RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group64 > 4Y4O_1p_1a vs 6S0X_p_a

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4Y4O_1p
4Y4O_1a
6S0X_p
6S0X_a
Conserved?
1p:43 [LYS] 1a:449 [C] p:44 [SER] a:457 [A] ✔
1p:43 [LYS] 1a:450 [G] p:44 [SER] a:458 [G] ✔
1p:28 [ARG] 1a:374 [A] p:29 [ARG] a:382 [A] ✔
1p:28 [ARG] 1a:375 [U] p:29 [ARG] a:383 [U] ✔
1p:28 [ARG] 1a:376 [G] p:29 [ARG] a:384 [G] ✔
1p:28 [ARG] 1a:389 [A] p:29 [ARG] a:397 [A] ✔
1p:28 [ARG] 1a:390 [C] p:29 [ARG] a:398 [C] ✔
1p:28 [ARG] 1a:391 [G] p:29 [ARG] a:399 [G] ✔
1p:11 [SER] 1a:43 [C] p:12 [SER] a:44 [C] ✔
1p:11 [SER] 1a:44 [G] p:12 [SER] a:45 [G] ✔
1p:11 [SER] 1a:623 [C] p:12 [SER] a:631 [C] ✔
1p:11 [SER] 1a:624 [C] p:12 [SER] a:632 [C] ✔
1p:75 [ARG] 1a:454 [C] p:76 [SER] a:462 [A] ✔
1p:75 [ARG] 1a:472 [A] p:76 [SER] a:481 [C] ✔
1p:75 [ARG] 1a:473 [G] p:76 [SER] a:482 [A] ✔
1p:30 [GLY] 1a:310 [G] p:31 [GLY] a:318 [G] ✔
1p:27 [LYS] 1a:111 [G] p:28 [PRO] a:110 [G] ✔
1p:27 [LYS] 1a:112 [G] p:28 [PRO] a:111 [G] ✔
1p:2 [VAL] 1a:228 [A] p:3 [VAL] a:236 [A] ✔
1p:2 [VAL] 1a:229 [U] p:3 [VAL] a:237 [U] ✔
1p:23 [ASP] 1a:229 [U] p:24 [ASP] a:237 [U] ✔
1p:23 [ASP] 1a:230 [G] p:24 [ASP] a:238 [G] ✔
1p:17 [TYR] 1a:374 [A] p:18 [TYR] a:382 [A] ✔
1p:17 [TYR] 1a:375 [U] p:18 [TYR] a:383 [U] ✔
1p:16 [HIS] 1a:624 [C] p:17 [PHE] a:632 [C] ✔
1p:16 [HIS] 1a:625 [G] p:17 [PHE] a:633 [G] ✔
1p:3 [LYS] 1a:376 [G] p:4 [LYS] a:384 [G] ✔
1p:3 [LYS] 1a:377 [G] p:4 [LYS] a:385 [G] ✔
1p:3 [LYS] 1a:378 [G] p:4 [LYS] a:386 [G] ✔
1p:10 [GLY] 1a:624 [C] p:11 [GLY] a:632 [C] ✔
1p:80 [PHE] 1a:472 [A] p:81 [MET] a:481 [C] ✔
1p:15 [PRO] 1a:450 [G] p:16 [PRO] a:458 [G] ✔
1p:76 [GLN] 1a:453 [A] p:77 [LYS] a:461 [C] ✔
1p:31 [LYS] 1a:310 [G] p:32 [ARG] a:318 [G] ✔
1p:61 [SER] 1a:137 [C] p:62 [ASN] a:137 [U] ✔
1p:59 [TRP] 1a:228 [A] p:60 [TRP] a:236 [A] ✔
1p:59 [TRP] 1a:229 [U] p:60 [TRP] a:237 [U] ✔
1p:5 [ARG] 1a:376 [G] p:6 [ARG] a:384 [G] ✔
1p:5 [ARG] 1a:377 [G] p:6 [ARG] a:385 [G] ✔
1p:65 [GLN] 1a:136 [C] p:66 [LYS] a:136 [C] ✔
1p:65 [GLN] 1a:137 [C] p:66 [LYS] a:137 [U] ✔
1p:69 [THR] 1a:375 [U] p:70 [THR] a:383 [U] ✔
1p:69 [THR] 1a:376 [G] p:70 [THR] a:384 [G] ✔
1p:69 [THR] 1a:453 [A] p:70 [THR] a:461 [C] ✔
1p:81 [ARG] 1a:472 [A] p:82 [LYS] a:481 [C] ✔
1p:81 [ARG] 1a:473 [G] p:82 [LYS] a:482 [A] ✔
1p:24 [ALA] 1a:110 [C] p:25 [ALA] a:109 [C] ✔
1p:24 [ALA] 1a:377 [G] p:25 [ALA] a:385 [G] ✔
1p:24 [ALA] 1a:378 [G] p:25 [ALA] a:386 [G] ✔
1p:26 [ARG] 1a:111 [G] p:27 [SER] a:110 [G] ✔
1p:26 [ARG] 1a:230 [G] p:27 [SER] a:238 [G] ✔
1p:6 [LEU] 1a:375 [U] p:7 [LEU] a:383 [U] ✔
1p:6 [LEU] 1a:376 [G] p:7 [LEU] a:384 [G] ✔
1p:64 [ALA] 1a:136 [C] p:65 [ALA] a:136 [C] ✔
1p:18 [ARG] 1a:626 [U] p:19 [ARG] a:634 [U] ✔
1p:39 [TYR] 1a:452 [A] p:40 [TYR] a:460 [A] ✔
1p:68 [ASP] 1a:453 [A] p:69 [ASP] a:461 [C] ✔
1p:68 [ASP] 1a:454 [C] p:69 [ASP] a:462 [A] ✔
1p:8 [ARG] 1a:374 [A] p:9 [ARG] a:382 [A] ✔
1p:8 [ARG] 1a:391 [G] p:9 [ARG] a:399 [G] ✔
1p:8 [ARG] 1a:392 [G] p:9 [ARG] a:400 [G] ✔
1p:71 [ARG] 1a:454 [C] p:72 [HIS] a:462 [A] ✔
1p:9 [PHE] 1a:624 [C] p:10 [LEU] a:632 [C] ✔
1p:9 [PHE] 1a:625 [G] p:10 [LEU] a:633 [G] ✔
1p:70 [ALA] 1a:376 [G] p:71 [VAL] a:384 [G] ✔
1p:41 [PRO] 1a:450 [G] p:42 [PRO] a:458 [G] ✔
1p:41 [PRO] 1a:451 [A] p:42 [PRO] a:459 [A] ✔
1p:41 [PRO] 1a:452 [A] p:42 [PRO] a:460 [A] ✔
1p:29 [ASP] 1a:309 [G] p:30 [ASP] a:317 [G] ✔
1p:78 [GLY] 1a:473 [G] p:79 [GLY] a:482 [A] ✔
1p:25 [ARG] 1a:110 [C] p:26 [ARG] a:109 [C] ✔
1p:25 [ARG] 1a:111 [G] p:26 [ARG] a:110 [G] ✔
1p:25 [ARG] 1a:134 [A] p:26 [ARG] a:134 [A] ✔
1p:25 [ARG] 1a:229 [U] p:26 [ARG] a:237 [U] ✔
1p:25 [ARG] 1a:230 [G] p:26 [ARG] a:238 [G] ✔
1p:1 [MET] 1a:135 [C] p:2 [ALA] a:135 [C] ✔
1p:1 [MET] 1a:136 [C] p:2 [ALA] a:136 [C] ✔
1p:12 [LYS] 1a:43 [C] p:13 [LYS] a:44 [C] ✔
1p:12 [LYS] 1a:44 [G] p:13 [LYS] a:45 [G] ✔
1p:12 [LYS] 1a:392 [G] p:13 [LYS] a:400 [G] ✔
1p:12 [LYS] 1a:393 [A] p:13 [LYS] a:401 [A] ✔
1p:62 [VAL] 1a:136 [C] p:63 [ASP] a:136 [C] ✔
1p:62 [VAL] 1a:137 [C] p:63 [ASP] a:137 [U] ✔
1p:62 [VAL] 1a:227 [G] p:63 [ASP] a:235 [G] ✔
1p:62 [VAL] 1a:228 [A] p:63 [ASP] a:236 [A] ✔
1p:63 [GLY] 1a:136 [C] p:64 [GLY] a:136 [C] ✔
1p:63 [GLY] 1a:137 [C] p:64 [GLY] a:137 [U] ✔
1p:63 [GLY] 1a:227 [G] p:64 [GLY] a:235 [G] ✔
1p:67 [THR] 1a:376 [G] p:68 [THR] a:384 [G] ✔
1p:67 [THR] 1a:377 [G] p:68 [THR] a:385 [G] ✔
1p:13 [HIS] 1a:43 [C] p:14 [ARG] a:44 [C] ✔
1p:13 [HIS] 1a:392 [G] p:14 [ARG] a:400 [G] ✔
1p:13 [HIS] 1a:393 [A] p:14 [ARG] a:401 [A] ✔
1p:13 [HIS] 1a:450 [G] p:14 [ARG] a:458 [G] ✔
1p:13 [HIS] 1a:483 [C] p:14 [ARG] a:491 [C] ✔
1p:33 [ILE] 1a:229 [U] p:34 [ILE] a:237 [U] ✔
1p:33 [ILE] 1a:230 [G] p:34 [ILE] a:238 [G] ✔
1p:58 [TYR] 1a:228 [A] p:59 [LYS] a:236 [A] ✔
1p:14 [ASN] 1a:392 [G] p:15 [ASN] a:400 [G] ✔
1p:14 [ASN] 1a:617 [G] p:15 [ASN] a:625 [G] ✔
1p:72 [ARG] 1a:453 [A] p:73 [ASN] a:461 [C] ✔
1p:42 [ARG] 1a:449 [C] p:43 [THR] a:457 [A] ✔
1p:42 [ARG] 1a:450 [G] p:43 [THR] a:458 [G] ✔
1p:43 [LYS] 1a:451 [A] p:44 [SER] a:459 [A] ❌ 6S0X_p_a
1p:43 [LYS] 1a:452 [A] p:44 [SER] a:460 [A] ❌ 6S0X_p_a
1p:11 [SER] 1a:392 [G] p:12 [SER] a:400 [G] ❌ 6S0X_p_a
1p:75 [ARG] 1a:453 [A] p:76 [SER] a:461 [C] ❌ 6S0X_p_a
1p:30 [GLY] 1a:309 [G] p:31 [GLY] a:317 [G] ❌ 6S0X_p_a
1p:27 [LYS] 1a:309 [G] p:28 [PRO] a:317 [G] ❌ 6S0X_p_a
1p:27 [LYS] 1a:310 [G] p:28 [PRO] a:318 [G] ❌ 6S0X_p_a
1p:23 [ASP] 1a:134 [A] p:24 [ASP] a:134 [A] ❌ 6S0X_p_a
1p:17 [TYR] 1a:451 [A] p:18 [TYR] a:459 [A] ❌ 6S0X_p_a
1p:17 [TYR] 1a:626 [U] p:18 [TYR] a:634 [U] ❌ 6S0X_p_a
1p:10 [GLY] 1a:625 [G] p:11 [GLY] a:633 [G] ❌ 6S0X_p_a
1p:80 [PHE] 1a:473 [G] p:81 [MET] a:482 [A] ❌ 6S0X_p_a
1p:31 [LYS] 1a:309 [G] p:32 [ARG] a:317 [G] ❌ 6S0X_p_a
1p:44 [THR] 1a:617 [G] p:45 [ALA] a:625 [G] ❌ 6S0X_p_a
1p:69 [THR] 1a:452 [A] p:70 [THR] a:460 [A] ❌ 6S0X_p_a
1p:26 [ARG] 1a:110 [C] p:27 [SER] a:109 [C] ❌ 6S0X_p_a
1p:26 [ARG] 1a:310 [G] p:27 [SER] a:318 [G] ❌ 6S0X_p_a
1p:26 [ARG] 1a:311 [C] p:27 [SER] a:319 [C] ❌ 6S0X_p_a
1p:39 [TYR] 1a:451 [A] p:40 [TYR] a:459 [A] ❌ 6S0X_p_a
1p:8 [ARG] 1a:375 [U] p:9 [ARG] a:383 [U] ❌ 6S0X_p_a
1p:41 [PRO] 1a:449 [C] p:42 [PRO] a:457 [A] ❌ 6S0X_p_a
1p:1 [MET] 1a:134 [A] p:2 [ALA] a:134 [A] ❌ 6S0X_p_a
1p:14 [ASN] 1a:624 [C] p:15 [ASN] a:632 [C] ❌ 6S0X_p_a
1p:72 [ARG] 1a:452 [A] p:73 [ASN] a:460 [A] ❌ 6S0X_p_a
1p:42 [ARG] 1a:617 [G] p:43 [THR] a:625 [G] ❌ 6S0X_p_a
1p:13 [HIS] 1a:449 [C] p:14 [ARG] a:457 [A] ❌ 4Y4O_1p_1a
1p:18 [ARG] 1a:625 [G] p:19 [ARG] a:633 [G] ❌ 4Y4O_1p_1a
1p:1 [MET] 1a:378 [G] p:2 [ALA] a:386 [G] ❌ 4Y4O_1p_1a
1p:29 [ASP] 1a:310 [G] p:30 [ASP] a:318 [G] ❌ 4Y4O_1p_1a
1p:31 [LYS] 1a:311 [C] p:32 [ARG] a:319 [C] ❌ 4Y4O_1p_1a
1p:31 [LYS] 1a:230 [G] p:32 [ARG] a:238 [G] ❌ 4Y4O_1p_1a
1p:31 [LYS] 1a:229 [U] p:32 [ARG] a:237 [U] ❌ 4Y4O_1p_1a
1p:33 [ILE] 1a:228 [A] p:34 [ILE] a:236 [A] ❌ 4Y4O_1p_1a
1p:39 [TYR] 1a:453 [A] p:40 [TYR] a:461 [C] ❌ 4Y4O_1p_1a
1p:41 [PRO] 1a:453 [A] p:42 [PRO] a:461 [C] ❌ 4Y4O_1p_1a
1p:42 [ARG] 1a:451 [A] p:43 [THR] a:459 [A] ❌ 4Y4O_1p_1a
1p:44 [THR] 1a:449 [C] p:45 [ALA] a:457 [A] ❌ 4Y4O_1p_1a
1p:44 [THR] 1a:450 [G] p:45 [ALA] a:458 [G] ❌ 4Y4O_1p_1a
1p:58 [TYR] 1a:227 [G] p:59 [LYS] a:235 [G] ❌ 4Y4O_1p_1a
1p:64 [ALA] 1a:137 [C] p:65 [ALA] a:137 [U] ❌ 4Y4O_1p_1a
1p:71 [ARG] 1a:472 [A] p:72 [HIS] a:481 [C] ❌ 4Y4O_1p_1a
1p:72 [ARG] 1a:454 [C] p:73 [ASN] a:462 [A] ❌ 4Y4O_1p_1a
1p:76 [GLN] 1a:473 [G] p:77 [LYS] a:482 [A] ❌ 4Y4O_1p_1a
1p:76 [GLN] 1a:454 [C] p:77 [LYS] a:462 [A] ❌ 4Y4O_1p_1a
1p:76 [GLN] 1a:452 [A] p:77 [LYS] a:460 [A] ❌ 4Y4O_1p_1a
1p:35 [LYS] 1a:627 [G] p:36 [GLN] a:635 [G] ❌ 6S0X_p:36, 6S0X_a:635 no longer at interface
1p:31 [LYS] 1a:607 [A] p:32 [ARG] a:615 [A] ❌ 6S0X_a:615 no longer at interface
1p:32 [TYR] 1a:608 [A] p:33 [ILE] a:616 [A] ❌ 6S0X_p:33, 6S0X_a:616 no longer at interface
1p:38 [TYR] 1a:627 [G] p:39 [THR] a:635 [G] ❌ 6S0X_p:39, 6S0X_a:635 no longer at interface
1p:26 [ARG] 1a:231 [G] p:27 [SER] a:239 [G] ❌ 6S0X_a:239 no longer at interface
1p:18 [ARG] 1a:608 [A] p:19 [ARG] a:616 [A] ❌ 6S0X_a:616 no longer at interface
1p:18 [ARG] 1a:609 [A] p:19 [ARG] a:617 [A] ❌ 6S0X_a:617 no longer at interface
1p:9 [PHE] 1a:608 [A] p:10 [LEU] a:616 [A] ❌ 6S0X_a:616 no longer at interface
1p:9 [PHE] 1a:609 [A] p:10 [LEU] a:617 [A] ❌ 6S0X_a:617 no longer at interface
1p:11 [SER] 1a:622 [A] p:12 [SER] a:630 [A] ❌ 4Y4O_1a:622 no longer at interface
1p:13 [HIS] 1a:484 [G] p:14 [ARG] a:492 [G] ❌ 4Y4O_1a:484 no longer at interface
1p:13 [HIS] 1a:486 [U] p:14 [ARG] a:494 [U] ❌ 4Y4O_1a:486 no longer at interface
1p:61 [SER] 1a:138 [G] p:62 [ASN] a:138 [A] ❌ 4Y4O_1a:138 no longer at interface
1p:71 [ARG] 1a:471 [G] p:72 [HIS] a:480 [G] ❌ 4Y4O_1a:471 no longer at interface
1p:71 [ARG] 1a:455 [C] p:72 [HIS] a:463 [U] ❌ 4Y4O_1a:455 no longer at interface
1p:72 [ARG] 1a:455 [C] p:73 [ASN] a:463 [U] ❌ 4Y4O_1a:455 no longer at interface
1p:75 [ARG] 1a:474 [G] p:76 [SER] a:483 [C] ❌ 4Y4O_1a:474 no longer at interface
1p:76 [GLN] 1a:474 [G] p:77 [LYS] a:483 [C] ❌ 4Y4O_1a:474 no longer at interface
1p:80 [PHE] 1a:471 [G] p:81 [MET] a:480 [G] ❌ 4Y4O_1a:471 no longer at interface
1p:35 [LYS] 1a:626 [U] p:36 [GLN] a:634 [U] ❌ 6S0X_p:36 no longer at interface
1p:82 [GLN] 1a:472 [A] p:83 [LYS] a:481 [C] ❌ 6S0X_p:83 no longer at interface
1p:82 [GLN] 1a:473 [G] p:83 [LYS] a:482 [A] ❌ 6S0X_p:83 no longer at interface
1p:38 [TYR] 1a:626 [U] p:39 [THR] a:634 [U] ❌ 6S0X_p:39 no longer at interface
1p:48 [TRP] 1a:453 [A] p:48 [PRO] a:461 [C] ❌ 4Y4O_1p:48 no longer at interface
1p:4 [ILE] 1a:376 [G] p:5 [ILE] a:384 [G] ❌ 4Y4O_1p:4 no longer at interface
1p:60 [LEU] 1a:137 [C] p:61 [LEU] a:137 [U] ❌ 4Y4O_1p:60 no longer at interface
1p:73 [LEU] 1a:454 [C] p:74 [ILE] a:462 [A] ❌ 4Y4O_1p:73 no longer at interface
1p:73 [LEU] 1a:453 [A] p:74 [ILE] a:461 [C] ❌ 4Y4O_1p:73 no longer at interface
1p:74 [LEU] 1a:473 [G] p:75 [LEU] a:482 [A] ❌ 4Y4O_1p:74 no longer at interface
1p:74 [LEU] 1a:472 [A] p:75 [LEU] a:481 [C] ❌ 4Y4O_1p:74 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Ribosomal protein S16 Bacterial small subunit ribosomal RNA 0.95 4.08 0.52 0.83 0.95 0.91 0.87 0.64 0.50 0.31 0.40


Other pairs involving 4Y4O_1p_1a or 6S0X_p_a

Total number of entries: 5

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_1p_1a 6S0X_p_a 0.64 0.95 4.08 0.52 Ribosomal protein S16 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1p_1a 7K00_P_A 0.74 0.98 1.57 0.38 Ribosomal protein S16 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_p_a 7K00_P_A 0.62 0.95 4.23 0.43 Ribosomal protein S16 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1p_1a 7RYG_p_a 0.43 0.91 3.63 0.31 Ribosomal protein S16 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_p_a 7RYG_p_a 0.65 0.96 2.37 0.47 Ribosomal protein S16 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare