Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 7K00_T
|
7K00_A
|
7RYG_t
|
7RYG_a
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| T:55 [GLN] | A:193 [C] | t:55 [VAL] | a:189 [A] | ✔ |
| T:20 [HIS] | A:175 [C] | t:20 [HIS] | a:171 [C] | ✔ |
| T:20 [HIS] | A:176 [C] | t:20 [HIS] | a:172 [C] | ✔ |
| T:20 [HIS] | A:1447 [A] | t:20 [HIS] | a:1444 [A] | ✔ |
| T:56 [PRO] | A:193 [C] | t:56 [PRO] | a:189 [A] | ✔ |
| T:56 [PRO] | A:194 [C] | t:56 [PRO] | a:190 [G] | ✔ |
| T:51 [PHE] | A:186 [C] | t:51 [TYR] | a:182 [C] | ✔ |
| T:26 [SER] | A:1457 [G] | t:26 [SER] | a:1454 [G] | ✔ |
| T:26 [SER] | A:1458 [G] | t:26 [SER] | a:1455 [G] | ✔ |
| T:26 [SER] | A:1459 [G] | t:26 [SER] | a:1456 [G] | ✔ |
| T:60 [ARG] | A:177 [G] | t:60 [ARG] | a:173 [G] | ✔ |
| T:60 [ARG] | A:178 [C] | t:60 [ARG] | a:174 [C] | ✔ |
| T:60 [ARG] | A:194 [C] | t:60 [ARG] | a:190 [G] | ✔ |
| T:60 [ARG] | A:195 [A] | t:60 [ARG] | a:191 [A] | ✔ |
| T:24 [ARG] | A:176 [C] | t:24 [LEU] | a:172 [C] | ✔ |
| T:30 [THR] | A:1457 [G] | t:30 [THR] | a:1454 [G] | ✔ |
| T:30 [THR] | A:1458 [G] | t:30 [THR] | a:1455 [G] | ✔ |
| T:73 [ALA] | A:185 [U] | t:73 [ALA] | a:181 [C] | ✔ |
| T:73 [ALA] | A:186 [C] | t:73 [ALA] | a:182 [C] | ✔ |
| T:63 [ALA] | A:194 [C] | t:63 [ASP] | a:190 [G] | ✔ |
| T:63 [ALA] | A:195 [A] | t:63 [ASP] | a:191 [A] | ✔ |
| T:63 [ALA] | A:223 [A] | t:63 [ASP] | a:219 [A] | ✔ |
| T:61 [GLN] | A:177 [G] | t:61 [MET] | a:173 [G] | ✔ |
| T:16 [LYS] | A:104 [G] | t:16 [LYS] | a:100 [G] | ✔ |
| T:10 [ARG] | A:106 [C] | t:10 [ARG] | a:102 [C] | ✔ |
| T:10 [ARG] | A:107 [G] | t:10 [ARG] | a:103 [G] | ✔ |
| T:10 [ARG] | A:108 [G] | t:10 [ARG] | a:104 [G] | ✔ |
| T:14 [SER] | A:322 [C] | t:14 [ASN] | a:318 [C] | ✔ |
| T:14 [SER] | A:323 [U] | t:14 [ASN] | a:319 [U] | ✔ |
| T:78 [ASN] | A:259 [G] | t:78 [ARG] | a:255 [G] | ✔ |
| T:78 [ASN] | A:260 [G] | t:78 [ARG] | a:256 [G] | ✔ |
| T:17 [ALA] | A:323 [U] | t:17 [ALA] | a:319 [U] | ✔ |
| T:17 [ALA] | A:324 [G] | t:17 [ALA] | a:320 [G] | ✔ |
| T:69 [LYS] | A:224 [U] | t:69 [LYS] | a:220 [A] | ✔ |
| T:27 [MET] | A:1457 [G] | t:27 [MET] | a:1454 [G] | ✔ |
| T:27 [MET] | A:1458 [G] | t:27 [MET] | a:1455 [G] | ✔ |
| T:59 [ASP] | A:193 [C] | t:59 [ASP] | a:189 [A] | ✔ |
| T:59 [ASP] | A:194 [C] | t:59 [ASP] | a:190 [G] | ✔ |
| T:4 [ILE] | A:331 [G] | t:3 [ASN] | a:327 [G] | ✔ |
| T:4 [ILE] | A:332 [G] | t:3 [ASN] | a:328 [G] | ✔ |
| T:6 [SER] | A:61 [G] | t:6 [GLN] | a:63 [G] | ✔ |
| T:6 [SER] | A:107 [G] | t:6 [GLN] | a:103 [G] | ✔ |
| T:82 [GLN] | A:258 [G] | t:82 [GLN] | a:254 [G] | ✔ |
| T:82 [GLN] | A:259 [G] | t:82 [GLN] | a:255 [G] | ✔ |
| T:64 [LYS] | A:176 [C] | t:64 [LYS] | a:172 [C] | ✔ |
| T:64 [LYS] | A:177 [G] | t:64 [LYS] | a:173 [G] | ✔ |
| T:64 [LYS] | A:196 [A] | t:64 [LYS] | a:192 [A] | ✔ |
| T:9 [LYS] | A:103 [U] | t:9 [LYS] | a:99 [C] | ✔ |
| T:9 [LYS] | A:104 [G] | t:9 [LYS] | a:100 [G] | ✔ |
| T:70 [ASN] | A:131 [A] | t:70 [ASN] | a:127 [U] | ✔ |
| T:70 [ASN] | A:132 [C] | t:70 [ASN] | a:128 [C] | ✔ |
| T:70 [ASN] | A:262 [A] | t:70 [ASN] | a:258 [A] | ✔ |
| T:70 [ASN] | A:263 [A] | t:70 [ASN] | a:259 [A] | ✔ |
| T:29 [ARG] | A:1437 [A] | t:29 [ARG] | a:1434 [A] | ✔ |
| T:29 [ARG] | A:1438 [G] | t:29 [ARG] | a:1435 [G] | ✔ |
| T:23 [SER] | A:1458 [G] | t:23 [SER] | a:1455 [G] | ✔ |
| T:23 [SER] | A:1459 [G] | t:23 [SER] | a:1456 [G] | ✔ |
| T:3 [ASN] | A:331 [G] | t:2 [ALA] | a:327 [G] | ✔ |
| T:3 [ASN] | A:332 [G] | t:2 [ALA] | a:328 [G] | ✔ |
| T:3 [ASN] | A:351 [G] | t:2 [ALA] | a:347 [G] | ✔ |
| T:18 [ARG] | A:322 [C] | t:18 [ARG] | a:318 [C] | ✔ |
| T:18 [ARG] | A:323 [U] | t:18 [ARG] | a:319 [U] | ✔ |
| T:18 [ARG] | A:1436 [U] | t:18 [ARG] | a:1433 [U] | ✔ |
| T:31 [PHE] | A:1456 [A] | t:31 [TYR] | a:1453 [A] | ✔ |
| T:31 [PHE] | A:1457 [G] | t:31 [TYR] | a:1454 [G] | ✔ |
| T:21 [ASN] | A:323 [U] | t:21 [ASN] | a:319 [U] | ✔ |
| T:21 [ASN] | A:324 [G] | t:21 [ASN] | a:320 [G] | ✔ |
| T:77 [ALA] | A:186 [C] | t:77 [SER] | a:182 [C] | ✔ |
| T:77 [ALA] | A:187 [G] | t:77 [SER] | a:183 [U] | ✔ |
| T:71 [LYS] | A:260 [G] | t:71 [LYS] | a:256 [G] | ✔ |
| T:71 [LYS] | A:261 [U] | t:71 [LYS] | a:257 [U] | ✔ |
| T:71 [LYS] | A:262 [A] | t:71 [LYS] | a:258 [A] | ✔ |
| T:12 [ILE] | A:103 [U] | t:12 [ARG] | a:99 [C] | ✔ |
| T:75 [HIS] | A:260 [G] | t:75 [HIS] | a:256 [G] | ✔ |
| T:80 [THR] | A:186 [C] | t:80 [ASN] | a:182 [C] | ✔ |
| T:80 [THR] | A:187 [G] | t:80 [ASN] | a:183 [U] | ✔ |
| T:25 [ARG] | A:323 [U] | t:25 [ARG] | a:319 [U] | ✔ |
| T:74 [ARG] | A:260 [G] | t:74 [ARG] | a:256 [G] | ✔ |
| T:74 [ARG] | A:261 [U] | t:74 [ARG] | a:257 [U] | ✔ |
| T:74 [ARG] | A:262 [A] | t:74 [ARG] | a:258 [A] | ✔ |
| T:74 [ARG] | A:263 [A] | t:74 [ARG] | a:259 [A] | ✔ |
| T:5 [LYS] | A:61 [G] | t:4 [SER] | a:63 [G] | ✔ |
| T:76 [LYS] | A:185 [U] | t:76 [LYS] | a:181 [C] | ✔ |
| T:76 [LYS] | A:186 [C] | t:76 [LYS] | a:182 [C] | ✔ |
| T:33 [LYS] | A:1438 [G] | t:33 [LYS] | a:1435 [G] | ✔ |
| T:22 [ALA] | A:1459 [G] | t:22 [ALA] | a:1456 [G] | ✔ |
| T:11 [ALA] | A:332 [G] | t:11 [ALA] | a:328 [G] | ✔ |
| T:11 [ALA] | A:333 [U] | t:11 [ALA] | a:329 [C] | ✔ |
| T:68 [HIS] | A:132 [C] | t:68 [HIS] | a:128 [C] | ✔ |
| T:68 [HIS] | A:133 [U] | t:68 [HIS] | a:129 [U] | ✔ |
| T:68 [HIS] | A:262 [A] | t:68 [HIS] | a:258 [A] | ✔ |
| T:34 [LYS] | A:1457 [G] | t:34 [ARG] | a:1454 [G] | ✔ |
| T:13 [GLN] | A:104 [G] | t:13 [GLN] | a:100 [G] | ✔ |
| T:13 [GLN] | A:105 [G] | t:13 [GLN] | a:101 [G] | ✔ |
| T:7 [ALA] | A:108 [G] | t:7 [ALA] | a:104 [G] | ✔ |
| T:7 [ALA] | A:332 [G] | t:7 [ALA] | a:328 [G] | ✔ |
| T:55 [GLN] | A:185 [U] | t:55 [VAL] | a:181 [C] | ❌ 7RYG_t_a |
| T:55 [GLN] | A:186 [C] | t:55 [VAL] | a:182 [C] | ❌ 7RYG_t_a |
| T:55 [GLN] | A:192 [A] | t:55 [VAL] | a:188 [G] | ❌ 7RYG_t_a |
| T:24 [ARG] | A:177 [G] | t:24 [LEU] | a:173 [G] | ❌ 7RYG_t_a |
| T:84 [ASN] | A:187 [G] | t:84 [LYS] | a:183 [U] | ❌ 7RYG_t_a |
| T:59 [ASP] | A:185 [U] | t:59 [ASP] | a:181 [C] | ❌ 7RYG_t_a |
| T:4 [ILE] | A:61 [G] | t:3 [ASN] | a:63 [G] | ❌ 7RYG_t_a |
| T:6 [SER] | A:108 [G] | t:6 [GLN] | a:104 [G] | ❌ 7RYG_t_a |
| T:29 [ARG] | A:1436 [U] | t:29 [ARG] | a:1433 [U] | ❌ 7RYG_t_a |
| T:71 [LYS] | A:263 [A] | t:71 [LYS] | a:259 [A] | ❌ 7RYG_t_a |
| T:75 [HIS] | A:261 [U] | t:75 [HIS] | a:257 [U] | ❌ 7RYG_t_a |
| T:25 [ARG] | A:1437 [A] | t:25 [ARG] | a:1434 [A] | ❌ 7RYG_t_a |
| T:5 [LYS] | A:62 [U] | t:4 [SER] | a:64 [U] | ❌ 7RYG_t_a |
| T:5 [LYS] | A:102 [G] | t:4 [SER] | a:98 [G] | ❌ 7RYG_t_a |
| T:33 [LYS] | A:1437 [A] | t:33 [LYS] | a:1434 [A] | ❌ 7RYG_t_a |
| T:22 [ALA] | A:1458 [G] | t:22 [ALA] | a:1455 [G] | ❌ 7RYG_t_a |
| T:34 [LYS] | A:1456 [A] | t:34 [ARG] | a:1453 [A] | ❌ 7RYG_t_a |
| T:12 [ILE] | A:102 [G] | t:12 [ARG] | a:98 [G] | ❌ 7K00_T_A |
| T:14 [SER] | A:332 [G] | t:14 [ASN] | a:328 [G] | ❌ 7K00_T_A |
| T:16 [LYS] | A:103 [U] | t:16 [LYS] | a:99 [C] | ❌ 7K00_T_A |
| T:3 [ASN] | A:350 [G] | t:2 [ALA] | a:346 [G] | ❌ 7K00_T_A |
| T:4 [ILE] | A:350 [G] | t:3 [ASN] | a:346 [G] | ❌ 7K00_T_A |
| T:4 [ILE] | A:333 [U] | t:3 [ASN] | a:329 [C] | ❌ 7K00_T_A |
| T:5 [LYS] | A:332 [G] | t:4 [SER] | a:328 [G] | ❌ 7K00_T_A |
| T:6 [SER] | A:106 [C] | t:6 [GLN] | a:102 [C] | ❌ 7K00_T_A |
| T:6 [SER] | A:62 [U] | t:6 [GLN] | a:64 [U] | ❌ 7K00_T_A |
| T:69 [LYS] | A:223 [A] | t:69 [LYS] | a:219 [A] | ❌ 7K00_T_A |
| T:76 [LYS] | A:192 [A] | t:76 [LYS] | a:188 [G] | ❌ 7K00_T_A |
| T:78 [ASN] | A:261 [U] | t:78 [ARG] | a:257 [U] | ❌ 7K00_T_A |
| T:16 [LYS] | A:174 [A] | t:16 [LYS] | a:170 [A] | ❌ 7RYG_a:170 no longer at interface |
| T:69 [LYS] | A:184 [G] | t:69 [LYS] | a:180 [U] | ❌ 7RYG_a:180 no longer at interface |
| T:69 [LYS] | A:225 [C] | t:69 [LYS] | a:221 [U] | ❌ 7RYG_a:221 no longer at interface |
| T:4 [ILE] | A:60 [A] | t:3 [ASN] | a:62 [A] | ❌ 7RYG_a:62 no longer at interface |
| T:18 [ARG] | A:1460 [C] | t:18 [ARG] | a:1457 [C] | ❌ 7RYG_a:1457 no longer at interface |
| T:5 [LYS] | A:101 [A] | t:4 [SER] | a:97 [A] | ❌ 7RYG_a:97 no longer at interface |
| T:33 [LYS] | A:1439 [G] | t:33 [LYS] | a:1436 [C] | ❌ 7RYG_a:1436 no longer at interface |
| T:14 [SER] | A:329 [A] | t:14 [ASN] | a:325 [A] | ❌ 7K00_A:329 no longer at interface |
| T:18 [ARG] | A:321 [A] | t:18 [ARG] | a:317 [A] | ❌ 7K00_A:321 no longer at interface |
| T:18 [ARG] | A:1435 [G] | t:18 [ARG] | a:1432 [G] | ❌ 7K00_A:1435 no longer at interface |
| T:44 [LYS] | A:188 [C] | t:44 [TYR] | a:184 [A] | ❌ 7K00_T:44, 7K00_A:188 no longer at interface |
| T:80 [THR] | A:188 [C] | t:80 [ASN] | a:184 [A] | ❌ 7K00_A:188 no longer at interface |
| T:83 [ILE] | A:188 [C] | t:83 [VAL] | a:184 [A] | ❌ 7K00_T:83, 7K00_A:188 no longer at interface |
| T:84 [ASN] | A:188 [C] | t:84 [LYS] | a:184 [A] | ❌ 7K00_A:188 no longer at interface |
| T:85 [LYS] | A:258 [G] | t:85 [ALA] | a:254 [G] | ❌ 7RYG_t:85 no longer at interface |
| T:36 [TYR] | A:258 [G] | t:36 [LEU] | a:254 [G] | ❌ 7RYG_t:36 no longer at interface |
| T:36 [TYR] | A:259 [G] | t:36 [LEU] | a:255 [G] | ❌ 7RYG_t:36 no longer at interface |
| T:36 [TYR] | A:260 [G] | t:36 [LEU] | a:256 [G] | ❌ 7RYG_t:36 no longer at interface |
| T:52 [ASN] | A:192 [A] | t:52 [LYS] | a:188 [G] | ❌ 7K00_T:52 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ribosomal protein S20 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | 0.93 | 3.19 | 0.61 | 0.94 | 0.93 | 0.94 | 0.92 | 0.80 | 0.75 | 0.33 | 0.40 |
Other pairs involving 7K00_T_A or 7RYG_t_a
Total number of entries: 7
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2VQE_T_A | 7K00_T_A | 0.68 | 0.96 | 2.06 | 0.37 | Ribosomal protein S20 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 2VQE_T_A | 7RYG_t_a | 0.45 | 0.92 | 2.67 | 0.27 | Ribosomal protein S20 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1t_1a | 7RYG_t_a | 0.41 | 0.91 | 2.68 | 0.25 | Ribosomal protein S20 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1t_1a | 7K00_T_A | 0.70 | 0.97 | 1.35 | 0.39 | Ribosomal protein S20 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_t_a | 7K00_T_A | 0.54 | 0.95 | 3.16 | 0.36 | Ribosomal protein S20 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_t_a | 7RYG_t_a | 0.56 | 0.96 | 2.34 | 0.41 | Ribosomal protein S20 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 7K00_T_A | 7RYG_t_a | 0.80 | 0.93 | 3.19 | 0.61 | Ribosomal protein S20 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |