RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group70 > 6AZ3_p_2 vs 7O7Y_Bo_B5

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

6AZ3_p
6AZ3_2
7O7Y_Bo
7O7Y_B5
Conserved?
p:20 [HIS] 2:1141 [U] Bo:18 [HIS] B5:4036 [U] ✔
p:20 [HIS] 2:1142 [G] Bo:18 [HIS] B5:4037 [G] ✔
p:20 [HIS] 2:1170 [C] Bo:18 [HIS] B5:4064 [C] ✔
p:20 [HIS] 2:1171 [U] Bo:18 [HIS] B5:4065 [C] ✔
p:56 [PRO] 2:1241 [A] Bo:54 [PRO] B5:4125 [A] ✔
p:30 [ALA] 2:1195 [U] Bo:28 [LYS] B5:4090 [U] ✔
p:60 [LYS] 2:1234 [U] Bo:58 [LYS] B5:4118 [U] ✔
p:60 [LYS] 2:1236 [U] Bo:58 [LYS] B5:4120 [U] ✔
p:60 [LYS] 2:1242 [U] Bo:58 [LYS] B5:4126 [A] ✔
p:41 [ARG] 2:1224 [A] Bo:39 [ARG] B5:4108 [A] ✔
p:33 [ALA] 2:1194 [U] Bo:31 [ASP] B5:4089 [U] ✔
p:33 [ALA] 2:1195 [U] Bo:31 [ASP] B5:4090 [U] ✔
p:32 [LYS] 2:1195 [U] Bo:30 [LYS] B5:4090 [U] ✔
p:2 [VAL] 2:1082 [C] Bo:2 [VAL] B5:3977 [C] ✔
p:2 [VAL] 2:1083 [U] Bo:2 [VAL] B5:3978 [U] ✔
p:5 [PRO] 2:1083 [U] Bo:5 [PRO] B5:3978 [U] ✔
p:19 [ALA] 2:1170 [C] Bo:17 [LYS] B5:4064 [C] ✔
p:19 [ALA] 2:1171 [U] Bo:17 [LYS] B5:4065 [C] ✔
p:61 [LYS] 2:1234 [U] Bo:59 [LYS] B5:4118 [U] ✔
p:10 [MET] 2:1142 [G] Bo:10 [THR] B5:4037 [G] ✔
p:10 [MET] 2:1144 [U] Bo:10 [THR] B5:4039 [PSU] ✔
p:83 [VAL] 2:1144 [U] Bo:83 [LEU] B5:4039 [PSU] ✔
p:83 [VAL] 2:1145 [U] Bo:83 [LEU] B5:4040 [C] ✔
p:67 [LYS] 2:1189 [G] Bo:65 [LYS] B5:4084 [G] ✔
p:67 [LYS] 2:1231 [A] Bo:65 [LYS] B5:4115 [A] ✔
p:67 [LYS] 2:1232 [OMG] Bo:65 [LYS] B5:4116 [OMG] ✔
p:63 [LYS] 2:1188 [C] Bo:61 [LYS] B5:4083 [C] ✔
p:63 [LYS] 2:1189 [G] Bo:61 [LYS] B5:4084 [G] ✔
p:63 [LYS] 2:1233 [G] Bo:61 [LYS] B5:4117 [G] ✔
p:63 [LYS] 2:1234 [U] Bo:61 [LYS] B5:4118 [U] ✔
p:63 [LYS] 2:1235 [G] Bo:61 [LYS] B5:4119 [G] ✔
p:90 [HIS] 2:1081 [C] Bo:90 [HIS] B5:3976 [C] ✔
p:84 [VAL] 2:1230 [OMG] Bo:84 [ALA] B5:4114 [G] ✔
p:84 [VAL] 2:1231 [A] Bo:84 [ALA] B5:4115 [A] ✔
p:80 [ILE] 2:1197 [G] Bo:80 [LYS] B5:4092 [U] ✔
p:80 [ILE] 2:1198 [C] Bo:80 [LYS] B5:4093 [G] ✔
p:53 [GLN] 2:667 [OMU] Bo:51 [GLN] B5:3657 [OMU] ✔
p:53 [GLN] 2:668 [C] Bo:51 [GLN] B5:3658 [C] ✔
p:53 [GLN] 2:1241 [A] Bo:51 [GLN] B5:4125 [A] ✔
p:37 [ALA] 2:1194 [U] Bo:35 [ALA] B5:4089 [U] ✔
p:37 [ALA] 2:1195 [U] Bo:35 [ALA] B5:4090 [U] ✔
p:37 [ALA] 2:1224 [A] Bo:35 [ALA] B5:4108 [A] ✔
p:37 [ALA] 2:1225 [U] Bo:35 [ALA] B5:4109 [A] ✔
p:35 [LEU] 2:472 [U] Bo:33 [LEU] B5:3462 [PSU] ✔
p:51 [GLY] 2:667 [OMU] Bo:49 [GLY] B5:3657 [OMU] ✔
p:8 [LYS] 2:1083 [U] Bo:8 [ARG] B5:3978 [U] ✔
p:8 [LYS] 2:1141 [U] Bo:8 [ARG] B5:4036 [U] ✔
p:8 [LYS] 2:1143 [A] Bo:8 [ARG] B5:4038 [A] ✔
p:86 [LYS] 2:1081 [C] Bo:86 [LYS] B5:3976 [C] ✔
p:86 [LYS] 2:1082 [C] Bo:86 [LYS] B5:3977 [C] ✔
p:86 [LYS] 2:1182 [G] Bo:86 [LYS] B5:4076 [G] ✔
p:86 [LYS] 2:1183 [G] Bo:86 [LYS] B5:4077 [G] ✔
p:86 [LYS] 2:1188 [C] Bo:86 [LYS] B5:4083 [C] ✔
p:81 [ARG] 2:1144 [U] Bo:81 [ARG] B5:4039 [PSU] ✔
p:81 [ARG] 2:1145 [U] Bo:81 [ARG] B5:4040 [C] ✔
p:81 [ARG] 2:1197 [G] Bo:81 [ARG] B5:4092 [U] ✔
p:59 [HIS] 2:666 [C] Bo:57 [ARG] B5:3656 [C] ✔
p:59 [HIS] 2:667 [OMU] Bo:57 [ARG] B5:3657 [OMU] ✔
p:59 [HIS] 2:1241 [A] Bo:57 [ARG] B5:4125 [A] ✔
p:59 [HIS] 2:1242 [U] Bo:57 [ARG] B5:4126 [A] ✔
p:34 [ARG] 2:1194 [U] Bo:32 [SER] B5:4089 [U] ✔
p:34 [ARG] 2:1195 [U] Bo:32 [SER] B5:4090 [U] ✔
p:34 [ARG] 2:1224 [A] Bo:32 [SER] B5:4108 [A] ✔
p:82 [GLN] 2:1196 [U] Bo:82 [MET] B5:4091 [C] ✔
p:82 [GLN] 2:1197 [G] Bo:82 [MET] B5:4092 [U] ✔
p:82 [GLN] 2:1229 [A] Bo:82 [MET] B5:4113 [G] ✔
p:82 [GLN] 2:1230 [OMG] Bo:82 [MET] B5:4114 [G] ✔
p:52 [GLY] 2:667 [OMU] Bo:50 [GLY] B5:3657 [OMU] ✔
p:52 [GLY] 2:668 [C] Bo:50 [GLY] B5:3658 [C] ✔
p:85 [LEU] 2:1143 [A] Bo:85 [ILE] B5:4038 [A] ✔
p:3 [ASN] 2:1083 [U] Bo:3 [ASN] B5:3978 [U] ✔
p:87 [ARG] 2:1080 [U] Bo:87 [ARG] B5:3975 [U] ✔
p:87 [ARG] 2:1081 [C] Bo:87 [ARG] B5:3976 [C] ✔
p:87 [ARG] 2:1188 [C] Bo:87 [ARG] B5:4083 [C] ✔
p:87 [ARG] 2:1189 [G] Bo:87 [ARG] B5:4084 [G] ✔
p:87 [ARG] 2:1232 [OMG] Bo:87 [ARG] B5:4116 [OMG] ✔
p:87 [ARG] 2:1233 [G] Bo:87 [ARG] B5:4117 [G] ✔
p:55 [LYS] 2:1241 [A] Bo:53 [MLZ] B5:4125 [A] ✔
p:31 [GLY] 2:1195 [U] Bo:29 [GLY] B5:4090 [U] ✔
p:31 [GLY] 2:1196 [U] Bo:29 [GLY] B5:4091 [C] ✔
p:9 [VAL] 2:1141 [U] Bo:9 [ARG] B5:4036 [U] ✔
p:9 [VAL] 2:1142 [G] Bo:9 [ARG] B5:4037 [G] ✔
p:66 [LYS] 2:1232 [OMG] Bo:64 [LYS] B5:4116 [OMG] ✔
p:66 [LYS] 2:1233 [G] Bo:64 [LYS] B5:4117 [G] ✔
p:78 [LYS] 2:1198 [C] Bo:78 [ARG] B5:4093 [G] ✔
p:64 [THR] 2:1079 [OMG] Bo:62 [THR] B5:3974 [OMG] ✔
p:64 [THR] 2:1080 [U] Bo:62 [THR] B5:3975 [U] ✔
p:64 [THR] 2:1235 [G] Bo:62 [THR] B5:4119 [G] ✔
p:11 [HIS] 2:1144 [U] Bo:11 [PHE] B5:4039 [PSU] ✔
p:11 [HIS] 2:1145 [U] Bo:11 [PHE] B5:4040 [C] ✔
p:11 [HIS] 2:1169 [A] Bo:11 [PHE] B5:4063 [A] ✔
p:11 [HIS] 2:1170 [C] Bo:11 [PHE] B5:4064 [C] ✔
p:97 [LYS] 2:1083 [U] Bo:97 [LYS] B5:3978 [U] ✔
p:97 [LYS] 2:1084 [A] Bo:97 [LYS] B5:3979 [A] ✔
p:39 [GLY] 2:1193 [C] Bo:37 [GLY] B5:4088 [C] ✔
p:39 [GLY] 2:1194 [U] Bo:37 [GLY] B5:4089 [U] ✔
p:39 [GLY] 2:1225 [U] Bo:37 [GLY] B5:4109 [A] ✔
p:36 [PHE] 2:471 [U] Bo:34 [TYR] B5:3461 [U] ✔
p:36 [PHE] 2:472 [U] Bo:34 [TYR] B5:3462 [PSU] ✔
p:36 [PHE] 2:1224 [A] Bo:34 [TYR] B5:4108 [A] ✔
p:36 [PHE] 2:1225 [U] Bo:34 [TYR] B5:4109 [A] ✔
p:50 [TYR] 2:668 [C] Bo:48 [TYR] B5:3658 [C] ✔
p:50 [TYR] 2:669 [C] Bo:48 [TYR] B5:3659 [U] ✔
p:50 [TYR] 2:670 [A] Bo:48 [TYR] B5:3660 [A] ✔
p:65 [THR] 2:1080 [U] Bo:63 [THR] B5:3975 [U] ✔
p:4 [TYR] 2:1083 [U] Bo:4 [VAL] B5:3978 [U] ✔
p:28 [TYR] 2:1195 [U] Bo:26 [TYR] B5:4090 [U] ✔
p:28 [TYR] 2:1196 [U] Bo:26 [TYR] B5:4091 [C] ✔
p:28 [TYR] 2:1230 [OMG] Bo:26 [TYR] B5:4114 [G] ✔
p:28 [TYR] 2:1231 [A] Bo:26 [TYR] B5:4115 [A] ✔
p:38 [ARG] 2:1194 [U] Bo:36 [GLN] B5:4089 [U] ✔
p:38 [ARG] 2:1224 [A] Bo:36 [GLN] B5:4108 [A] ✔
p:38 [ARG] 2:1225 [U] Bo:36 [GLN] B5:4109 [A] ✔
p:18 [ASN] 2:1170 [C] Bo:16 [GLY] B5:4064 [C] ✔
p:79 [SER] 2:1198 [C] Bo:79 [SER] B5:4093 [G] ✔
p:57 [VAL] 2:667 [OMU] Bo:55 [ILE] B5:3657 [OMU] ✔
p:57 [VAL] 2:1241 [A] Bo:55 [ILE] B5:4125 [A] ✔
p:69 [VAL] 2:1230 [OMG] Bo:67 [VAL] B5:4114 [G] ✔
p:69 [VAL] 2:1231 [A] Bo:67 [VAL] B5:4115 [A] ✔
p:89 [LYS] 2:1079 [OMG] Bo:89 [LYS] B5:3974 [OMG] ✔
p:89 [LYS] 2:1080 [U] Bo:89 [LYS] B5:3975 [U] ✔
p:89 [LYS] 2:1081 [C] Bo:89 [LYS] B5:3976 [C] ✔
p:40 [LYS] 2:1193 [C] Bo:38 [LYS] B5:4088 [C] ✔
p:40 [LYS] 2:1194 [U] Bo:38 [LYS] B5:4089 [U] ✔
p:88 [THR] 2:1081 [C] Bo:88 [CYS] B5:3976 [C] ✔
p:54 [THR] 2:1241 [A] Bo:52 [THR] B5:4125 [A] ✔
p:58 [PHE] 2:1233 [G] Bo:56 [PHE] B5:4117 [G] ✔
p:58 [PHE] 2:1234 [U] Bo:56 [PHE] B5:4118 [U] ✔
p:58 [PHE] 2:1241 [A] Bo:56 [PHE] B5:4125 [A] ✔
p:62 [ALA] 2:1233 [G] Bo:60 [ALA] B5:4117 [G] ✔
p:62 [ALA] 2:1234 [U] Bo:60 [ALA] B5:4118 [U] ✔
p:62 [ALA] 2:1235 [G] Bo:60 [ALA] B5:4119 [G] ✔
p:42 [ARG] 2:1193 [C] Bo:40 [ARG] B5:4088 [C] ✔
p:14 [ASP] 2:1199 [G] Bo:14 [LYS] B5:4094 [A] ✔
p:35 [LEU] 2:471 [U] Bo:33 [LEU] B5:3461 [U] ❌ 7O7Y_Bo_B5
p:81 [ARG] 2:1146 [A] Bo:81 [ARG] B5:4041 [U] ❌ 7O7Y_Bo_B5
p:34 [ARG] 2:1225 [U] Bo:32 [SER] B5:4109 [A] ❌ 7O7Y_Bo_B5
p:82 [GLN] 2:1145 [U] Bo:82 [MET] B5:4040 [C] ❌ 7O7Y_Bo_B5
p:97 [LYS] 2:1141 [U] Bo:97 [LYS] B5:4036 [U] ❌ 7O7Y_Bo_B5
p:18 [ASN] 2:1169 [A] Bo:16 [GLY] B5:4063 [A] ❌ 7O7Y_Bo_B5
p:88 [THR] 2:1080 [U] Bo:88 [CYS] B5:3975 [U] ❌ 7O7Y_Bo_B5
p:88 [THR] 2:1082 [C] Bo:88 [CYS] B5:3977 [C] ❌ 7O7Y_Bo_B5
p:11 [HIS] 2:1142 [G] Bo:11 [PHE] B5:4037 [G] ❌ 6AZ3_p_2
p:20 [HIS] 2:1144 [U] Bo:18 [HIS] B5:4039 [PSU] ❌ 6AZ3_p_2
p:30 [ALA] 2:1194 [U] Bo:28 [LYS] B5:4089 [U] ❌ 6AZ3_p_2
p:3 [ASN] 2:1084 [A] Bo:3 [ASN] B5:3979 [A] ❌ 6AZ3_p_2
p:41 [ARG] 2:1225 [U] Bo:39 [ARG] B5:4109 [A] ❌ 6AZ3_p_2
p:55 [LYS] 2:1193 [C] Bo:53 [MLZ] B5:4088 [C] ❌ 6AZ3_p_2
p:61 [LYS] 2:1233 [G] Bo:59 [LYS] B5:4117 [G] ❌ 6AZ3_p_2
p:63 [LYS] 2:1079 [OMG] Bo:61 [LYS] B5:3974 [OMG] ❌ 6AZ3_p_2
p:65 [THR] 2:1079 [OMG] Bo:63 [THR] B5:3974 [OMG] ❌ 6AZ3_p_2
p:65 [THR] 2:1233 [G] Bo:63 [THR] B5:4117 [G] ❌ 6AZ3_p_2
p:67 [LYS] 2:1188 [C] Bo:65 [LYS] B5:4083 [C] ❌ 6AZ3_p_2
p:83 [VAL] 2:1230 [OMG] Bo:83 [LEU] B5:4114 [G] ❌ 6AZ3_p_2
p:83 [VAL] 2:1143 [A] Bo:83 [LEU] B5:4038 [A] ❌ 6AZ3_p_2
p:9 [VAL] 2:1171 [U] Bo:9 [ARG] B5:4065 [C] ❌ 6AZ3_p_2
p:90 [HIS] 2:1082 [C] Bo:90 [HIS] B5:3977 [C] ❌ 6AZ3_p_2
p:56 [PRO] 2:1240 [A] Bo:54 [PRO] B5:4124 [A] ❌ 7O7Y_B5:4124 no longer at interface
p:97 [LYS] 2:1140 [U] Bo:97 [LYS] B5:4035 [U] ❌ 7O7Y_B5:4035 no longer at interface
p:32 [LYS] 2:473 [C] Bo:30 [LYS] B5:3463 [C] ❌ 6AZ3_2:473 no longer at interface
p:55 [LYS] 2:1192 [C] Bo:53 [MLZ] B5:4087 [C] ❌ 6AZ3_2:1192 no longer at interface
p:9 [VAL] 2:1172 [G] Bo:9 [ARG] B5:4066 [G] ❌ 6AZ3_2:1172 no longer at interface
p:47 [GLN] 2:668 [C] Bo:45 [GLN] B5:3658 [C] ❌ 7O7Y_Bo:45 no longer at interface
p:71 [LYS] 2:1196 [U] Bo:69 [ARG] B5:4091 [C] ❌ 7O7Y_Bo:69 no longer at interface
p:71 [LYS] 2:1197 [G] Bo:69 [ARG] B5:4092 [U] ❌ 7O7Y_Bo:69 no longer at interface
p:13 [GLY] 2:1145 [U] Bo:13 [LYS] B5:4040 [C] ❌ 6AZ3_p:13 no longer at interface
p:13 [GLY] 2:1146 [A] Bo:13 [LYS] B5:4041 [U] ❌ 6AZ3_p:13 no longer at interface
p:29 [LYS] 2:1195 [U] Bo:27 [LYS] B5:4090 [U] ❌ 6AZ3_p:29 no longer at interface
p:96 [LYS] 2:1084 [A] Bo:96 [ASP] B5:3979 [A] ❌ 6AZ3_p:96 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Rubredoxin-related Eukaryotic large subunit ribosomal RNA 0.91 1.03 0.58 0.92 0.9 0.95 0.94 0.92 0.86 0.42 0.34


Other pairs involving 6AZ3_p_2 or 7O7Y_Bo_B5

Total number of entries: 6

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
1VQ8_3_0 7O7Y_Bo_B5 0.67 0.94 2.37 0.21 Rubredoxin-related compare
1VQ8_3_0 6AZ3_p_2 0.68 0.82 2.31 0.21 Rubredoxin-related compare
1YHQ_3_0 7O7Y_Bo_B5 0.67 0.94 2.39 0.21 Rubredoxin-related compare
1YHQ_3_0 6AZ3_p_2 0.68 0.82 2.38 0.21 Rubredoxin-related compare
6AZ3_p_1 7O7Y_Bo_B5 0.86 0.92 0.53 0.79 Rubredoxin-related Eukaryotic large subunit ribosomal RNA compare
6AZ3_p_2 7O7Y_Bo_B5 0.92 0.91 1.03 0.58 Rubredoxin-related Eukaryotic large subunit ribosomal RNA compare