Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7K00_D
|
7K00_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| D:2 [ALA] | A:403 [C] | 3.81 | A:39 [G] | 65.84 | ||
| D:2 [ALA] | A:404 [G] | 2.38 | base:BB | 65.84 | ||
| D:2 [ALA] | A:405 [U] | 2.31 | A:499 [A] | base:BB | 65.84 | |
| D:2 [ALA] | A:499 [A] | 3.14 | A:405 [U] | 65.84 | ||
| D:2 [ALA] | A:547 [A] | 3.4 | 65.84 | |||
| D:3 [ARG] | A:404 [G] | 3.81 | 75.69 | |||
| D:3 [ARG] | A:405 [U] | 2.7 | A:499 [A] | base:BB | 75.69 | |
| D:3 [ARG] | A:406 [G] | 3.3 | A:436 [C] | 75.69 | ||
| D:3 [ARG] | A:407 [U] | 2.88 | A:435 [A] | 75.69 | ||
| D:3 [ARG] | A:546 [A] | 4.42 | 75.69 | |||
| D:4 [TYR] | A:407 [U] | 4.77 | A:435 [A] | 46.35 | ||
| D:4 [TYR] | A:546 [A] | 4.23 | 46.35 | |||
| D:5 [LEU] | A:405 [U] | 4.02 | A:499 [A] | 49.63 | ||
| D:5 [LEU] | A:406 [G] | 3.46 | A:436 [C] | 49.63 | ||
| D:5 [LEU] | A:407 [U] | 4.41 | A:435 [A] | 49.63 | ||
| D:6 [GLY] | A:430 [A] | 4.84 | A:414 [A] | 44.17 | ||
| D:7 [PRO] | A:428 [G] | 3.32 | A:415 [A] | 69.16 | ||
| D:7 [PRO] | A:430 [A] | 3.4 | A:414 [A] | 69.16 | ||
| D:8 [LYS] | A:407 [U] | 3.88 | A:435 [A] | 80.2 | ||
| D:8 [LYS] | A:408 [A] | 4.6 | A:434 [U] | 80.2 | ||
| D:8 [LYS] | A:429 [U] | 4.93 | A:431 [A] | 80.2 | ||
| D:8 [LYS] | A:430 [A] | 2.96 | A:414 [A] | 80.2 | ||
| D:9 [LEU] | A:429 [U] | 3.57 | A:431 [A] | 2.36 | ||
| D:9 [LEU] | A:430 [A] | 2.78 | A:414 [A] | 2.36 | ||
| D:10 [LYS] | A:427 [U] | 3.37 | A:416 [G] | 82.82 | ||
| D:10 [LYS] | A:428 [G] | 2.58 | A:415 [A] | 82.82 | ||
| D:10 [LYS] | A:429 [U] | 4.42 | A:431 [A] | 82.82 | ||
| D:10 [LYS] | A:430 [A] | 4.34 | A:414 [A] | 82.82 | ||
| D:10 [LYS] | A:541 [G] | 4.95 | A:504 [C] | 82.82 | ||
| D:10 [LYS] | A:542 [G] | 2.85 | A:503 [C] | 82.82 | ||
| D:10 [LYS] | A:543 [U] | 4.93 | A:502 [A] | 82.82 | ||
| D:13 [ARG] | A:426 [U] | 4.22 | A:417 [G] | 95.73 | ||
| D:13 [ARG] | A:427 [U] | 2.69 | A:416 [G] | 95.73 | ||
| D:13 [ARG] | A:428 [G] | 4.14 | A:415 [A] | 95.73 | ||
| D:13 [ARG] | A:429 [U] | 2.88 | A:431 [A] | 95.73 | ||
| D:14 [ARG] | A:511 [C] | 4.29 | A:540 [G] | 82.92 | ||
| D:14 [ARG] | A:542 [G] | 3.08 | A:503 [C] | 82.92 | ||
| D:14 [ARG] | A:543 [U] | 2.9 | A:502 [A] | 82.92 | ||
| D:21 [LEU] | A:408 [A] | 3.96 | A:434 [U] | 59.25 | ||
| D:22 [LYS] | A:409 [U] | 3.58 | A:433 [G] | 49.25 | ||
| D:22 [LYS] | A:410 [G] | 3.79 | A:432 [A] | base:SC | 49.25 | |
| D:22 [LYS] | A:429 [U] | 3.41 | A:431 [A] | 49.25 | ||
| D:22 [LYS] | A:430 [A] | 3.16 | A:414 [A] | 49.25 | ||
| D:23 [SER] | A:408 [A] | 2.73 | A:434 [U] | 54.66 | ||
| D:23 [SER] | A:409 [U] | 2.9 | A:433 [G] | 54.66 | ||
| D:24 [GLY] | A:409 [U] | 4.29 | A:433 [G] | 47.75 | ||
| D:25 [VAL] | A:409 [U] | 3.69 | A:433 [G] | 23.38 | ||
| D:25 [VAL] | A:410 [G] | 3.98 | A:432 [A] | 23.38 | ||
| D:26 [ARG] | A:409 [U] | 4.81 | A:433 [G] | 76.9 | ||
| D:26 [ARG] | A:410 [G] | 2.83 | A:432 [A] | 76.9 | ||
| D:26 [ARG] | A:411 [A] | 2.75 | 76.9 | |||
| D:30 [THR] | A:413 [G] | 4.43 | 22.04 | |||
| D:31 [LYS] | A:410 [G] | 2.86 | A:432 [A] | 78.75 | ||
| D:31 [LYS] | A:411 [A] | 4.16 | 78.75 | |||
| D:31 [LYS] | A:413 [G] | 2.97 | 78.75 | |||
| D:31 [LYS] | A:429 [U] | 3.14 | A:431 [A] | 78.75 | ||
| D:32 [CYS] | A:413 [G] | 3.21 | 42.91 | |||
| D:32 [CYS] | A:429 [U] | 3.44 | A:431 [A] | 42.91 | ||
| D:33 [LYS] | A:413 [G] | 4.29 | 56.0 | |||
| D:33 [LYS] | A:425 [G] | 4.52 | A:418 [C] | 56.0 | ||
| D:33 [LYS] | A:426 [U] | 3.1 | A:417 [G] | 56.0 | ||
| D:33 [LYS] | A:429 [U] | 4.2 | A:431 [A] | 56.0 | ||
| D:36 [GLN] | A:425 [G] | 4.35 | A:418 [C] | 70.03 | ||
| D:36 [GLN] | A:426 [U] | 3.17 | A:417 [G] | 70.03 | ||
| D:37 [ALA] | A:427 [U] | 4.91 | A:416 [G] | 56.07 | ||
| D:38 [PRO] | A:426 [U] | 4.61 | A:417 [G] | 74.71 | ||
| D:38 [PRO] | A:427 [U] | 3.43 | A:416 [G] | 74.71 | ||
| D:38 [PRO] | A:542 [G] | 3.56 | A:503 [C] | 74.71 | ||
| D:38 [PRO] | A:543 [U] | 3.93 | A:502 [A] | 74.71 | ||
| D:39 [GLY] | A:426 [U] | 3.42 | A:417 [G] | 80.24 | ||
| D:39 [GLY] | A:427 [U] | 2.97 | A:416 [G] | 80.24 | ||
| D:39 [GLY] | A:541 [G] | 3.31 | A:504 [C] | 80.24 | ||
| D:39 [GLY] | A:542 [G] | 3.52 | A:503 [C] | 80.24 | ||
| D:40 [GLN] | A:418 [C] | 4.79 | A:425 [G] | 52.08 | ||
| D:40 [GLN] | A:419 [C] | 3.85 | A:424 [G] | 52.08 | ||
| D:40 [GLN] | A:426 [U] | 3.69 | A:417 [G] | 52.08 | ||
| D:40 [GLN] | A:511 [C] | 4.79 | A:540 [G] | 52.08 | ||
| D:40 [GLN] | A:512 [U] | 3.21 | A:539 [A] | sugar:SC | 52.08 | |
| D:40 [GLN] | A:540 [G] | 2.96 | A:511 [C] | base:SC | 52.08 | |
| D:40 [GLN] | A:541 [G] | 2.82 | A:504 [C] | sugar:BB | 52.08 | |
| D:41 [HIS] | A:511 [C] | 2.84 | A:540 [G] | base:SC | 82.16 | |
| D:41 [HIS] | A:512 [U] | 3.03 | A:539 [A] | 82.16 | ||
| D:41 [HIS] | A:540 [G] | 3.84 | A:511 [C] | 82.16 | ||
| D:41 [HIS] | A:541 [G] | 4.59 | A:504 [C] | 82.16 | ||
| D:44 [ARG] | A:511 [C] | 3.69 | A:540 [G] | 46.39 | ||
| D:44 [ARG] | A:512 [U] | 3.2 | A:539 [A] | 46.39 | ||
| D:46 [PRO] | A:510 [A] | 4.71 | A:508 [U] | 63.48 | ||
| D:48 [LEU] | A:509 [A] | 4.5 | 2.52 | |||
| D:48 [LEU] | A:510 [A] | 3.86 | A:508 [U] | 2.52 | ||
| D:49 [SER] | A:509 [A] | 2.61 | 93.03 | |||
| D:51 [TYR] | A:508 [U] | 3.54 | A:510 [A] | 83.28 | ||
| D:51 [TYR] | A:509 [A] | 3.31 | 83.28 | |||
| D:52 [GLY] | A:509 [A] | 3.6 | 71.27 | |||
| D:54 [GLN] | A:8 [A] | 4.73 | 82.34 | |||
| D:55 [LEU] | A:509 [A] | 3.32 | 93.11 | |||
| D:55 [LEU] | A:544 [G] | 4.03 | A:501 [C] | 93.11 | ||
| D:55 [LEU] | A:545 [C] | 4.43 | A:500 [G] | 93.11 | ||
| D:56 [ARG] | A:509 [A] | 4.37 | 39.05 | |||
| D:56 [ARG] | A:543 [U] | 3.61 | A:502 [A] | 39.05 | ||
| D:56 [ARG] | A:544 [G] | 2.88 | A:501 [C] | 39.05 | ||
| D:58 [LYS] | A:544 [G] | 4.76 | A:501 [C] | 97.61 | ||
| D:58 [LYS] | A:545 [C] | 2.45 | A:500 [G] | 97.61 | ||
| D:59 [GLN] | A:543 [U] | 4.95 | A:502 [A] | 96.99 | ||
| D:59 [GLN] | A:544 [G] | 2.81 | A:501 [C] | 96.99 | ||
| D:59 [GLN] | A:545 [C] | 2.85 | A:500 [G] | 96.99 | ||
| D:62 [ARG] | A:545 [C] | 2.89 | A:500 [G] | 79.75 | ||
| D:62 [ARG] | A:546 [A] | 3.84 | 79.75 | |||
| D:63 [ARG] | A:543 [U] | 4.68 | A:502 [A] | 1.29 | ||
| D:63 [ARG] | A:544 [G] | 2.66 | A:501 [C] | 1.29 | ||
| D:68 [LEU] | A:546 [A] | 3.72 | 59.81 | |||
| D:68 [LEU] | A:547 [A] | 3.37 | 59.81 | |||
| D:69 [GLU] | A:545 [C] | 3.45 | A:500 [G] | 89.52 | ||
| D:69 [GLU] | A:546 [A] | 2.99 | 89.52 | |||
| D:70 [ARG] | A:400 [C] | 3.34 | A:42 [G] | 70.08 | ||
| D:70 [ARG] | A:401 [C] | 2.54 | A:41 [G] | 70.08 | ||
| D:70 [ARG] | A:402 [G] | 4.83 | A:40 [C] | 70.08 | ||
| D:70 [ARG] | A:545 [C] | 4.77 | A:500 [G] | 70.08 | ||
| D:70 [ARG] | A:546 [A] | 2.79 | 70.08 | |||
| D:70 [ARG] | A:549 [C] | 4.78 | A:35 [G] | 70.08 | ||
| D:71 [GLN] | A:402 [G] | 3.36 | A:40 [C] | 89.68 | ||
| D:71 [GLN] | A:403 [C] | 4.01 | A:39 [G] | 89.68 | ||
| D:73 [ARG] | A:28 [A] | 4.35 | A:555 [U] | 58.25 | ||
| D:73 [ARG] | A:401 [C] | 4.24 | A:41 [G] | 58.25 | ||
| D:74 [ASN] | A:401 [C] | 2.91 | A:41 [G] | 58.8 | ||
| D:74 [ASN] | A:402 [G] | 4.66 | A:40 [C] | 58.8 | ||
| D:81 [ARG] | A:613 [C] | 2.77 | A:627 [G] | 56.62 | ||
| D:81 [ARG] | A:614 [C] | 3.51 | A:626 [G] | 56.62 | ||
| D:83 [LYS] | A:2 [A] | 4.22 | 42.57 | |||
| D:83 [LYS] | A:613 [C] | 3.84 | A:627 [G] | 42.57 | ||
| D:83 [LYS] | A:614 [C] | 2.76 | A:626 [G] | 42.57 | ||
| D:109 [ALA] | A:408 [A] | 4.45 | A:434 [U] | 32.93 | ||
| D:110 [THR] | A:407 [U] | 3.73 | A:435 [A] | 90.78 | ||
| D:110 [THR] | A:408 [A] | 2.38 | A:434 [U] | 90.78 | ||
| D:112 [ALA] | A:407 [U] | 3.74 | A:435 [A] | 34.53 | ||
| D:112 [ALA] | A:408 [A] | 4.0 | A:434 [U] | 34.53 | ||
| D:113 [GLU] | A:407 [U] | 3.13 | A:435 [A] | sugar:SC | 55.41 | |
| D:113 [GLU] | A:408 [A] | 3.31 | A:434 [U] | sugar:SC | 55.41 | |
| D:115 [ARG] | A:403 [C] | 4.78 | A:39 [G] | 98.12 | ||
| D:115 [ARG] | A:404 [G] | 2.97 | 98.12 | |||
| D:116 [GLN] | A:405 [U] | 4.56 | A:499 [A] | 98.81 | ||
| D:116 [GLN] | A:406 [G] | 2.82 | A:436 [C] | base:SC, base:SC, sugar:SC | 98.81 | |
| D:116 [GLN] | A:407 [U] | 3.27 | A:435 [A] | 98.81 | ||
| D:116 [GLN] | A:436 [C] | 4.88 | A:406 [G] | 98.81 | ||
| D:116 [GLN] | A:437 [U] | 3.91 | A:495 [A] | 98.81 | ||
| D:116 [GLN] | A:495 [A] | 3.73 | A:437 [U] | 98.81 | ||
| D:119 [SER] | A:403 [C] | 4.41 | A:39 [G] | 75.66 | ||
| D:119 [SER] | A:404 [G] | 3.33 | 75.66 | |||
| D:119 [SER] | A:439 [U] | 2.81 | A:498 [A] | 75.66 | ||
| D:120 [HIS] | A:405 [U] | 4.64 | A:499 [A] | 99.0 | ||
| D:120 [HIS] | A:437 [U] | 2.44 | A:495 [A] | sugar:SC | 99.0 | |
| D:120 [HIS] | A:438 [U] | 3.25 | A:496 [A] | 99.0 | ||
| D:120 [HIS] | A:439 [U] | 3.26 | A:498 [A] | base/AA stacks | 99.0 | |
| D:120 [HIS] | A:495 [A] | 3.34 | A:437 [U] | 99.0 | ||
| D:121 [LYS] | A:439 [U] | 3.22 | A:498 [A] | 81.96 | ||
| D:121 [LYS] | A:440 [C] | 3.32 | A:497 [G] | 81.96 | ||
| D:121 [LYS] | A:489 [C] | 3.64 | A:445 [G] | 81.96 | ||
| D:129 [VAL] | A:490 [C] | 4.99 | A:444 [G] | 58.22 | ||
| D:129 [VAL] | A:619 [U] | 3.79 | 58.22 | |||
| D:130 [VAL] | A:619 [U] | 3.29 | 83.02 | |||
| D:131 [ASN] | A:439 [U] | 3.1 | A:498 [A] | sugar:SC | 82.26 | |
| D:131 [ASN] | A:619 [U] | 2.83 | base:BB, base:SC | 82.26 | ||
| D:132 [ILE] | A:402 [G] | 3.88 | A:40 [C] | 78.48 | ||
| D:132 [ILE] | A:403 [C] | 3.82 | A:39 [G] | 78.48 | ||
| D:132 [ILE] | A:619 [U] | 3.44 | 78.48 | |||
| D:132 [ILE] | A:620 [C] | 3.46 | 78.48 | |||
| D:133 [ALA] | A:403 [C] | 3.92 | A:39 [G] | 89.25 | ||
| D:133 [ALA] | A:404 [G] | 4.97 | 89.25 | |||
| D:134 [SER] | A:402 [G] | 3.11 | A:40 [C] | 95.49 | ||
| D:134 [SER] | A:403 [C] | 2.35 | A:39 [G] | 95.49 | ||
| D:134 [SER] | A:620 [C] | 4.32 | 95.49 | |||
| D:135 [TYR] | A:619 [U] | 3.95 | 51.61 | |||
| D:135 [TYR] | A:620 [C] | 3.58 | 51.61 | |||
| D:136 [GLN] | A:620 [C] | 4.66 | 1.88 | |||
| D:146 [ARG] | A:489 [C] | 4.25 | A:445 [G] | 53.87 | ||
| D:146 [ARG] | A:490 [C] | 2.49 | A:444 [G] | 53.87 | ||
| D:148 [LYS] | A:438 [U] | 3.14 | A:496 [A] | 50.75 | ||
| D:148 [LYS] | A:491 [G] | 3.9 | A:443 [C] | 50.75 | ||
| D:152 [GLN] | A:437 [U] | 3.36 | A:495 [A] | 45.94 | ||
| D:152 [GLN] | A:438 [U] | 4.6 | A:496 [A] | 45.94 | ||
| D:154 [ARG] | A:406 [G] | 4.3 | A:436 [C] | 22.23 | ||
| D:154 [ARG] | A:407 [U] | 4.69 | A:435 [A] | 22.23 | ||
| D:154 [ARG] | A:436 [C] | 3.23 | A:406 [G] | 22.23 | ||
| D:154 [ARG] | A:437 [U] | 3.26 | A:495 [A] | 22.23 | ||
| D:202 [GLU] | A:8 [A] | 2.42 | base:BB | 96.24 | ||
| D:203 [LEU] | A:8 [A] | 4.28 | 69.73 | |||
| D:205 [SER] | A:8 [A] | 3.54 | 91.82 | |||
| D:206 [LYS] | A:8 [A] | 3.31 | 86.62 | |||
| D:206 [LYS] | A:26 [A] | 3.32 | A:558 [G] | sugar:SC | 86.62 | |
| D:206 [LYS] | A:27 [G] | 4.63 | A:556 [C] | 86.62 | ||
| D:206 [LYS] | A:508 [U] | 4.75 | A:510 [A] | 86.62 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group63 | 7K00_D_A | D: 30s ribosomal protein s4, Escherichia coli (natural) A: 16s rRNA, Escherichia coli (natural) | P0A7V8 | Alpha-L RNA-binding motif | Bacterial small subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 3
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7K00_D_A | 7RYG_d_a | 0.75 | 0.93 | 3.84 | 0.7 | Alpha-L RNA-binding motif | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1d_1a | 7K00_D_A | 0.73 | 0.98 | 1.52 | 0.45 | Alpha-L RNA-binding motif | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_d_a | 7K00_D_A | 0.35 | 0.95 | 4.88 | 0.37 | Alpha-L RNA-binding motif | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |