Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
1YHQ_O
|
1YHQ_0
|
6AZ3_P
|
6AZ3_1
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
O:3 [THR] | 0:655 [U] | P:22 [THR] | 1:704 [G] | ✔ |
O:3 [THR] | 0:656 [G] | P:22 [THR] | 1:705 [C] | ✔ |
O:19 [ARG] | 0:1276 [U] | P:38 [LYS] | 1:1419 [C] | ✔ |
O:19 [ARG] | 0:1277 [C] | P:38 [LYS] | 1:1441 [A] | ✔ |
O:19 [ARG] | 0:1278 [A] | P:38 [LYS] | 1:1442 [G] | ✔ |
O:50 [ARG] | 0:700 [A] | P:69 [VAL] | 1:770 [G] | ✔ |
O:50 [ARG] | 0:701 [U] | P:69 [VAL] | 1:771 [U] | ✔ |
O:114 [ILE] | 0:721 [A] | P:146 [LEU] | 1:804 [C] | ✔ |
O:44 [ASN] | 0:745 [G] | P:63 [SER] | 1:836 [G] | ✔ |
O:110 [HIS] | 0:710 [G] | P:142 [ASN] | 1:780 [C] | ✔ |
O:110 [HIS] | 0:711 [G] | P:142 [ASN] | 1:781 [A] | ✔ |
O:42 [GLU] | 0:659 [A] | P:61 [PRO] | 1:708 [A] | ✔ |
O:12 [ALA] | 0:1277 [C] | P:31 [LYS] | 1:1441 [A] | ✔ |
O:28 [ASP] | 0:708 [A] | P:47 [VAL] | 1:778 [C] | ✔ |
O:28 [ASP] | 0:709 [G] | P:47 [VAL] | 1:779 [A] | ✔ |
O:108 [GLY] | 0:710 [G] | P:140 [GLY] | 1:780 [C] | ✔ |
O:35 [LYS] | 0:655 [U] | P:54 [LYS] | 1:704 [G] | ✔ |
O:35 [LYS] | 0:936 [C] | P:54 [LYS] | 1:1026 [C] | ✔ |
O:51 [TYR] | 0:701 [U] | P:70 [VAL] | 1:771 [U] | ✔ |
O:51 [TYR] | 0:721 [A] | P:70 [VAL] | 1:804 [C] | ✔ |
O:63 [LYS] | 0:659 [A] | P:92 [ASP] | 1:708 [A] | ✔ |
O:81 [PHE] | 0:659 [A] | P:112 [PHE] | 1:708 [A] | ✔ |
O:25 [VAL] | 0:709 [G] | P:44 [PHE] | 1:779 [A] | ✔ |
O:25 [VAL] | 0:710 [G] | P:44 [PHE] | 1:780 [C] | ✔ |
O:115 [ARG] | 0:721 [A] | P:148 [GLY] | 1:804 [C] | ✔ |
O:115 [ARG] | 0:722 [G] | P:148 [GLY] | 1:805 [A] | ✔ |
O:46 [GLY] | 0:745 [G] | P:65 [SER] | 1:836 [G] | ✔ |
O:2 [LYS] | 0:655 [U] | P:21 [SER] | 1:704 [G] | ✔ |
O:2 [LYS] | 0:656 [G] | P:21 [SER] | 1:705 [C] | ✔ |
O:24 [ALA] | 0:709 [G] | P:43 [GLY] | 1:779 [A] | ✔ |
O:24 [ALA] | 0:710 [G] | P:43 [GLY] | 1:780 [C] | ✔ |
O:66 [GLY] | 0:660 [A] | P:95 [ASP] | 1:709 [A] | ✔ |
O:66 [GLY] | 0:746 [A] | P:95 [ASP] | 1:837 [A] | ✔ |
O:15 [LYS] | 0:1277 [C] | P:34 [LYS] | 1:1441 [A] | ✔ |
O:15 [LYS] | 0:1278 [A] | P:34 [LYS] | 1:1442 [G] | ✔ |
O:15 [LYS] | 0:1279 [U] | P:34 [LYS] | 1:1443 [U] | ✔ |
O:109 [SER] | 0:710 [G] | P:141 [LYS] | 1:780 [C] | ✔ |
O:109 [SER] | 0:711 [G] | P:141 [LYS] | 1:781 [A] | ✔ |
O:80 [ASP] | 0:658 [C] | P:111 [ARG] | 1:707 [C] | ✔ |
O:68 [GLY] | 0:745 [G] | P:97 [VAL] | 1:836 [G] | ✔ |
O:37 [ARG] | 0:655 [U] | P:56 [ARG] | 1:704 [G] | ✔ |
O:37 [ARG] | 0:656 [G] | P:56 [ARG] | 1:705 [C] | ✔ |
O:37 [ARG] | 0:657 [G] | P:56 [ARG] | 1:706 [G] | ✔ |
O:37 [ARG] | 0:658 [C] | P:56 [ARG] | 1:707 [C] | ✔ |
O:36 [PRO] | 0:654 [A] | P:55 [SER] | 1:703 [C] | ✔ |
O:36 [PRO] | 0:655 [U] | P:55 [SER] | 1:704 [G] | ✔ |
O:83 [GLY] | 0:659 [A] | P:114 [LYS] | 1:708 [A] | ✔ |
O:4 [ASN] | 0:655 [U] | P:23 [ASN] | 1:704 [G] | ✔ |
O:4 [ASN] | 0:656 [G] | P:23 [ASN] | 1:705 [C] | ✔ |
O:4 [ASN] | 0:657 [G] | P:23 [ASN] | 1:706 [G] | ✔ |
O:39 [THR] | 0:935 [G] | P:58 [ASN] | 1:1025 [G] | ✔ |
O:39 [THR] | 0:936 [C] | P:58 [ASN] | 1:1026 [C] | ✔ |
O:67 [SER] | 0:745 [G] | P:96 [ASP] | 1:836 [G] | ✔ |
O:23 [GLY] | 0:710 [G] | P:42 [SER] | 1:780 [C] | ✔ |
O:113 [VAL] | 0:708 [A] | P:145 [LEU] | 1:778 [C] | ✔ |
O:113 [VAL] | 0:709 [G] | P:145 [LEU] | 1:779 [A] | ✔ |
O:113 [VAL] | 0:721 [A] | P:145 [LEU] | 1:804 [C] | ✔ |
O:38 [ARG] | 0:653 [U] | P:57 [SER] | 1:702 [A] | ✔ |
O:38 [ARG] | 0:654 [A] | P:57 [SER] | 1:703 [C] | ✔ |
O:38 [ARG] | 0:655 [U] | P:57 [SER] | 1:704 [G] | ✔ |
O:85 [ALA] | 0:660 [A] | P:116 [ALA] | 1:709 [A] | ✔ |
O:69 [VAL] | 0:700 [A] | P:99 [MET] | 1:770 [G] | ✔ |
O:7 [LEU] | 0:656 [G] | P:26 [ILE] | 1:705 [C] | ✔ |
O:16 [SER] | 0:1277 [C] | P:35 [PHE] | 1:1441 [A] | ✔ |
O:112 [ARG] | 0:709 [G] | P:144 [TYR] | 1:779 [A] | ✔ |
O:112 [ARG] | 0:719 [C] | P:144 [TYR] | 1:802 [C] | ✔ |
O:112 [ARG] | 0:720 [G] | P:144 [TYR] | 1:803 [C] | ✔ |
O:111 [VAL] | 0:709 [G] | P:143 [THR] | 1:779 [A] | ✔ |
O:111 [VAL] | 0:710 [G] | P:143 [THR] | 1:780 [C] | ✔ |
O:47 [ARG] | 0:721 [A] | P:66 [ARG] | 1:804 [C] | ✔ |
O:47 [ARG] | 0:722 [G] | P:66 [ARG] | 1:805 [A] | ✔ |
O:47 [ARG] | 0:745 [G] | P:66 [ARG] | 1:836 [G] | ✔ |
O:84 [THR] | 0:659 [A] | P:115 [SER] | 1:708 [A] | ✔ |
O:84 [THR] | 0:660 [A] | P:115 [SER] | 1:709 [A] | ✔ |
O:82 [SER] | 0:659 [A] | P:113 [SER] | 1:708 [A] | ✔ |
O:82 [SER] | 0:660 [A] | P:113 [SER] | 1:709 [A] | ✔ |
O:65 [LEU] | 0:659 [A] | P:94 [LEU] | 1:708 [A] | ✔ |
O:65 [LEU] | 0:660 [A] | P:94 [LEU] | 1:709 [A] | ✔ |
O:65 [LEU] | 0:746 [A] | P:94 [LEU] | 1:837 [A] | ✔ |
O:1 [SER] | 0:654 [A] | P:20 [TYR] | 1:703 [C] | ✔ |
O:1 [SER] | 0:655 [U] | P:20 [TYR] | 1:704 [G] | ✔ |
O:50 [ARG] | 0:744 [G] | P:69 [VAL] | 1:834 [U] | ❌ 6AZ3_P_1 |
O:50 [ARG] | 0:745 [G] | P:69 [VAL] | 1:836 [G] | ❌ 6AZ3_P_1 |
O:32 [ARG] | 0:936 [C] | P:51 [ARG] | 1:1026 [C] | ❌ 6AZ3_P_1 |
O:44 [ASN] | 0:660 [A] | P:63 [SER] | 1:709 [A] | ❌ 6AZ3_P_1 |
O:44 [ASN] | 0:746 [A] | P:63 [SER] | 1:837 [A] | ❌ 6AZ3_P_1 |
O:110 [HIS] | 0:712 [C] | P:142 [ASN] | 1:782 [C] | ❌ 6AZ3_P_1 |
O:42 [GLU] | 0:746 [A] | P:61 [PRO] | 1:837 [A] | ❌ 6AZ3_P_1 |
O:42 [GLU] | 0:747 [G] | P:61 [PRO] | 1:838 [G] | ❌ 6AZ3_P_1 |
O:108 [GLY] | 0:711 [G] | P:140 [GLY] | 1:781 [A] | ❌ 6AZ3_P_1 |
O:35 [LYS] | 0:935 [G] | P:54 [LYS] | 1:1025 [G] | ❌ 6AZ3_P_1 |
O:51 [TYR] | 0:722 [G] | P:70 [VAL] | 1:805 [A] | ❌ 6AZ3_P_1 |
O:63 [LYS] | 0:658 [C] | P:92 [ASP] | 1:707 [C] | ❌ 6AZ3_P_1 |
O:46 [GLY] | 0:700 [A] | P:65 [SER] | 1:770 [G] | ❌ 6AZ3_P_1 |
O:36 [PRO] | 0:935 [G] | P:55 [SER] | 1:1025 [G] | ❌ 6AZ3_P_1 |
O:67 [SER] | 0:660 [A] | P:96 [ASP] | 1:709 [A] | ❌ 6AZ3_P_1 |
O:67 [SER] | 0:746 [A] | P:96 [ASP] | 1:837 [A] | ❌ 6AZ3_P_1 |
O:38 [ARG] | 0:934 [C] | P:57 [SER] | 1:1024 [U] | ❌ 6AZ3_P_1 |
O:38 [ARG] | 0:935 [G] | P:57 [SER] | 1:1025 [G] | ❌ 6AZ3_P_1 |
O:69 [VAL] | 0:745 [G] | P:99 [MET] | 1:836 [G] | ❌ 6AZ3_P_1 |
O:47 [ARG] | 0:746 [A] | P:66 [ARG] | 1:837 [A] | ❌ 6AZ3_P_1 |
O:80 [ASP] | 0:659 [A] | P:111 [ARG] | 1:708 [A] | ❌ 1YHQ_O_0 |
O:83 [GLY] | 0:658 [C] | P:114 [LYS] | 1:707 [C] | ❌ 1YHQ_O_0 |
O:112 [ARG] | 0:721 [A] | P:144 [TYR] | 1:804 [C] | ❌ 1YHQ_O_0 |
O:112 [ARG] | 0:708 [A] | P:144 [TYR] | 1:778 [C] | ❌ 1YHQ_O_0 |
O:114 [ILE] | 0:708 [A] | P:146 [LEU] | 1:778 [C] | ❌ 1YHQ_O_0 |
O:1 [SER] | 0:934 [C] | P:20 [TYR] | 1:1024 [U] | ❌ 1YHQ_O_0 |
O:1 [SER] | 0:935 [G] | P:20 [TYR] | 1:1025 [G] | ❌ 1YHQ_O_0 |
O:12 [ALA] | 0:1278 [A] | P:31 [LYS] | 1:1442 [G] | ❌ 1YHQ_O_0 |
O:32 [ARG] | 0:708 [A] | P:51 [ARG] | 1:778 [C] | ❌ 1YHQ_O_0 |
O:32 [ARG] | 0:721 [A] | P:51 [ARG] | 1:804 [C] | ❌ 1YHQ_O_0 |
O:37 [ARG] | 0:747 [G] | P:56 [ARG] | 1:838 [G] | ❌ 1YHQ_O_0 |
O:37 [ARG] | 0:659 [A] | P:56 [ARG] | 1:708 [A] | ❌ 1YHQ_O_0 |
O:39 [THR] | 0:654 [A] | P:58 [ASN] | 1:703 [C] | ❌ 1YHQ_O_0 |
O:47 [ARG] | 0:701 [U] | P:66 [ARG] | 1:771 [U] | ❌ 1YHQ_O_0 |
O:51 [TYR] | 0:719 [C] | P:70 [VAL] | 1:802 [C] | ❌ 1YHQ_O_0 |
O:65 [LEU] | 0:745 [G] | P:94 [LEU] | 1:836 [G] | ❌ 1YHQ_O_0 |
O:66 [GLY] | 0:745 [G] | P:95 [ASP] | 1:836 [G] | ❌ 1YHQ_O_0 |
O:68 [GLY] | 0:660 [A] | P:97 [VAL] | 1:709 [A] | ❌ 1YHQ_O_0 |
O:83 [GLY] | 0:662 [U] | P:114 [LYS] | 1:711 [G] | ❌ 1YHQ_0:662 no longer at interface |
O:32 [ARG] | 0:938 [G] | P:51 [ARG] | 1:1028 [A] | ❌ 1YHQ_0:938 no longer at interface |
O:35 [LYS] | 0:937 [C] | P:54 [LYS] | 1:1027 [U] | ❌ 1YHQ_0:937 no longer at interface |
O:37 [ARG] | 0:748 [C] | P:56 [ARG] | 1:839 [U] | ❌ 1YHQ_0:748 no longer at interface |
O:37 [ARG] | 0:749 [C] | P:56 [ARG] | 1:840 [G] | ❌ 1YHQ_0:749 no longer at interface |
O:68 [GLY] | 0:661 [G] | P:97 [VAL] | 1:710 [G] | ❌ 1YHQ_0:661 no longer at interface |
O:53 [GLN] | 0:719 [C] | P:75 [ALA] | 1:802 [C] | ❌ 6AZ3_P:75 no longer at interface |
O:34 [GLU] | 0:655 [U] | P:53 [ILE] | 1:704 [G] | ❌ 6AZ3_P:53 no longer at interface |
O:56 [GLU] | 0:710 [G] | P:85 [PRO] | 1:780 [C] | ❌ 6AZ3_P:85 no longer at interface |
O:45 [LEU] | 0:745 [G] | P:64 [LEU] | 1:836 [G] | ❌ 6AZ3_P:64 no longer at interface |
O:22 [GLY] | 0:710 [G] | P:41 [SER] | 1:780 [C] | ❌ 6AZ3_P:41 no longer at interface |
O:70 [LEU] | 0:700 [A] | P:101 [ARG] | 1:770 [G] | ❌ 1YHQ_O:70 no longer at interface |
O:71 [GLN] | 0:700 [A] | P:102 [ILE] | 1:770 [G] | ❌ 1YHQ_O:71 no longer at interface |
O:72 [LYS] | 0:700 [A] | P:103 [PRO] | 1:770 [G] | ❌ 1YHQ_O:72 no longer at interface |
O:107 [GLU] | 0:710 [G] | P:139 [THR] | 1:780 [C] | ❌ 1YHQ_O:107 no longer at interface |
O:11 [ILE] | 0:1278 [A] | P:30 [ILE] | 1:1442 [G] | ❌ 1YHQ_O:11 no longer at interface |
O:20 [SER] | 0:1277 [C] | P:39 [ARG] | 1:1441 [A] | ❌ 1YHQ_O:20 no longer at interface |
O:40 [HIS] | 0:656 [G] | P:59 [ARG] | 1:705 [C] | ❌ 1YHQ_O:40 no longer at interface |
O:43 [VAL] | 0:721 [A] | P:62 [ILE] | 1:804 [C] | ❌ 1YHQ_O:43 no longer at interface |
O:49 [GLU] | 0:700 [A] | P:68 [ALA] | 1:770 [G] | ❌ 1YHQ_O:49 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Ribosomal proteins L15p and L18e | 0.74 | 1.97 | 0.24 | 0.89 | 0.76 | 0.9 | 1.0 | 0.76 | 0.63 | 0.28 | 0.34 |
Other pairs involving 1YHQ_O_0 or 6AZ3_P_1
Total number of entries: 5
Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1YHQ_O_0 | 7O7Y_BQ_B5 | 0.69 | 0.94 | 2.1 | 0.16 | Ribosomal proteins L15p and L18e | compare | |
1YHQ_O_0 | 6AZ3_P_1 | 0.76 | 0.74 | 1.97 | 0.24 | Ribosomal proteins L15p and L18e | compare | |
6AZ3_P_1 | 7O7Y_BQ_B5 | 0.63 | 0.92 | 1.51 | 0.42 | Ribosomal proteins L15p and L18e | Eukaryotic large subunit ribosomal RNA | compare |
1VQ8_O_0 | 6AZ3_P_1 | 0.73 | 0.74 | 2.08 | 0.24 | Ribosomal proteins L15p and L18e | compare | |
1VQ8_O_0 | 1YHQ_O_0 | 0.99 | 1.0 | 0.32 | 0.93 | Ribosomal proteins L15p and L18e | Archaeal large subunit ribosomal RNA | compare |