RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group64 > 6S0X_p_a vs 7K00_P_A

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

6S0X_p
6S0X_a
7K00_P
7K00_A
Conserved?
p:19 [ARG] a:633 [G] P:18 [GLN] A:625 [U] ✔
p:19 [ARG] a:634 [U] P:18 [GLN] A:626 [G] ✔
p:32 [ARG] a:237 [U] P:31 [ARG] A:229 [U] ✔
p:32 [ARG] a:238 [G] P:31 [ARG] A:230 [G] ✔
p:32 [ARG] a:318 [G] P:31 [ARG] A:310 [G] ✔
p:32 [ARG] a:319 [C] P:31 [ARG] A:311 [C] ✔
p:25 [ALA] a:109 [C] P:24 [SER] A:110 [C] ✔
p:25 [ALA] a:385 [G] P:24 [SER] A:377 [G] ✔
p:25 [ALA] a:386 [G] P:24 [SER] A:378 [G] ✔
p:3 [VAL] a:236 [A] P:2 [VAL] A:228 [A] ✔
p:3 [VAL] a:237 [U] P:2 [VAL] A:229 [U] ✔
p:15 [ASN] a:400 [G] P:14 [ARG] A:392 [C] ✔
p:15 [ASN] a:625 [G] P:14 [ARG] A:617 [G] ✔
p:43 [THR] a:457 [A] P:42 [ILE] A:449 [G] ✔
p:43 [THR] a:458 [G] P:42 [ILE] A:450 [G] ✔
p:27 [SER] a:110 [G] P:26 [ASN] A:111 [G] ✔
p:14 [ARG] a:44 [C] P:13 [LYS] A:43 [C] ✔
p:14 [ARG] a:400 [G] P:13 [LYS] A:392 [C] ✔
p:14 [ARG] a:401 [A] P:13 [LYS] A:393 [A] ✔
p:14 [ARG] a:458 [G] P:13 [LYS] A:450 [G] ✔
p:14 [ARG] a:491 [C] P:13 [LYS] A:483 [C] ✔
p:14 [ARG] a:492 [G] P:13 [LYS] A:484 [G] ✔
p:71 [VAL] a:384 [G] P:71 [VAL] A:376 [G] ✔
p:63 [ASP] a:136 [C] P:63 [GLN] A:136 [C] ✔
p:63 [ASP] a:137 [U] P:63 [GLN] A:137 [U] ✔
p:63 [ASP] a:235 [G] P:63 [GLN] A:227 [G] ✔
p:63 [ASP] a:236 [A] P:63 [GLN] A:228 [A] ✔
p:12 [SER] a:44 [C] P:11 [ALA] A:43 [C] ✔
p:12 [SER] a:45 [G] P:11 [ALA] A:44 [A] ✔
p:12 [SER] a:631 [C] P:11 [ALA] A:623 [C] ✔
p:12 [SER] a:632 [C] P:11 [ALA] A:624 [C] ✔
p:16 [PRO] a:458 [G] P:15 [PRO] A:450 [G] ✔
p:68 [THR] a:384 [G] P:68 [SER] A:376 [G] ✔
p:70 [THR] a:383 [U] P:70 [ARG] A:375 [U] ✔
p:70 [THR] a:384 [G] P:70 [ARG] A:376 [G] ✔
p:11 [GLY] a:632 [C] P:10 [GLY] A:624 [C] ✔
p:61 [LEU] a:137 [U] P:62 [GLY] A:137 [U] ✔
p:26 [ARG] a:109 [C] P:25 [ARG] A:110 [C] ✔
p:26 [ARG] a:110 [G] P:25 [ARG] A:111 [G] ✔
p:26 [ARG] a:134 [A] P:25 [ARG] A:134 [G] ✔
p:26 [ARG] a:237 [U] P:25 [ARG] A:229 [U] ✔
p:26 [ARG] a:238 [G] P:25 [ARG] A:230 [G] ✔
p:9 [ARG] a:382 [A] P:8 [ARG] A:374 [A] ✔
p:9 [ARG] a:399 [G] P:8 [ARG] A:391 [G] ✔
p:9 [ARG] a:400 [G] P:8 [ARG] A:392 [C] ✔
p:10 [LEU] a:632 [C] P:9 [HIS] A:624 [C] ✔
p:10 [LEU] a:633 [G] P:9 [HIS] A:625 [U] ✔
p:29 [ARG] a:382 [A] P:28 [ARG] A:374 [A] ✔
p:29 [ARG] a:383 [U] P:28 [ARG] A:375 [U] ✔
p:29 [ARG] a:384 [G] P:28 [ARG] A:376 [G] ✔
p:29 [ARG] a:397 [A] P:28 [ARG] A:389 [A] ✔
p:29 [ARG] a:398 [C] P:28 [ARG] A:390 [U] ✔
p:29 [ARG] a:399 [G] P:28 [ARG] A:391 [G] ✔
p:4 [LYS] a:385 [G] P:3 [THR] A:377 [G] ✔
p:66 [LYS] a:136 [C] P:66 [THR] A:136 [C] ✔
p:31 [GLY] a:318 [G] P:30 [GLY] A:310 [G] ✔
p:30 [ASP] a:317 [G] P:29 [ASN] A:309 [A] ✔
p:18 [TYR] a:382 [A] P:17 [TYR] A:374 [A] ✔
p:18 [TYR] a:383 [U] P:17 [TYR] A:375 [U] ✔
p:42 [PRO] a:458 [G] P:41 [PRO] A:450 [G] ✔
p:65 [ALA] a:136 [C] P:65 [ALA] A:136 [C] ✔
p:64 [GLY] a:136 [C] P:64 [GLY] A:136 [C] ✔
p:64 [GLY] a:137 [U] P:64 [GLY] A:137 [U] ✔
p:64 [GLY] a:235 [G] P:64 [GLY] A:227 [G] ✔
p:6 [ARG] a:384 [G] P:5 [ARG] A:376 [G] ✔
p:6 [ARG] a:385 [G] P:5 [ARG] A:377 [G] ✔
p:73 [ASN] a:461 [C] P:73 [ALA] A:453 [G] ✔
p:34 [ILE] a:237 [U] P:33 [ILE] A:229 [U] ✔
p:34 [ILE] a:238 [G] P:33 [ILE] A:230 [G] ✔
p:28 [PRO] a:110 [G] P:27 [ALA] A:111 [G] ✔
p:28 [PRO] a:111 [G] P:27 [ALA] A:112 [G] ✔
p:77 [LYS] a:461 [C] P:76 [LYS] A:453 [G] ✔
p:77 [LYS] a:482 [A] P:76 [LYS] A:473 [U] ✔
p:13 [LYS] a:44 [C] P:12 [LYS] A:43 [C] ✔
p:13 [LYS] a:45 [G] P:12 [LYS] A:44 [A] ✔
p:13 [LYS] a:400 [G] P:12 [LYS] A:392 [C] ✔
p:13 [LYS] a:401 [A] P:12 [LYS] A:393 [A] ✔
p:24 [ASP] a:237 [U] P:23 [ASP] A:229 [U] ✔
p:24 [ASP] a:238 [G] P:23 [ASP] A:230 [G] ✔
p:59 [LYS] a:236 [A] P:60 [TRP] A:228 [A] ✔
p:7 [LEU] a:383 [U] P:6 [LEU] A:375 [U] ✔
p:7 [LEU] a:384 [G] P:6 [LEU] A:376 [G] ✔
p:17 [PHE] a:632 [C] P:16 [PHE] A:624 [C] ✔
p:17 [PHE] a:633 [G] P:16 [PHE] A:625 [U] ✔
p:2 [ALA] a:135 [C] P:1 [MET] A:135 [C] ✔
p:2 [ALA] a:136 [C] P:1 [MET] A:136 [C] ✔
p:43 [THR] a:459 [A] P:42 [ILE] A:451 [A] ❌ 7K00_P_A
p:27 [SER] a:238 [G] P:26 [ASN] A:230 [G] ❌ 7K00_P_A
p:14 [ARG] a:457 [A] P:13 [LYS] A:449 [G] ❌ 7K00_P_A
p:68 [THR] a:385 [G] P:68 [SER] A:377 [G] ❌ 7K00_P_A
p:70 [THR] a:461 [C] P:70 [ARG] A:453 [G] ❌ 7K00_P_A
p:4 [LYS] a:384 [G] P:3 [THR] A:376 [G] ❌ 7K00_P_A
p:4 [LYS] a:386 [G] P:3 [THR] A:378 [G] ❌ 7K00_P_A
p:66 [LYS] a:137 [U] P:66 [THR] A:137 [U] ❌ 7K00_P_A
p:30 [ASP] a:318 [G] P:29 [ASN] A:310 [G] ❌ 7K00_P_A
p:42 [PRO] a:459 [A] P:41 [PRO] A:451 [A] ❌ 7K00_P_A
p:42 [PRO] a:460 [A] P:41 [PRO] A:452 [A] ❌ 7K00_P_A
p:42 [PRO] a:461 [C] P:41 [PRO] A:453 [G] ❌ 7K00_P_A
p:45 [ALA] a:457 [A] P:44 [SER] A:449 [G] ❌ 7K00_P_A
p:45 [ALA] a:458 [G] P:44 [SER] A:450 [G] ❌ 7K00_P_A
p:65 [ALA] a:137 [U] P:65 [ALA] A:137 [U] ❌ 7K00_P_A
p:34 [ILE] a:236 [A] P:33 [ILE] A:228 [A] ❌ 7K00_P_A
p:77 [LYS] a:460 [A] P:76 [LYS] A:452 [A] ❌ 7K00_P_A
p:77 [LYS] a:483 [C] P:76 [LYS] A:474 [G] ❌ 7K00_P_A
p:59 [LYS] a:235 [G] P:60 [TRP] A:227 [G] ❌ 7K00_P_A
p:2 [ALA] a:386 [G] P:1 [MET] A:378 [G] ❌ 7K00_P_A
p:2 [ALA] a:134 [A] P:1 [MET] A:134 [G] ❌ 6S0X_p_a
p:11 [GLY] a:633 [G] P:10 [GLY] A:625 [U] ❌ 6S0X_p_a
p:12 [SER] a:400 [G] P:11 [ALA] A:392 [C] ❌ 6S0X_p_a
p:15 [ASN] a:632 [C] P:14 [ARG] A:624 [C] ❌ 6S0X_p_a
p:17 [PHE] a:634 [U] P:16 [PHE] A:626 [G] ❌ 6S0X_p_a
p:25 [ALA] a:135 [C] P:24 [SER] A:135 [C] ❌ 6S0X_p_a
p:27 [SER] a:109 [C] P:26 [ASN] A:110 [C] ❌ 6S0X_p_a
p:27 [SER] a:384 [G] P:26 [ASN] A:376 [G] ❌ 6S0X_p_a
p:28 [PRO] a:384 [G] P:27 [ALA] A:376 [G] ❌ 6S0X_p_a
p:31 [GLY] a:317 [G] P:30 [GLY] A:309 [A] ❌ 6S0X_p_a
p:32 [ARG] a:317 [G] P:31 [ARG] A:309 [A] ❌ 6S0X_p_a
p:42 [PRO] a:457 [A] P:41 [PRO] A:449 [G] ❌ 6S0X_p_a
p:45 [ALA] a:625 [G] P:44 [SER] A:617 [G] ❌ 6S0X_p_a
p:59 [LYS] a:237 [U] P:60 [TRP] A:229 [U] ❌ 6S0X_p_a
p:70 [THR] a:459 [A] P:70 [ARG] A:451 [A] ❌ 6S0X_p_a
p:70 [THR] a:460 [A] P:70 [ARG] A:452 [A] ❌ 6S0X_p_a
p:70 [THR] a:382 [A] P:70 [ARG] A:374 [A] ❌ 6S0X_p_a
p:70 [THR] a:458 [G] P:70 [ARG] A:450 [G] ❌ 6S0X_p_a
p:73 [ASN] a:460 [A] P:73 [ALA] A:452 [A] ❌ 6S0X_p_a
p:9 [ARG] a:383 [U] P:8 [ARG] A:375 [U] ❌ 6S0X_p_a
p:74 [ILE] a:462 [A] P:74 [LEU] A:454 [G] ❌ 7K00_P:74, 7K00_A:454 no longer at interface
p:75 [LEU] a:481 [C] P:75 [ILE] A:472 [U] ❌ 7K00_P:75, 7K00_A:472 no longer at interface
p:69 [ASP] a:462 [A] P:69 [ASP] A:454 [G] ❌ 7K00_P:69, 7K00_A:454 no longer at interface
p:14 [ARG] a:494 [U] P:13 [LYS] A:486 [U] ❌ 7K00_A:486 no longer at interface
p:12 [SER] a:630 [A] P:11 [ALA] A:622 [A] ❌ 7K00_A:622 no longer at interface
p:72 [HIS] a:462 [A] P:72 [ALA] A:454 [G] ❌ 7K00_P:72, 7K00_A:454 no longer at interface
p:72 [HIS] a:463 [U] P:72 [ALA] A:455 [G] ❌ 7K00_P:72, 7K00_A:455 no longer at interface
p:72 [HIS] a:480 [G] P:72 [ALA] A:471 [U] ❌ 7K00_P:72, 7K00_A:471 no longer at interface
p:72 [HIS] a:481 [C] P:72 [ALA] A:472 [U] ❌ 7K00_P:72, 7K00_A:472 no longer at interface
p:73 [ASN] a:462 [A] P:73 [ALA] A:454 [G] ❌ 7K00_A:454 no longer at interface
p:73 [ASN] a:463 [U] P:73 [ALA] A:455 [G] ❌ 7K00_A:455 no longer at interface
p:77 [LYS] a:462 [A] P:76 [LYS] A:454 [G] ❌ 7K00_A:454 no longer at interface
p:15 [ASN] a:626 [C] P:14 [ARG] A:618 [C] ❌ 6S0X_a:626 no longer at interface
p:26 [ARG] a:333 [A] P:25 [ARG] A:325 [A] ❌ 6S0X_a:333 no longer at interface
p:32 [ARG] a:239 [G] P:31 [ARG] A:231 [U] ❌ 6S0X_a:239 no longer at interface
p:33 [ILE] a:616 [A] P:32 [PHE] A:608 [A] ❌ 6S0X_p:33, 6S0X_a:616 no longer at interface
p:36 [GLN] a:635 [G] P:35 [ARG] A:627 [G] ❌ 6S0X_p:36, 6S0X_a:635 no longer at interface
p:45 [ALA] a:626 [C] P:44 [SER] A:618 [C] ❌ 6S0X_a:626 no longer at interface
p:50 [ILE] a:635 [G] P:51 [ARG] A:627 [G] ❌ 6S0X_p:50, 6S0X_a:635 no longer at interface
p:74 [ILE] a:461 [C] P:74 [LEU] A:453 [G] ❌ 7K00_P:74 no longer at interface
p:5 [ILE] a:384 [G] P:4 [ILE] A:376 [G] ❌ 7K00_P:4 no longer at interface
p:75 [LEU] a:482 [A] P:75 [ILE] A:473 [U] ❌ 7K00_P:75 no longer at interface
p:69 [ASP] a:461 [C] P:69 [ASP] A:453 [G] ❌ 7K00_P:69 no longer at interface
p:48 [PRO] a:461 [C] P:49 [GLY] A:453 [G] ❌ 7K00_P:49 no longer at interface
p:40 [TYR] a:460 [A] P:39 [PHE] A:452 [A] ❌ 7K00_P:39 no longer at interface
p:40 [TYR] a:461 [C] P:39 [PHE] A:453 [G] ❌ 7K00_P:39 no longer at interface
p:79 [GLY] a:482 [A] P:78 [VAL] A:473 [U] ❌ 7K00_P:78 no longer at interface
p:44 [SER] a:457 [A] P:43 [ALA] A:449 [G] ❌ 7K00_P:43 no longer at interface
p:44 [SER] a:458 [G] P:43 [ALA] A:450 [G] ❌ 7K00_P:43 no longer at interface
p:60 [TRP] a:236 [A] P:61 [VAL] A:228 [A] ❌ 7K00_P:61 no longer at interface
p:60 [TRP] a:237 [U] P:61 [VAL] A:229 [U] ❌ 7K00_P:61 no longer at interface
p:36 [GLN] a:633 [G] P:35 [ARG] A:625 [U] ❌ 6S0X_p:36 no longer at interface
p:36 [GLN] a:634 [U] P:35 [ARG] A:626 [G] ❌ 6S0X_p:36 no longer at interface
p:39 [THR] a:634 [U] P:38 [PHE] A:626 [G] ❌ 6S0X_p:39 no longer at interface
p:50 [ILE] a:634 [U] P:51 [ARG] A:626 [G] ❌ 6S0X_p:50 no longer at interface
p:8 [THR] a:383 [U] P:7 [ALA] A:375 [U] ❌ 6S0X_p:8 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Ribosomal protein S16 Bacterial small subunit ribosomal RNA 0.95 4.23 0.43 0.83 0.95 0.85 0.87 0.62 0.45 0.29 0.47


Other pairs involving 6S0X_p_a or 7K00_P_A

Total number of entries: 5

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
7K00_P_A 7RYG_p_a 0.52 0.93 3.48 0.49 Ribosomal protein S16 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1p_1a 7K00_P_A 0.74 0.98 1.57 0.38 Ribosomal protein S16 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1p_1a 6S0X_p_a 0.64 0.95 4.08 0.52 Ribosomal protein S16 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_p_a 7RYG_p_a 0.65 0.96 2.37 0.47 Ribosomal protein S16 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_p_a 7K00_P_A 0.62 0.95 4.23 0.43 Ribosomal protein S16 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare