Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7RYG_d
|
7RYG_a
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| d:2 [ALA] | a:399 [C] | 3.98 | a:41 [G] | 61.12 | ||
| d:2 [ALA] | a:400 [G] | 3.3 | 61.12 | |||
| d:2 [ALA] | a:401 [U] | 3.32 | a:496 [A] | 61.12 | ||
| d:2 [ALA] | a:496 [A] | 3.77 | a:401 [U] | 61.12 | ||
| d:2 [ALA] | a:543 [G] | 4.87 | 61.12 | |||
| d:2 [ALA] | a:544 [A] | 2.92 | 61.12 | |||
| d:3 [ARG] | a:400 [G] | 4.65 | 73.15 | |||
| d:3 [ARG] | a:401 [U] | 3.03 | a:496 [A] | base:BB, base:BB | 73.15 | |
| d:3 [ARG] | a:402 [G] | 3.35 | a:432 [C] | 73.15 | ||
| d:3 [ARG] | a:403 [U] | 3.09 | 73.15 | |||
| d:3 [ARG] | a:543 [G] | 4.77 | 73.15 | |||
| d:3 [ARG] | a:544 [A] | 5.0 | 73.15 | |||
| d:4 [TYR] | a:543 [G] | 3.39 | 35.44 | |||
| d:5 [ILE] | a:401 [U] | 3.66 | a:496 [A] | 32.75 | ||
| d:5 [ILE] | a:402 [G] | 4.08 | a:432 [C] | 32.75 | ||
| d:5 [ILE] | a:403 [U] | 4.29 | 32.75 | |||
| d:7 [PRO] | a:424 [G] | 3.73 | a:409 [G] | 75.6 | ||
| d:7 [PRO] | a:426 [A] | 3.72 | a:410 [A] | 75.6 | ||
| d:8 [LYS] | a:403 [U] | 4.18 | 71.76 | |||
| d:8 [LYS] | a:404 [G] | 4.03 | a:430 [C] | 71.76 | ||
| d:8 [LYS] | a:426 [A] | 3.39 | a:410 [A] | 71.76 | ||
| d:9 [CYS] | a:425 [U] | 2.85 | a:427 [A] | 41.25 | ||
| d:9 [CYS] | a:426 [A] | 4.24 | a:410 [A] | 41.25 | ||
| d:10 [LYS] | a:423 [U] | 2.33 | a:412 [G] | 83.48 | ||
| d:10 [LYS] | a:424 [G] | 2.77 | a:409 [G] | 83.48 | ||
| d:10 [LYS] | a:425 [U] | 4.02 | a:427 [A] | 83.48 | ||
| d:10 [LYS] | a:539 [G] | 3.71 | a:500 [C] | 83.48 | ||
| d:13 [ARG] | a:423 [U] | 4.19 | a:412 [G] | 92.45 | ||
| d:13 [ARG] | a:424 [G] | 3.85 | a:409 [G] | 92.45 | ||
| d:13 [ARG] | a:425 [U] | 3.71 | a:427 [A] | 92.45 | ||
| d:14 [ARG] | a:507 [A] | 4.7 | 82.69 | |||
| d:14 [ARG] | a:539 [G] | 2.58 | a:500 [C] | sugar:SC | 82.69 | |
| d:14 [ARG] | a:540 [U] | 3.36 | a:499 [A] | 82.69 | ||
| d:21 [LEU] | a:404 [G] | 4.53 | a:430 [C] | 40.35 | ||
| d:22 [LYS] | a:405 [U] | 3.55 | a:429 [G] | 61.08 | ||
| d:22 [LYS] | a:425 [U] | 2.89 | a:427 [A] | 61.08 | ||
| d:22 [LYS] | a:426 [A] | 3.65 | a:410 [A] | 61.08 | ||
| d:23 [SER] | a:404 [G] | 4.43 | a:430 [C] | 72.3 | ||
| d:23 [SER] | a:405 [U] | 3.66 | a:429 [G] | 72.3 | ||
| d:25 [VAL] | a:405 [U] | 3.37 | a:429 [G] | 58.11 | ||
| d:25 [VAL] | a:406 [G] | 4.69 | a:428 [A] | 58.11 | ||
| d:26 [LYS] | a:405 [U] | 4.37 | a:429 [G] | 68.1 | ||
| d:26 [LYS] | a:406 [G] | 2.01 | a:428 [A] | 68.1 | ||
| d:31 [LYS] | a:406 [G] | 3.51 | a:428 [A] | 77.94 | ||
| d:31 [LYS] | a:407 [A] | 4.84 | 77.94 | |||
| d:31 [LYS] | a:409 [G] | 4.11 | a:424 [G] | 77.94 | ||
| d:31 [LYS] | a:425 [U] | 3.48 | a:427 [A] | 77.94 | ||
| d:32 [THR] | a:425 [U] | 4.15 | a:427 [A] | 46.9 | ||
| d:33 [LYS] | a:409 [G] | 2.82 | a:424 [G] | 36.77 | ||
| d:33 [LYS] | a:425 [U] | 4.0 | a:427 [A] | 36.77 | ||
| d:34 [LYS] | a:421 [G] | 3.47 | a:414 [C] | 30.85 | ||
| d:34 [LYS] | a:422 [U] | 2.5 | a:413 [G] | 30.85 | ||
| d:39 [PRO] | a:422 [U] | 4.3 | a:413 [G] | 75.82 | ||
| d:39 [PRO] | a:423 [U] | 3.13 | a:412 [G] | 75.82 | ||
| d:39 [PRO] | a:539 [G] | 3.76 | a:500 [C] | 75.82 | ||
| d:40 [GLY] | a:422 [U] | 3.56 | a:413 [G] | 84.35 | ||
| d:40 [GLY] | a:423 [U] | 4.14 | a:412 [G] | 84.35 | ||
| d:40 [GLY] | a:538 [G] | 3.73 | a:501 [C] | 84.35 | ||
| d:40 [GLY] | a:539 [G] | 4.64 | a:500 [C] | 84.35 | ||
| d:41 [GLN] | a:415 [C] | 4.75 | a:420 [G] | 63.82 | ||
| d:41 [GLN] | a:422 [U] | 4.36 | a:413 [G] | 63.82 | ||
| d:41 [GLN] | a:508 [C] | 4.59 | a:537 [G] | 63.82 | ||
| d:41 [GLN] | a:509 [U] | 3.17 | a:536 [A] | sugar:SC | 63.82 | |
| d:41 [GLN] | a:537 [G] | 3.05 | a:508 [C] | base:SC | 63.82 | |
| d:41 [GLN] | a:538 [G] | 3.62 | a:501 [C] | sugar:BB | 63.82 | |
| d:42 [HIS] | a:508 [C] | 2.75 | a:537 [G] | base:SC | 81.28 | |
| d:42 [HIS] | a:509 [U] | 2.93 | a:536 [A] | 81.28 | ||
| d:42 [HIS] | a:537 [G] | 3.96 | a:508 [C] | 81.28 | ||
| d:51 [SER] | a:506 [A] | 3.55 | 94.64 | |||
| d:53 [TYR] | a:506 [A] | 3.72 | 82.86 | |||
| d:54 [SER] | a:506 [A] | 3.72 | 69.67 | |||
| d:56 [GLN] | a:10 [A] | 4.73 | 83.89 | |||
| d:57 [LEU] | a:506 [A] | 4.42 | 92.15 | |||
| d:57 [LEU] | a:541 [G] | 3.83 | a:498 [C] | 92.15 | ||
| d:58 [ARG] | a:541 [G] | 4.66 | a:498 [C] | 50.42 | ||
| d:60 [LYS] | a:541 [G] | 4.85 | a:498 [C] | 98.45 | ||
| d:60 [LYS] | a:542 [C] | 3.04 | a:497 [G] | 98.45 | ||
| d:61 [GLN] | a:541 [G] | 2.97 | a:498 [C] | 98.26 | ||
| d:61 [GLN] | a:542 [C] | 3.42 | a:497 [G] | 98.26 | ||
| d:64 [ARG] | a:541 [G] | 4.85 | a:498 [C] | 82.71 | ||
| d:64 [ARG] | a:542 [C] | 3.03 | a:497 [G] | 82.71 | ||
| d:64 [ARG] | a:543 [G] | 4.4 | 82.71 | |||
| d:65 [ARG] | a:541 [G] | 3.15 | a:498 [C] | 8.18 | ||
| d:65 [ARG] | a:542 [C] | 4.69 | a:497 [G] | 8.18 | ||
| d:70 [LEU] | a:543 [G] | 3.62 | 45.76 | |||
| d:70 [LEU] | a:544 [A] | 3.92 | 45.76 | |||
| d:71 [GLU] | a:542 [C] | 3.08 | a:497 [G] | 87.27 | ||
| d:71 [GLU] | a:543 [G] | 3.32 | 87.27 | |||
| d:72 [ARG] | a:396 [C] | 4.56 | a:44 [G] | 72.59 | ||
| d:72 [ARG] | a:397 [C] | 2.58 | a:43 [G] | 72.59 | ||
| d:72 [ARG] | a:398 [G] | 2.65 | a:42 [C] | 72.59 | ||
| d:72 [ARG] | a:543 [G] | 3.41 | 72.59 | |||
| d:72 [ARG] | a:544 [A] | 4.54 | 72.59 | |||
| d:73 [GLN] | a:398 [G] | 2.8 | a:42 [C] | 90.19 | ||
| d:73 [GLN] | a:399 [C] | 3.66 | a:41 [G] | 90.19 | ||
| d:76 [ASN] | a:397 [C] | 3.44 | a:43 [G] | 59.07 | ||
| d:76 [ASN] | a:398 [G] | 4.88 | a:42 [C] | 59.07 | ||
| d:83 [ARG] | a:6 [C] | 4.32 | 60.07 | |||
| d:83 [ARG] | a:609 [C] | 4.75 | a:625 [G] | 60.07 | ||
| d:83 [ARG] | a:610 [C] | 2.51 | a:624 [G] | 60.07 | ||
| d:83 [ARG] | a:611 [C] | 3.59 | a:623 [G] | 60.07 | ||
| d:111 [SER] | a:404 [G] | 4.37 | a:430 [C] | 44.11 | ||
| d:112 [THR] | a:403 [U] | 3.7 | 90.41 | |||
| d:112 [THR] | a:404 [G] | 2.79 | a:430 [C] | 90.41 | ||
| d:114 [ALA] | a:403 [U] | 3.8 | 5.13 | |||
| d:114 [ALA] | a:404 [G] | 3.73 | a:430 [C] | 5.13 | ||
| d:115 [GLU] | a:403 [U] | 2.61 | 61.39 | |||
| d:115 [GLU] | a:404 [G] | 4.2 | a:430 [C] | 61.39 | ||
| d:117 [ARG] | a:400 [G] | 3.21 | 96.05 | |||
| d:118 [GLN] | a:402 [G] | 2.52 | a:432 [C] | base:SC, sugar:SC | 98.89 | |
| d:118 [GLN] | a:403 [U] | 2.57 | sugar:SC | 98.89 | ||
| d:118 [GLN] | a:433 [U] | 3.47 | a:492 [A] | base:SC | 98.89 | |
| d:118 [GLN] | a:492 [A] | 3.18 | a:433 [U] | 98.89 | ||
| d:121 [SER] | a:399 [C] | 3.82 | a:41 [G] | 73.99 | ||
| d:121 [SER] | a:400 [G] | 2.28 | 73.99 | |||
| d:121 [SER] | a:435 [U] | 2.82 | a:495 [A] | sugar:BB | 73.99 | |
| d:122 [HIS] | a:433 [U] | 3.54 | a:492 [A] | 99.0 | ||
| d:122 [HIS] | a:434 [U] | 2.77 | sugar:SC | 99.0 | ||
| d:122 [HIS] | a:435 [U] | 3.39 | a:495 [A] | base/AA stacks | 99.0 | |
| d:122 [HIS] | a:492 [A] | 4.33 | a:433 [U] | 99.0 | ||
| d:123 [ARG] | a:435 [U] | 4.21 | a:495 [A] | 80.64 | ||
| d:123 [ARG] | a:436 [A] | 4.91 | a:494 [U] | 80.64 | ||
| d:123 [ARG] | a:486 [U] | 4.22 | a:441 [A] | 80.64 | ||
| d:123 [ARG] | a:487 [C] | 4.35 | a:440 [G] | 80.64 | ||
| d:131 [ARG] | a:487 [C] | 3.34 | a:440 [G] | 61.26 | ||
| d:131 [ARG] | a:616 [U] | 4.49 | 61.26 | |||
| d:132 [VAL] | a:616 [U] | 3.11 | 83.09 | |||
| d:133 [ASN] | a:399 [C] | 4.98 | a:41 [G] | 77.98 | ||
| d:133 [ASN] | a:435 [U] | 2.98 | a:495 [A] | sugar:SC | 77.98 | |
| d:133 [ASN] | a:616 [U] | 3.13 | base:BB, base:SC | 77.98 | ||
| d:134 [ILE] | a:398 [G] | 3.73 | a:42 [C] | 79.7 | ||
| d:134 [ILE] | a:399 [C] | 3.5 | a:41 [G] | 79.7 | ||
| d:134 [ILE] | a:616 [U] | 3.42 | 79.7 | |||
| d:134 [ILE] | a:617 [U] | 3.39 | 79.7 | |||
| d:135 [ALA] | a:399 [C] | 4.32 | a:41 [G] | 84.29 | ||
| d:136 [SER] | a:398 [G] | 4.41 | a:42 [C] | 96.38 | ||
| d:136 [SER] | a:399 [C] | 3.31 | a:41 [G] | 96.38 | ||
| d:136 [SER] | a:617 [U] | 4.6 | 96.38 | |||
| d:137 [ILE] | a:616 [U] | 4.44 | 47.35 | |||
| d:137 [ILE] | a:617 [U] | 3.74 | 47.35 | |||
| d:154 [GLN] | a:433 [U] | 4.24 | a:492 [A] | 50.89 | ||
| d:156 [ARG] | a:402 [G] | 4.99 | a:432 [C] | 1.04 | ||
| d:156 [ARG] | a:403 [U] | 3.65 | base:SC | 1.04 | ||
| d:156 [ARG] | a:432 [C] | 3.84 | a:402 [G] | 1.04 | ||
| d:156 [ARG] | a:433 [U] | 3.63 | a:492 [A] | 1.04 | ||
| d:204 [GLU] | a:10 [A] | 2.87 | base:BB | 91.25 | ||
| d:205 [LEU] | a:10 [A] | 4.95 | 60.64 | |||
| d:207 [SER] | a:10 [A] | 2.64 | base:SC | 90.19 | ||
| d:208 [LYS] | a:10 [A] | 3.0 | 86.48 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group63 | 7RYG_d_a | d: 30s ribosomal protein s4, Acinetobacter baumannii (strain ab0057) (natural) a: 16s ribosomal RNA, Acinetobacter baumannii ab0057 (natural) | B7IA15 | Alpha-L RNA-binding motif | Bacterial small subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 3
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6S0X_d_a | 7RYG_d_a | 0.58 | 0.96 | 2.24 | 0.49 | Alpha-L RNA-binding motif | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 7K00_D_A | 7RYG_d_a | 0.75 | 0.93 | 3.84 | 0.7 | Alpha-L RNA-binding motif | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1d_1a | 7RYG_d_a | 0.61 | 0.91 | 4.08 | 0.44 | Alpha-L RNA-binding motif | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |