Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7K00_T
|
7K00_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| T:2 [ALA] | A:332 [G] | 3.31 | A:321 [A] | 78.29 | ||
| T:2 [ALA] | A:333 [U] | 2.56 | A:320 [A] | 78.29 | ||
| T:2 [ALA] | A:350 [G] | 4.42 | A:339 [C] | 78.29 | ||
| T:3 [ASN] | A:331 [G] | 2.36 | A:111 [G] | sugar:SC | 76.22 | |
| T:3 [ASN] | A:332 [G] | 2.87 | A:321 [A] | 76.22 | ||
| T:3 [ASN] | A:351 [G] | 2.84 | A:338 [A] | 76.22 | ||
| T:4 [ILE] | A:60 [A] | 3.54 | 66.68 | |||
| T:4 [ILE] | A:61 [G] | 3.77 | A:106 [C] | 66.68 | ||
| T:4 [ILE] | A:331 [G] | 4.2 | A:111 [G] | 66.68 | ||
| T:4 [ILE] | A:332 [G] | 3.39 | A:321 [A] | 66.68 | ||
| T:5 [LYS] | A:61 [G] | 4.7 | A:106 [C] | 63.47 | ||
| T:5 [LYS] | A:62 [U] | 4.64 | A:105 [G] | 63.47 | ||
| T:5 [LYS] | A:101 [A] | 4.96 | A:68 [G] | 63.47 | ||
| T:5 [LYS] | A:102 [G] | 3.69 | A:67 [C] | 63.47 | ||
| T:6 [SER] | A:61 [G] | 3.35 | A:106 [C] | 92.32 | ||
| T:6 [SER] | A:107 [G] | 2.94 | base:SC | 92.32 | ||
| T:6 [SER] | A:108 [G] | 4.47 | 92.32 | |||
| T:7 [ALA] | A:108 [G] | 3.67 | 81.44 | |||
| T:7 [ALA] | A:332 [G] | 3.5 | A:321 [A] | 81.44 | ||
| T:9 [LYS] | A:103 [U] | 3.48 | A:66 [A] | 97.48 | ||
| T:9 [LYS] | A:104 [G] | 3.24 | A:63 [C] | base:SC | 97.48 | |
| T:10 [ARG] | A:106 [C] | 3.58 | A:61 [G] | 82.86 | ||
| T:10 [ARG] | A:107 [G] | 2.79 | base:SC, base:SC | 82.86 | ||
| T:10 [ARG] | A:108 [G] | 3.26 | base/AA stacks | 82.86 | ||
| T:11 [ALA] | A:332 [G] | 4.05 | A:321 [A] | 47.91 | ||
| T:11 [ALA] | A:333 [U] | 4.27 | A:320 [A] | 47.91 | ||
| T:12 [ILE] | A:103 [U] | 4.67 | A:66 [A] | 78.5 | ||
| T:13 [GLN] | A:104 [G] | 3.94 | A:63 [C] | 59.65 | ||
| T:13 [GLN] | A:105 [G] | 3.54 | A:62 [U] | 59.65 | ||
| T:14 [SER] | A:322 [C] | 3.82 | A:329 [A] | 72.28 | ||
| T:14 [SER] | A:323 [U] | 3.59 | A:327 [A] | 72.28 | ||
| T:16 [LYS] | A:104 [G] | 3.53 | A:63 [C] | 58.12 | ||
| T:16 [LYS] | A:174 [A] | 4.81 | A:148 [G] | 58.12 | ||
| T:17 [ALA] | A:323 [U] | 3.69 | A:327 [A] | 66.4 | ||
| T:17 [ALA] | A:324 [G] | 4.38 | A:109 [A] | 66.4 | ||
| T:18 [ARG] | A:322 [C] | 3.33 | A:329 [A] | 64.8 | ||
| T:18 [ARG] | A:323 [U] | 3.73 | A:327 [A] | 64.8 | ||
| T:18 [ARG] | A:1436 [U] | 3.83 | A:1465 [A] | 64.8 | ||
| T:18 [ARG] | A:1460 [C] | 4.71 | A:1442 [G] | 64.8 | ||
| T:20 [HIS] | A:175 [C] | 3.22 | A:147 [G] | 61.53 | ||
| T:20 [HIS] | A:176 [C] | 3.25 | A:146 [G] | 61.53 | ||
| T:20 [HIS] | A:1447 [A] | 4.77 | 61.53 | |||
| T:21 [ASN] | A:323 [U] | 3.0 | A:327 [A] | 99.0 | ||
| T:21 [ASN] | A:324 [G] | 2.84 | A:109 [A] | 99.0 | ||
| T:22 [ALA] | A:1458 [G] | 4.59 | A:1444 [U] | 48.64 | ||
| T:22 [ALA] | A:1459 [G] | 3.74 | A:1443 [C] | 48.64 | ||
| T:23 [SER] | A:1458 [G] | 2.93 | A:1444 [U] | sugar:SC | 32.28 | |
| T:23 [SER] | A:1459 [G] | 4.25 | A:1443 [C] | 32.28 | ||
| T:24 [ARG] | A:176 [C] | 2.69 | A:146 [G] | 7.84 | ||
| T:24 [ARG] | A:177 [G] | 2.48 | A:145 [G] | 7.84 | ||
| T:25 [ARG] | A:323 [U] | 3.05 | A:327 [A] | 70.28 | ||
| T:25 [ARG] | A:1437 [A] | 4.45 | A:1464 [U] | 70.28 | ||
| T:26 [SER] | A:1457 [G] | 4.65 | A:1445 [U] | 85.7 | ||
| T:26 [SER] | A:1458 [G] | 2.8 | A:1444 [U] | 85.7 | ||
| T:26 [SER] | A:1459 [G] | 3.39 | A:1443 [C] | 85.7 | ||
| T:27 [MET] | A:1457 [G] | 3.13 | A:1445 [U] | 13.25 | ||
| T:27 [MET] | A:1458 [G] | 3.76 | A:1444 [U] | 13.25 | ||
| T:29 [ARG] | A:1436 [U] | 4.95 | A:1465 [A] | 78.26 | ||
| T:29 [ARG] | A:1437 [A] | 2.66 | A:1464 [U] | 78.26 | ||
| T:29 [ARG] | A:1438 [G] | 3.47 | A:1463 [U] | 78.26 | ||
| T:30 [THR] | A:1457 [G] | 3.66 | A:1445 [U] | 81.56 | ||
| T:30 [THR] | A:1458 [G] | 2.4 | A:1444 [U] | 81.56 | ||
| T:31 [PHE] | A:1456 [A] | 4.37 | 7.54 | |||
| T:31 [PHE] | A:1457 [G] | 4.06 | A:1445 [U] | 7.54 | ||
| T:33 [LYS] | A:1437 [A] | 4.8 | A:1464 [U] | 86.67 | ||
| T:33 [LYS] | A:1438 [G] | 2.5 | A:1463 [U] | 86.67 | ||
| T:33 [LYS] | A:1439 [G] | 3.53 | A:1462 [C] | 86.67 | ||
| T:34 [LYS] | A:1456 [A] | 3.26 | 49.8 | |||
| T:34 [LYS] | A:1457 [G] | 2.37 | A:1445 [U] | 49.8 | ||
| T:36 [TYR] | A:258 [G] | 4.33 | A:268 [U] | 3.27 | ||
| T:36 [TYR] | A:259 [G] | 2.32 | A:267 [C] | 3.27 | ||
| T:36 [TYR] | A:260 [G] | 4.57 | A:265 [G] | 3.27 | ||
| T:51 [PHE] | A:186 [C] | 4.61 | A:191 [G] | 30.61 | ||
| T:55 [GLN] | A:185 [U] | 4.73 | A:192 [A] | 10.01 | ||
| T:55 [GLN] | A:186 [C] | 4.63 | A:191 [G] | 10.01 | ||
| T:55 [GLN] | A:192 [A] | 2.79 | A:185 [U] | base:SC, sugar:SC | 10.01 | |
| T:55 [GLN] | A:193 [C] | 3.26 | A:184 [G] | base/AA stacks | 10.01 | |
| T:56 [PRO] | A:193 [C] | 3.34 | A:184 [G] | 66.89 | ||
| T:56 [PRO] | A:194 [C] | 3.78 | A:182 [A] | 66.89 | ||
| T:59 [ASP] | A:185 [U] | 4.71 | A:192 [A] | 90.19 | ||
| T:59 [ASP] | A:193 [C] | 2.88 | A:184 [G] | sugar:SC | 90.19 | |
| T:59 [ASP] | A:194 [C] | 3.36 | A:182 [A] | 90.19 | ||
| T:60 [ARG] | A:177 [G] | 3.31 | A:145 [G] | 65.08 | ||
| T:60 [ARG] | A:178 [C] | 3.27 | A:144 [G] | 65.08 | ||
| T:60 [ARG] | A:194 [C] | 3.81 | A:182 [A] | 65.08 | ||
| T:60 [ARG] | A:195 [A] | 3.52 | A:180 [U] | 65.08 | ||
| T:61 [GLN] | A:177 [G] | 4.86 | A:145 [G] | 81.18 | ||
| T:63 [ALA] | A:194 [C] | 3.36 | A:182 [A] | 54.95 | ||
| T:63 [ALA] | A:195 [A] | 4.06 | A:180 [U] | 54.95 | ||
| T:63 [ALA] | A:223 [A] | 4.69 | A:140 [U] | 54.95 | ||
| T:64 [LYS] | A:176 [C] | 3.21 | A:146 [G] | 75.4 | ||
| T:64 [LYS] | A:177 [G] | 3.08 | A:145 [G] | 75.4 | ||
| T:64 [LYS] | A:196 [A] | 3.89 | A:179 [A] | 75.4 | ||
| T:68 [HIS] | A:132 [C] | 3.4 | A:230 [G] | 90.71 | ||
| T:68 [HIS] | A:133 [U] | 3.67 | A:229 [U] | 90.71 | ||
| T:68 [HIS] | A:262 [A] | 3.64 | 90.71 | |||
| T:69 [LYS] | A:184 [G] | 4.87 | A:193 [C] | 73.97 | ||
| T:69 [LYS] | A:224 [U] | 2.98 | A:139 [A] | 73.97 | ||
| T:69 [LYS] | A:225 [C] | 4.56 | A:138 [G] | 73.97 | ||
| T:70 [ASN] | A:131 [A] | 3.82 | A:231 [U] | 90.8 | ||
| T:70 [ASN] | A:132 [C] | 3.01 | A:230 [G] | 90.8 | ||
| T:70 [ASN] | A:262 [A] | 3.04 | sugar:SC | 90.8 | ||
| T:70 [ASN] | A:263 [A] | 3.66 | 90.8 | |||
| T:71 [LYS] | A:260 [G] | 4.44 | A:265 [G] | 64.54 | ||
| T:71 [LYS] | A:261 [U] | 2.61 | 64.54 | |||
| T:71 [LYS] | A:262 [A] | 3.92 | 64.54 | |||
| T:71 [LYS] | A:263 [A] | 4.91 | 64.54 | |||
| T:73 [ALA] | A:185 [U] | 3.35 | A:192 [A] | 85.64 | ||
| T:73 [ALA] | A:186 [C] | 3.45 | A:191 [G] | 85.64 | ||
| T:74 [ARG] | A:260 [G] | 4.87 | A:265 [G] | 98.25 | ||
| T:74 [ARG] | A:261 [U] | 3.14 | base/AA stacks | 98.25 | ||
| T:74 [ARG] | A:262 [A] | 3.12 | 98.25 | |||
| T:74 [ARG] | A:263 [A] | 2.74 | 98.25 | |||
| T:75 [HIS] | A:260 [G] | 3.29 | A:265 [G] | 38.51 | ||
| T:75 [HIS] | A:261 [U] | 4.95 | 38.51 | |||
| T:76 [LYS] | A:185 [U] | 2.78 | A:192 [A] | base:SC, sugar:SC | 85.72 | |
| T:76 [LYS] | A:186 [C] | 3.09 | A:191 [G] | 85.72 | ||
| T:77 [ALA] | A:186 [C] | 3.2 | A:191 [G] | 91.71 | ||
| T:77 [ALA] | A:187 [G] | 3.77 | A:190 [A] | 91.71 | ||
| T:78 [ASN] | A:259 [G] | 3.47 | A:267 [C] | 79.18 | ||
| T:78 [ASN] | A:260 [G] | 4.43 | A:265 [G] | 79.18 | ||
| T:80 [THR] | A:186 [C] | 3.19 | A:191 [G] | sugar:SC | 46.8 | |
| T:80 [THR] | A:187 [G] | 3.57 | A:190 [A] | 46.8 | ||
| T:82 [GLN] | A:258 [G] | 3.1 | A:268 [U] | 18.24 | ||
| T:82 [GLN] | A:259 [G] | 3.64 | A:267 [C] | 18.24 | ||
| T:84 [ASN] | A:187 [G] | 4.88 | A:190 [A] | 62.91 | ||
| T:85 [LYS] | A:258 [G] | 4.33 | A:268 [U] | 28.98 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group75 | 7K00_T_A | T: 30s ribosomal protein s20, Escherichia coli (natural) A: 16s rRNA, Escherichia coli (natural) | P0A7U7 | Ribosomal protein S20 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 4
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7K00_T_A | 7RYG_t_a | 0.80 | 0.93 | 3.19 | 0.61 | Ribosomal protein S20 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1t_1a | 7K00_T_A | 0.70 | 0.97 | 1.35 | 0.39 | Ribosomal protein S20 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_t_a | 7K00_T_A | 0.54 | 0.95 | 3.16 | 0.36 | Ribosomal protein S20 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 2VQE_T_A | 7K00_T_A | 0.68 | 0.96 | 2.06 | 0.37 | Ribosomal protein S20 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |