Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 1RPU_A
|
1RPU_C,D
|
4KQ0_A
|
4KQ0_B,E
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| A:126 [GLY] | D:33 [C] | A:104 [GLY] | E:31 [C] | ✔ |
| A:126 [GLY] | D:34 [G] | A:104 [GLY] | E:32 [G] | ✔ |
| A:110 [CYS] | D:33 [C] | A:88 [CYS] | E:31 [C] | ✔ |
| A:107 [GLN] | D:34 [G] | A:85 [GLN] | E:32 [G] | ✔ |
| A:107 [GLN] | D:35 [C] | A:85 [GLN] | E:33 [G] | ✔ |
| A:109 [GLY] | D:33 [C] | A:87 [GLY] | E:31 [C] | ✔ |
| A:109 [GLY] | D:34 [G] | A:87 [GLY] | E:32 [G] | ✔ |
| A:125 [GLY] | D:33 [C] | A:103 [GLY] | E:31 [C] | ✔ |
| A:125 [GLY] | D:34 [G] | A:103 [GLY] | E:32 [G] | ✔ |
| A:60 [LYS] | D:23 [G] | A:38 [LYS] | E:21 [G] | ✔ |
| A:39 [TRP] | C:19 [G] | A:17 [TRP] | B:19 [C] | ✔ |
| A:39 [TRP] | D:22 [C] | A:17 [TRP] | E:20 [G] | ✔ |
| A:37 [PRO] | D:22 [C] | A:15 [PRO] | E:20 [G] | ✔ |
| A:67 [LYS] | C:8 [G] | A:45 [LYS] | B:8 [G] | ✔ |
| A:67 [LYS] | C:9 [U] | A:45 [LYS] | B:9 [C] | ✔ |
| A:124 [SER] | D:32 [A] | A:102 [SER] | E:30 [G] | ✔ |
| A:124 [SER] | D:33 [C] | A:102 [SER] | E:31 [C] | ✔ |
| A:115 [ARG] | C:12 [C] | A:93 [ARG] | B:12 [C] | ✔ |
| A:115 [ARG] | C:13 [G] | A:93 [ARG] | B:13 [G] | ✔ |
| A:108 [VAL] | D:34 [G] | A:86 [ILE] | E:32 [G] | ✔ |
| A:36 [SER] | D:22 [C] | A:14 [SER] | E:20 [G] | ✔ |
| A:36 [SER] | D:23 [G] | A:14 [SER] | E:21 [G] | ✔ |
| A:66 [GLY] | C:9 [U] | A:44 [GLY] | B:9 [C] | ✔ |
| A:111 [THR] | C:10 [C] | A:89 [THR] | B:10 [G] | ✔ |
| A:118 [GLY] | C:13 [G] | A:96 [GLY] | B:13 [G] | ✔ |
| A:122 [THR] | C:10 [C] | A:100 [THR] | B:10 [G] | ✔ |
| A:122 [THR] | C:11 [A] | A:100 [THR] | B:11 [G] | ✔ |
| A:62 [SER] | C:11 [A] | A:40 [SER] | B:11 [G] | ✔ |
| A:120 [SER] | C:11 [A] | A:98 [SER] | B:11 [G] | ✔ |
| A:120 [SER] | C:12 [C] | A:98 [SER] | B:12 [C] | ✔ |
| A:38 [SER] | D:22 [C] | A:16 [SER] | E:20 [G] | ✔ |
| A:69 [VAL] | C:10 [C] | A:47 [VAL] | B:10 [G] | ✔ |
| A:113 [SER] | C:11 [A] | A:91 [SER] | B:11 [G] | ✔ |
| A:42 [TRP] | D:22 [C] | A:20 [TRP] | E:20 [G] | ✔ |
| A:73 [TYR] | D:22 [C] | A:51 [TYR] | E:20 [G] | ✔ |
| A:60 [LYS] | D:24 [U] | A:38 [LYS] | E:22 [C] | ❌ 4KQ0_A_B,E |
| A:118 [GLY] | C:12 [C] | A:96 [GLY] | B:12 [C] | ❌ 4KQ0_A_B,E |
| A:71 [LYS] | C:11 [A] | A:49 [LYS] | B:11 [G] | ❌ 4KQ0_A_B,E |
| A:62 [SER] | C:10 [C] | A:40 [SER] | B:10 [G] | ❌ 4KQ0_A_B,E |
| A:69 [VAL] | C:9 [U] | A:47 [VAL] | B:9 [C] | ❌ 4KQ0_A_B,E |
| A:60 [LYS] | D:22 [C] | A:38 [LYS] | E:20 [G] | ❌ 1RPU_A_C,D |
| A:67 [LYS] | C:10 [C] | A:45 [LYS] | B:10 [G] | ❌ 1RPU_A_C,D |
| A:71 [LYS] | D:24 [U] | A:49 [LYS] | E:22 [C] | ❌ 1RPU_A_C,D |
| A:111 [THR] | D:33 [C] | A:89 [THR] | E:31 [C] | ❌ 1RPU_A_C,D |
| A:113 [SER] | C:10 [C] | A:91 [SER] | B:10 [G] | ❌ 1RPU_A_C,D |
| A:106 [ASN] | D:36 [G] | A:84 [ASP] | E:34 [C] | ❌ 1RPU_A:106, 1RPU_D:36 no longer at interface |
| A:128 [ARG] | D:35 [C] | A:106 [ARG] | E:33 [G] | ❌ 1RPU_A:128 no longer at interface |
| A:56 [PRO] | D:22 [C] | A:34 [PRO] | E:20 [G] | ❌ 1RPU_A:56 no longer at interface |
| A:57 [LEU] | D:22 [C] | A:35 [LEU] | E:20 [G] | ❌ 1RPU_A:57 no longer at interface |
| A:58 [GLY] | D:22 [C] | A:36 [GLY] | E:20 [G] | ❌ 1RPU_A:58 no longer at interface |
| A:106 [ASN] | D:35 [C] | A:84 [ASP] | E:33 [G] | ❌ 1RPU_A:106 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Tombusvirus P19 core protein, VP19 | 0.94 | 0.52 | 0.40 | 0.94 | 0.7 | 0.83 | 0.93 | 0.93 | 0.91 | 0.60 | 0.38 |
Other pairs involving 1RPU_A_C,D or 4KQ0_A_B,E
Total number of entries: 7
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1RPU_A_C,D | 4KQ0_A_B,E | 0.93 | 0.94 | 0.52 | 0.4 | Tombusvirus P19 core protein, VP19 | compare | |
| 1RPU_A_C,D | 6BJV_A_C,D | 0.86 | 0.94 | 0.51 | 0.67 | Tombusvirus P19 core protein, VP19 | compare | |
| 1RPU_A_C,D | 4JNX_A_B,G | 0.90 | 0.93 | 0.51 | 0.36 | Tombusvirus P19 core protein, VP19 | compare | |
| 1RPU_A_C,D | 6BJG_A_C,D | 0.95 | 0.93 | 0.57 | 0.69 | Tombusvirus P19 core protein, VP19 | compare | |
| 4JNX_A_B,G | 4KQ0_A_B,E | 0.96 | 0.98 | 0.28 | 0.36 | Tombusvirus P19 core protein, VP19 | compare | |
| 4KQ0_A_B,E | 6BJV_A_C,D | 0.93 | 0.97 | 0.5 | 0.2 | Tombusvirus P19 core protein, VP19 | compare | |
| 4KQ0_A_B,E | 6BJG_A_C,D | 0.95 | 0.95 | 0.46 | 0.2 | Tombusvirus P19 core protein, VP19 | compare |