RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group66 > 4ZLD_A_B vs 5F5H_A_C

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4ZLD_A
4ZLD_B
5F5H_A
5F5H_C
Conserved?
A:259 [GLU] B:8 [U] A:262 [GLU] C:9 [G] ✔
A:260 [ASP] B:8 [U] A:263 [ASP] C:9 [G] ✔
A:237 [THR] B:4 [C] A:240 [THR] C:5 [C] ✔
A:237 [THR] B:5 [U] A:240 [THR] C:6 [A] ✔
A:248 [ARG] B:10 [U] A:251 [ARG] C:14 [A] ✔
A:248 [ARG] B:11 [G] A:251 [ARG] C:15 [G] ✔
A:190 [GLN] B:3 [A] A:193 [GLN] C:4 [A] ✔
A:185 [ARG] B:2 [A] A:188 [ARG] C:3 [C] ✔
A:185 [ARG] B:3 [A] A:188 [ARG] C:4 [A] ✔
A:188 [GLY] B:11 [G] A:191 [GLY] C:15 [G] ✔
A:187 [ARG] B:11 [G] A:190 [ARG] C:15 [G] ✔
A:235 [SER] B:4 [C] A:238 [SER] C:5 [C] ✔
A:235 [SER] B:5 [U] A:238 [SER] C:6 [A] ✔
A:233 [GLN] B:4 [C] A:236 [GLN] C:5 [C] ✔
A:244 [GLN] B:9 [G] A:247 [GLN] C:10 [U] ✔
A:244 [GLN] B:10 [U] A:247 [GLN] C:14 [A] ✔
A:261 [SER] B:8 [U] A:264 [SER] C:9 [G] ✔
A:247 [TYR] B:9 [G] A:250 [TYR] C:10 [U] ✔
A:238 [SER] B:4 [C] A:241 [SER] C:5 [C] ✔
A:236 [LYS] B:5 [U] A:239 [LYS] C:6 [A] ✔
A:236 [LYS] B:6 [U] A:239 [LYS] C:7 [C] ✔
A:262 [SER] B:9 [G] A:265 [SER] C:10 [U] ✔
A:216 [ARG] B:8 [U] A:219 [ARG] C:9 [G] ✔
A:216 [ARG] B:9 [G] A:219 [ARG] C:10 [U] ✔
A:217 [LYS] B:7 [C] A:220 [LYS] C:8 [C] ❌ 5F5H_A_C
A:217 [LYS] B:8 [U] A:220 [LYS] C:9 [G] ❌ 5F5H_A_C
A:235 [SER] B:3 [A] A:238 [SER] C:4 [A] ❌ 5F5H_A_C
A:244 [GLN] B:11 [G] A:247 [GLN] C:15 [G] ❌ 5F5H_A_C
A:261 [SER] B:7 [C] A:264 [SER] C:8 [C] ❌ 5F5H_A_C
A:247 [TYR] B:8 [U] A:250 [TYR] C:9 [G] ❌ 5F5H_A_C
A:247 [TYR] B:10 [U] A:250 [TYR] C:14 [A] ❌ 5F5H_A_C
A:254 [VAL] B:9 [G] A:257 [VAL] C:10 [U] ❌ 5F5H_A_C
A:250 [SER] B:10 [U] A:253 [SER] C:14 [A] ❌ 5F5H_A_C
A:262 [SER] B:8 [U] A:265 [SER] C:9 [G] ❌ 5F5H_A_C
A:186 [ALA] B:11 [G] A:189 [ALA] C:15 [G] ❌ 4ZLD_A_B
A:216 [ARG] B:7 [C] A:219 [ARG] C:8 [C] ❌ 4ZLD_A_B
A:217 [LYS] B:6 [U] A:220 [LYS] C:7 [C] ❌ 4ZLD_A_B
A:244 [GLN] B:8 [U] A:247 [GLN] C:9 [G] ❌ 4ZLD_A_B
A:186 [ALA] B:12 [A] A:189 [ALA] C:16 [G] ❌ 5F5H_C:16 no longer at interface
A:240 [GLY] B:9 [G] A:243 [GLY] C:10 [U] ❌ 5F5H_A:243 no longer at interface
A:234 [ALA] B:4 [C] A:237 [ALA] C:5 [C] ❌ 5F5H_A:237 no longer at interface
A:257 [ARG] B:8 [U] A:260 [ARG] C:9 [G] ❌ 5F5H_A:260 no longer at interface
A:256 [LYS] B:9 [G] A:259 [LYS] C:10 [U] ❌ 4ZLD_A:256 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
winged 0.94 0.59 0.33 0.98 0.37 0.78 0.83 0.71 0.33 0.33 0.26


Other pairs involving 4ZLD_A_B or 5F5H_A_C

Total number of entries: 5

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
5F5H_A_C 6TQB_A_B 0.76 0.94 0.38 0.18 winged compare
5F5H_A_C 6TQA_A_E 0.76 0.94 0.54 0.18 winged compare
4ZLD_A_B 6TQA_A_E 0.81 0.98 0.67 0.45 winged compare
4ZLD_A_B 6TQB_A_B 0.76 0.98 0.47 0.64 winged compare
4ZLD_A_B 5F5H_A_C 0.71 0.94 0.59 0.33 winged compare