Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 2VQE_T
|
2VQE_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| T:8 [ARG] | A:349 [A] | 4.2 | A:340 [U] | 70.39 | ||
| T:8 [ARG] | A:350 [G] | 4.79 | A:339 [C] | 70.39 | ||
| T:9 [ASN] | A:350 [G] | 4.61 | A:339 [C] | 62.15 | ||
| T:10 [LEU] | A:60 [A] | 4.02 | A:110 [C] | 65.44 | ||
| T:10 [LEU] | A:61 [G] | 3.2 | A:106 [C] | 65.44 | ||
| T:10 [LEU] | A:332 [G] | 3.55 | A:321 [A] | 65.44 | ||
| T:11 [SER] | A:102 [G] | 4.68 | A:67 [C] | 88.34 | ||
| T:12 [ALA] | A:108 [G] | 4.89 | 88.39 | |||
| T:14 [LYS] | A:103 [C] | 3.59 | A:66 [G] | 94.59 | ||
| T:14 [LYS] | A:104 [G] | 2.67 | A:63 [C] | base:SC, base:SC | 94.59 | |
| T:14 [LYS] | A:105 [G] | 4.91 | A:62 [U] | 94.59 | ||
| T:15 [ARG] | A:106 [C] | 3.64 | A:61 [G] | 73.45 | ||
| T:15 [ARG] | A:107 [G] | 2.92 | base:SC, base:SC | 73.45 | ||
| T:15 [ARG] | A:108 [G] | 3.44 | base/AA stacks | 73.45 | ||
| T:16 [HIS] | A:332 [G] | 4.14 | A:321 [A] | 35.33 | ||
| T:16 [HIS] | A:333 [G] | 3.09 | A:320 [C] | sugar:SC, sugar:SC | 35.33 | |
| T:17 [ARG] | A:102 [G] | 3.12 | A:67 [C] | 92.41 | ||
| T:17 [ARG] | A:103 [C] | 2.85 | A:66 [G] | 92.41 | ||
| T:18 [GLN] | A:104 [G] | 2.88 | A:63 [C] | 68.4 | ||
| T:18 [GLN] | A:105 [G] | 3.66 | A:62 [U] | 68.4 | ||
| T:19 [SER] | A:322 [C] | 4.22 | A:329 [A] | 77.95 | ||
| T:19 [SER] | A:323 [U] | 3.63 | A:327 [A] | 77.95 | ||
| T:21 [LYS] | A:103 [C] | 4.02 | A:66 [G] | 71.76 | ||
| T:21 [LYS] | A:104 [G] | 3.93 | A:63 [C] | 71.76 | ||
| T:22 [ARG] | A:105 [G] | 3.2 | A:62 [U] | 79.44 | ||
| T:22 [ARG] | A:323 [U] | 3.58 | A:327 [A] | 79.44 | ||
| T:22 [ARG] | A:324 [G] | 2.8 | A:109 [A] | 79.44 | ||
| T:23 [ARG] | A:322 [C] | 3.34 | A:329 [A] | 68.93 | ||
| T:23 [ARG] | A:323 [U] | 3.49 | A:327 [A] | 68.93 | ||
| T:23 [ARG] | A:1436 [U] | 3.93 | A:1465 [C] | 68.93 | ||
| T:24 [LEU] | A:1459 [C] | 4.07 | A:1447 [G] | 6.41 | ||
| T:25 [ARG] | A:174 [C] | 4.49 | A:148 [G] | 70.98 | ||
| T:25 [ARG] | A:175 [C] | 3.88 | A:147 [G] | 70.98 | ||
| T:26 [ASN] | A:323 [U] | 2.97 | A:327 [A] | 99.0 | ||
| T:26 [ASN] | A:324 [G] | 3.01 | A:109 [A] | 99.0 | ||
| T:27 [LYS] | A:1455 [G] | 4.98 | A:1448 [C] | 61.71 | ||
| T:27 [LYS] | A:1459 [C] | 3.54 | A:1447 [G] | 61.71 | ||
| T:27 [LYS] | A:1460 [A] | 2.71 | A:1441 [G] | 61.71 | ||
| T:28 [ALA] | A:1455 [G] | 3.71 | A:1448 [C] | 53.5 | ||
| T:28 [ALA] | A:1459 [C] | 3.83 | A:1447 [G] | 53.5 | ||
| T:29 [LYS] | A:175 [C] | 4.56 | A:147 [G] | 17.64 | ||
| T:29 [LYS] | A:176 [C] | 2.7 | A:146 [G] | 17.64 | ||
| T:31 [SER] | A:1454 [G] | 4.6 | A:1449 [C] | 85.7 | ||
| T:31 [SER] | A:1455 [G] | 3.11 | A:1448 [C] | 85.7 | ||
| T:31 [SER] | A:1459 [C] | 2.66 | A:1447 [G] | 85.7 | ||
| T:32 [ALA] | A:1454 [G] | 4.12 | A:1449 [C] | 10.61 | ||
| T:32 [ALA] | A:1455 [G] | 3.9 | A:1448 [C] | 10.61 | ||
| T:34 [LYS] | A:1437 [C] | 4.15 | A:1464 [G] | 77.48 | ||
| T:34 [LYS] | A:1438 [G] | 3.0 | A:1463 [C] | 77.48 | ||
| T:35 [THR] | A:1454 [G] | 3.86 | A:1449 [C] | 78.94 | ||
| T:35 [THR] | A:1455 [G] | 2.72 | A:1448 [C] | 78.94 | ||
| T:36 [LEU] | A:1453 [G] | 3.55 | A:1450 [U] | 0.0 | ||
| T:36 [LEU] | A:1454 [G] | 3.8 | A:1449 [C] | 0.0 | ||
| T:38 [LYS] | A:1438 [G] | 4.59 | A:1463 [C] | 84.18 | ||
| T:38 [LYS] | A:1439 [C] | 2.74 | A:1462 [G] | 84.18 | ||
| T:38 [LYS] | A:1440 [C] | 4.85 | A:1461 [G] | 84.18 | ||
| T:39 [LYS] | A:1453 [G] | 3.02 | A:1450 [U] | 53.3 | ||
| T:39 [LYS] | A:1454 [G] | 3.15 | A:1449 [C] | 53.3 | ||
| T:57 [ARG] | A:192 [U] | 3.6 | A:185 [A] | 51.08 | ||
| T:57 [ARG] | A:193 [C] | 3.94 | A:184 [G] | 51.08 | ||
| T:58 [LYS] | A:1453 [G] | 3.88 | A:1450 [U] | 12.13 | ||
| T:60 [GLU] | A:185 [A] | 3.66 | A:192 [U] | 28.58 | ||
| T:60 [GLU] | A:186 [C] | 4.4 | A:191 [G] | 28.58 | ||
| T:60 [GLU] | A:192 [U] | 2.51 | A:185 [A] | base:SC, sugar:SC | 28.58 | |
| T:60 [GLU] | A:193 [C] | 2.87 | A:184 [G] | 28.58 | ||
| T:61 [SER] | A:193 [C] | 2.97 | A:184 [G] | 83.01 | ||
| T:61 [SER] | A:194 [C] | 2.46 | A:183 [G] | 83.01 | ||
| T:64 [ASP] | A:184 [G] | 4.45 | A:193 [C] | 93.72 | ||
| T:64 [ASP] | A:185 [A] | 4.47 | A:192 [U] | 93.72 | ||
| T:64 [ASP] | A:193 [C] | 2.61 | A:184 [G] | sugar:SC | 93.72 | |
| T:64 [ASP] | A:194 [C] | 3.26 | A:183 [G] | 93.72 | ||
| T:65 [LYS] | A:176 [C] | 4.67 | A:146 [G] | 81.71 | ||
| T:65 [LYS] | A:177 [C] | 2.55 | A:145 [G] | 81.71 | ||
| T:65 [LYS] | A:178 [C] | 2.83 | A:144 [G] | 81.71 | ||
| T:65 [LYS] | A:194 [C] | 3.72 | A:183 [G] | 81.71 | ||
| T:65 [LYS] | A:195 [A] | 3.33 | A:180 [U] | 81.71 | ||
| T:68 [LYS] | A:177 [C] | 4.34 | A:145 [G] | 73.26 | ||
| T:68 [LYS] | A:194 [C] | 3.45 | A:183 [G] | 73.26 | ||
| T:68 [LYS] | A:195 [A] | 2.64 | A:180 [U] | 73.26 | ||
| T:68 [LYS] | A:196 [A] | 2.78 | A:179 [A] | 73.26 | ||
| T:68 [LYS] | A:223 [U] | 4.3 | A:140 [A] | 73.26 | ||
| T:70 [SER] | A:324 [G] | 3.08 | A:109 [A] | 67.53 | ||
| T:70 [SER] | A:325 [A] | 2.72 | 67.53 | |||
| T:73 [HIS] | A:325 [A] | 4.67 | 87.46 | |||
| T:74 [LYS] | A:132 [C] | 3.15 | A:230 [G] | 68.55 | ||
| T:74 [LYS] | A:133 [U] | 3.69 | A:229 [U] | 68.55 | ||
| T:74 [LYS] | A:262 [A] | 3.58 | 68.55 | |||
| T:75 [ASN] | A:131 [C] | 3.86 | A:231 [G] | 93.03 | ||
| T:75 [ASN] | A:132 [C] | 3.17 | A:230 [G] | 93.03 | ||
| T:75 [ASN] | A:262 [A] | 3.09 | sugar:SC | 93.03 | ||
| T:75 [ASN] | A:263 [A] | 4.23 | 93.03 | |||
| T:76 [ALA] | A:262 [A] | 3.98 | 80.04 | |||
| T:78 [ALA] | A:185 [A] | 3.6 | A:192 [U] | 82.96 | ||
| T:78 [ALA] | A:186 [C] | 3.56 | A:191 [G] | 82.96 | ||
| T:79 [ARG] | A:261 [U] | 2.83 | base/AA stacks | 97.64 | ||
| T:79 [ARG] | A:262 [A] | 3.88 | 97.64 | |||
| T:79 [ARG] | A:263 [A] | 2.63 | 97.64 | |||
| T:80 [ARG] | A:260 [G] | 4.99 | A:265 [G] | 60.45 | ||
| T:80 [ARG] | A:261 [U] | 3.91 | 60.45 | |||
| T:81 [LYS] | A:184 [G] | 4.76 | A:193 [C] | 91.69 | ||
| T:81 [LYS] | A:185 [A] | 2.79 | A:192 [U] | base:SC, sugar:SC | 91.69 | |
| T:81 [LYS] | A:186 [C] | 3.61 | A:191 [G] | 91.69 | ||
| T:81 [LYS] | A:193 [C] | 4.11 | A:184 [G] | 91.69 | ||
| T:82 [SER] | A:186 [C] | 3.21 | A:191 [G] | 93.95 | ||
| T:82 [SER] | A:187 [C] | 2.68 | A:190 [U] | 93.95 | ||
| T:83 [ARG] | A:259 [G] | 2.93 | A:267 [C] | 87.8 | ||
| T:83 [ARG] | A:260 [G] | 3.37 | A:265 [G] | base:SC | 87.8 | |
| T:83 [ARG] | A:261 [U] | 3.0 | base:SC | 87.8 | ||
| T:85 [MET] | A:186 [C] | 3.07 | A:191 [G] | 61.66 | ||
| T:85 [MET] | A:187 [C] | 3.52 | A:190 [U] | 61.66 | ||
| T:85 [MET] | A:191 [G] | 3.79 | A:186 [C] | 61.66 | ||
| T:86 [ARG] | A:187 [C] | 3.92 | A:190 [U] | 57.69 | ||
| T:86 [ARG] | A:188 [C] | 4.74 | A:190 [G] | 57.69 | ||
| T:86 [ARG] | A:258 [G] | 3.71 | A:268 [C] | 57.69 | ||
| T:87 [LYS] | A:258 [G] | 4.47 | A:268 [C] | 35.25 | ||
| T:87 [LYS] | A:259 [G] | 3.12 | A:267 [C] | 35.25 | ||
| T:89 [ARG] | A:187 [C] | 2.67 | A:190 [U] | sugar:SC | 60.57 | |
| T:89 [ARG] | A:188 [C] | 3.31 | A:190 [G] | 60.57 | ||
| T:101 [GLY] | A:191 [G] | 2.74 | A:186 [C] | sugar:BB | 62.19 | |
| T:101 [GLY] | A:192 [U] | 4.45 | A:185 [A] | 62.19 | ||
| T:102 [GLY] | A:191 [G] | 2.51 | A:186 [C] | sugar:BB | 36.89 | |
| T:102 [GLY] | A:192 [U] | 2.74 | A:185 [A] | sugar:BB | 36.89 | |
| T:103 [GLY] | A:186 [C] | 4.76 | A:191 [G] | 27.25 | ||
| T:103 [GLY] | A:187 [C] | 4.46 | A:190 [U] | 27.25 | ||
| T:103 [GLY] | A:191 [G] | 2.44 | A:186 [C] | base:BB | 27.25 | |
| T:103 [GLY] | A:192 [U] | 3.07 | A:185 [A] | 27.25 | ||
| T:104 [LEU] | A:187 [C] | 3.94 | A:190 [U] | 51.28 | ||
| T:104 [LEU] | A:191 [G] | 3.72 | A:186 [C] | 51.28 | ||
| T:104 [LEU] | A:192 [U] | 4.88 | A:185 [A] | 51.28 | ||
| T:105 [SER] | A:187 [C] | 2.8 | A:190 [U] | base:BB | 63.57 | |
| T:105 [SER] | A:188 [C] | 3.39 | A:190 [G] | 63.57 | ||
| T:105 [SER] | A:190K [G] | 3.79 | 63.57 | |||
| T:105 [SER] | A:190L [U] | 2.46 | 63.57 | |||
| T:105 [SER] | A:191 [G] | 3.57 | A:186 [C] | 63.57 | ||
| T:106 [ALA] | A:188 [C] | 4.16 | A:190 [G] | 81.2 | ||
| T:106 [ALA] | A:190L [U] | 3.19 | 81.2 | |||
| T:106 [ALA] | A:191 [G] | 4.52 | A:186 [C] | 81.2 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group75 | 2VQE_T_A | T: 30s ribosomal protein s20, Thermus thermophilus (natural) A: 16s rRNA, Thermus thermophilus (natural) | P80380 | Ribosomal protein S20 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 4
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2VQE_T_A | 7RYG_t_a | 0.45 | 0.92 | 2.67 | 0.27 | Ribosomal protein S20 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 2VQE_T_A | 6S0X_t_a | 0.43 | 0.95 | 3.18 | 0.3 | Ribosomal protein S20 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 2VQE_T_A | 7K00_T_A | 0.68 | 0.96 | 2.06 | 0.37 | Ribosomal protein S20 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 2VQE_T_A | 4Y4O_1t_1a | 0.85 | 0.99 | 1.0 | 0.87 | Ribosomal protein S20 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |