RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group69 > 4JNX_A_B,G vs 6BJG_A_C,D

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4JNX_A
4JNX_B,G
6BJG_A
6BJG_C,D
Conserved?
A:98 [SER] B:411 [C] A:120 [SER] C:11 [C] ✔
A:98 [SER] B:412 [U] A:120 [SER] C:12 [C] ✔
A:45 [LYS] B:408 [C] A:67 [LYS] C:8 [A] ✔
A:45 [LYS] B:409 [U] A:67 [LYS] C:9 [U] ✔
A:86 [ILE] G:833 [G] A:108 [VAL] D:34 [A] ✔
A:17 [TRP] B:419 [G] A:39 [TRP] C:19 [G] ✔
A:17 [TRP] B:420 [C] A:39 [TRP] C:20 [U] ✔
A:17 [TRP] G:821 [G] A:39 [TRP] D:22 [C] ✔
A:91 [SER] B:411 [C] A:113 [SER] C:11 [C] ✔
A:88 [CYS] G:832 [U] A:110 [CYS] D:33 [U] ✔
A:102 [SER] G:831 [C] A:124 [SER] D:32 [A] ✔
A:102 [SER] G:832 [U] A:124 [SER] D:33 [U] ✔
A:14 [SER] G:821 [G] A:36 [SER] D:22 [C] ✔
A:14 [SER] G:822 [C] A:36 [SER] D:23 [G] ✔
A:51 [TYR] G:821 [G] A:73 [TYR] D:22 [C] ✔
A:15 [PRO] G:821 [G] A:37 [PRO] D:22 [C] ✔
A:44 [GLY] B:409 [U] A:66 [GLY] C:9 [U] ✔
A:20 [TRP] G:821 [G] A:42 [TRP] D:22 [C] ✔
A:96 [GLY] B:413 [G] A:118 [GLY] C:13 [G] ✔
A:93 [ARG] B:412 [U] A:115 [ARG] C:12 [C] ✔
A:93 [ARG] B:413 [G] A:115 [ARG] C:13 [G] ✔
A:47 [VAL] B:409 [U] A:69 [VAL] C:9 [U] ✔
A:47 [VAL] B:410 [G] A:69 [VAL] C:10 [U] ✔
A:103 [GLY] G:832 [U] A:125 [GLY] D:33 [U] ✔
A:103 [GLY] G:833 [G] A:125 [GLY] D:34 [A] ✔
A:87 [GLY] G:832 [U] A:109 [GLY] D:33 [U] ✔
A:87 [GLY] G:833 [G] A:109 [GLY] D:34 [A] ✔
A:85 [GLN] G:833 [G] A:107 [GLN] D:34 [A] ✔
A:85 [GLN] G:834 [C] A:107 [GLN] D:35 [C] ✔
A:100 [THR] B:411 [C] A:122 [THR] C:11 [C] ✔
A:38 [LYS] G:821 [G] A:60 [LYS] D:22 [C] ✔
A:38 [LYS] G:822 [C] A:60 [LYS] D:23 [G] ✔
A:49 [LYS] B:411 [C] A:71 [LYS] C:11 [C] ✔
A:89 [THR] B:409 [U] A:111 [HIS] C:9 [U] ✔
A:89 [THR] B:410 [G] A:111 [HIS] C:10 [U] ✔
A:16 [SER] G:821 [G] A:38 [SER] D:22 [C] ✔
A:104 [GLY] G:832 [U] A:126 [GLY] D:33 [U] ✔
A:104 [GLY] G:833 [G] A:126 [GLY] D:34 [A] ✔
A:51 [TYR] G:822 [C] A:73 [TYR] D:23 [G] ❌ 6BJG_A_C,D
A:89 [THR] G:832 [U] A:111 [HIS] D:33 [U] ❌ 6BJG_A_C,D
A:91 [SER] B:410 [G] A:113 [SER] C:10 [U] ❌ 4JNX_A_B,G
A:93 [ARG] G:821 [G] A:115 [ARG] D:22 [C] ❌ 4JNX_A_B,G
A:100 [THR] B:410 [G] A:122 [THR] C:10 [U] ❌ 4JNX_A_B,G
A:106 [ARG] G:834 [C] A:128 [ARG] D:35 [C] ❌ 6BJG_A:128 no longer at interface
A:35 [LEU] G:821 [G] A:57 [LEU] D:22 [C] ❌ 6BJG_A:57 no longer at interface
A:34 [PRO] G:821 [G] A:56 [PRO] D:22 [C] ❌ 6BJG_A:56 no longer at interface
A:36 [GLY] G:821 [G] A:58 [GLY] D:22 [C] ❌ 6BJG_A:58 no longer at interface
A:46 [VAL] B:409 [U] A:68 [VAL] C:9 [U] ❌ 6BJG_A:68 no longer at interface
A:18 [THR] B:420 [C] A:40 [THR] C:20 [U] ❌ 4JNX_A:18 no longer at interface
A:40 [SER] B:410 [G] A:62 [SER] C:10 [U] ❌ 4JNX_A:40 no longer at interface
A:40 [SER] B:411 [C] A:62 [SER] C:11 [C] ❌ 4JNX_A:40 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Tombusvirus P19 core protein, VP19 0.94 0.5 0.43 0.94 0.71 0.83 1.0 0.95 0.78 0.38 0.62


Other pairs involving 4JNX_A_B,G or 6BJG_A_C,D

Total number of entries: 7

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6BJG_A_C,D 6BJV_A_C,D 0.98 0.97 0.24 0.9 Tombusvirus P19 core protein, VP19 compare
1RPU_A_C,D 4JNX_A_B,G 0.90 0.93 0.51 0.36 Tombusvirus P19 core protein, VP19 compare
1RPU_A_C,D 6BJG_A_C,D 0.95 0.93 0.57 0.69 Tombusvirus P19 core protein, VP19 compare
4JNX_A_B,G 6BJV_A_C,D 0.93 0.96 0.51 0.43 Tombusvirus P19 core protein, VP19 compare
4JNX_A_B,G 6BJG_A_C,D 0.95 0.94 0.5 0.43 Tombusvirus P19 core protein, VP19 compare
4JNX_A_B,G 4KQ0_A_B,E 0.96 0.98 0.28 0.36 Tombusvirus P19 core protein, VP19 compare
4KQ0_A_B,E 6BJG_A_C,D 0.95 0.95 0.46 0.2 Tombusvirus P19 core protein, VP19 compare