | a:438 [A] | d:7 [PRO] | a:426 [A] | ✔ |
| d:14 [ARG] | a:550 [U] | d:14 [ARG] | a:539 [G] | ✔ |
| d:14 [ARG] | a:551 [G] | d:14 [ARG] | a:540 [U] | ✔ |
| d:106 [THR] | a:415 [A] | d:112 [THR] | a:403 [U] | ✔ |
| d:106 [THR] | a:416 [G] | d:112 [THR] | a:404 [G] | ✔ |
| d:3 [ARG] | a:412 [G] | d:3 [ARG] | a:400 [G] | ✔ |
| d:3 [ARG] | a:413 [U] | d:3 [ARG] | a:401 [U] | ✔ |
| d:150 [ILE] | a:444 [C] | d:156 [ARG] | a:432 [C] | ✔ |
| d:150 [ILE] | a:445 [U] | d:156 [ARG] | a:433 [U] | ✔ |
| d:66 [ARG] | a:408 [C] | d:72 [ARG] | a:396 [C] | ✔ |
| d:66 [ARG] | a:409 [C] | d:72 [ARG] | a:397 [C] | ✔ |
| d:66 [ARG] | a:410 [G] | d:72 [ARG] | a:398 [G] | ✔ |
| d:66 [ARG] | a:554 [A] | d:72 [ARG] | a:543 [G] | ✔ |
| d:148 [LEU] | a:445 [U] | d:154 [GLN] | a:433 [U] | ✔ |
| d:5 [ARG] | a:413 [U] | d:5 [ILE] | a:401 [U] | ✔ |
| d:5 [ARG] | a:414 [G] | d:5 [ILE] | a:402 [G] | ✔ |
| d:5 [ARG] | a:415 [A] | d:5 [ILE] | a:403 [U] | ✔ |
| d:13 [ARG] | a:437 [U] | d:13 [ARG] | a:425 [U] | ✔ |
| d:116 [HIS] | a:445 [U] | d:122 [HIS] | a:433 [U] | ✔ |
| d:116 [HIS] | a:446 [G] | d:122 [HIS] | a:434 [U] | ✔ |
| d:116 [HIS] | a:447 [U] | d:122 [HIS] | a:435 [U] | ✔ |
| d:54 [LYS] | a:553 [C] | d:60 [LYS] | a:542 [C] | ✔ |
| d:111 [ARG] | a:412 [G] | d:117 [ARG] | a:400 [G] | ✔ |
| d:64 [THR] | a:554 [A] | d:70 [LEU] | a:543 [G] | ✔ |
| d:127 [ASP] | a:627 [U] | d:133 [ASN] | a:616 [U] | ✔ |
| d:27 [GLU] | a:437 [U] | d:33 [LYS] | a:425 [U] | ✔ |
| d:35 [GLN] | a:519 [C] | d:41 [GLN] | a:508 [C] | ✔ |
| d:35 [GLN] | a:548 [G] | d:41 [GLN] | a:537 [G] | ✔ |
| d:35 [GLN] | a:549 [G] | d:41 [GLN] | a:538 [G] | ✔ |
| d:59 [TYR] | a:552 [G] | d:65 [ARG] | a:541 [G] | ✔ |
| d:59 [TYR] | a:553 [C] | d:65 [ARG] | a:542 [C] | ✔ |
| d:77 [LYS] | a:622 [A] | d:83 [ARG] | a:611 [C] | ✔ |
| d:65 [GLU] | a:553 [C] | d:71 [GLU] | a:542 [C] | ✔ |
| d:65 [GLU] | a:554 [A] | d:71 [GLU] | a:543 [G] | ✔ |
| d:28 [LYS] | a:433 [A] | d:34 [LYS] | a:421 [G] | ✔ |
| d:28 [LYS] | a:434 [U] | d:34 [LYS] | a:422 [U] | ✔ |
| d:51 [LEU] | a:552 [G] | d:57 [LEU] | a:541 [G] | ✔ |
| d:130 [SER] | a:410 [G] | d:136 [SER] | a:398 [G] | ✔ |
| d:130 [SER] | a:628 [C] | d:136 [SER] | a:617 [U] | ✔ |
| d:45 [SER] | a:517 [A] | d:51 [SER] | a:506 [A] | ✔ |
| d:129 [PRO] | a:411 [C] | d:135 [ALA] | a:399 [C] | ✔ |
| d:131 [TYR] | a:627 [U] | d:137 [ILE] | a:616 [U] | ✔ |
| d:131 [TYR] | a:628 [C] | d:137 [ILE] | a:617 [U] | ✔ |
| d:9 [TRP] | a:437 [U] | d:9 [CYS] | a:425 [U] | ✔ |
| d:9 [TRP] | a:438 [A] | d:9 [CYS] | a:426 [A] | ✔ |
| d:115 [ASN] | a:411 [C] | d:121 [SER] | a:399 [C] | ✔ |
| d:115 [ASN] | a:412 [G] | d:121 [SER] | a:400 [G] | ✔ |
| d:115 [ASN] | a:447 [U] | d:121 [SER] | a:435 [U] | ✔ |
| d:58 [ARG] | a:553 [C] | d:64 [ARG] | a:542 [C] | ✔ |
| d:58 [ARG] | a:554 [A] | d:64 [ARG] | a:543 [G] | ✔ |
| d:126 [VAL] | a:627 [U] | d:132 [VAL] | a:616 [U] | ✔ |
| d:34 [GLY] | a:434 [U] | d:40 [GLY] | a:422 [U] | ✔ |
| d:34 [GLY] | a:435 [C] | d:40 [GLY] | a:423 [U] | ✔ |
| d:34 [GLY] | a:549 [G] | d:40 [GLY] | a:538 [G] | ✔ |
| d:33 [PRO] | a:434 [U] | d:39 [PRO] | a:422 [U] | ✔ |
| d:33 [PRO] | a:435 [C] | d:39 [PRO] | a:423 [U] | ✔ |
| d:125 [ARG] | a:498 [U] | d:131 [ARG] | a:487 [C] | ✔ |
| d:105 [ARG] | a:416 [G] | d:111 [SER] | a:404 [G] | ✔ |
| d:109 [GLN] | a:415 [A] | d:115 [GLU] | a:403 [U] | ✔ |
| d:109 [GLN] | a:416 [G] | d:115 [GLU] | a:404 [G] | ✔ |
| d:67 [GLN] | a:410 [G] | d:73 [GLN] | a:398 [G] | ✔ |
| d:67 [GLN] | a:411 [C] | d:73 [GLN] | a:399 [C] | ✔ |
| d:55 [GLN] | a:552 [G] | d:61 [GLN] | a:541 [G] | ✔ |
| d:55 [GLN] | a:553 [C] | d:61 [GLN] | a:542 [C] | ✔ |
| d:36 [HIS] | a:518 [A] | d:42 [HIS] | a:507 [A] | ❌ 7RYG_d_a |
| d:10 [LYS] | a:438 [A] | d:10 [LYS] | a:426 [A] | ❌ 7RYG_d_a |
| d:108 [ARG] | a:414 [G] | d:114 [ALA] | a:402 [G] | ❌ 7RYG_d_a |
| d:112 [GLN] | a:446 [G] | d:118 [GLN] | a:434 [U] | ❌ 7RYG_d_a |
| d:7 [SER] | a:415 [A] | d:7 [PRO] | a:403 [U] | ❌ 7RYG_d_a |
| d:7 [SER] | a:416 [G] | d:7 [PRO] | a:404 [G] | ❌ 7RYG_d_a |
| d:14 [ARG] | a:552 [G] | d:14 [ARG] | a:541 [G] | ❌ 7RYG_d_a |
| d:148 [LEU] | a:444 [C] | d:154 [GLN] | a:432 [C] | ❌ 7RYG_d_a |
| d:5 [ARG] | a:412 [G] | d:5 [ILE] | a:400 [G] | ❌ 7RYG_d_a |
| d:5 [ARG] | a:507 [A] | d:5 [ILE] | a:496 [A] | ❌ 7RYG_d_a |
| d:5 [ARG] | a:554 [A] | d:5 [ILE] | a:543 [G] | ❌ 7RYG_d_a |
| d:111 [ARG] | a:411 [C] | d:117 [ARG] | a:399 [C] | ❌ 7RYG_d_a |
| d:35 [GLN] | a:435 [C] | d:41 [GLN] | a:423 [U] | ❌ 7RYG_d_a |
| d:59 [TYR] | a:551 [G] | d:65 [ARG] | a:540 [U] | ❌ 7RYG_d_a |
| d:28 [LYS] | a:437 [U] | d:34 [LYS] | a:425 [U] | ❌ 7RYG_d_a |
| d:9 [TRP] | a:416 [G] | d:9 [CYS] | a:404 [G] | ❌ 7RYG_d_a |
| d:9 [TRP] | a:417 [U] | d:9 [CYS] | a:405 [U] | ❌ 7RYG_d_a |
| d:9 [TRP] | a:418 [G] | d:9 [CYS] | a:406 [G] | ❌ 7RYG_d_a |
| d:115 [ASN] | a:448 [U] | d:121 [SER] | a:436 [A] | ❌ 7RYG_d_a |
| d:125 [ARG] | a:497 [C] | d:131 [ARG] | a:486 [U] | ❌ 7RYG_d_a |
| d:109 [GLN] | a:444 [C] | d:115 [GLU] | a:432 [C] | ❌ 7RYG_d_a |
| d:109 [GLN] | a:445 [U] | d:115 [GLU] | a:433 [U] | ❌ 7RYG_d_a |
| d:10 [LYS] | a:550 [U] | d:10 [LYS] | a:539 [G] | ❌ 6S0X_d_a |
| d:10 [LYS] | a:435 [C] | d:10 [LYS] | a:423 [U] | ❌ 6S0X_d_a |
| d:112 [GLN] | a:415 [A] | d:118 [GLN] | a:403 [U] | ❌ 6S0X_d_a |
| d:116 [HIS] | a:503 [A] | d:122 [HIS] | a:492 [A] | ❌ 6S0X_d_a |
| d:13 [ARG] | a:435 [C] | d:13 [ARG] | a:423 [U] | ❌ 6S0X_d_a |
| d:13 [ARG] | a:436 [G] | d:13 [ARG] | a:424 [G] | ❌ 6S0X_d_a |
| d:125 [ARG] | a:627 [U] | d:131 [ARG] | a:616 [U] | ❌ 6S0X_d_a |
| d:127 [ASP] | a:447 [U] | d:133 [ASN] | a:435 [U] | ❌ 6S0X_d_a |
| d:127 [ASP] | a:411 [C] | d:133 [ASN] | a:399 [C] | ❌ 6S0X_d_a |
| d:130 [SER] | a:411 [C] | d:136 [SER] | a:399 [C] | ❌ 6S0X_d_a |
| d:14 [ARG] | a:518 [A] | d:14 [ARG] | a:507 [A] | ❌ 6S0X_d_a |
| d:150 [ILE] | a:414 [G] | d:156 [ARG] | a:402 [G] | ❌ 6S0X_d_a |
| d:150 [ILE] | a:415 [A] | d:156 [ARG] | a:403 [U] | ❌ 6S0X_d_a |
| d:3 [ARG] | a:554 [A] | d:3 [ARG] | a:543 [G] | ❌ 6S0X_d_a |
| d:3 [ARG] | a:414 [G] | d:3 [ARG] | a:402 [G] | ❌ 6S0X_d_a |
| d:3 [ARG] | a:415 [A] | d:3 [ARG] | a:403 [U] | ❌ 6S0X_d_a |
| d:33 [PRO] | a:550 [U] | d:39 [PRO] | a:539 [G] | ❌ 6S0X_d_a |
| d:34 [GLY] | a:550 [U] | d:40 [GLY] | a:539 [G] | ❌ 6S0X_d_a |
| d:35 [GLN] | a:434 [U] | d:41 [GLN] | a:422 [U] | ❌ 6S0X_d_a |
| d:35 [GLN] | a:520 [U] | d:41 [GLN] | a:509 [U] | ❌ 6S0X_d_a |
| d:51 [LEU] | a:517 [A] | d:57 [LEU] | a:506 [A] | ❌ 6S0X_d_a |
| d:54 [LYS] | a:552 [G] | d:60 [LYS] | a:541 [G] | ❌ 6S0X_d_a |
| d:58 [ARG] | a:552 [G] | d:64 [ARG] | a:541 [G] | ❌ 6S0X_d_a |
| d:7 [SER] | a:436 [G] | d:7 [PRO] | a:424 [G] | ❌ 6S0X_d_a |
| d:142 [ARG] | a:499 [A] | d:148 [HIS] | a:488 [G] | ❌ 7RYG_d:148, 7RYG_a:488 no longer at interface |
| d:149 [ASN] | a:443 [U] | d:155 [LEU] | a:431 [A] | ❌ 7RYG_d:155, 7RYG_a:431 no longer at interface |
| d:144 [LYS] | a:499 [A] | d:150 [GLY] | a:488 [G] | ❌ 7RYG_d:150, 7RYG_a:488 no longer at interface |
| d:144 [LYS] | a:500 [A] | d:150 [GLY] | a:489 [C] | ❌ 7RYG_d:150, 7RYG_a:489 no longer at interface |
| d:27 [GLU] | a:420 [U] | d:33 [LYS] | a:408 [A] | ❌ 7RYG_a:408 no longer at interface |
| d:35 [GLN] | a:426 [U] | d:41 [GLN] | a:414 [C] | ❌ 7RYG_a:414 no longer at interface |
| d:42 [LYS] | a:515 [C] | d:48 [GLY] | a:504 [C] | ❌ 7RYG_d:48, 7RYG_a:504 no longer at interface |
| d:28 [LYS] | a:420 [U] | d:34 [LYS] | a:408 [A] | ❌ 7RYG_a:408 no longer at interface |
| d:196 [GLU] | a:9 [A] | d:204 [GLU] | a:10 [A] | ❌ 6S0X_d:196, 6S0X_a:9 no longer at interface |
| d:197 [TYR] | a:9 [A] | d:205 [LEU] | a:10 [A] | ❌ 6S0X_d:197, 6S0X_a:9 no longer at interface |
| d:199 [SER] | a:9 [A] | d:207 [SER] | a:10 [A] | ❌ 6S0X_d:199, 6S0X_a:9 no longer at interface |
| d:200 [ARG] | a:9 [A] | d:208 [LYS] | a:10 [A] | ❌ 6S0X_d:200, 6S0X_a:9 no longer at interface |
| d:3 [ARG] | a:555 [A] | d:3 [ARG] | a:544 [A] | ❌ 6S0X_a:555 no longer at interface |
| d:25 [GLU] | a:419 [A] | d:31 [LYS] | a:407 [A] | ❌ 6S0X_d:25, 6S0X_a:419 no longer at interface |
| d:25 [GLU] | a:421 [G] | d:31 [LYS] | a:409 [G] | ❌ 6S0X_d:25, 6S0X_a:421 no longer at interface |
| d:27 [GLU] | a:421 [G] | d:33 [LYS] | a:409 [G] | ❌ 6S0X_a:421 no longer at interface |
| d:35 [GLN] | a:427 [C] | d:41 [GLN] | a:415 [C] | ❌ 6S0X_a:427 no longer at interface |
| d:50 [GLN] | a:9 [A] | d:56 [GLN] | a:10 [A] | ❌ 6S0X_d:50, 6S0X_a:9 no longer at interface |
| d:64 [THR] | a:555 [A] | d:70 [LEU] | a:544 [A] | ❌ 6S0X_a:555 no longer at interface |
| d:66 [ARG] | a:555 [A] | d:72 [ARG] | a:544 [A] | ❌ 6S0X_a:555 no longer at interface |
| d:77 [LYS] | a:621 [C] | d:83 [ARG] | a:610 [C] | ❌ 6S0X_a:621 no longer at interface |
| d:77 [LYS] | a:5 [A] | d:83 [ARG] | a:6 [C] | ❌ 6S0X_a:5 no longer at interface |
| d:77 [LYS] | a:620 [C] | d:83 [ARG] | a:609 [C] | ❌ 6S0X_a:620 no longer at interface |
| d:113 [LEU] | a:445 [U] | d:119 [LEU] | a:433 [U] | ❌ 7RYG_d:119 no longer at interface |
| d:113 [LEU] | a:446 [G] | d:119 [LEU] | a:434 [U] | ❌ 7RYG_d:119 no longer at interface |
| d:6 [GLY] | a:414 [G] | d:6 [GLY] | a:402 [G] | ❌ 7RYG_d:6 no longer at interface |
| d:6 [GLY] | a:415 [A] | d:6 [GLY] | a:403 [U] | ❌ 7RYG_d:6 no longer at interface |
| d:124 [LYS] | a:497 [C] | d:130 [ARG] | a:486 [U] | ❌ 7RYG_d:130 no longer at interface |
| d:124 [LYS] | a:498 [U] | d:130 [ARG] | a:487 [C] | ❌ 7RYG_d:130 no longer at interface |
| d:149 [ASN] | a:444 [C] | d:155 [LEU] | a:432 [C] | ❌ 7RYG_d:155 no longer at interface |
| d:42 [LYS] | a:517 [A] | d:48 [GLY] | a:506 [A] | ❌ 7RYG_d:48 no longer at interface |
| d:44 [LEU] | a:517 [A] | d:50 [GLN] | a:506 [A] | ❌ 7RYG_d:50 no longer at interface |
| d:132 [SER] | a:628 [C] | d:138 [GLN] | a:617 [U] | ❌ 7RYG_d:138 no longer at interface |
| d:118 [HIS] | a:446 [G] | d:124 [SER] | a:434 [U] | ❌ 7RYG_d:124 no longer at interface |
| d:117 [GLY] | a:447 [U] | d:123 [ARG] | a:435 [U] | ❌ 6S0X_d:117 no longer at interface |
| d:117 [GLY] | a:498 [U] | d:123 [ARG] | a:487 [C] | ❌ 6S0X_d:117 no longer at interface |
| d:117 [GLY] | a:497 [C] | d:123 [ARG] | a:486 [U] | ❌ 6S0X_d:117 no longer at interface |
| d:117 [GLY] | a:448 [U] | d:123 [ARG] | a:436 [A] | ❌ 6S0X_d:117 no longer at interface |
| d:20 [SER] | a:416 [G] | d:21 [LEU] | a:404 [G] | ❌ 6S0X_d:20 no longer at interface |
| d:21 [GLY] | a:417 [U] | d:22 [LYS] | a:405 [U] | ❌ 6S0X_d:21 no longer at interface |
| d:21 [GLY] | a:438 [A] | d:22 [LYS] | a:426 [A] | ❌ 6S0X_d:21 no longer at interface |
| d:21 [GLY] | a:437 [U] | d:22 [LYS] | a:425 [U] | ❌ 6S0X_d:21 no longer at interface |
| d:25 [GLU] | a:418 [G] | d:31 [LYS] | a:406 [G] | ❌ 6S0X_d:25 no longer at interface |
| d:25 [GLU] | a:437 [U] | d:31 [LYS] | a:425 [U] | ❌ 6S0X_d:25 no longer at interface |
| d:26 [LEU] | a:437 [U] | d:32 [THR] | a:425 [U] | ❌ 6S0X_d:26 no longer at interface |
| d:4 [PHE] | a:554 [A] | d:4 [TYR] | a:543 [G] | ❌ 6S0X_d:4 no longer at interface |
| d:47 [TYR] | a:517 [A] | d:53 [TYR] | a:506 [A] | ❌ 6S0X_d:47 no longer at interface |
| d:48 [GLY] | a:517 [A] | d:54 [SER] | a:506 [A] | ❌ 6S0X_d:48 no longer at interface |
| d:52 [ARG] | a:552 [G] | d:58 [ARG] | a:541 [G] | ❌ 6S0X_d:52 no longer at interface |
| d:70 [ASN] | a:410 [G] | d:76 [ASN] | a:398 [G] | ❌ 6S0X_d:70 no longer at interface |
| d:70 [ASN] | a:409 [C] | d:76 [ASN] | a:397 [C] | ❌ 6S0X_d:70 no longer at interface |
| d:8 [ASN] | a:416 [G] | d:8 [LYS] | a:404 [G] | ❌ 6S0X_d:8 no longer at interface |
| d:8 [ASN] | a:438 [A] | d:8 [LYS] | a:426 [A] | ❌ 6S0X_d:8 no longer at interface |
| d:8 [ASN] | a:415 [A] | d:8 [LYS] | a:403 [U] | ❌ 6S0X_d:8 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Alpha-L RNA-binding motif | Bacterial small subunit ribosomal RNA | 0.96 | 2.24 | 0.49 | 0.87 | 0.96 | 0.8 | 0.87 | 0.58 | 0.44 | 0.13 | 0.54 |
Other pairs involving 6S0X_d_a or 7RYG_d_a
Total number of entries: 5
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4Y4O_1d_1a | 7RYG_d_a | 0.61 | 0.91 | 4.08 | 0.44 | Alpha-L RNA-binding motif | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1d_1a | 6S0X_d_a | 0.36 | 0.95 | 4.96 | 0.39 | Alpha-L RNA-binding motif | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_d_a | 7RYG_d_a | 0.58 | 0.96 | 2.24 | 0.49 | Alpha-L RNA-binding motif | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_d_a | 7K00_D_A | 0.35 | 0.95 | 4.88 | 0.37 | Alpha-L RNA-binding motif | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 7K00_D_A | 7RYG_d_a | 0.75 | 0.93 | 3.84 | 0.7 | Alpha-L RNA-binding motif | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |