RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group75 > 2VQE_T_A vs 4Y4O_1t_1a

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

2VQE_T
2VQE_A
4Y4O_1t
4Y4O_1a
Conserved?
T:36 [LEU] A:1453 [G] 1t:36 [LEU] 1a:1456 [G] ✔
T:36 [LEU] A:1454 [G] 1t:36 [LEU] 1a:1457 [G] ✔
T:31 [SER] A:1455 [G] 1t:31 [SER] 1a:1458 [G] ✔
T:31 [SER] A:1459 [C] 1t:31 [SER] 1a:1459 [C] ✔
T:19 [SER] A:322 [C] 1t:19 [SER] 1a:322 [C] ✔
T:19 [SER] A:323 [U] 1t:19 [SER] 1a:323 [U] ✔
T:27 [LYS] A:1455 [G] 1t:27 [LYS] 1a:1458 [G] ✔
T:27 [LYS] A:1459 [C] 1t:27 [LYS] 1a:1459 [C] ✔
T:12 [ALA] A:108 [G] 1t:12 [ALA] 1a:108 [G] ✔
T:60 [GLU] A:185 [A] 1t:60 [GLU] 1a:185 [A] ✔
T:60 [GLU] A:186 [C] 1t:60 [GLU] 1a:186 [C] ✔
T:60 [GLU] A:192 [U] 1t:60 [GLU] 1a:192 [U] ✔
T:60 [GLU] A:193 [C] 1t:60 [GLU] 1a:193 [C] ✔
T:22 [ARG] A:105 [G] 1t:22 [ARG] 1a:105 [G] ✔
T:22 [ARG] A:323 [U] 1t:22 [ARG] 1a:323 [U] ✔
T:22 [ARG] A:324 [G] 1t:22 [ARG] 1a:324 [G] ✔
T:16 [HIS] A:332 [G] 1t:16 [HIS] 1a:332 [G] ✔
T:16 [HIS] A:333 [G] 1t:16 [HIS] 1a:333 [G] ✔
T:79 [ARG] A:261 [U] 1t:79 [ARG] 1a:261 [U] ✔
T:79 [ARG] A:262 [A] 1t:79 [ARG] 1a:262 [A] ✔
T:79 [ARG] A:263 [A] 1t:79 [ARG] 1a:263 [A] ✔
T:75 [ASN] A:131 [C] 1t:75 [ASN] 1a:131 [C] ✔
T:75 [ASN] A:132 [C] 1t:75 [ASN] 1a:132 [C] ✔
T:75 [ASN] A:262 [A] 1t:75 [ASN] 1a:262 [A] ✔
T:75 [ASN] A:263 [A] 1t:75 [ASN] 1a:263 [A] ✔
T:21 [LYS] A:103 [C] 1t:21 [LYS] 1a:103 [C] ✔
T:21 [LYS] A:104 [G] 1t:21 [LYS] 1a:104 [G] ✔
T:68 [LYS] A:177 [C] 1t:68 [LYS] 1a:177 [C] ✔
T:68 [LYS] A:194 [C] 1t:68 [LYS] 1a:194 [C] ✔
T:68 [LYS] A:195 [A] 1t:68 [LYS] 1a:195 [A] ✔
T:68 [LYS] A:196 [A] 1t:68 [LYS] 1a:196 [A] ✔
T:68 [LYS] A:223 [U] 1t:68 [LYS] 1a:223 [U] ✔
T:65 [LYS] A:177 [C] 1t:65 [LYS] 1a:177 [C] ✔
T:65 [LYS] A:178 [C] 1t:65 [LYS] 1a:178 [C] ✔
T:65 [LYS] A:194 [C] 1t:65 [LYS] 1a:194 [C] ✔
T:65 [LYS] A:195 [A] 1t:65 [LYS] 1a:195 [A] ✔
T:23 [ARG] A:322 [C] 1t:23 [ARG] 1a:322 [C] ✔
T:23 [ARG] A:323 [U] 1t:23 [ARG] 1a:323 [U] ✔
T:23 [ARG] A:1436 [U] 1t:23 [ARG] 1a:1436 [U] ✔
T:81 [LYS] A:185 [A] 1t:81 [LYS] 1a:185 [A] ✔
T:81 [LYS] A:186 [C] 1t:81 [LYS] 1a:186 [C] ✔
T:81 [LYS] A:193 [C] 1t:81 [LYS] 1a:193 [C] ✔
T:28 [ALA] A:1455 [G] 1t:28 [ALA] 1a:1458 [G] ✔
T:28 [ALA] A:1459 [C] 1t:28 [ALA] 1a:1459 [C] ✔
T:61 [SER] A:193 [C] 1t:61 [SER] 1a:193 [C] ✔
T:61 [SER] A:194 [C] 1t:61 [SER] 1a:194 [C] ✔
T:102 [GLY] A:191 [G] 1t:101 [GLY] 1a:191 [G] ✔
T:102 [GLY] A:192 [U] 1t:101 [GLY] 1a:192 [U] ✔
T:10 [LEU] A:60 [A] 1t:10 [LEU] 1a:60 [A] ✔
T:10 [LEU] A:61 [G] 1t:10 [LEU] 1a:61 [G] ✔
T:10 [LEU] A:332 [G] 1t:10 [LEU] 1a:332 [G] ✔
T:83 [ARG] A:259 [G] 1t:83 [ARG] 1a:259 [G] ✔
T:83 [ARG] A:260 [G] 1t:83 [ARG] 1a:260 [G] ✔
T:83 [ARG] A:261 [U] 1t:83 [ARG] 1a:261 [U] ✔
T:80 [ARG] A:260 [G] 1t:80 [ARG] 1a:260 [G] ✔
T:76 [ALA] A:262 [A] 1t:76 [ALA] 1a:262 [A] ✔
T:105 [SER] A:187 [C] 1t:103 [GLY] 1a:187 [C] ✔
T:105 [SER] A:188 [C] 1t:103 [GLY] 1a:188 [C] ✔
T:105 [SER] A:190K [G] 1t:103 [GLY] 1a:189L [G] ✔
T:105 [SER] A:190L [U] 1t:103 [GLY] 1a:190 [U] ✔
T:105 [SER] A:191 [G] 1t:103 [GLY] 1a:191 [G] ✔
T:57 [ARG] A:192 [U] 1t:57 [ARG] 1a:192 [U] ✔
T:57 [ARG] A:193 [C] 1t:57 [ARG] 1a:193 [C] ✔
T:35 [THR] A:1454 [G] 1t:35 [THR] 1a:1457 [G] ✔
T:35 [THR] A:1455 [G] 1t:35 [THR] 1a:1458 [G] ✔
T:14 [LYS] A:103 [C] 1t:14 [LYS] 1a:103 [C] ✔
T:14 [LYS] A:104 [G] 1t:14 [LYS] 1a:104 [G] ✔
T:26 [ASN] A:323 [U] 1t:26 [ASN] 1a:323 [U] ✔
T:26 [ASN] A:324 [G] 1t:26 [ASN] 1a:324 [G] ✔
T:70 [SER] A:324 [G] 1t:70 [SER] 1a:324 [G] ✔
T:70 [SER] A:325 [A] 1t:70 [SER] 1a:325 [A] ✔
T:103 [GLY] A:187 [C] 1t:102 [GLY] 1a:187 [C] ✔
T:103 [GLY] A:191 [G] 1t:102 [GLY] 1a:191 [G] ✔
T:103 [GLY] A:192 [U] 1t:102 [GLY] 1a:192 [U] ✔
T:32 [ALA] A:1454 [G] 1t:32 [ALA] 1a:1457 [G] ✔
T:32 [ALA] A:1455 [G] 1t:32 [ALA] 1a:1458 [G] ✔
T:18 [GLN] A:104 [G] 1t:18 [GLN] 1a:104 [G] ✔
T:18 [GLN] A:105 [G] 1t:18 [GLN] 1a:105 [G] ✔
T:39 [LYS] A:1453 [G] 1t:39 [LYS] 1a:1456 [G] ✔
T:39 [LYS] A:1454 [G] 1t:39 [LYS] 1a:1457 [G] ✔
T:85 [MET] A:186 [C] 1t:85 [MET] 1a:186 [C] ✔
T:85 [MET] A:187 [C] 1t:85 [MET] 1a:187 [C] ✔
T:85 [MET] A:191 [G] 1t:85 [MET] 1a:191 [G] ✔
T:38 [LYS] A:1439 [C] 1t:38 [LYS] 1a:1439 [C] ✔
T:38 [LYS] A:1440 [C] 1t:38 [LYS] 1a:1440 [C] ✔
T:25 [ARG] A:174 [C] 1t:25 [ARG] 1a:174 [C] ✔
T:25 [ARG] A:175 [C] 1t:25 [ARG] 1a:175 [C] ✔
T:17 [ARG] A:102 [G] 1t:17 [ARG] 1a:102 [G] ✔
T:17 [ARG] A:103 [C] 1t:17 [ARG] 1a:103 [C] ✔
T:64 [ASP] A:185 [A] 1t:64 [ASP] 1a:185 [A] ✔
T:64 [ASP] A:193 [C] 1t:64 [ASP] 1a:193 [C] ✔
T:64 [ASP] A:194 [C] 1t:64 [ASP] 1a:194 [C] ✔
T:15 [ARG] A:106 [C] 1t:15 [ARG] 1a:106 [C] ✔
T:15 [ARG] A:107 [G] 1t:15 [ARG] 1a:107 [G] ✔
T:15 [ARG] A:108 [G] 1t:15 [ARG] 1a:108 [G] ✔
T:89 [ARG] A:187 [C] 1t:89 [ARG] 1a:187 [C] ✔
T:89 [ARG] A:188 [C] 1t:89 [ARG] 1a:188 [C] ✔
T:86 [ARG] A:187 [C] 1t:86 [ARG] 1a:187 [C] ✔
T:86 [ARG] A:188 [C] 1t:86 [ARG] 1a:188 [C] ✔
T:86 [ARG] A:258 [G] 1t:86 [ARG] 1a:258 [G] ✔
T:24 [LEU] A:1459 [C] 1t:24 [LEU] 1a:1459 [C] ✔
T:82 [SER] A:186 [C] 1t:82 [SER] 1a:186 [C] ✔
T:82 [SER] A:187 [C] 1t:82 [SER] 1a:187 [C] ✔
T:34 [LYS] A:1437 [C] 1t:34 [LYS] 1a:1437 [C] ✔
T:34 [LYS] A:1438 [G] 1t:34 [LYS] 1a:1438 [G] ✔
T:29 [LYS] A:175 [C] 1t:29 [LYS] 1a:175 [C] ✔
T:29 [LYS] A:176 [C] 1t:29 [LYS] 1a:176 [C] ✔
T:78 [ALA] A:185 [A] 1t:78 [ALA] 1a:185 [A] ✔
T:78 [ALA] A:186 [C] 1t:78 [ALA] 1a:186 [C] ✔
T:11 [SER] A:102 [G] 1t:11 [SER] 1a:102 [G] ❌ 4Y4O_1t_1a
T:73 [HIS] A:325 [A] 1t:73 [HIS] 1a:325 [A] ❌ 4Y4O_1t_1a
T:31 [SER] A:1454 [G] 1t:31 [SER] 1a:1457 [G] ❌ 4Y4O_1t_1a
T:65 [LYS] A:176 [C] 1t:65 [LYS] 1a:176 [C] ❌ 4Y4O_1t_1a
T:81 [LYS] A:184 [G] 1t:81 [LYS] 1a:184 [G] ❌ 4Y4O_1t_1a
T:74 [LYS] A:132 [C] 1t:74 [LYS] 1a:132 [C] ❌ 4Y4O_1t_1a
T:74 [LYS] A:133 [U] 1t:74 [LYS] 1a:133 [U] ❌ 4Y4O_1t_1a
T:74 [LYS] A:262 [A] 1t:74 [LYS] 1a:262 [A] ❌ 4Y4O_1t_1a
T:80 [ARG] A:261 [U] 1t:80 [ARG] 1a:261 [U] ❌ 4Y4O_1t_1a
T:14 [LYS] A:105 [G] 1t:14 [LYS] 1a:105 [G] ❌ 4Y4O_1t_1a
T:103 [GLY] A:186 [C] 1t:102 [GLY] 1a:186 [C] ❌ 4Y4O_1t_1a
T:38 [LYS] A:1438 [G] 1t:38 [LYS] 1a:1438 [G] ❌ 4Y4O_1t_1a
T:58 [LYS] A:1453 [G] 1t:58 [LYS] 1a:1456 [G] ❌ 4Y4O_1t_1a
T:64 [ASP] A:184 [G] 1t:64 [ASP] 1a:184 [G] ❌ 4Y4O_1t_1a
T:11 [SER] A:107 [G] 1t:11 [SER] 1a:107 [G] ❌ 2VQE_T_A
T:11 [SER] A:61 [G] 1t:11 [SER] 1a:61 [G] ❌ 2VQE_T_A
T:12 [ALA] A:332 [G] 1t:12 [ALA] 1a:332 [G] ❌ 2VQE_T_A
T:73 [HIS] A:132 [C] 1t:73 [HIS] 1a:132 [C] ❌ 2VQE_T_A
T:73 [HIS] A:262 [A] 1t:73 [HIS] 1a:262 [A] ❌ 2VQE_T_A
T:73 [HIS] A:133 [U] 1t:73 [HIS] 1a:133 [U] ❌ 2VQE_T_A
T:74 [LYS] A:185 [A] 1t:74 [LYS] 1a:185 [A] ❌ 2VQE_T_A
T:74 [LYS] A:184 [G] 1t:74 [LYS] 1a:184 [G] ❌ 2VQE_T_A
T:76 [ALA] A:263 [A] 1t:76 [ALA] 1a:263 [A] ❌ 2VQE_T_A
T:79 [ARG] A:260 [G] 1t:79 [ARG] 1a:260 [G] ❌ 2VQE_T_A
T:85 [MET] A:192 [U] 1t:85 [MET] 1a:192 [U] ❌ 2VQE_T_A
T:9 [ASN] A:350 [G] 1t:9 [ASN] 1a:350 [G] ❌ 4Y4O_1t:9, 4Y4O_1a:350 no longer at interface
T:27 [LYS] A:1460 [A] 1t:27 [LYS] 1a:1460 [A] ❌ 4Y4O_1a:1460 no longer at interface
T:8 [ARG] A:349 [A] 1t:8 [ARG] 1a:349 [A] ❌ 4Y4O_1t:8, 4Y4O_1a:349 no longer at interface
T:8 [ARG] A:350 [G] 1t:8 [ARG] 1a:350 [G] ❌ 4Y4O_1t:8, 4Y4O_1a:350 no longer at interface
T:10 [LEU] A:331 [G] 1t:10 [LEU] 1a:331 [G] ❌ 2VQE_A:331 no longer at interface
T:11 [SER] A:62 [U] 1t:11 [SER] 1a:62 [U] ❌ 2VQE_A:62 no longer at interface
T:21 [LYS] A:150 [C] 1t:21 [LYS] 1a:150 [C] ❌ 2VQE_A:150 no longer at interface
T:58 [LYS] A:1452 [C] 1t:58 [LYS] 1a:1452 [C] ❌ 2VQE_A:1452 no longer at interface
T:74 [LYS] A:225 [C] 1t:74 [LYS] 1a:225 [C] ❌ 2VQE_A:225 no longer at interface
T:74 [LYS] A:224 [C] 1t:74 [LYS] 1a:224 [C] ❌ 2VQE_A:224 no longer at interface
T:87 [LYS] A:258 [G] 1t:87 [LYS] 1a:258 [G] ❌ 4Y4O_1t:87 no longer at interface
T:87 [LYS] A:259 [G] 1t:87 [LYS] 1a:259 [G] ❌ 4Y4O_1t:87 no longer at interface
T:30 [LYS] A:323 [U] 1t:30 [LYS] 1a:323 [U] ❌ 2VQE_T:30 no longer at interface
T:43 [LEU] A:1453 [G] 1t:43 [LEU] 1a:1456 [G] ❌ 2VQE_T:43 no longer at interface
T:51 [GLU] A:1453 [G] 1t:51 [GLU] 1a:1456 [G] ❌ 2VQE_T:51 no longer at interface
T:54 [LYS] A:1453 [G] 1t:54 [LYS] 1a:1456 [G] ❌ 2VQE_T:54 no longer at interface
T:55 [ILE] A:1453 [G] 1t:55 [ILE] 1a:1456 [G] ❌ 2VQE_T:55 no longer at interface
T:77 [ALA] A:185 [A] 1t:77 [ALA] 1a:185 [A] ❌ 2VQE_T:77 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Ribosomal protein S20 Bacterial small subunit ribosomal RNA 0.99 1.0 0.87 0.96 0.99 0.89 0.95 0.85 0.83 0.57 0.42


Other pairs involving 2VQE_T_A or 4Y4O_1t_1a

Total number of entries: 7

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_1t_1a 7RYG_t_a 0.41 0.91 2.68 0.25 Ribosomal protein S20 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1t_1a 6S0X_t_a 0.51 0.94 3.25 0.34 Ribosomal protein S20 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1t_1a 7K00_T_A 0.70 0.97 1.35 0.39 Ribosomal protein S20 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
2VQE_T_A 7K00_T_A 0.68 0.96 2.06 0.37 Ribosomal protein S20 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
2VQE_T_A 6S0X_t_a 0.43 0.95 3.18 0.3 Ribosomal protein S20 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
2VQE_T_A 7RYG_t_a 0.45 0.92 2.67 0.27 Ribosomal protein S20 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
2VQE_T_A 4Y4O_1t_1a 0.85 0.99 1.0 0.87 Ribosomal protein S20 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare