Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7K00_P
|
7K00_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| P:1 [MET] | A:134 [G] | 4.44 | 0.0 | |||
| P:1 [MET] | A:135 [C] | 2.63 | base:BB | 0.0 | ||
| P:1 [MET] | A:136 [C] | 3.45 | A:227 [G] | 0.0 | ||
| P:2 [VAL] | A:228 [A] | 3.56 | 0.0 | |||
| P:2 [VAL] | A:229 [U] | 3.44 | A:133 [U] | 0.0 | ||
| P:3 [THR] | A:377 [G] | 3.89 | A:386 [C] | 0.0 | ||
| P:5 [ARG] | A:376 [G] | 2.85 | A:387 [U] | 0.0 | ||
| P:5 [ARG] | A:377 [G] | 3.21 | A:386 [C] | 0.0 | ||
| P:6 [LEU] | A:375 [U] | 2.79 | A:389 [A] | sugar:BB | 0.0 | |
| P:6 [LEU] | A:376 [G] | 3.14 | A:387 [U] | 0.0 | ||
| P:7 [ALA] | A:375 [U] | 4.56 | A:389 [A] | 0.0 | ||
| P:8 [ARG] | A:374 [A] | 4.6 | 0.0 | |||
| P:8 [ARG] | A:375 [U] | 4.45 | A:389 [A] | 0.0 | ||
| P:8 [ARG] | A:391 [G] | 3.32 | A:370 [C] | 0.0 | ||
| P:8 [ARG] | A:392 [C] | 2.71 | A:369 [G] | 0.0 | ||
| P:9 [HIS] | A:624 [C] | 4.71 | A:616 [G] | 0.0 | ||
| P:9 [HIS] | A:625 [U] | 3.24 | A:615 [G] | 0.0 | ||
| P:10 [GLY] | A:624 [C] | 3.28 | A:616 [G] | 0.0 | ||
| P:10 [GLY] | A:625 [U] | 3.3 | A:615 [G] | 0.0 | ||
| P:11 [ALA] | A:43 [C] | 4.58 | A:399 [G] | 0.0 | ||
| P:11 [ALA] | A:44 [A] | 4.34 | A:398 [U] | 0.0 | ||
| P:11 [ALA] | A:392 [C] | 4.54 | A:369 [G] | 0.0 | ||
| P:11 [ALA] | A:623 [C] | 3.93 | A:617 [G] | 0.0 | ||
| P:11 [ALA] | A:624 [C] | 4.08 | A:616 [G] | 0.0 | ||
| P:12 [LYS] | A:43 [C] | 3.07 | A:399 [G] | 0.0 | ||
| P:12 [LYS] | A:44 [A] | 3.44 | A:398 [U] | 0.0 | ||
| P:12 [LYS] | A:392 [C] | 3.73 | A:369 [G] | 0.0 | ||
| P:12 [LYS] | A:393 [A] | 3.41 | A:367 [U] | 0.0 | ||
| P:13 [LYS] | A:43 [C] | 4.65 | A:399 [G] | 0.0 | ||
| P:13 [LYS] | A:392 [C] | 2.73 | A:369 [G] | 0.0 | ||
| P:13 [LYS] | A:393 [A] | 3.75 | A:367 [U] | 0.0 | ||
| P:13 [LYS] | A:450 [G] | 3.8 | A:483 [C] | 0.0 | ||
| P:13 [LYS] | A:483 [C] | 2.91 | A:450 [G] | base:SC, sugar:SC | 0.0 | |
| P:13 [LYS] | A:484 [G] | 4.54 | A:449 [G] | 0.0 | ||
| P:14 [ARG] | A:392 [C] | 4.66 | A:369 [G] | 0.0 | ||
| P:14 [ARG] | A:617 [G] | 3.93 | A:623 [C] | sugar:SC | 0.0 | |
| P:14 [ARG] | A:618 [C] | 3.65 | A:622 [A] | base/AA stacks | 0.0 | |
| P:14 [ARG] | A:624 [C] | 4.88 | A:616 [G] | 0.0 | ||
| P:15 [PRO] | A:450 [G] | 3.79 | A:483 [C] | 0.0 | ||
| P:16 [PHE] | A:624 [C] | 4.39 | A:616 [G] | 0.0 | ||
| P:16 [PHE] | A:625 [U] | 3.35 | A:615 [G] | 0.0 | ||
| P:16 [PHE] | A:626 [G] | 4.26 | A:614 [C] | 0.0 | ||
| P:17 [TYR] | A:374 [A] | 3.01 | sugar:SC | 0.0 | ||
| P:17 [TYR] | A:375 [U] | 3.49 | A:389 [A] | 0.0 | ||
| P:18 [GLN] | A:625 [U] | 3.99 | A:615 [G] | 0.0 | ||
| P:18 [GLN] | A:626 [G] | 3.33 | A:614 [C] | 0.0 | ||
| P:23 [ASP] | A:229 [U] | 2.84 | A:133 [U] | sugar:SC | 0.0 | |
| P:23 [ASP] | A:230 [G] | 3.28 | A:132 [C] | 0.0 | ||
| P:24 [SER] | A:110 [C] | 4.9 | 0.0 | |||
| P:24 [SER] | A:135 [C] | 4.99 | 0.0 | |||
| P:24 [SER] | A:377 [G] | 3.31 | A:386 [C] | 0.0 | ||
| P:24 [SER] | A:378 [G] | 4.57 | A:385 [C] | 0.0 | ||
| P:25 [ARG] | A:110 [C] | 2.36 | sugar:BB | 0.0 | ||
| P:25 [ARG] | A:111 [G] | 3.61 | A:331 [G] | 0.0 | ||
| P:25 [ARG] | A:134 [G] | 3.2 | base/AA stacks | 0.0 | ||
| P:25 [ARG] | A:229 [U] | 4.33 | A:133 [U] | 0.0 | ||
| P:25 [ARG] | A:230 [G] | 3.12 | A:132 [C] | sugar:SC | 0.0 | |
| P:25 [ARG] | A:325 [A] | 4.31 | 0.0 | |||
| P:26 [ASN] | A:110 [C] | 4.51 | 0.0 | |||
| P:26 [ASN] | A:111 [G] | 4.25 | A:331 [G] | 0.0 | ||
| P:26 [ASN] | A:376 [G] | 4.64 | A:387 [U] | 0.0 | ||
| P:27 [ALA] | A:111 [G] | 3.78 | A:331 [G] | 0.0 | ||
| P:27 [ALA] | A:112 [G] | 3.95 | A:315 [A] | 0.0 | ||
| P:27 [ALA] | A:376 [G] | 4.94 | A:387 [U] | 0.0 | ||
| P:28 [ARG] | A:374 [A] | 4.62 | 0.0 | |||
| P:28 [ARG] | A:375 [U] | 2.93 | A:389 [A] | base:SC | 0.0 | |
| P:28 [ARG] | A:376 [G] | 3.61 | A:387 [U] | 0.0 | ||
| P:28 [ARG] | A:389 [A] | 5.0 | A:375 [U] | 0.0 | ||
| P:28 [ARG] | A:390 [U] | 3.23 | A:371 [A] | sugar:SC | 0.0 | |
| P:28 [ARG] | A:391 [G] | 3.35 | A:370 [C] | 0.0 | ||
| P:29 [ASN] | A:309 [A] | 3.42 | A:291 [U] | 0.0 | ||
| P:30 [GLY] | A:309 [A] | 3.45 | A:291 [U] | 0.0 | ||
| P:30 [GLY] | A:310 [G] | 3.16 | A:290 [C] | 0.0 | ||
| P:31 [ARG] | A:229 [U] | 4.9 | A:133 [U] | 0.0 | ||
| P:31 [ARG] | A:230 [G] | 2.73 | A:132 [C] | 0.0 | ||
| P:31 [ARG] | A:231 [U] | 3.25 | A:131 [A] | 0.0 | ||
| P:31 [ARG] | A:309 [A] | 3.88 | A:291 [U] | 0.0 | ||
| P:31 [ARG] | A:310 [G] | 2.65 | A:290 [C] | 0.0 | ||
| P:31 [ARG] | A:311 [C] | 2.91 | A:289 [G] | 0.0 | ||
| P:32 [PHE] | A:608 [A] | 3.68 | 0.0 | |||
| P:33 [ILE] | A:229 [U] | 3.73 | A:133 [U] | 0.0 | ||
| P:33 [ILE] | A:230 [G] | 4.62 | A:132 [C] | 0.0 | ||
| P:35 [ARG] | A:625 [U] | 4.72 | A:615 [G] | 0.0 | ||
| P:35 [ARG] | A:626 [G] | 2.66 | A:614 [C] | 0.0 | ||
| P:35 [ARG] | A:627 [G] | 3.34 | A:613 [C] | 0.0 | ||
| P:38 [PHE] | A:626 [G] | 3.63 | A:614 [C] | 0.0 | ||
| P:41 [PRO] | A:449 [G] | 4.64 | A:484 [G] | 0.0 | ||
| P:41 [PRO] | A:450 [G] | 3.81 | A:483 [C] | 0.0 | ||
| P:42 [ILE] | A:449 [G] | 3.23 | A:484 [G] | 0.0 | ||
| P:42 [ILE] | A:450 [G] | 3.67 | A:483 [C] | 0.0 | ||
| P:44 [SER] | A:617 [G] | 3.55 | A:623 [C] | 0.0 | ||
| P:44 [SER] | A:618 [C] | 4.23 | A:622 [A] | 0.0 | ||
| P:47 [GLU] | A:616 [G] | 3.18 | A:624 [C] | sugar:SC | 0.0 | |
| P:47 [GLU] | A:617 [G] | 3.47 | A:623 [C] | 0.0 | ||
| P:51 [ARG] | A:626 [G] | 2.87 | A:614 [C] | sugar:SC | 0.0 | |
| P:51 [ARG] | A:627 [G] | 3.88 | A:613 [C] | 0.0 | ||
| P:60 [TRP] | A:228 [A] | 3.62 | 0.0 | |||
| P:60 [TRP] | A:229 [U] | 3.75 | A:133 [U] | 0.0 | ||
| P:62 [GLY] | A:137 [U] | 4.38 | A:226 [G] | 0.0 | ||
| P:63 [GLN] | A:136 [C] | 4.6 | A:227 [G] | 0.0 | ||
| P:63 [GLN] | A:137 [U] | 4.78 | A:226 [G] | 0.0 | ||
| P:63 [GLN] | A:227 [G] | 3.02 | A:136 [C] | base:BB | 0.0 | |
| P:63 [GLN] | A:228 [A] | 3.62 | 0.0 | |||
| P:64 [GLY] | A:136 [C] | 2.43 | A:227 [G] | sugar:BB | 0.0 | |
| P:64 [GLY] | A:137 [U] | 3.6 | A:226 [G] | 0.0 | ||
| P:64 [GLY] | A:227 [G] | 4.16 | A:136 [C] | 0.0 | ||
| P:65 [ALA] | A:136 [C] | 4.67 | A:227 [G] | 0.0 | ||
| P:66 [THR] | A:136 [C] | 3.76 | A:227 [G] | 0.0 | ||
| P:68 [SER] | A:376 [G] | 2.83 | A:387 [U] | 0.0 | ||
| P:70 [ARG] | A:374 [A] | 2.97 | 0.0 | |||
| P:70 [ARG] | A:375 [U] | 2.76 | A:389 [A] | 0.0 | ||
| P:70 [ARG] | A:376 [G] | 4.33 | A:387 [U] | 0.0 | ||
| P:70 [ARG] | A:450 [G] | 4.32 | A:483 [C] | 0.0 | ||
| P:70 [ARG] | A:451 [A] | 2.77 | 0.0 | |||
| P:70 [ARG] | A:452 [A] | 3.25 | A:480 [U] | 0.0 | ||
| P:71 [VAL] | A:376 [G] | 4.49 | A:387 [U] | 0.0 | ||
| P:73 [ALA] | A:452 [A] | 3.34 | A:480 [U] | 0.0 | ||
| P:73 [ALA] | A:453 [G] | 3.67 | A:479 [U] | 0.0 | ||
| P:76 [LYS] | A:453 [G] | 4.56 | A:479 [U] | 0.0 | ||
| P:76 [LYS] | A:473 [U] | 3.71 | A:459 [A] | 0.0 | ||
| P:81 [ALA] | A:474 [G] | 4.47 | A:458 [U] | 0.0 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group64 | 7K00_P_A | P: 30s ribosomal protein s16, Escherichia coli (natural) A: 16s rRNA, Escherichia coli (natural) | P0A7T3 | Ribosomal protein S16 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 3
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7K00_P_A | 7RYG_p_a | 0.52 | 0.93 | 3.48 | 0.49 | Ribosomal protein S16 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1p_1a | 7K00_P_A | 0.74 | 0.98 | 1.57 | 0.38 | Ribosomal protein S16 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_p_a | 7K00_P_A | 0.62 | 0.95 | 4.23 | 0.43 | Ribosomal protein S16 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |