RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group67 > 5W3V_A_E,F vs 5Z98_A_C,D

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

5W3V_A
5W3V_E,F
5Z98_A
5Z98_C,D
Conserved?
A:82 [TRP] E:2 [A] A:82 [TRP] C:2 [U] ✔
A:23 [TYR] E:1 [A] A:23 [TYR] C:1 [C] ✔
A:176 [ARG] F:19 [G] A:176 [ARG] D:19 [C] ✔
A:24 [TYR] E:1 [A] A:24 [TYR] C:1 [C] ✔
A:24 [TYR] E:2 [A] A:24 [TYR] C:2 [U] ✔
A:172 [ALA] F:17 [G] A:172 [ALA] D:17 [G] ✔
A:172 [ALA] F:18 [G] A:172 [ALA] D:18 [G] ✔
A:16 [LYS] F:15 [C] A:16 [ARG] D:15 [C] ✔
A:112 [TYR] E:2 [A] A:112 [TYR] C:2 [U] ✔
A:19 [VAL] E:1 [A] A:19 [LEU] C:1 [C] ✔
A:19 [VAL] E:2 [A] A:19 [LEU] C:2 [U] ✔
A:19 [VAL] F:14 [C] A:19 [LEU] D:14 [C] ✔
A:25 [PRO] E:1 [A] A:25 [PRO] C:1 [C] ✔
A:25 [PRO] E:2 [A] A:25 [PRO] C:2 [U] ✔
A:21 [LYS] F:13 [C] A:21 [ARG] D:13 [A] ✔
A:113 [TYR] E:2 [A] A:113 [TYR] C:2 [U] ✔
A:179 [ARG] F:18 [G] A:179 [ARG] D:18 [G] ✔
A:179 [ARG] F:19 [G] A:179 [ARG] D:19 [C] ✔
A:168 [LYS] F:16 [C] A:168 [LYS] D:16 [C] ✔
A:115 [TRP] E:2 [A] A:115 [TRP] C:2 [U] ✔
A:115 [TRP] E:3 [C] A:115 [TRP] C:3 [G] ✔
A:115 [TRP] F:19 [G] A:115 [TRP] D:19 [C] ✔
A:111 [LEU] E:2 [A] A:111 [LEU] C:2 [U] ✔
A:20 [ASN] F:14 [C] A:20 [ARG] D:14 [C] ✔
A:20 [ASN] F:15 [C] A:20 [ARG] D:15 [C] ✔
A:26 [ARG] E:2 [A] A:26 [ARG] C:2 [U] ✔
A:18 [ARG] F:15 [C] A:18 [ARG] D:15 [C] ✔
A:17 [ARG] E:2 [A] A:17 [ARG] C:2 [U] ✔
A:17 [ARG] F:19 [G] A:17 [ARG] D:19 [C] ✔
A:175 [ARG] F:17 [G] A:175 [ARG] D:17 [G] ✔
A:175 [ARG] F:18 [G] A:175 [ARG] D:18 [G] ✔
A:114 [HIS] E:2 [A] A:114 [HIS] C:2 [U] ✔
A:114 [HIS] F:19 [G] A:114 [HIS] D:19 [C] ✔
A:23 [TYR] F:13 [C] A:23 [TYR] D:13 [A] ❌ 5Z98_A_C,D
A:23 [TYR] F:14 [C] A:23 [TYR] D:14 [C] ❌ 5Z98_A_C,D
A:21 [LYS] F:14 [C] A:21 [ARG] D:14 [C] ❌ 5Z98_A_C,D
A:113 [TYR] E:3 [C] A:113 [TYR] C:3 [G] ❌ 5Z98_A_C,D
A:18 [ARG] E:1 [A] A:18 [ARG] C:1 [C] ❌ 5Z98_A_C,D
A:18 [ARG] E:3 [C] A:18 [ARG] C:3 [G] ❌ 5Z98_A_C,D
A:18 [ARG] F:14 [C] A:18 [ARG] D:14 [C] ❌ 5Z98_A_C,D
A:17 [ARG] E:3 [C] A:17 [ARG] C:3 [G] ❌ 5Z98_A_C,D
A:17 [ARG] F:18 [G] A:17 [ARG] D:18 [G] ❌ 5Z98_A_C,D
A:114 [HIS] E:3 [C] A:114 [HIS] C:3 [G] ❌ 5W3V_A_E,F
A:16 [LYS] F:14 [C] A:16 [ARG] D:14 [C] ❌ 5W3V_A_E,F
A:18 [ARG] F:16 [C] A:18 [ARG] D:16 [C] ❌ 5W3V_A_E,F
A:26 [ARG] E:1 [A] A:26 [ARG] C:1 [C] ❌ 5W3V_A_E,F
A:23 [TYR] F:12 [A] A:23 [TYR] D:12 [U] ❌ 5Z98_D:2 no longer at interface
A:21 [LYS] F:12 [A] A:21 [ARG] D:12 [U] ❌ 5Z98_D:2 no longer at interface
A:17 [ARG] E:4 [C] A:17 [ARG] C:4 [C] ❌ 5Z98_C:4 no longer at interface
A:169 [ASN] F:16 [C] A:169 [ASN] D:16 [C] ❌ 5Z98_A:169 no longer at interface
A:51 [LYS] E:1 [A] A:51 [LYS] C:1 [C] ❌ 5Z98_A:51 no longer at interface
A:51 [LYS] E:2 [A] A:51 [LYS] C:2 [U] ❌ 5Z98_A:51 no longer at interface
A:110 [ARG] E:2 [A] A:110 [ARG] C:2 [U] ❌ 5W3V_A:110 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Cytidine deaminase-like 0.94 0.89 0.45 0.96 0.43 0.92 0.91 0.84 0.92 0.47 0.35


Other pairs involving 5W3V_A_E,F or 5Z98_A_C,D

Total number of entries: 3

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
5W3V_A_E,F 5Z98_A_C,D 0.84 0.94 0.89 0.45 Cytidine deaminase-like compare
5W3V_A_E,F 5Z98_B_C,D 0.66 0.9 1.03 0.36 Cytidine deaminase-like compare
5W3V_B_E,F 5Z98_A_C,D 0.62 0.91 0.91 0.36 Cytidine deaminase-like compare