RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group64 > 7RYG_p_a

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

7RYG_p
7RYG_a
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
p:19 [MET] a:131 [C] 3.05 base:BB 82.11
p:19 [MET] a:132 [C] 3.65 a:223 [G] 82.11
p:20 [VAL] a:224 [A] 3.74 79.59
p:20 [VAL] a:225 [U] 3.64 a:129 [U] 79.59
p:21 [VAL] a:373 [G] 4.23 a:382 [C] 64.23
p:23 [ARG] a:372 [G] 3.18 a:383 [U] 94.71
p:23 [ARG] a:373 [G] 3.21 a:382 [C] 94.71
p:24 [LEU] a:371 [U] 2.72 a:385 [A] sugar:BB 90.91
p:24 [LEU] a:372 [G] 3.17 a:383 [U] 90.91
p:25 [ALA] a:371 [U] 4.75 a:385 [A] 51.89
p:26 [ARG] a:370 [A] 4.33 90.34
p:26 [ARG] a:371 [U] 5.0 a:385 [A] 90.34
p:26 [ARG] a:386 [U] 4.94 a:367 [A] 90.34
p:26 [ARG] a:387 [C] 3.63 a:366 [G] 90.34
p:26 [ARG] a:388 [C] 3.84 a:365 [G] 90.34
p:27 [GLY] a:621 [U] 4.86 a:613 [A] 6.05
p:27 [GLY] a:622 [U] 4.42 a:612 [G] 6.05
p:28 [GLY] a:46 [A] 4.36 a:394 [U] 99.0
p:28 [GLY] a:621 [U] 3.28 a:613 [A] 99.0
p:28 [GLY] a:622 [U] 3.59 a:612 [G] 99.0
p:29 [ALA] a:45 [C] 3.84 a:395 [G] 58.7
p:29 [ALA] a:46 [A] 3.56 a:394 [U] 58.7
p:29 [ALA] a:620 [C] 4.41 a:614 [G] 58.7
p:29 [ALA] a:621 [U] 4.21 a:613 [A] 58.7
p:30 [LYS] a:45 [C] 3.38 a:395 [G] 76.19
p:30 [LYS] a:46 [A] 3.79 a:394 [U] 76.19
p:30 [LYS] a:388 [C] 3.76 a:365 [G] 76.19
p:30 [LYS] a:389 [A] 3.65 a:363 [U] 76.19
p:31 [LYS] a:45 [C] 5.0 a:395 [G] 70.28
p:31 [LYS] a:388 [C] 3.4 a:365 [G] 70.28
p:31 [LYS] a:389 [A] 4.05 a:363 [U] 70.28
p:31 [LYS] a:445 [G] 4.96 a:481 [G] 70.28
p:31 [LYS] a:446 [G] 3.03 a:480 [C] base:SC 70.28
p:31 [LYS] a:479 [A] 4.75 70.28
p:31 [LYS] a:480 [C] 3.01 a:446 [G] base:SC 70.28
p:32 [ARG] a:615 [C] 4.24 a:619 [A] 35.78
p:33 [PRO] a:446 [G] 4.31 a:480 [C] 80.17
p:34 [PHE] a:621 [U] 4.78 a:613 [A] 13.4
p:34 [PHE] a:622 [U] 3.52 a:612 [G] 13.4
p:34 [PHE] a:623 [G] 4.26 a:611 [C] 13.4
p:35 [TYR] a:370 [A] 3.5 76.04
p:35 [TYR] a:371 [U] 3.91 a:385 [A] 76.04
p:36 [GLN] a:622 [U] 4.58 a:612 [G] 87.87
p:36 [GLN] a:623 [G] 3.55 a:611 [C] 87.87
p:41 [ASP] a:225 [U] 3.54 a:129 [U] 82.02
p:41 [ASP] a:226 [G] 4.51 a:128 [C] 82.02
p:42 [SER] a:373 [G] 3.73 a:382 [C] 45.88
p:42 [SER] a:374 [G] 4.7 a:381 [C] 45.88
p:43 [ARG] a:106 [C] 2.84 sugar:BB 68.97
p:43 [ARG] a:107 [G] 4.02 a:327 [G] 68.97
p:43 [ARG] a:130 [G] 3.67 68.97
p:43 [ARG] a:225 [U] 4.43 a:129 [U] 68.97
p:43 [ARG] a:226 [G] 3.66 a:128 [C] sugar:SC 68.97
p:44 [ASN] a:106 [C] 4.97 50.44
p:44 [ASN] a:107 [G] 4.77 a:327 [G] 50.44
p:45 [ALA] a:107 [G] 4.28 a:327 [G] 47.2
p:45 [ALA] a:108 [G] 4.29 a:311 [A] 47.2
p:46 [ARG] a:370 [A] 4.54 70.67
p:46 [ARG] a:371 [U] 2.81 a:385 [A] base:SC 70.67
p:46 [ARG] a:372 [G] 4.2 a:383 [U] 70.67
p:46 [ARG] a:385 [A] 4.9 a:371 [U] 70.67
p:46 [ARG] a:386 [U] 3.19 a:367 [A] sugar:SC 70.67
p:46 [ARG] a:387 [C] 3.76 a:366 [G] 70.67
p:47 [ASP] a:305 [C] 3.83 a:287 [G] 56.25
p:48 [GLY] a:305 [C] 3.82 a:287 [G] 83.93
p:48 [GLY] a:306 [G] 3.45 a:286 [C] 83.93
p:49 [ARG] a:226 [G] 3.19 a:128 [C] 48.78
p:49 [ARG] a:227 [A] 3.69 a:127 [U] 48.78
p:49 [ARG] a:305 [C] 4.18 a:287 [G] 48.78
p:49 [ARG] a:306 [G] 2.92 a:286 [C] 48.78
p:49 [ARG] a:307 [C] 2.73 a:285 [G] 48.78
p:50 [PHE] a:605 [A] 4.06 30.82
p:51 [ILE] a:225 [U] 4.31 a:129 [U] 74.45
p:51 [ILE] a:226 [G] 4.38 a:128 [C] 74.45
p:53 [ARG] a:623 [G] 3.48 a:611 [C] 26.03
p:53 [ARG] a:624 [G] 3.3 a:610 [C] 26.03
p:56 [PHE] a:623 [G] 3.93 a:611 [C] 7.1
p:59 [PRO] a:446 [G] 4.36 a:480 [C] 92.36
p:60 [THR] a:445 [G] 4.24 a:481 [G] 0.0
p:60 [THR] a:446 [G] 4.51 a:480 [C] 0.0
p:62 [GLN] a:613 [A] 4.72 a:621 [U] 37.8
p:62 [GLN] a:614 [G] 3.1 a:620 [C] 37.8
p:62 [GLN] a:615 [C] 4.28 a:619 [A] 37.8
p:63 [GLY] a:614 [G] 3.83 a:620 [C] 4.71
p:64 [GLN] a:613 [A] 3.24 a:621 [U] 6.73
p:64 [GLN] a:614 [G] 3.53 a:620 [C] 6.73
p:65 [ALA] a:613 [A] 3.5 a:621 [U] 14.82
p:65 [ALA] a:614 [G] 4.26 a:620 [C] 14.82
p:69 [ARG] a:623 [G] 2.97 a:611 [C] sugar:SC 31.5
p:69 [ARG] a:624 [G] 4.39 a:610 [C] 31.5
p:78 [TRP] a:224 [A] 4.19 86.09
p:78 [TRP] a:225 [U] 4.22 a:129 [U] 86.09
p:80 [SER] a:133 [U] 3.57 a:222 [A] sugar:BB 56.4
p:81 [GLN] a:132 [C] 4.74 a:223 [G] 43.68
p:81 [GLN] a:133 [U] 4.98 a:222 [A] 43.68
p:81 [GLN] a:223 [G] 3.36 a:132 [C] base:BB 43.68
p:81 [GLN] a:224 [A] 3.69 43.68
p:82 [GLY] a:132 [C] 2.59 a:223 [G] sugar:BB 99.0
p:82 [GLY] a:133 [U] 3.42 a:222 [A] 99.0
p:82 [GLY] a:223 [G] 4.37 a:132 [C] 99.0
p:83 [ALA] a:132 [C] 4.75 a:223 [G] 98.55
p:84 [GLN] a:132 [C] 2.97 a:223 [G] sugar:SC 66.99
p:84 [GLN] a:133 [U] 4.08 a:222 [A] 66.99
p:86 [SER] a:372 [G] 2.96 a:383 [U] 90.06
p:88 [ARG] a:370 [A] 3.45 70.2
p:88 [ARG] a:371 [U] 2.72 a:385 [A] 70.2
p:88 [ARG] a:372 [G] 4.66 a:383 [U] 70.2
p:88 [ARG] a:446 [G] 4.55 a:480 [C] 70.2
p:88 [ARG] a:447 [A] 2.85 70.2
p:88 [ARG] a:448 [G] 3.44 a:477 [G] 70.2
p:89 [VAL] a:372 [G] 4.64 a:383 [U] 86.2
p:91 [SER] a:448 [G] 2.68 a:477 [G] sugar:SC 45.04
p:91 [SER] a:449 [G] 3.9 a:476 [U] 45.04
p:95 [GLN] a:448 [G] 3.68 a:477 [G] 51.81
p:95 [GLN] a:449 [G] 4.3 a:476 [U] 51.81
p:98 [LYS] a:471 [G] 4.31 a:453 [C] 28.58

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group64 7RYG_p_a p: 30s ribosomal protein s16, Acinetobacter baumannii ab0057 (natural) a: 16s ribosomal RNA, Acinetobacter baumannii ab0057 (natural) A0A1V3DIZ9 Ribosomal protein S16 Bacterial small subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 3

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
7K00_P_A 7RYG_p_a 0.52 0.93 3.48 0.49 Ribosomal protein S16 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1p_1a 7RYG_p_a 0.43 0.91 3.63 0.31 Ribosomal protein S16 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_p_a 7RYG_p_a 0.65 0.96 2.37 0.47 Ribosomal protein S16 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare