RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group76 > 2Y8Y_A_B vs 4C8Y_A_C

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

2Y8Y_A
2Y8Y_B
4C8Y_A
4C8Y_C
Conserved?
A:106 [ARG] B:18 [G] A:130 [ARG] C:25 [G] ✔
A:27 [ARG] B:22 [A] A:23 [GLY] C:29 [A] ✔
A:128 [ARG] B:17 [U] A:141 [ARG] C:24 [A] ✔
A:113 [ARG] B:6 [C] A:133 [VAL] C:16 [G] ✔
A:31 [LYS] B:22 [A] A:27 [GLY] C:29 [A] ✔
A:37 [LEU] B:22 [A] A:33 [ALA] C:29 [A] ✔
A:197 [GLY] B:19 [G] A:224 [GLY] C:26 [G] ✔
A:197 [GLY] B:20 [G] A:224 [GLY] C:27 [G] ✔
A:132 [GLU] B:17 [U] A:145 [GLU] C:24 [A] ✔
A:132 [GLU] B:18 [G] A:145 [GLU] C:25 [G] ✔
A:34 [SER] B:22 [A] A:30 [ARG] C:29 [A] ✔
A:30 [SER] B:22 [A] A:26 [TYR] C:29 [A] ✔
A:38 [GLU] B:22 [A] A:34 [PRO] C:29 [A] ✔
A:200 [LYS] B:20 [G] A:227 [THR] C:27 [G] ✔
A:26 [HIS] B:22 [A] A:22 [ARG] C:29 [A] ✔
A:129 [ARG] B:18 [G] A:142 [LEU] C:25 [G] ✔
A:129 [ARG] B:19 [G] A:142 [LEU] C:26 [G] ✔
A:169 [LEU] B:6 [C] A:187 [VAL] C:16 [G] ✔
A:106 [ARG] B:8 [C] A:130 [ARG] C:18 [C] ❌ 4C8Y_A_C
A:106 [ARG] B:17 [U] A:130 [ARG] C:24 [A] ❌ 4C8Y_A_C
A:106 [ARG] B:19 [G] A:130 [ARG] C:26 [G] ❌ 4C8Y_A_C
A:104 [ALA] B:17 [U] A:128 [PHE] C:24 [A] ❌ 4C8Y_A_C
A:128 [ARG] B:18 [G] A:141 [ARG] C:25 [G] ❌ 4C8Y_A_C
A:107 [LEU] B:5 [U] A:131 [LYS] C:15 [A] ❌ 4C8Y_A_C
A:113 [ARG] B:7 [C] A:133 [VAL] C:17 [C] ❌ 4C8Y_A_C
A:113 [ARG] B:8 [C] A:133 [VAL] C:18 [C] ❌ 4C8Y_A_C
A:113 [ARG] B:19 [G] A:133 [VAL] C:26 [G] ❌ 4C8Y_A_C
A:113 [ARG] B:20 [G] A:133 [VAL] C:27 [G] ❌ 4C8Y_A_C
A:23 [TYR] B:22 [A] A:19 [LEU] C:29 [A] ❌ 4C8Y_A_C
A:200 [LYS] B:19 [G] A:227 [THR] C:26 [G] ❌ 4C8Y_A_C
A:105 [LYS] B:17 [U] A:129 [ARG] C:24 [A] ❌ 4C8Y_A_C
A:201 [ALA] B:22 [A] A:228 [SER] C:29 [A] ❌ 4C8Y_A_C
A:104 [ALA] B:19 [G] A:128 [PHE] C:26 [G] ❌ 2Y8Y_A_B
A:104 [ALA] B:18 [G] A:128 [PHE] C:25 [G] ❌ 2Y8Y_A_B
A:105 [LYS] B:19 [G] A:129 [ARG] C:26 [G] ❌ 2Y8Y_A_B
A:105 [LYS] B:20 [G] A:129 [ARG] C:27 [G] ❌ 2Y8Y_A_B
A:105 [LYS] B:7 [C] A:129 [ARG] C:17 [C] ❌ 2Y8Y_A_B
A:105 [LYS] B:18 [G] A:129 [ARG] C:25 [G] ❌ 2Y8Y_A_B
A:105 [LYS] B:8 [C] A:129 [ARG] C:18 [C] ❌ 2Y8Y_A_B
A:107 [LEU] B:18 [G] A:131 [LYS] C:25 [G] ❌ 2Y8Y_A_B
A:113 [ARG] B:5 [U] A:133 [VAL] C:15 [A] ❌ 2Y8Y_A_B
A:129 [ARG] B:17 [U] A:142 [LEU] C:24 [A] ❌ 2Y8Y_A_B
A:132 [GLU] B:19 [G] A:145 [GLU] C:26 [G] ❌ 2Y8Y_A_B
A:201 [ALA] B:20 [G] A:228 [SER] C:27 [G] ❌ 2Y8Y_A_B
A:30 [SER] B:20 [G] A:26 [TYR] C:27 [G] ❌ 2Y8Y_A_B
A:106 [ARG] B:9 [C] A:130 [ARG] C:19 [C] ❌ 4C8Y_C:19 no longer at interface
A:106 [ARG] B:10 [A] A:130 [ARG] C:20 [C] ❌ 4C8Y_C:20 no longer at interface
A:112 [LYS] B:5 [U] A:132 [GLY] C:15 [A] ❌ 4C8Y_A:132 no longer at interface
A:112 [LYS] B:6 [C] A:132 [GLY] C:16 [G] ❌ 4C8Y_A:132 no longer at interface
A:112 [LYS] B:7 [C] A:132 [GLY] C:17 [C] ❌ 4C8Y_A:132 no longer at interface
A:195 [GLY] B:19 [G] A:222 [GLY] C:26 [G] ❌ 4C8Y_A:222 no longer at interface
A:35 [ARG] B:22 [A] A:31 [GLU] C:29 [A] ❌ 4C8Y_A:31 no longer at interface
A:114 [VAL] B:5 [U] A:134 [HIS] C:15 [A] ❌ 4C8Y_A:134 no longer at interface
A:115 [ALA] B:5 [U] A:135 [TYR] C:15 [A] ❌ 4C8Y_A:135 no longer at interface
A:194 [ARG] B:19 [G] A:221 [SER] C:26 [G] ❌ 4C8Y_A:221 no longer at interface
A:194 [ARG] B:20 [G] A:221 [SER] C:27 [G] ❌ 4C8Y_A:221 no longer at interface
A:43 [ARG] B:20 [G] A:43 [PRO] C:27 [G] ❌ 4C8Y_A:43 no longer at interface
A:103 [PRO] B:19 [G] A:127 [PHE] C:26 [G] ❌ 2Y8Y_A:103 no longer at interface
A:168 [LEU] B:6 [C] A:186 [GLU] C:16 [G] ❌ 2Y8Y_A:168 no longer at interface
A:198 [PRO] B:19 [G] A:225 [ALA] C:26 [G] ❌ 2Y8Y_A:198 no longer at interface
A:198 [PRO] B:20 [G] A:225 [ALA] C:27 [G] ❌ 2Y8Y_A:198 no longer at interface
A:199 [GLY] B:20 [G] A:226 [LYS] C:27 [G] ❌ 2Y8Y_A:199 no longer at interface
A:33 [VAL] B:22 [A] A:29 [LEU] C:29 [A] ❌ 2Y8Y_A:33 no longer at interface
A:41 [ARG] B:20 [G] A:39 [GLN] C:27 [G] ❌ 2Y8Y_A:41 no longer at interface
A:42 [GLU] B:20 [G] A:42 [ASN] C:27 [G] ❌ 2Y8Y_A:42 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
CRISPR transcript (pre-crRNA) processing endoribonuclease-related 0.63 3.01 0.13 0.63 0.24 0.65 0.9 0.36 0.41 0.06 0.43


Other pairs involving 2Y8Y_A_B or 4C8Y_A_C

Total number of entries: 6

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
2Y8Y_A_B 4C8Y_A_C 0.36 0.63 3.01 0.13 CRISPR transcript (pre-crRNA) processing endoribonuclease-related compare
2Y8Y_A_B 5H9F_K_L 0.37 0.72 1.89 0.22 CRISPR transcript (pre-crRNA) processing endoribonuclease-related compare
2Y8Y_A_B 4ILL_A_R 0.19 0.65 4.71 0.03 CRISPR transcript (pre-crRNA) processing endoribonuclease-related compare
4C8Y_A_C 6H9H_B_E 0.33 0.64 2.28 0.13 CRISPR transcript (pre-crRNA) processing endoribonuclease-related compare
4C8Y_A_C 4ILL_A_R 0.32 0.77 2.74 0.03 CRISPR transcript (pre-crRNA) processing endoribonuclease-related compare
4C8Y_A_C 5H9F_K_L 0.16 0.56 2.78 0.07 CRISPR transcript (pre-crRNA) processing endoribonuclease-related compare