Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7RYG_t
|
7RYG_a
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| t:2 [ALA] | a:327 [G] | 3.05 | a:107 [G] | sugar:BB | 81.67 | |
| t:2 [ALA] | a:328 [G] | 3.5 | a:317 [A] | 81.67 | ||
| t:2 [ALA] | a:346 [G] | 4.8 | a:335 [C] | 81.67 | ||
| t:2 [ALA] | a:347 [G] | 2.92 | a:334 [A] | 81.67 | ||
| t:3 [ASN] | a:327 [G] | 4.5 | a:107 [G] | 75.99 | ||
| t:3 [ASN] | a:328 [G] | 3.26 | a:317 [A] | 75.99 | ||
| t:3 [ASN] | a:329 [C] | 3.05 | a:316 [G] | 75.99 | ||
| t:3 [ASN] | a:346 [G] | 4.34 | a:335 [C] | 75.99 | ||
| t:4 [SER] | a:63 [G] | 4.54 | a:102 [C] | 66.07 | ||
| t:4 [SER] | a:328 [G] | 4.36 | a:317 [A] | 66.07 | ||
| t:6 [GLN] | a:63 [G] | 3.18 | a:102 [C] | 94.3 | ||
| t:6 [GLN] | a:64 [U] | 4.49 | a:101 [G] | 94.3 | ||
| t:6 [GLN] | a:102 [C] | 3.52 | a:63 [G] | 94.3 | ||
| t:6 [GLN] | a:103 [G] | 2.88 | base:SC | 94.3 | ||
| t:7 [ALA] | a:104 [G] | 4.31 | 84.38 | |||
| t:7 [ALA] | a:328 [G] | 3.91 | a:317 [A] | 84.38 | ||
| t:9 [LYS] | a:99 [C] | 3.38 | a:68 [G] | 95.94 | ||
| t:9 [LYS] | a:100 [G] | 2.9 | a:65 [C] | base:SC | 95.94 | |
| t:10 [ARG] | a:102 [C] | 4.04 | a:63 [G] | 86.31 | ||
| t:10 [ARG] | a:103 [G] | 2.83 | base:SC, base:SC | 86.31 | ||
| t:10 [ARG] | a:104 [G] | 3.3 | base/AA stacks | 86.31 | ||
| t:11 [ALA] | a:328 [G] | 4.34 | a:317 [A] | 50.8 | ||
| t:11 [ALA] | a:329 [C] | 4.82 | a:316 [G] | 50.8 | ||
| t:12 [ARG] | a:98 [G] | 4.62 | a:69 [C] | 84.45 | ||
| t:12 [ARG] | a:99 [C] | 3.11 | a:68 [G] | 84.45 | ||
| t:13 [GLN] | a:100 [G] | 2.75 | a:65 [C] | 77.96 | ||
| t:13 [GLN] | a:101 [G] | 4.05 | a:64 [U] | 77.96 | ||
| t:14 [ASN] | a:318 [C] | 2.62 | a:325 [A] | base:SC, sugar:SC | 76.54 | |
| t:14 [ASN] | a:319 [U] | 3.28 | a:323 [A] | 76.54 | ||
| t:14 [ASN] | a:325 [A] | 4.27 | a:318 [C] | 76.54 | ||
| t:14 [ASN] | a:328 [G] | 4.82 | a:317 [A] | 76.54 | ||
| t:16 [LYS] | a:99 [C] | 4.99 | a:68 [G] | 59.67 | ||
| t:16 [LYS] | a:100 [G] | 3.76 | a:65 [C] | 59.67 | ||
| t:17 [ALA] | a:319 [U] | 4.04 | a:323 [A] | 77.57 | ||
| t:17 [ALA] | a:320 [G] | 4.74 | a:105 [A] | 77.57 | ||
| t:18 [ARG] | a:317 [A] | 3.72 | a:328 [G] | 72.41 | ||
| t:18 [ARG] | a:318 [C] | 3.59 | a:325 [A] | 72.41 | ||
| t:18 [ARG] | a:319 [U] | 3.94 | a:323 [A] | 72.41 | ||
| t:18 [ARG] | a:1432 [G] | 3.81 | 72.41 | |||
| t:18 [ARG] | a:1433 [U] | 3.21 | a:1462 [A] | 72.41 | ||
| t:20 [HIS] | a:171 [C] | 3.11 | a:143 [G] | 62.85 | ||
| t:20 [HIS] | a:172 [C] | 3.44 | a:142 [G] | 62.85 | ||
| t:20 [HIS] | a:1444 [A] | 4.28 | 62.85 | |||
| t:21 [ASN] | a:319 [U] | 3.08 | a:323 [A] | 99.0 | ||
| t:21 [ASN] | a:320 [G] | 3.2 | a:105 [A] | 99.0 | ||
| t:22 [ALA] | a:1456 [G] | 4.32 | a:1440 [C] | 63.14 | ||
| t:23 [SER] | a:1455 [G] | 3.75 | a:1441 [C] | 40.21 | ||
| t:23 [SER] | a:1456 [G] | 3.99 | a:1440 [C] | 40.21 | ||
| t:24 [LEU] | a:172 [C] | 4.11 | a:142 [G] | 0.0 | ||
| t:25 [ARG] | a:319 [U] | 4.18 | a:323 [A] | 69.5 | ||
| t:26 [SER] | a:1454 [G] | 4.67 | a:1442 [U] | 85.87 | ||
| t:26 [SER] | a:1455 [G] | 2.32 | a:1441 [C] | 85.87 | ||
| t:26 [SER] | a:1456 [G] | 4.08 | a:1440 [C] | 85.87 | ||
| t:27 [MET] | a:1454 [G] | 3.88 | a:1442 [U] | 35.12 | ||
| t:27 [MET] | a:1455 [G] | 3.11 | a:1441 [C] | 35.12 | ||
| t:29 [ARG] | a:1434 [A] | 3.41 | a:1461 [U] | 83.9 | ||
| t:29 [ARG] | a:1435 [G] | 4.56 | a:1460 [U] | 83.9 | ||
| t:30 [THR] | a:1454 [G] | 3.53 | a:1442 [U] | 84.55 | ||
| t:30 [THR] | a:1455 [G] | 3.33 | a:1441 [C] | 84.55 | ||
| t:31 [TYR] | a:1453 [A] | 3.83 | 40.43 | |||
| t:31 [TYR] | a:1454 [G] | 4.05 | a:1442 [U] | 40.43 | ||
| t:33 [LYS] | a:1435 [G] | 4.37 | a:1460 [U] | 85.09 | ||
| t:34 [ARG] | a:1454 [G] | 3.78 | a:1442 [U] | 42.84 | ||
| t:44 [TYR] | a:184 [A] | 2.61 | base:SC | 13.29 | ||
| t:51 [TYR] | a:182 [C] | 3.59 | a:187 [G] | sugar:SC | 54.98 | |
| t:52 [LYS] | a:188 [G] | 3.9 | a:181 [C] | 37.07 | ||
| t:55 [VAL] | a:189 [A] | 4.33 | a:180 [U] | 4.1 | ||
| t:56 [PRO] | a:189 [A] | 3.88 | a:180 [U] | 77.74 | ||
| t:56 [PRO] | a:190 [G] | 3.78 | a:179 [G] | 77.74 | ||
| t:59 [ASP] | a:189 [A] | 1.99 | a:180 [U] | sugar:SC | 92.89 | |
| t:59 [ASP] | a:190 [G] | 3.29 | a:179 [G] | 92.89 | ||
| t:60 [ARG] | a:173 [G] | 2.94 | a:141 [G] | 67.79 | ||
| t:60 [ARG] | a:174 [C] | 4.42 | a:140 [G] | 67.79 | ||
| t:60 [ARG] | a:190 [G] | 3.59 | a:179 [G] | 67.79 | ||
| t:60 [ARG] | a:191 [A] | 3.66 | a:176 [U] | 67.79 | ||
| t:61 [MET] | a:173 [G] | 4.36 | a:141 [G] | 81.57 | ||
| t:63 [ASP] | a:190 [G] | 2.44 | a:179 [G] | sugar:SC | 49.26 | |
| t:63 [ASP] | a:191 [A] | 3.33 | a:176 [U] | 49.26 | ||
| t:63 [ASP] | a:219 [A] | 3.64 | a:136 [U] | 49.26 | ||
| t:64 [LYS] | a:172 [C] | 3.38 | a:142 [G] | 78.89 | ||
| t:64 [LYS] | a:173 [G] | 2.69 | a:141 [G] | 78.89 | ||
| t:64 [LYS] | a:192 [A] | 4.72 | a:175 [A] | 78.89 | ||
| t:68 [HIS] | a:128 [C] | 4.12 | a:226 [G] | 90.77 | ||
| t:68 [HIS] | a:129 [U] | 4.73 | a:225 [U] | 90.77 | ||
| t:68 [HIS] | a:258 [A] | 3.76 | 90.77 | |||
| t:69 [LYS] | a:219 [A] | 3.86 | a:136 [U] | 66.18 | ||
| t:69 [LYS] | a:220 [A] | 3.25 | a:135 [U] | 66.18 | ||
| t:70 [ASN] | a:127 [U] | 4.43 | a:227 [A] | 93.67 | ||
| t:70 [ASN] | a:128 [C] | 3.33 | a:226 [G] | 93.67 | ||
| t:70 [ASN] | a:258 [A] | 3.22 | sugar:SC | 93.67 | ||
| t:70 [ASN] | a:259 [A] | 4.02 | 93.67 | |||
| t:71 [LYS] | a:256 [G] | 4.91 | a:261 [G] | 70.32 | ||
| t:71 [LYS] | a:257 [U] | 3.23 | 70.32 | |||
| t:71 [LYS] | a:258 [A] | 4.46 | 70.32 | |||
| t:73 [ALA] | a:181 [C] | 3.57 | a:188 [G] | 78.53 | ||
| t:73 [ALA] | a:182 [C] | 3.92 | a:187 [G] | 78.53 | ||
| t:74 [ARG] | a:256 [G] | 4.64 | a:261 [G] | 94.59 | ||
| t:74 [ARG] | a:257 [U] | 2.71 | base/AA stacks | 94.59 | ||
| t:74 [ARG] | a:258 [A] | 4.39 | 94.59 | |||
| t:74 [ARG] | a:259 [A] | 3.37 | 94.59 | |||
| t:75 [HIS] | a:256 [G] | 3.71 | a:261 [G] | 42.14 | ||
| t:76 [LYS] | a:181 [C] | 3.02 | a:188 [G] | sugar:SC | 88.68 | |
| t:76 [LYS] | a:182 [C] | 3.89 | a:187 [G] | 88.68 | ||
| t:76 [LYS] | a:188 [G] | 4.56 | a:181 [C] | 88.68 | ||
| t:77 [SER] | a:182 [C] | 3.49 | a:187 [G] | 93.54 | ||
| t:77 [SER] | a:183 [U] | 3.04 | a:186 [G] | 93.54 | ||
| t:78 [ARG] | a:255 [G] | 3.36 | a:263 [C] | 78.09 | ||
| t:78 [ARG] | a:256 [G] | 3.34 | a:261 [G] | base:SC, base:SC | 78.09 | |
| t:78 [ARG] | a:257 [U] | 3.84 | base:SC | 78.09 | ||
| t:80 [ASN] | a:182 [C] | 4.41 | a:187 [G] | 59.16 | ||
| t:80 [ASN] | a:183 [U] | 3.91 | a:186 [G] | 59.16 | ||
| t:80 [ASN] | a:184 [A] | 3.22 | base:SC | 59.16 | ||
| t:82 [GLN] | a:254 [G] | 3.68 | a:264 [C] | 10.68 | ||
| t:82 [GLN] | a:255 [G] | 3.36 | a:263 [C] | 10.68 | ||
| t:83 [VAL] | a:184 [A] | 4.24 | 65.97 | |||
| t:84 [LYS] | a:184 [A] | 3.04 | sugar:SC | 69.94 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group75 | 7RYG_t_a | t: 30s ribosomal protein s20, Acinetobacter baumannii (strain ab0057) (natural) a: 16s ribosomal RNA, Acinetobacter baumannii ab0057 (natural) | B7I5N9 | Ribosomal protein S20 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 4
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4Y4O_1t_1a | 7RYG_t_a | 0.41 | 0.91 | 2.68 | 0.25 | Ribosomal protein S20 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 2VQE_T_A | 7RYG_t_a | 0.45 | 0.92 | 2.67 | 0.27 | Ribosomal protein S20 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 7K00_T_A | 7RYG_t_a | 0.80 | 0.93 | 3.19 | 0.61 | Ribosomal protein S20 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_t_a | 7RYG_t_a | 0.56 | 0.96 | 2.34 | 0.41 | Ribosomal protein S20 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |