RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group64 > 6S0X_p_a

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

6S0X_p
6S0X_a
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
p:2 [ALA] a:135 [C] 4.76 80.6
p:2 [ALA] a:136 [C] 3.82 a:235 [G] 80.6
p:2 [ALA] a:386 [G] 4.69 a:393 [C] 80.6
p:3 [VAL] a:236 [A] 3.75 82.86
p:3 [VAL] a:237 [U] 4.35 a:133 [U] 82.86
p:4 [LYS] a:384 [G] 4.78 a:395 [U] 65.09
p:4 [LYS] a:385 [G] 2.44 a:394 [C] 65.09
p:4 [LYS] a:386 [G] 4.54 a:393 [C] 65.09
p:5 [ILE] a:384 [G] 4.99 a:395 [U] 91.0
p:6 [ARG] a:384 [G] 3.05 a:395 [U] 93.34
p:6 [ARG] a:385 [G] 3.24 a:394 [C] 93.34
p:7 [LEU] a:383 [U] 3.28 a:397 [A] sugar:BB 90.74
p:7 [LEU] a:384 [G] 3.31 a:395 [U] 90.74
p:9 [ARG] a:382 [A] 4.9 a:380 [C] 88.37
p:9 [ARG] a:399 [G] 3.98 a:378 [C] 88.37
p:9 [ARG] a:400 [G] 4.67 a:377 [C] 88.37
p:10 [LEU] a:632 [C] 3.88 a:624 [G] 33.32
p:10 [LEU] a:633 [G] 3.32 a:623 [C] 33.32
p:11 [GLY] a:632 [C] 3.41 a:624 [G] sugar:BB 98.97
p:12 [SER] a:44 [C] 4.07 a:407 [G] 56.09
p:12 [SER] a:45 [G] 4.44 a:406 [C] 56.09
p:12 [SER] a:630 [A] 4.44 a:626 [C] 56.09
p:12 [SER] a:631 [C] 3.48 a:625 [G] sugar:SC 56.09
p:12 [SER] a:632 [C] 4.75 a:624 [G] 56.09
p:13 [LYS] a:44 [C] 3.38 a:407 [G] 73.61
p:13 [LYS] a:45 [G] 3.39 a:406 [C] 73.61
p:13 [LYS] a:400 [G] 4.19 a:377 [C] 73.61
p:13 [LYS] a:401 [A] 3.36 a:375 [U] 73.61
p:14 [ARG] a:44 [C] 4.68 a:407 [G] 61.31
p:14 [ARG] a:400 [G] 2.56 a:377 [C] 61.31
p:14 [ARG] a:401 [A] 3.06 a:375 [U] 61.31
p:14 [ARG] a:457 [A] 4.83 a:492 [G] 61.31
p:14 [ARG] a:458 [G] 4.75 a:491 [C] 61.31
p:14 [ARG] a:491 [C] 2.57 a:458 [G] sugar:SC, sugar:SC 61.31
p:14 [ARG] a:492 [G] 3.74 a:457 [A] base:SC 61.31
p:14 [ARG] a:494 [U] 4.69 a:493 [G] 61.31
p:15 [ASN] a:400 [G] 4.77 a:377 [C] 56.07
p:15 [ASN] a:625 [G] 4.96 a:631 [C] 56.07
p:16 [PRO] a:458 [G] 4.92 a:491 [C] 83.64
p:17 [PHE] a:632 [C] 4.74 a:624 [G] 34.91
p:17 [PHE] a:633 [G] 3.48 a:623 [C] 34.91
p:18 [TYR] a:382 [A] 3.75 a:380 [C] 76.43
p:18 [TYR] a:383 [U] 4.6 a:397 [A] 76.43
p:19 [ARG] a:633 [G] 2.55 a:623 [C] 88.78
p:19 [ARG] a:634 [U] 3.05 a:622 [A] 88.78
p:24 [ASP] a:237 [U] 2.88 a:133 [U] sugar:SC 80.6
p:24 [ASP] a:238 [G] 4.87 a:132 [C] 80.6
p:25 [ALA] a:109 [C] 4.62 a:339 [G] 69.0
p:25 [ALA] a:385 [G] 3.75 a:394 [C] 69.0
p:25 [ALA] a:386 [G] 3.87 a:393 [C] 69.0
p:26 [ARG] a:109 [C] 3.57 a:339 [G] 77.42
p:26 [ARG] a:110 [G] 4.29 a:338 [C] 77.42
p:26 [ARG] a:134 [A] 3.62 77.42
p:26 [ARG] a:237 [U] 2.61 a:133 [U] sugar:SC, sugar:SC 77.42
p:26 [ARG] a:238 [G] 4.26 a:132 [C] 77.42
p:27 [SER] a:110 [G] 4.95 a:338 [C] 64.7
p:27 [SER] a:238 [G] 4.81 a:132 [C] 64.7
p:28 [PRO] a:110 [G] 4.16 a:338 [C] 45.61
p:28 [PRO] a:111 [G] 4.62 a:323 [A] 45.61
p:29 [ARG] a:382 [A] 3.92 a:380 [C] 83.9
p:29 [ARG] a:383 [U] 2.37 a:397 [A] base:SC 83.9
p:29 [ARG] a:384 [G] 3.86 a:395 [U] 83.9
p:29 [ARG] a:397 [A] 4.25 a:383 [U] 83.9
p:29 [ARG] a:398 [C] 2.43 a:379 [G] sugar:SC 83.9
p:29 [ARG] a:399 [G] 2.99 a:378 [C] 83.9
p:30 [ASP] a:317 [G] 4.57 a:299 [C] 66.73
p:30 [ASP] a:318 [G] 4.23 a:298 [C] 66.73
p:31 [GLY] a:318 [G] 3.31 a:298 [C] 87.42
p:32 [ARG] a:237 [U] 4.85 a:133 [U] 68.56
p:32 [ARG] a:238 [G] 2.54 a:132 [C] 68.56
p:32 [ARG] a:318 [G] 3.26 a:298 [C] 68.56
p:32 [ARG] a:319 [C] 3.61 a:297 [G] 68.56
p:34 [ILE] a:236 [A] 4.75 73.95
p:34 [ILE] a:237 [U] 3.64 a:133 [U] 73.95
p:34 [ILE] a:238 [G] 4.91 a:132 [C] 73.95
p:40 [TYR] a:460 [A] 4.92 a:489 [G] 87.36
p:40 [TYR] a:461 [C] 2.32 a:488 [U] 87.36
p:42 [PRO] a:458 [G] 4.42 a:491 [C] 89.59
p:42 [PRO] a:459 [A] 4.17 a:490 [A] 89.59
p:42 [PRO] a:460 [A] 3.54 a:489 [G] 89.59
p:42 [PRO] a:461 [C] 3.6 a:488 [U] 89.59
p:43 [THR] a:457 [A] 4.94 a:492 [G] 10.4
p:43 [THR] a:458 [G] 3.33 a:491 [C] 10.4
p:43 [THR] a:459 [A] 3.83 a:490 [A] 10.4
p:44 [SER] a:457 [A] 4.38 a:492 [G] 41.66
p:44 [SER] a:458 [G] 3.21 a:491 [C] 41.66
p:45 [ALA] a:457 [A] 4.51 a:492 [G] 19.18
p:45 [ALA] a:458 [G] 3.87 a:491 [C] 19.18
p:48 [PRO] a:461 [C] 3.96 a:488 [U] 32.45
p:59 [LYS] a:235 [G] 3.8 a:136 [C] 8.55
p:59 [LYS] a:236 [A] 4.57 8.55
p:60 [TRP] a:236 [A] 3.53 72.81
p:60 [TRP] a:237 [U] 4.64 a:133 [U] 72.81
p:61 [LEU] a:137 [U] 4.19 a:234 [A] 64.66
p:62 [ASN] a:137 [U] 2.52 a:234 [A] 36.17
p:62 [ASN] a:138 [A] 3.81 a:233 [U] 36.17
p:63 [ASP] a:136 [C] 4.17 a:235 [G] 43.98
p:63 [ASP] a:137 [U] 3.63 a:234 [A] 43.98
p:63 [ASP] a:235 [G] 2.29 a:136 [C] base:BB, sugar:SC 43.98
p:63 [ASP] a:236 [A] 4.74 43.98
p:64 [GLY] a:136 [C] 2.74 a:235 [G] sugar:BB 97.82
p:64 [GLY] a:137 [U] 3.31 a:234 [A] 97.82
p:64 [GLY] a:235 [G] 3.39 a:136 [C] 97.82
p:65 [ALA] a:136 [C] 4.58 a:235 [G] 98.19
p:65 [ALA] a:137 [U] 4.98 a:234 [A] 98.19
p:66 [LYS] a:136 [C] 3.16 a:235 [G] 71.67
p:66 [LYS] a:137 [U] 2.53 a:234 [A] 71.67
p:68 [THR] a:384 [G] 4.59 a:395 [U] 88.55
p:68 [THR] a:385 [G] 4.0 a:394 [C] 88.55
p:69 [ASP] a:461 [C] 4.85 a:488 [U] 53.8
p:69 [ASP] a:462 [A] 3.33 53.8
p:70 [THR] a:383 [U] 3.24 a:397 [A] 74.71
p:70 [THR] a:384 [G] 4.33 a:395 [U] 74.71
p:70 [THR] a:461 [C] 3.33 a:488 [U] sugar:BB 74.71
p:71 [VAL] a:384 [G] 3.98 a:395 [U] 82.83
p:72 [HIS] a:462 [A] 4.88 37.87
p:72 [HIS] a:463 [U] 4.57 a:487 [U] 37.87
p:72 [HIS] a:480 [G] 3.64 a:469 [U] 37.87
p:72 [HIS] a:481 [C] 2.59 a:468 [G] 37.87
p:73 [ASN] a:461 [C] 2.97 a:488 [U] 53.12
p:73 [ASN] a:462 [A] 2.49 sugar:SC 53.12
p:73 [ASN] a:463 [U] 3.47 a:487 [U] 53.12
p:74 [ILE] a:461 [C] 4.0 a:488 [U] 79.98
p:74 [ILE] a:462 [A] 4.91 79.98
p:75 [LEU] a:481 [C] 4.16 a:468 [G] 69.37
p:75 [LEU] a:482 [A] 3.69 a:467 [U] 69.37
p:76 [SER] a:462 [A] 3.45 41.58
p:76 [SER] a:481 [C] 3.35 a:468 [G] 41.58
p:76 [SER] a:482 [A] 2.86 a:467 [U] 41.58
p:76 [SER] a:483 [C] 4.43 a:466 [G] 41.58
p:77 [LYS] a:460 [A] 3.8 a:489 [G] 43.21
p:77 [LYS] a:461 [C] 2.87 a:488 [U] 43.21
p:77 [LYS] a:462 [A] 3.62 43.21
p:77 [LYS] a:482 [A] 4.32 a:467 [U] 43.21
p:77 [LYS] a:483 [C] 4.81 a:466 [G] 43.21
p:79 [GLY] a:482 [A] 3.78 a:467 [U] 44.34
p:81 [MET] a:480 [G] 3.14 a:469 [U] 8.26
p:81 [MET] a:481 [C] 3.27 a:468 [G] 8.26
p:82 [LYS] a:481 [C] 3.29 a:468 [G] 0.58
p:82 [LYS] a:482 [A] 3.22 a:467 [U] 0.58
p:84 [PHE] a:480 [G] 4.73 a:469 [U] 0.03
p:85 [ASP] a:469 [U] 4.85 a:480 [G] 16.23
p:85 [ASP] a:480 [G] 2.46 a:469 [U] base:SC, base:SC 16.23
p:85 [ASP] a:481 [C] 2.89 a:468 [G] sugar:SC 16.23
p:89 [LYS] a:470 [A] 3.36 a:479 [U] 18.14
p:89 [LYS] a:471 [A] 4.92 18.14

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group64 6S0X_p_a p: 30s ribosomal protein s16, Staphylococcus aureus (natural) a: 16s ribosomal RNA, Staphylococcus aureus (natural) W8U6K4 Ribosomal protein S16 Bacterial small subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 3

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_1p_1a 6S0X_p_a 0.64 0.95 4.08 0.52 Ribosomal protein S16 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_p_a 7RYG_p_a 0.65 0.96 2.37 0.47 Ribosomal protein S16 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_p_a 7K00_P_A 0.62 0.95 4.23 0.43 Ribosomal protein S16 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare